Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



4 страниц V  < 1 2 3 4 >  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Гаплoгрупа A И Mrca Современного Человека, MRCA современного человека
Igor1961
сообщение 14.2.2012, 5:28
Сообщение #41


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6959
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Right & Midfield @ 13.2.2012, 20:19) *
Самое забавное, что в указанной работе возраст поколения 30 лет - показан на двух СОВРЕМЕННЫХ людях.
Т.е. мы возвращаемся к нашим же баранам: категорически нельзя переносить образ жизни современных людей, в том числе и тот факт, что современные люди затягивают с рождением детей - на древние времена, когда люди жили совсем по другому.

Мысль абсолютно правильная. Но, сказав А, и законно усомнившись, что первенцы в традиционных обществах рождались у 30-летних родителей, надо говорить Б, и добавлять, что в таких обществах семьи были многодетными, а женщины рожали до того возраста, сколько позволяла физиология. В старых русских семьях, к примеру, не столь уж редки были случаи, когда младшие дети оказывались моложе своих родных племянников. Собственно, это был единственный способ избежать вымирания в условиях очень высокого уровня смертности.

Поскольку ДНК-генеалогия работает не с линиями, идущими исключительно по первенцам, а со всей совокупностью родственников, то оперировать она должна с некоторым усредненным счетом по поколениям. Так что 30 лет в этом плане выглядят вполне обосновано не только для современного, но и для патриархального общества.

Если уж на то пошло, то длина поколения вообще не имеет прямого отношения к датировкам. поскольку они вычисляются в КАЛЕНДАРНЫХ годах, а при всех расчетах используется произведение [константа скорости мутации]х[длина поколения]. При калибровке можно задать любую величину для поколения, хоть 1 год, просто изменятся коэффициенты. Используемые в наших (и Животовского wink.gif ) расчетах 25 лет - это всего лишь удобная цифра (1/4 от столетия), которая дает вполне реалистичное представление о точности метода.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 14.2.2012, 12:48
Сообщение #42


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Igor1961 @ 13.2.2012, 21:28) *
Если уж на то пошло, то длина поколения вообще не имеет прямого отношения к датировкам. поскольку они вычисляются в КАЛЕНДАРНЫХ годах, а при всех расчетах используется произведение [константа скорости мутации]х[длина поколения]. При калибровке можно задать любую величину для поколения, хоть 1 год, просто изменятся коэффициенты.


Это правильно, и это то, что попгенетики никак не могут усвоить. Каждый раз, когда наши методы привносятся на дискуссию, ВСЕГДА находятся те, кто начинают оспаривать наши 25 лет на условное поколение, и начинают предлагать СВОИ величины, причем, что занятно, каждый раз категорично - от 18 лет до 36 лет на поколение, у каждого своя цифра. В них они не сомневаются, они ЗНАЮТ.

Так что здесь дело имеет опять с устройством мозга, с которым ничего поделать нельзя. Приснопамятный П. Золин тоже агрессивно предлагал свои 18 лет на поколение, нимало не задумываясь, что без величины константы скорости мутации эта величина ничего не стоит.

Но я прочитал соображение нашего образованного новичка по-другому, а именно что Крусиани выбрал 30 лет на поколение (хотя попгенетики чаще выбирают 25 лет) только потому, чтобы выйти на величину 140 тысяч лет, которая ему нравилась по его своим соображениям. Если бы он взял, например, 20 лет на поколение, то получил бы 93 тысячи лет до root, что явно мало. Иначе говоря, даже в этом попгенетики каждый раз фальсифицируют, потому что подгоняют.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 14.2.2012, 13:26
Сообщение #43


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6959
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Right & Midfield @ 13.2.2012, 20:19) *
... попытался изящно "притянуть за уши" группу BT к группе A.
... сознательно вводит в формулы расчётов MRCA - значительно завышенный коэффициент возраста поколения - 30 лет.
... вытворяет с деревом SNP
... очень боится некой обратной гипотезы
... все его слова о "нестабильности" SNP M91 - не более чем "наукообразие", проще говоря - лапша на уши.
... он не просто "изящно сфальсифицировал" - он ещё и указал метОду для последователей, для дальнейшей догматизации ДНК-генеалогии.

Чтобы перевести разговор из жанра газетного фельетона в научное русло, постараюсь перечислить имеющиеся на сегодняшний день факты, касающиеся гаплогруппы А. Точнее, того, что этой аббревиатурой называют.

Факт № 1. Африка - это континент, на котором в Y-хромосомных линиях безусловно доминируют различные субклады гаплогруппы Е. Ее происхождение вне Африки, кажется, никто особенно не оспаривает. Когда носители гаплогруппы Е пришли Африку, сказать сложно, но можно достаточно аккуратно оценить, когда начался планомерный рост их численности. Это 6-6,5 тыс. лет назад, что хорошо коррелирует с освоением производящего уклада хозяйства в зоне сахеля.

Факт № 2. Все остальные гаплогруппы африканцев можно считать минорными по отношению к Е, хотя для отдельных популяций случаются выбросы в виде высоких процентов A2 (бушмены), A3 (ряд этносов Эфиопии и Судана) или R1b1c (Камерун).

Факт № 3. Среди жителей Западной Африки и их потомков в Новом Свете (искали тщательнее?) на уровне менее 1 % обнаружилось несколько линий, отстоящих как друг от друга, так и от всех известных гаплогрупп на немыслимые дистанции - 150 тыс. лет до общих предков или даже больше. Даже расчет по медленной панели буксует на таком количестве мутаций.

Факт № 4. У всех этих разрозненных линий есть одна общая черта - G в снипе V221 и С в снипе Р108, те же, что и у шимпанзе. У всех остальных людей там Т и G, соответственно. В текущей классификации ISOGG все эти древние линии скопом записаны как А1, хотя по сути мы, очевидно, имеем дело с реликтами, растущими прямо из "альфа"-гаплогруппы, параллельно остальному человечеству.

Факт № 5. В классификации ISOGG и в научных статьях фигурируют "субклады" гаплогруппы А - А2 и А3, носители которых НЕ ИМЕЮТ снипов гаплогруппы ВТ за исключением тех, что были унаследованы от "альфа"-гаплогруппы и более далеких предков. То есть, А2 и А3 (у обеих 8Т в М91) не являются предками "бета"-гаплогруппы. Это параллельные ей линии, независимо выделившиеся из "альфа"-гаплогруппы. То же самое подтверждают расчеты по медленной панели STR.

Факт № 6. Время расхождения "альфа"-гаплогруппы - 150 тыс. лет назад или больше, время распада "бета"-гаплогруппы - 60-65 тыс. лет назад, времена до общих предков гаплогрупп А2 и А3 оценить пока не удается из-за недостатка данных. Расчету поддается только субклад A3b2, характерный для Африканского Рога, Судана и Аравийского полуострова. Его возраст - те же 6,5 тыс. лет, что и у африканских субкладов гаплогруппы Е.

Факт № 7. В Африке южнее Сахары пока не найдено костных останков людей, живших там в период между распадом "альфа"-гаплогруппы и расхождением сводной гаплогруппы DE на африканскую и азиатскую "половинки" (около 45 тыс. лет назад). Находят следы человеческой деятельности в период с 130000 до 80000 лет назад, в основном в пещерах на территории ЮАР и сопредельных стран, но кто их оставил, неизвестно. Доказательства, что это были анатомически современные люди, отсутствуют. Есть лишь интерпретации, мнения и сенсации, рождаемые журналистами.

