Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



30 страниц V  < 1 2 3 4 5 > »   
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Калибровка Скоростей Мутаций, Кланы для калибровки, необходимость калибровки
Clavis
сообщение 13.7.2008, 8:01
Сообщение #41


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



Цитата(aklyosov @ 13.7.2008, 11:19) *
А показать и доказать (а) и (б) - это гигантская работа. И стоит подумать - а нужно ли ее проводить, когда она и так проводится десятками людей, которых уже ничем не удивить по части этих величин. Много людей определяют эти величины напрямую, в тысячах пар отец-сын, по разным гаплогруппам. Вы хотите их чему-то научить?

Пока что разбос значений у разных исследователей пар отец-сын (я сужу по опубликованным на нашем форуме) весьма велик, значит, статистика маловата. Второе, что смущает: большие расстояния между отцом и сыном (два, три, четыре шага) встречаются подозрительно часто, не по теории вероятности. Не подпортили ли результаты случаи ложного отцовства? А ведь тут ложка дегтя (недостоверного отцовства) портит бочку меда.
Мне посчитать дисперсию стоило несколько минут, далее я свои относительные скорости умножил на абсолютную скорость по 12 маркерам, которая Анатолию Алексеевичу, безусловно, стоила большого труда.
Так что мы просто сверяем результаты, полученные разными путями. Прикидываем доверительныйинтервал


--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 13.7.2008, 20:20
Сообщение #42


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Кого-кого, а меня это так сильно не заботит. Единственно, надо заранее предупреждать, какой из вариантов использован, а то получается: один меряет расстояние от торца линейки, а другой от цифры 0 немного правее и говорят: у нас немного не сходится.

Ну, это ясно. Хотя обычно видно из самих гаплотипов, стоит 30 или 17 на месте 389-2 (или близкие к ним цифры). Но самое смешное, что и это обычно неважно, см. ниже.

>Цитата(aklyosov @ 13.7.2008, 11:04) Плюнул я и посчитал для него на большой выборке гаплотипов двумя способами. Оказалось, что отклонение в числе поколений до общего предка 0.4% и 0.7%, для двух выборок.
>Простите за любопытство, в одном случае использована средняя скорость 0,002 мутаций/поколение/маркер=0,024мутаций/поколение/панель, а в другом?

Так те же 0.046 и 0.09 и использовались (я считал по 25- и 37-маркерным гаплотипам) . Я сначала думал надо перекалибровать, а оказалась, что там разница в 2-4 мутации на несколько сот мутаций в целом.

Хотя можно и перекалибровать, для порядка, но суть все равно не изменится. Поэтому меня всегда забавляет эта суета вокруг скоростей мутаций - типа, ой, там REC случается, ошибка будет! - А вы смотрели, будет ли на самом деле ошибка? - Нет я не смотрел. Так наверняка будет же!

А оказывается, процент. - Ой, спасибо, кто бы мог подумать!

И вот таких активистов - пруд пруди.

Кстати, как Вы знаете, это зачастую иллюзия, что в 389-2 намного больше мутаций, чем в 389b. Если 389-2 имеет 30, 31, и 32, то часто в 389-1 одно и то же число, например, 13. И тогда те три мутации в 389-2 эквивалентны тем же трем мутациям в 389b. И напротив, мутаций нет в 389-2, но они есть в 389b, но компенсируются мутациями в другую сторону в 389а. В итоге на самом деле разница в друх системах меньше, чем кажется на первый взгляд.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 13.7.2008, 20:34
Сообщение #43


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Вот, прервался, чтобы взглянуть на пример у славян. И так, и так получается 2 мутации (при использовании 389-2 и 389b). То есть разницы просто никакой. Кстати, на логарифмический способ это вообще не влияет, поскольку мутация в любом из 389-х выводит гаплотип из базовых.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 13.7.2008, 20:46
Сообщение #44


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Пока что разбос значений у разных исследователей пар отец-сын (я сужу по опубликованным на нашем форуме) весьма велик, значит, статистика маловата.

Так и я именно об этом - что, нам нужно в это дело лезть? Улучшать статистику, которая ведется уже 15 лет, и немалыми силами? Это есть приоритетное направление "российской ДНК-генеалогии"?

Мне предствляется, это болезни роста. Это напоминаето известный анекдот про поиски часов под фонарем, потому что там светлее.

Столько много интереснейших проблем с российской историей гаплогрупп и гаплотипов, с мировой древнейшей историей вообще, с семейными историями, в конце концов, так нет - берется избитая-перебитая проблема, которой не занимается только ленивый на Западе, и принимается за приоритетную (!).

>Второе, что смущает: большие расстояния между отцом и сыном (два, три, четыре шага) встречаются подозрительно часто, не по теории вероятности. Не подпортили ли результаты случаи ложного отцовства? А ведь тут ложка дегтя (недостоверного отцовства) портит бочку меда.