Наверное, что-то забыл упомянуть, но для начала хорошо бы найти непротиворечивое объяснение этих 7-ми пунктов. Желательно, с минимумом допущений и тезисов, основанных лишь на чьем-то мнении.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 15.2.2012, 15:58
Сообщение #44


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Бонни ушла в невсознанку biggrin.gif

Вместо нее включился Майка, сторонник концепции "из Африки". Посчитал калькулятором Кена по 67-маркерным гаплотипам biggrin.gif и "нашел", что общий предок гаплогрупп А и В жил 70 тысяч лет назад. biggrin.gif

В общем, прришлось ему поставить на вид.

А тем временем дерево гаплогруппы А опять изменили:

http://ytree.ftdna.com/index.php?name=Draft&parent=root

http://www.familytreedna.com/public/Haplog..._A/default.aspx

Туда включили всех, от шимпанзе и выше. Как и предсказывалось ранее на этом Форуме. Это чтобы показать, что все мы "вышли из Африки". Чтобы из гоголевской шинели - это я еще могу понять (хотя и с натяжкой), чтобы из Африки - понять не могу.







--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 15.2.2012, 16:29
Сообщение #45


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6959
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(aklyosov @ 15.2.2012, 21:58) *
А тем временем дерево гаплогруппы А опять изменили:

http://ytree.ftdna.com/index.php?name=Draft&parent=root

http://www.familytreedna.com/public/Haplog..._A/default.aspx

biggrin.gif Есть такая поговорка:"Торопливость нужна лишь при ловле блох и при поносе".

Не прошло и суток, как появились новые снипы N64496 Perry, того самого, у кого DYS438=16 и DYS425=9: L896-, M42-, P97+, SRY10831.1-, V166-, V168-, V50-. То есть, он не вписывается в схему, в которой у самой первой развилки находился участник WTY N38376 Jones (V166+).

Собственно, это можно было предположить из гаплотипа мистера Перри, о чем мы писали в Вестнике в прошлом году. Странно, что его как-то упустили из виду администраторы проекта. Наверное, из-за недоверия к нашим методам подсчета TMRCA. Как выясняется, напрасно.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Right & Midfield
сообщение 15.2.2012, 19:37
Сообщение #46


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 27
Регистрация: 13.2.2012
Из: Moscow
Пользователь №: 3715



Как бы нам не хотелось, у нас не получается одним постом - ответить сразу на несколько интересных постов от собеседников. Тем не менее, мы постараемся ничего не упустить, постараемся постепенно ответить на все вопросы (на которые сможем, разумеется).

Также предварительно отметим, что дискуссия по поводу корневых гаплопрогрупп - неизбежно приводит нас к необходимости "залезать" и в другие области знаний, ибо суть дискуссии - выходит за рамки непосредственно ДНК-генеалогии. Мы не виноваты в этом - это Fulvio Cruciani виноват, ибо его никто не заставлял переходить от ДНК-генеалогии - к излишне своеобразным трактовкам, и к выводам исторического масштаба и значения.

Цитата(aklyosov @ 14.2.2012, 3:52) *
здесь не случайный новичок

К сожалению, в интернете вообще и в ДНК-генеалогии в частности - слишком много как догматиков, так и популистов. Если бы мы выбирали символ ДНК-генеалогии, то предпочли бы ... вилку-трезубец, символизирующую инструмент, который позволяет чётко разделять сущности надвое: есть мутация/нет мутации.
Но этот же самый инструмент - может быть использован и для навешивания лапши на уши, как ДНК-догматиками, так и ДНК-популистами. И этот же самый инструмент - мы, к счастью, можем использовать для покалывания догматиков и популистов.
Мы здесь - потому что нам импонирует научный подход здесь.
Конечно - это не случайность для нас.

Ещё добавим, что наблюдается использование ДНК-генеалогии - в качестве помощника для сестринской науки - молекулярной филогенетики. А там - есть свои догматики, у которых две ключевых проблемы: где на стволе ставить точку "Род Homo", и где на стволе ставить точку "Вид Homo Sapiens". К сожалению, ДНК-генеалогия оказывается вовлечена в эту баталию, хотя не может и не должна решать такие вопросы; это скорее дело аналитиков антропологии, морфологии, генома в целом...
Нам конечно тоже интересно посмотреть, чем там у них всё закончится да и их знания пригодятся, но мы вынуждены отметить, что догматики от разных наук - могут объединять усилия, и совместно вешать нам лапшу на уши.

Цитата(Igor1961 @ 14.2.2012, 6:28) *
Если уж на то пошло, то длина поколения вообще не имеет прямого отношения к датировкам. поскольку они вычисляются в КАЛЕНДАРНЫХ годах, а при всех расчетах используется произведение [константа скорости мутации]х[длина поколения]. При калибровке можно задать любую величину для поколения, хоть 1 год, просто изменятся коэффициенты. Используемые в наших (и Животовского wink.gif ) расчетах 25 лет - это всего лишь удобная цифра (1/4 от столетия), которая дает вполне реалистичное представление о точности метода.

Что ж, если нас поняли не так, как нам самим хотелось бы - постараемся объясниться с самого начала, с нашего понимания сути явлений.

Мутация нами понимается как дискретная величина! Она либо есть, либо нет. Чтобы она возникла - необходимо конкретное событие - рождение ребёнка, которого можно проверить на соответствие с родителем. Мутация не накапливается в организме ежегодно "по чуть-чуть". Вероятностные события (смена поколений) - не могут быть напрямую связаны с размышлениями генетиков о том, с какой скоростью в год - мутируют белки.
Да, конечно, когда "модель работает", то изменение возраста поколения - выглядит как вмешательство в формулу, в саму скорость мутации. Но это не так.

Мы привыкли разбираться не только в математике - мы стремимся понять "физический смысл", скрывающийся за результатом и его составными частями.
Когда мы видим общее время на одну мутацию, равное 3000 лет у того же Fulvio Cruciani,
полученное как ~100 поколений х ~30 лет, то разбираясь с тем, как он пришёл к такому выводу - мы сталкиваемся с генетическим смыслом скорости мутаций в год, сталкиваемся с соотношением количества нуклеотидов, сталкиваемся с тем фактом, что скорость мутации в год - не есть константа. Просто в данный момент - так принято, ибо примерно проверяется на краткосрочных математических моделях. Когда генетики покажут, что скорость мутации на нуклеотид в год - должна измениться так или иначе, то и мы последуем вслед за ними.

Т.е. - мы не "сотрясаем основ", по крайней мере пока, ибо эти контстанты - отдельная тема для разговора; они обычно исследуются генетиками на примере скоростей кодирования разных белков, а ДНК-генеалогия - зиждется на невмешательстве в наследственность вообще, и в кодирование белков в частности. У нас просто происходят аналогичные, но "мусорные", "молчащие" процессы. Не факт, что с теми же скоростями.
Однако, Fulvio Cruciani тоже не "сотрясает основ", тоже "импортирует" из генетики - скорость мутации в год.
Хотя соблазн был велик - ведь ему было нужно "натянуть" всего лишь 20% между стандартными значениями 30 лет и 25 лет, и он мог бы оставить 25 лет - слегка подкорректировав генетикиов на те же 20%. Но тогда ему пришлось бы с ними аргументированно спорить, чего он разумеется делать не мог и не стал.

И мы - не станем.
Для приблизительной оценки нас устраивает ~100 дискретных поколений на одну точечную SNP мутацию.
Для нас это (условно говоря) - "минутная стрелка" ДНК-генеалогии, её макро-уровень.
Проблема в том, что как мы не анализируй общество и его способы размножения, как не предполагай разные возрасты для поколений (10 ... 30 лет) - мы сможем оперировать только длинными периодами (1000 ... 3000 лет, соответственно). И например по "женской части" - вообще нет возможности анализировать "мелкие" периоды.
К счастью, царским подарком для исследователей - является анализ STR мутаций.
Для нас это (условно говоря) - "секундная стрелка" ДНК-генеалогии, её микро-уровень.
Они происходят по другому принципу, происходят гораздо чаще;
их анализ - помогают делать многие другие науки: письменная история, недавние предания народов и их древние мифы, сравнительное языкознание и т.п.

В то время как у "минутной стрелки" - остаётся не так уж много, и не таких уж точных помощников, особенно в отдалённом периоде - архелогия, палеонтология, теория катастроф... всё это базируется на радиоуглеродном анализе, дающим существенный "плюс-минус" - примерно одну нашу условную "минуту".
Так например, глобальная катастрофа Тоба - обычно датируется в 73 +/-3 тлн. Помещать мужскую гаплогруппу BT на дату 75 тлн, используя натяжку в 20% - это существенное передёргивание. Без этого было бы по крайней мере 62,5 тлн (при возрасте поколения 25 лет) - а значит невозможность связать в единое географическое убежище группы BT и A, а значит бессмысленность игры в перекидывание SNP по веткам дерева. Не невозможность манипуляций, а именно бессмысленность - вулканическая зима, при всей своей трагичности - это очень хороший помощник макро ДНК-генеалогии; строго разделяет.

ДНК-генеалогия - наука молодая, находится на этапе сбора первичных данных. И именно анализ STR мутаций - позволяет нам вырабатывать математический аппарат. Оттачивать его на событиях заведомо известного или почти достоверного недавнего прошлого, т.е. несколько тлн; кстати - опять-таки примерно в пределах одной нашей условной "минуты" ~100 поколений. И этот математический аппарат - нам хочется перенести в глубь истории, тем более что наша наука в целом - не так давно получила новые возможности от матери-генетики - возможности извлекать ДНК из ископаемых останков, что раньше считалось невозможным.

Однако мы наблюдаем, что наш математический аппарат - постепенно "удревняет" историю, чем глубже - тем сильнее, мало того - позволяет удревнять и манипуляторам от ДНК-генеалогии.
Нас вполне устраивает, когда на определённом небольшом временном интервале - ошибка по сравнению с абсолютно точно известными датами - укладывается в погрешность математического аппарата. Мы понимаем, что сбой в несколько процентов - мог дать как сам аппарат, так и немного некорректные входные данные: слегка завышенный возраст поколения или слегка завышенная скорость мутации нуклеотидов. Не стоит беспокойства - мы достверно знаем, что в последние тысячелетия - общество развивалось по одной и той же модели; не стоит наших глобальных усилий - ловить ошибку в несколько процентов.
Но мы вынуждены искать ошибки у самих себя; не для того чтобы конфликтовать между собой константами, математическими аппаратами и т.п. - а для того чтобы аргументированно оппонировать "внешней угрозе", т.е. догматикам в первую очередь, ибо популистов опровергать полегче.

Цитата(Igor1961 @ 14.2.2012, 6:28) *
1. Поскольку ДНК-генеалогия работает не с линиями, идущими исключительно по первенцам, а со всей совокупностью родственников, то оперировать она должна с некоторым усредненным счетом по поколениям.
2. Так что 30 лет в этом плане выглядят вполне обосновано не только для современного, но и для патриархального общества.

1. Разумеется да.
2. Разумеется нет. Любая математическая модель - имеет временнЫе рамки, отражая модель общества.
Ни отдельные дисциплины, ни наука в целом - не могут объяснить, как появились кроманьонцы и их новая модель общества.
Даже популисты в википедиях признаются: "Считается, что люди современного анатомического облика (Homo sapiens sapiens) появились около 195 000 лет назад в Африке. Однако их внешний вид не стал причиной изменения их образа жизни по сравнению с эректусами и неандертальцами. Люди по-прежнему использовали все те же грубые каменные орудия. Около 50 000 лет назад древняя каменная индустрия изменилась."

Цитата(Igor1961 @ 14.2.2012, 6:28) *
Мысль абсолютно правильная. Но, сказав А, и законно усомнившись, что первенцы в традиционных обществах рождались у 30-летних родителей, надо говорить Б, и добавлять, что в таких обществах семьи были многодетными, а женщины рожали до того возраста, сколько позволяла физиология.

Мы опять стремимся понять в первую очередь смысл этой составляющей общей формулы.
Мы наблюдаем два фактора: биологический и социальный.
Биологический зависит от пола. Причём надо говорить не только про:
a ) усреднённый возраст поколения,
b ) возраст рождения первого потомка,
но и про
c ) возраст рождения последнего потомка.

Общеизвестно, что репродуктивный возраст у мужчин - заметно выше.
Значит должен быть выше и усреднённый возраст поколения (у мужчин в сравнении с женщинами).
Но к сожалению у женской mt-DNA отсутсвует "секундная" стрелка, и мы не можем сегодня же наглядно показать, что некорректно считать оба пола по 25 лет.
Мало того - мы предполагаем, что возраст поколения будет расти у обоих полов, но у мужчин - будет увеличиваться немного быстрее чем у женщин, уходя таким образом ещё дальше к возрасту рождения последнего ребёнка.

Социальный фактор - это наш образ жизни. Он был у нас таким не всегда.
Мы предполагаем, что кроманьонцы поначалу ничем не отличались от соседей по среднему палеолиту.
Потом возраст поколения начал постепенно расти и растёт до сих пор, отвлекаясь от тренда может быть иногда - на катастрофы и прочие неурядицы.

Цитата(Igor1961 @ 15.2.2012, 17:29) *
Не прошло и суток, как появились новые снипы

Для нас нет ничего удивительного в том, как ими теперь играются. Мы в своём первом посте так и предполагали, сорри за самоцитату: "Негативное впечатление от работы Fulvio Cruciani ещё и в том, что он не просто "изящно сфальсифицировал" - он ещё и указал метОду для последователей, для дальнейшей догматизации ДНК-генеалогии. Он ведь не девочка, впервые услышавшая про "митохондриальную Еву" - он понимает, что гаплотипов становится всё больше, в том числе и в корневых группах A и BT; он понимает, что постепенно выявляются очень редкие гаплотипы в этих группах. И вот для того чтобы последователи - нечаянно не обнаружили коренное противоречие на основе самостоятельного анализа новых редких гаплотипов - Fulvio Cruciani предлагает метод "присаживания" группы BT на дерево группы A."