Не исключено. Причем, возможно, и родственники. Вы же знаете гнилую мораль в странах желтого дьявола! laugh.gif

А скорее всего так и есть, порой скачут мутации. Но, думаю, в пределах ошибки расчетов.

>Так что мы просто сверяем результаты, полученные разными путями. Прикидываем доверительныйинтервал.

Еслт честно, я пока не видел конкретных рекомендаций, проверенных на многих реальных примерах. Вот это и будет огромный труд.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
АнТюр
сообщение 25.7.2008, 6:36
Сообщение #45


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 1
Регистрация: 25.7.2008
Пользователь №: 614



[size="3"][/size]Уважаемые господа, здравствуйте!


Посмотрел Ваш сайт и форумы. Мне понравилось. Попробую Здесь прижиться.



Пока меня интересует два вопроса. Но сначала мой конспект (вернее мое понимание) процедуры калибровки скоростей мутвций.




Конспект

>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>

«Калибровка скорости мутаций» является одним из понятий современной ДНК-генетики. Формально, это простейшая операция. Имеется некоторая выборка людей, для которых известно время жизни их прародителя. Например, живущие сегодня мужчины клана Макдональдов знают время жизни его основателя. Значит, по суммарному количеству мутаций в их гаплотипах можно рассчитать скорость мутации. Как мы поняли, скорость мутаций, рассчитанная «по Макдональдам», является сегодня одной из наиболее популярных при выполнении ДНК-генетических реконструкций. Автор публикации [Клёсов, 2007] откалибровал скорость мутаций по генетическим данным, характеризующим евреев. Их единый прародитель по мужской линии - Авраам, жил в соответствии с Библейской историей 3600 лет назад. По выборке генетических данных, характеризующих евреев, выделены его прямые потомки. Их оказалось 200 человек из 399. Общее количество мутаций, относительно гаплотипа Коэна (гаплотипа Авраама) составило 270. Количество мутаций на одного человека – 1,35. Это на шестимаркерный гаплотип. В пересчете на 1 маркер эта цифра составит 0,225. Для того, чтобы рассчитать скорость мутаций, надо задать длительность одного поколения. Возьмем 30 лет. Получаем 120 поколений. Скорость = 0,225[мутаций на маркер]/120[поколений]= 0,001875[мутаций на маркер на поколение]. Если мы возьмем длительность поколения 25 лет, то соответственно, скорость мутаций составит 0,001563.

Датируем на основе скорости мутаций 0,001563, например, палестинских арабов. Для них имеем всего 97 мутаций на 63 человека. Это соответствует 0,257 мутациям на один маркер на одного человека. Количество поколений = 0,257/0,001563 = 164,4. Дата жизни прародителя палестинских арабов 4110 лет назад. Эту же цифру мы получим и в том случае, если длительность поколения будет равна 30 лет, и соответственно, скорость мутаций 0,001875. Понять это легко. При таком способе расчета параметр «длительность поколений», применяемый при расчете даты общего предке, является фиктивным. Скорость мутаций является функцией от параметра «длительность поколений». Значит, она тоже является фиктивным параметром. Другими словами, мы можем задать длительность поколения, например, в 1 год, 1 день или 1 минуту. Это ни как не отразится на дате общего предка. Если эти два параметра фиктивные, то дату общего предка можно рассчитать и без них. Для выборки «Евреи» цифра 1,35 соответствует 3600 годам до Авраама. Для палестинских арабов эта цифра составляет 1,54. Простая пропорция дает нам 4110 лет назад. Способ получения последней цифры раскрывает ее операционный смысл. Она «завязана» не просто на Библейскую историю, но на ту ее часть, которая не подтверждена какими либо независимыми данными. Это относится ко всем датам прародителей социальных общностей, которые рассчитаны с применением скорости мутаций, калиброванной на Авраама. Это же относится и ко всем ДНК-генетическим реконструкциям, выполненным с учетом дат прародителей. Попросту говоря, даты прародителей и реконструкции не соответствуют критерию научности. Зато они вполне соответствуют критериям Библейской истории. Можно рассчитать коэффициент Авраама: 3600/1,35 = 1667 лет. Это и есть квинтэссенция процедуры калибровки скорости мутаций на некий персонаж. Для расчета времени жизни прародителя, достаточно число мутаций умножить на коэффициент Авраама.

Расчеты времени жизни прародителей социальных общностей можно выполнять на основе скорости мутаций, оцененной по парам отец-сын. Эта скорость является независимой, ни от представлений клана Макдональдов о времени жизни их единого предка, ни от Библейской истории, ни от каких либо других частных или общих представлений о прошлом Человечества.

>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>



Два вопроса.

1. Этот сайт и форумы являются научными или религиозными? Если они научные, то Библейскому Аврааму здесь не место. Если сайт и форумы религиозные, то здесь не место мне.

2. В чем смысл замены скорости мутаций