--------------------
Macro Genetic Genealogy
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_В.Юрковец_*
сообщение 15.2.2012, 20:23
Сообщение #47





Гости






К нам инкогнито приехал(и) ревизор(ы) из Москвы? Или наоборт - это статья вывешена на рецензию?
Что скажут наши уважаемые мэтры?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 15.2.2012, 20:42
Сообщение #48


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6959
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Честно говоря, не смог уловить главную мысль автора (авторов?) многословного поста.

Если она заключается в том, что по мере ухода вглубь по шкале времени длина поколения в человеческом роду уменьшалась, причем в разы (?), то ничего, кроме общих соображений, в тексте не увидел. Хотелось бы ознакомиться с цифрами, фактами (скажем, из этнографии) или хотя бы математической моделью. Помнится, не так давно один новичок с пеной у рта отстаивал гипотезу, что у представителей черной расы мутации в Y-хромосоме идут в 2 или более раза быстрее, чем у европеоидов. Правда, ни одной цифры в свою поддержку привести не смог - только манипуляции.

Если пафос направлен против тех, кто якобы манипулирует с отнесением новых снипов, то он оправдан лишь частично, в плане интерпретаций. К фактической стороне особых претензий нет. На многих примерах уже показано, что SNP и STR филогения дают качественно одну и ту же топологию деревьев, так что "мухлеж" со снипами тут же бы раскрылся. Африканцы, о которых шла речь, действительно расходятся с остальным человечеством на огромные дистанции. Даже если допустить, что поколения у них обновлялись каждые 15-20 лет, цифра уверенно уходит за 100 тыс. лет назад. Это факт, который можно опровергнуть более убедительным фактом, а не общими словами.

Собственно, чуть выше я выписал 7 более-менее надежных фактов, касающихся африканских Y-хромосомных линий и предложил сверить свои концепции с ними. Пока что такой работы не увидел.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_казак_*
сообщение 15.2.2012, 21:11
Сообщение #49





Гости






>Так например, глобальная катастрофа Тоба - обычно датируется в 73 +/-3 тлн. Помещать мужскую гаплогруппу BT на дату 75 тлн, используя натяжку в 20% - это существенное передёргивание. Без этого было бы по крайней мере 62,5 тлн (при возрасте поколения 25 лет) - а значит невозможность связать в единое географическое убежище группы BT и A, а значит бессмысленность игры в перекидывание SNP по веткам дерева. Не невозможность манипуляций, а именно бессмысленность - вулканическая зима, при всей своей трагичности - это очень хороший помощник макро ДНК-генеалогии; строго разделяет.

[/font][font="Verdana"]Получить другую дату при возрасте 20 лет на поколение - это и есть передергивание. Отношение возраст/поколение может применяться в формулах учета количества населения, но не в етоде ДНК-генеологии, где имеется пока единственная возможность определить возраст исходя из даты известного события, разделенной на количество мутаций.

Кроме того, корректировка возраста в отношении события, имеющего слабую историческую подтвержденность (вулканическая зима), определенного с помощью неоткалиброванного метода (радиоуглеродный анализ длинного времени) и имеющего малую вероятность взаимосвязи (Тоба, как причина вулканической зимы) может стать причиной глобальной ошибки, ставящей под сомнение как метод ДНК-генеологии, так и науку в целом.

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Right & Midfield
сообщение 15.2.2012, 22:54
Сообщение #50


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 27
Регистрация: 13.2.2012
Из: Moscow
Пользователь №: 3715



Цитата(aklyosov @ 14.2.2012, 13:48) *
Но я прочитал соображение нашего образованного новичка по-другому, а именно что Крусиани выбрал 30 лет на поколение (хотя попгенетики чаще выбирают 25 лет) только потому, чтобы выйти на величину 140 тысяч лет, которая ему нравилась по его своим соображениям. Если бы он взял, например, 20 лет на поколение, то получил бы 93 тысячи лет до root, что явно мало. Иначе говоря, даже в этом попгенетики каждый раз фальсифицируют, потому что подгоняют.

По сути - совершенно верно: фальсифицируют, потому что подгоняют.
Только событие другое - появление мужской группы BT якобы ДО катастрофы Тоба.

Цитата(aklyosov @ 14.2.2012, 3:52) *
Я задал Бонни простой вопрос - если В произошла от А, то какое между ними временное расстояние? Ведь должно быть небольшое, если В действительно из А? Вот, говорю, Бонни, когда ответите, тогда продолжим. Они исчезла, и со вчерашнего дня не появляется. Думает, наверное. А это - мат в один ход. Она не знает, что между ними дистанция в 100 тысяч лет, и даже немного больше. То же самое между А и любой другой гаплогруппой. Они просто не могли произойти от А.

Не только временнАя дистанция большая - ещё и географическая.
Это ещё один "камень преткновения", очень серьёзный, но малозаметный "из снипов".

Мы предполагаем, что разделение предковых групп альфа и бета - произошло гораздо раньше,
возможно около 150-130 тлн. Разделились они и географически. И не могли попасть друг к другу.
На наш взгляд - предковые группы были надолго разделены вклиниванием более сильных на тот момент неандертальцев, которые заняли Ближний Восток по направлению движения из Малой Азии к Персидскому Заливу.
Таким образом, те кто успел уйти за эту воображаемую линию (предковая группа бета) - жили севернее и/или восточнее. А те кто не успел (прековая группа альфа) - остались в Северной Африке/Южной Аравии.

Затем обе предковые группы почти вымерли, но
от предковой группы бета - не осталось реликтовых следов среди ныне живущих (либо мы ещё не нашли таких следов),
а от предковой группы альфа - следы среди ныне живущих сохранились, хоть и немного.
И вот только затем была ещё одна катастрофа - извержение вулкана Тоба.
Которую BT и A - встретили в разных местах. Причём ещё долго не могли попасть друг к другу.
Резко и надолго - наступили холода.
Предковая группа альфа - потянулась к югу где и сформировалась собственно группа А (плюс реликтовые остатки предковой группы альфа).

Если же принять альтернативную точку зрения Fulvio Cruciani, то всё срастается очень удобно (якобы):
BT появилась "незадолго" до катастрофы Тоба, разумеется "где-то в Африке" и разумеется "от африканской группы А", катастрофу BT и A - пережидали в одном убежище, а потом - группа BT ушла в Азию. Только вот реликтовые SNP предковой группы альфа - мешаются под ногами у Fulvio Cruciani.
Их надо куда-то девать, а то они-то как раз - древние.
Вот и начинаются игры со "снипами".

Цитата(aklyosov @ 15.2.2012, 16:58) *
Вместо нее включился Майка, сторонник концепции "из Африки". Посчитал калькулятором Кена по 67-маркерным гаплотипам biggrin.gif и "нашел", что общий предок гаплогрупп А и В жил 70 тысяч лет назад. biggrin.gif

А это ужЕ совсем детская попытка: раз слишком неправдоподобно помещать дату появления группы BT до катастрофы Тоба - умолодим группу А так, чтобы обе группы были немножко моложе катастрофы Тоба и скажем, что это означает,
будто их общий предок пережидал катастрофу в одном и том же убежище (конечно же в Африке); а потом группа BT ушла в Азию.

Цитата(Igor1961 @ 15.2.2012, 21:42) *
Собственно, чуть выше я выписал 7 более-менее надежных фактов, касающихся африканских Y-хромосомных линий и предложил сверить свои концепции с ними. Пока что такой работы не увидел.

Мы просто не успеваем всё сразу, сорри.
Много интересных ответов от собеседников, и от Вас тоже.

Цитата(Igor1961 @ 14.2.2012, 14:26) *
1. Чтобы перевести разговор из жанра газетного фельетона в научное русло,
2. постараюсь перечислить имеющиеся на сегодняшний день факты, касающиеся гаплогруппы А. Точнее, того, что этой аббревиатурой называют.

1. Нас немного забавляет поход догматиков "африканской гипотезы", таких как Fulvio Cruciani. Поэтому наш язык не всегда строго научен по отношению к нему.
2. Спасибо за коллекцию. Однако мы не наблюдаем противоречий в изложенных первых 1-5 постулатах.
Для сторонников Fulvio Cruciani - противоречия там есть, а для нас - нет.
Надо просто аккуратно SNP расставлять, по крайней мере исходя и из "братской" гипотезы тоже.

Цитата(Igor1961 @ 14.2.2012, 14:26) *
Факт № 6
Время расхождения "альфа"-гаплогруппы - 150 тыс. лет назад или больше, время распада "бета"-гаплогруппы - 60-65 тыс. лет назад...

Факт № 7
В Африке южнее Сахары пока не найдено костных останков людей, живших там в период между распадом "альфа"-гаплогруппы и расхождением сводной гаплогруппы DE на африканскую и азиатскую "половинки" (около 45 тыс. лет назад).

Факт № 8
Находят следы человеческой деятельности в период с 130000 до 80000 лет назад, в основном в пещерах на территории ЮАР и сопредельных стран, но кто их оставил, неизвестно. Доказательства, что это были анатомически современные люди, отсутствуют. Есть лишь интерпретации, мнения и сенсации, рождаемые журналистами.


6. Мы несколько иначе видим картину. 65-60 тлн это не время распада предковой бета-группы - это (хоть и завышенное на наш взгляд) - время распада группы BT. В период между 150-130 тлн и 65-60 тлн - предковая группа бета должна была где-то обретаться. Мы предполагаем, что севернее и/или восточнее линии вклинивания неандертальцев.

7. Если так и не найдут, мы окончательно убедимся, что проход из Северной Африки/Южной Аравии (где по нашему предположению и обреталась предковая группа альфа) - был закрыт.
То есть этот постулат - не только не противоречит - наоборот подтверждает наши соображения.

Мы в самом первом посте потому и говорили, что нам неважно, откуда был сам Y-DNA Адам. Может быть и из Африки. Может быть предковая бета группа вышла из Африки, а потом её отрезали от предковой альфа группы неандертальцы...
Но может быть и наоборот. Мы потому и высказывали гипотезу, что от центрального ствола - периодически отходят группы и направляются гулять по свету, в том числе и в Африку.
Какая собственно разница - откуда именно сам наш общий первопредок Y-DNA Адам?
Если кому-то легче, то мы готовы не отвергать гипотезу о том, что Адам - из Африки.

Но мы же ищем ответ не на этот вопрос! Мы ищем ответ на вопрос: из какого "ниоткуда" - 50 тлн появилась группа BT, т.е. откуда произошло подавляющее большинство человечества?

8. Сорри, что выделил восьмой постулат. Он не противоречит ничему - просто очень интересный. К сожалению да - у нас тоже только версии, даже не предположения. Мы в общем, методологически - считаем что после катастрофы Тоба (как и после любого другого "угольного ушка") приматы, в том числе люди, в том числе сапиенсы - могли выжить где угодно, но в очень ограниченных количествах, и самое главное - не обязательно в одном месте.

Например среди выживших и оставивших потомство достаточно надолго - были:
неандертальцы, денисовцы, хоббиты,
ещё какие-то индйские ребята оставили примитивные инструменты как под, так и над многометровым слоем пепла,
как минимум одна группа сапиенсов (с нашей точки зрения - как минимум две).
Как говорится - раз-два-несколько...

Мы разумеется не имеем права утверждать, что в Южно-Африканском убежище - выжили именно сапиенсы, мало того - сохранились их потомки до наших дней, мало того - это такие потомки, предки которых отделились от ствола 150-130 тлн, и это именно их гаплотипы - реликтово наблюдаются нами сейчас. Ну вот мол - такое удачное у них убежище - во все катастрофы спасает...
Но это могли быть совсем не сапиенсы, а если и сапиенсы, то могли не оставить потомков.
Так что - третье убежище сапиенсов - пока лишь умозрительная версия, не более.


--------------------
Macro Genetic Genealogy
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 16.2.2012, 0:41
Сообщение #51


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Уважаемый R&M,

Вы, похоже, решили здесь выговориться. Или "порассуждать вслух". Но дело в том, что здесь такие вещи усваиваются плохо, потому что большинство участников с такими азами знакомы. Я бы советовал Вам лаконично перечислить положения, "выдвигаемые на защиту".

И еще:
Мутация нами понимается как дискретная величина! Она либо есть, либо нет. Чтобы она возникла - необходимо конкретное событие - рождение ребёнка, которого можно проверить на соответствие с родителем. Мутация не накапливается в организме ежегодно "по чуть-чуть".

Вот это и есть азы, так что не стоит нас этому учить. Вы опять, похоже, просто "выговариваетесь". Тем более ценнность этого пассажа минимальная, и вот почему: это относится не только к мутациям, а к огромному количеству случайных процессов. Вот, проверьте, примите небольшую пародию:

Выпадение орла или решки нами понимается как дискретная величина! Орел либо есть, либо его нет. Как и решка. Чтобы она возникла - необходимо конкретное событие - подбрасывание монеты, которого можно проверить на наличие рук бросателя. Орел или решка не накапливаются "по чуть-чуть".

Ну, и что из такого Вашего пассажа можно вынести?

У меня ощущение, что Вы можете больше. Итак, повторяю: какие именно конкретные положения Вы выносите в нашу аудиторию. Одно мы уже поняли: Крусиани жулик. Но этого для науки этого положения мало, оно негативное, значит - неконструктивное (хотя и полезное для понимания методов работы попгенетиками). Что Вы конкретно предлагаете? Только предметно: обоснования, расчеты, новые выводы (опять с обоснованиями и расчетами).


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 16.2.2012, 6:13
Сообщение #52


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6959
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Right & Midfield @ 16.2.2012, 4:54) *
2. Спасибо за коллекцию. Однако мы не наблюдаем противоречий в изложенных первых 1-5 постулатах.

Любопытное умозаключение. Напоминает анекдот из "лихих 90-х" о водителе "Жигулей", что спросил у водителя стоящего на обочине "Мерседеса", доедет ли он этой дорогой до города N. Если кто не знает, ответ был:"Мы с братвой не возражаем. Поезжай." Вопрос-то был задан не о противоречиях, а о Вашей концепции и о том, как она сочетается с имеющимися фактами. Концепции, основанной на фактическом материале, а не на общих соображениях.

Да и многократно упоминаемое здесь слово "постулат" (т.е. положение, не требующее доказательства) не относится к лексикону естественных наук. В математике или религии (там чаще говорят "догмат") - пожалуйста, а в естественных науках не существует положений, которые можно было бы считать абсолютной истиной. На том или ином уровне познания всегда найдутся факты. что противоречат даже самоочевидным конструкциям. Задача научного исследования - свести эти противоречия к минимуму и, что принципиально, предсказать появление новых фактов, которые не вытекают из прежней модели.

Например, вереницы снипов, что находят сейчас у африканцев из проекта WTY, и даже вероятная топология ветвления уже были предсказаны из анализа STR-филогении гаплогруппы А. Именно совпадение предсказанных и полученных результатов позволяет нам ставить под сомнение правильность выводов Кручиани и Со., а вовсе не попытки уличить его в махинациях или туманные рассуждения о вулкане Тоба. Хочется надеяться, что Ваша гипотеза, если таковая имеется, будет обладать такими же достоинствами.
Цитата(Right & Midfield @ 16.2.2012, 4:54) *
6. Мы несколько иначе видим картину. 65-60 тлн это не время распада предковой бета-группы - это (хоть и завышенное на наш взгляд) - время распада группы BT.
Если не секрет, в чем Вы видите разницу между бета-гаплогруппой и гаплогруппой ВТ? С позиций ДНК генеалогии это одно и то же, если только не будет показано, что существуют какие-то генеалогические линии, отличные от А1-А3, но с общим предком более ранним, чем предок ВТ. У Вас есть такие данные? Второй вопрос - на чем основано мнение, что датировка 60-65 тыс. лет завышена? Есть какие-либо ланные, помимо умозрительных доводов о длине поколения.

Со своей стороны, в пользу применявшейся нами калибровки говорит совпадение датировок появления людей а Америке и Австралии с "возрастам" субклада Q1a3a1 (M3) и сводной гаплогруппы К, соответственно. Если и есть какой-то эффект переменной длины поколения. то он пока не выглядит существенным на фоне других источников погрешностей.

С учетом вышесказанного все последующие пункты пока выглядят чисто умозрительными. Под каждую цифру надо подводить большой массив данных. Сможете?
Цитата(Right & Midfield @ 16.2.2012, 4:54) *
... В период между 150-130 тлн и 65-60 тлн - предковая группа бета должна была где-то обретаться.
... Мы предполагаем, что севернее и/или восточнее линии вклинивания неандертальцев.
... нам неважно, откуда был сам Y-DNA Адам. Может быть и из Африки. Может быть предковая бета группа вышла из Африки, а потом её отрезали от предковой альфа группы неандертальцы...
Но может быть и наоборот.
... Мы ищем ответ на вопрос: из какого "ниоткуда" - 50 тлн появилась группа BT, т.е. откуда произошло подавляющее большинство человечества?
... Мы в общем, методологически - считаем что после катастрофы Тоба (как и после любого другого "угольного ушка") приматы, в том числе люди, в том числе сапиенсы - могли выжить где угодно, но в очень ограниченных количествах, и самое главное - не обязательно в одном месте.
... Например среди выживших и оставивших потомство достаточно надолго - были:
неандертальцы, денисовцы, хоббиты
... Но это могли быть совсем не сапиенсы, а если и сапиенсы, то могли не оставить потомков.
... Так что - третье убежище сапиенсов - пока лишь умозрительная версия, не более.



--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Right & Midfield
сообщение 17.2.2012, 14:16
Сообщение #53


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 27
Регистрация: 13.2.2012
Из: Moscow
Пользователь №: 3715



Цитата(aklyosov @ 16.2.2012, 1:41) *
Уважаемый R&M,

1. Вы, похоже, решили здесь выговориться.
2. Или "порассуждать вслух".
3. Я бы советовал Вам лаконично перечислить положения, "выдвигаемые на защиту".
...
4. У меня ощущение, что Вы можете больше.

1. Нет, что Вы.
2. Частично. Однако именно дискуссия - помогла нам, огромное спасибо и Вам и Игорю.
Несмотря на то, что он сам у себя видит противоречия - мы их не видим, и всё чётче.
3. Лаконично - опять не получается, много текста, тянет на "заметку в газете" smile.gif
Мы уже постили гипотезу, которую на наш взгляд больше всего боится Fulvio Cruciani.
Гаплогруппа BT - поздний потомок основного ствола. Входные SNP Y-DNA Адама: M91- и V221+
4. Спасибо! И похоже - мы решили задачку. И теперь не только сможем покритиковать догматиков,
но и предложить нашу версию, единственно возможную, судя по нашим расчётам.

С уважением, Right & Midfield


--------------------
Macro Genetic Genealogy
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Martell
сообщение 17.2.2012, 16:01
Сообщение #54


Эксперт
*****

Группа:  R1a
Сообщений: 1140
Регистрация: 15.1.2009
Пользователь №: 1496



Таки дико извиняюсь, но у меня стойкое ощущение дежа вю.
Глюк реинкарнации великого князя, освоившего снипы???


--------------------
Слобода Рiп'iвка: R1a=59.4% I2=16.7% N1c=6.3% R1b=5.2% I1=3.1% G2=2.1% J1=2.1%

"Як барвинок сэрэд квитив, так и козак сэрэд людэй" Стара козацька думка.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Славер_*
сообщение 17.2.2012, 16:25
Сообщение #55





Гости






Если это он, тогда освоил не снипы, а роман Пелевина "Чапаев и пустота". Хотя не факт, что это он. Скоро узнаем.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Right & Midfield
сообщение 20.2.2012, 16:45
Сообщение #56


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 27
Регистрация: 13.2.2012
Из: Moscow
Пользователь №: 3715



Цитата(Stanislaw @ 8.12.2011, 21:35) *
1. У Cruciani - Root пустой, без снипа!
2. Работы с снипами еще много. Во всей вертикали гаплoгрупы R примерно 100 снипов: 100 SNP на 25 тысяч лета.

1. Это он постеснялся наверное smile.gif
На самом деле, вариантов - не так уж много.
И у него - один из вариантов, который надо было просто озвучить.
2. На всей протяжённости истории - много, а вот с ключевыми SNP - уже достаточно понятная ситуация.

Цитата(Igor1961 @ 6.12.2011, 19:09) *
иерархия летит кувырком. Кто-нибудь пробовал в этом разобраться?

В процессе размышлений - нам пришлось.
Забегая вперёд скажем - мы опять убедились, что противоречий в Ваших рассуждениях - нет.

Цитата(Igor1961 @ 9.12.2011, 9:33) *
____________P108 / V221____M91 / P97
A1*/A1a/A1b____C / G________8T / G
A2/A3__________A / T________8T / G
BT_____________A / T________9T / T

Каких-то других вариантов пока не найдено, насколько мне известно. Наша задача - опознать, какая из этих четверок содержит предковые значения снипов, а какие - производные от нее. По законам комбинаторики их всего 3

1. В конечном итоге - у нас тоже получилось три принципиальных схемы.

Мы стали размышлять над тем, какое вообще могло быть сочетание ключевых SNP у Адама? Так, чтобы оно непротиворечиво приводило к возникновению трёх ключевых современных гаплогрупп: BT, A2/A3, A1.
Мы ограничили наши "фантазии" следующими существенными условиями:
1) человечество происходит от одного предка, Адама - иначе возможно всё что угодно.
2) обратные мутации SNP - невозможны хотя бы между потомками Адама.
3) одна и та же прямая мутация SNP - невозможна на разных ветках дерева потомков Адама.

Постепенно мы пришли к тем же ключевым SNP, что и Вы, откуда теоретически предполагалось 8 комбинаторных схем. Т.е. аналогично Вам полагая связанными P108 и V221, а так же M91 и P97,
мы оставили V221 и M91 в качестве параметров, а в качестве признаков - их аллели +/-.
Таким образом, у Адама могло быть:
V221- & M91- ; V221+ & M91- (hg BT) ; V221- & M91+ (hg A1) ; V221+ & M91+ (hg A2/A3).
Каждое из этих четырёх сочетаний может давать по два варианта, в зависимости от того, какую мутацию рассчитывать первой - V или M. Итого 8 комбинаторных схем.

2. В процессе их проверки оказалось, что 4 из них - фэйковые, т.е. противоречат нашим существенным ограничениям, не приводят к возникновению трёх ключевых современных гаплогрупп.
Так например, если бы у Адама было V221- & M91-, то оба варианта развития событий - фэйковые. Это значит, что у Адама точно не было такого сочетания ключевых SNP.

Один фэйковый из двух вариантов - оказался у сочетаний V221+ & M91- (hg BT) и V221- & M91+ (hg A1). Зато у этих сочетаний - оказалось и по одному теоретически возможному варианту, назовём их условно: вариант Right & Midfield (BT-Адам) и вариант Fulvio Cruciani (A1-Адам).

И наконец, у сочетания V221+ & M91+ (hg A2/A3) - оба варианта оказались теоретически возможными. Но так как это имеет значение только в комбинаторике, то для упрощения генелогического понимания - можно считать их за один, назовём его условно: вариант Stanislaw Pietrzak (A2/A3-Адам), раз уж в этой ветке он говорил о такой возможности.

Итого - принципиальных схем получается три, как Вы и утверждали.

3. Но только в одном из четырёх нефэйковых комбинаторных вариантов (в одном из трёх генеалогических) - происхождение BT не требует мутации из M91+ or del 8T в аллель M91- or ins 9T. И только в этом одном варианте - не требуется происхождения BT из любой гаплогруппы A. Во всех остальных случаях - требуется и то и другое, т.е. и мутация M91- и происхождение от группы A (в частности - из A2/A3).
На этом основании - мы и сделали "громкое" заявление о входящих SNP Адама в нашем предыдущем посте.

Приводим ещё раз последовательность, которую Вы приводили, как одну из трёх возможных:
*BT предок для *A2/A3.
*A2/A3 предок для *A1.

Так как мы рассматриваем не современные гаплогруппы, а их предков, отходивших от Адама очень давно, то аргументировать ту или иную точку зрения - возрастом тех групп, которые выжили - не представляется абсолютно корректным. Равно как и не представляется абсолютно корректным - аргументировать знаками мутаций +/-, ибо предковые гаплогруппы - разделились очень давно, теоретически - любая гаплогруппа могла произойти от любой.

Мы свели наши соображения в дерево, которое готовы представить на суд общественности. Отмечаем, что дерево легко "переворачивается"/"переукореняется", т.е. будет интересно всем собеседникам:
и тем, которым нравится укоренять его к предковой *A1 (или к одной из ветвей предковой *A1) по варианту Fulvio Cruciani;
и тем, которым нравится укоренять его по двум другим вариантам (предковая *BT или предковая *A2/A3).

Присоединить к сообщению файл в формате Excel 97-2003 - у нас не получилось.
Залили на файлообменник ifolder.ru, предоставляем ссылку, пароль не требуется.
http://ifolder.ru/28824036


--------------------
Macro Genetic Genealogy
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 20.2.2012, 16:58
Сообщение #57


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Ну а все-таки какой вывод, коротко? Повторяю вопрос - какое положение "выносится на защиту"?

Ведь слова "у меня получилось, как и у Вас" это не есть положение, выносимое на защиту.

Мои слова - вовсе не критика, я рад, что Вы в этом внимательно разбираетесь. Но "внимательно разбираться" - тоже не есть положение, выносимое на защиту. Так что возвращаемся к первой строке.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Right & Midfield
сообщение 21.2.2012, 11:19
Сообщение #58


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 27
Регистрация: 13.2.2012
Из: Moscow
Пользователь №: 3715



Цитата(aklyosov @ 20.2.2012, 17:58) *
Ведь слова "у меня получилось, как и у Вас" это не есть положение, выносимое на защиту.

Это не совсем так.
В отличие от собеседников - мы пошли не от частного к общему, а от общего к частному.
Т.е. выдвинули тезис об обязательном указании SNP Адама, а уж потом рассмотрели возможные комбинаторные последствия. Этот метод позволил нам формировать деревья по строгому, но прозрачному, сквозному алгоритму. Например - мы уже не можем утверждать "братский" принцип происхождения гаплогрупп A1, A2/A3, BT - обязательно будут отношения "предок-потомок".
Но это - побочный вывод.
Важнее другое: если Вы ознакомились с файлом, который мы прикрепляли к прошлому посту, то видели, что всякие там якобы головоломные "загадки мистеров Джонсов" - у нас легко ложатся в A1*.

Цитата(aklyosov @ 20.2.2012, 17:58) *
Ну а все-таки какой вывод, коротко? Повторяю вопрос - какое положение "выносится на защиту"?
Мои слова - вовсе не критика, я рад, что Вы в этом внимательно разбираетесь. Но "внимательно разбираться" - тоже не есть положение, выносимое на защиту. Так что возвращаемся к первой строке.

Мы стараемся мыслить последовательно, аккуратно; поэтому получается не быстро.
Мы наконец-то готовы не только покритиковать, не только предложить альтернативу, но и сделать вывод:
V-SNP мутации Cruciani - вообще нельзя использовать в целях ДНК-генеалогии.

Именно та лёгкость, с которой к нам пришёл результат при анализе редких древних гаплотипов - и позволила окончательно разобраться в ситуации. На наш взгляд - если уж Cruciani выбрал на дереве ISOGG-2011 группу A1 для выдвижения вперёд по сравнению с BT или A2/A3, то её и надо было не стесняясь укоренять, объявлять её SNP - входящими для Адама и т.д. Но у Cruciani ничего этого не сделано - почему?
Мы перечитали его работу под новым для нас углом зрения, и обнаружили, что он пишет, будто A1* ... не исследовал вообще. Т.е. на его картинке с обновлённым деревом - только те 7 групп, где он нашёл свои 146 штук плюсовых V-SNP. У всех этих групп - есть V-SNP мутации, десятка по три на каждом прямом стволе (если считать от Адама).

Разумеется, мы попробовали "докрутить" версию Cruciani - до логического конца. Т.е. раз ситуация между A1b и A1a-T - типичная для субклада, то выше этих групп, а значит и выше Адама - должны быть двойные минусы по SNP типа 166 и 168, так чтобы у субкладов - происходили раздельные плюсы: 168+ у A1a-T и 166+ у A1b. И таких двойных минусов - должно быть 7 (от группы A1a-T) + 32 ( A1b) = 39 штук выше Адама. Казалось бы - мы только упрочили версию Cruciani, ведь теперь можно моментально определять такие редкие и сложные гаплотипы, как у мистера Джонса.

Но вот теперь - эврика! smile.gif
У Джонса и таких как он (которых обнаруживается всё больше - как и предполагалось) - не только 39, но и абсолютно ВСЕ 146 V-SNP до Адама "открытых" Cruciani - будут отрицательными, они же уже плюсанулись в других группах. Мало того, у таких как Джонс - вообще не будет НИ ОДНОЙ плюсовой V-SNP мутации; ни 142 тысячи лет после Адама, ни бог весть сколько лет до Адама, ни в будущем. Т.е. несмотря на взятую Cruciani с потолка скорость 3000 лет на одну V-SNP мутацию, у таких как Джонс скорость V-SNP мутации = НОЛЬ, всё стабильно на протяжении сотен тысяч лет.
Поэтому Cruciani и не показал всей правды.
Может быть он надеялся, что живущих потомков A1* - не будет обнаружено...

Мы не знаем, что это за мутации на самом деле нашёл Cruciani, пускай к генетикам сходит - может важный кодирующий участок. Но для нас важно другое: в целях ДНК-генеалогии такой тип мутаций использовать нельзя, потому что у A1* - их вообще нет, не было, и не намечается.


--------------------
Macro Genetic Genealogy
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 21.2.2012, 12:46
Сообщение #59


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6959
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Уважаемый Мистер Х, похоже, вы окончательно запутали как себя, так и читателей своими рассуждениями о плюсах, минусах и Джонсах. Вывод из Ваших построений опять ускользнул.

Что касается того, насколько Ваша схема описывает имеющиеся комбинации снипов, то вот 2 примера:

N64496 Perry L896-, M42-, P97+, SRY10831.1-, V166-, V168- , V50-
208466 Norrgård M42-, M91-

Финский швед из второй строки по своим STR однозначно относится к субкладу А1а (М31). К примеру, у его близкого совпаденца 200351 (также финского шведа) DYS472=9, как у всего субклада. А это штучка посильнее, чем Фауст Гёте - практически у всех без исключения людей вне А1а в этом супермедленном маркере 8 аллелей. Так что негативный снип M91 Norrgård'a либо результат экспериментальной ошибки, либо указание на относительную неустойчивость М91, о чем и шла речь вначале.

Во всяком случае, до выяснения ситуации со шведом я бы не зарекался утверждать, что 9 тиминов там оставлись неизменными от шимпанзе.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Right & Midfield
сообщение 21.2.2012, 17:57
Сообщение #60


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 27
Регистрация: 13.2.2012
Из: Moscow
Пользователь №: 3715



Цитата(Igor1961 @ 21.2.2012, 13:46) *
1. Вывод из Ваших построений опять ускользнул.
2. Уважаемый Мистер Х, похоже, вы окончательно запутали как себя, так и читателей своими рассуждениями о плюсах, минусах и Джонсах.
Что касается того, насколько Ваша схема описывает имеющиеся комбинации снипов, то вот 2 примера:
N64496 Perry L896-, M42-, P97+, SRY10831.1-, V166-, V168- , V50-

1. Нет нет - вывод сделан: V-SNP неприменимы для ДНК-генеалогии, потому что у одной из групп людей - не происходит никаких V-SNP мутаций. То есть и в Библии и у Дарвина - всё течёт, всё видоизменяется,
а у 146 штук V-SNP - всё стабильно, ни одной плюсовой мутации в группе А1*.
2. Опять спасибо Вам. Мы конечно же в ажитации загребли всех под одну гребёнку - назвали всех "мистерами Джонсами", простите нас за это.
Разумеется - мы в первую очередь говорим о двойных минусах: "Т.е. раз ситуация между A1b и A1a-T - типичная для субклада, то выше этих групп, а значит и выше Адама - должны быть двойные минусы по SNP типа 166 и 168, так чтобы у субкладов - происходили раздельные плюсы: 168+ у A1a-T и 166+ у A1b. И таких двойных минусов - должно быть 7 (от группы A1a-T) + 32 ( A1b) = 39 штук выше Адама."
Т.е это строго описывает N64496 Perry, который должен быть отнесён в Root на дереве в работе Cruciani.
А так как Cruciani якобы не стал исследовать A1*, которая у него и является Root на самом деле,
то что теперь делать с двойными минусами - составители деревьев не знают, и пытаются пристроить их ниже Root.

И это создаёт ключевую проблему, готорая и даёт ответ на вопрос: почему Cruciani не показал двойные минусы - ниже Root? Ведь его работа начинается с тезиса типа: "мне не нравится, что на дереве ISOGG 2011 - группа А определяется как xBT, ибо это не создаёт монофилeтическую группу."
На всякий случай цитируем первоисточник:
In the currently accepted phylogeny of the human Y chromosome, clade A appears to be defined by only two markers, M91 and P97, [10] and [13] the former being a length polymorphism at a homopolymer-associated tract, which shows at least one signal of mutational instability.10 Thus, it is conceivable that major haplogroups within clade A (haplogroups A1, A2, and A3) do not represent a monophyletic group of lineages.

Т.е. Cruciani оказывается не ДНК-генеалогией занимается, а другим делом, и в другой науке - он занимается догматикой в филогенетике.
Не нравится таким догматикам, что высшие приматы отходят от ствола не все вместе в один род (отличный от рода Homo), а отходят от ствола по-отдельности: сначала орангутаны, потом гориллы, потом шимпанзе.
При этом ствол остаётся один и тот же, например BT.
Не нравится таким догматикам, что и внизу общего дерева приматов - может повторится такая же ситуация: сначала в Африку отходит одна группа ( A ), потом другая ( B ).
При этом ствол остаётся один и тот же, например BT.

И если бы Cruciani показал двойные минусы ниже Root - то это создало бы другой немонофилетическую группу, а именно - A1*. Т.е что отрицал, к тому и пришёл - этого Cruciani себе позволить не мог, ибо его работу пришлось бы выбрасывать сразу после публикации.

3. С самим N38376 Jones V164+,V166+,V196+,V221-,V168-,V171-,V150-,V151-
другой случай, признаём свою мелкую оплошность.
У него есть плюсы в V-SNP мутациях, значит это не Root, а его субклад. Во первых, не такой как A1a-T, потому что 168-. Во вторых, не совсем такой как A1b, потому что V171-,V150-,V151-. Значит какой-то третий субклад рядышком с A1b, который мы не успели обнаружить сразу.

Цитата(Igor1961 @ 21.2.2012, 13:46) *
208466 Norrgård M42-, M91-
...
Во всяком случае, до выяснения ситуации со шведом я бы не зарекался утверждать, что 9 тиминов там оставлись неизменными от шимпанзе.

Это другая проблема. Даже если 9 тиминов там - подтвердятся при повторном исследовании, и M91 - действительно нестабилен, то это не доказывает применимость V-SNP Cruciani. Он намеренно связал эти проблемы, но как мы показали - его попытка "от противного" - провалилась. И как мы всю дискуссию и говорили - будут обнаруживаться всё новые и новые древние гаплотипы, у которых будут минусы по всем 146 V-SNP. А значит - у них нет мутаций такого типа. А значит такой тип мутаций в ДНК-генеалогии - использовать нельзя.


--------------------
Macro Genetic Genealogy
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

4 страниц V  < 1 2 3 4 >
Быстрый ответОтветить в данную темуНачать новую тему
2 чел. читают эту тему (гостей: 2, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 9.12.2019, 14:36
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU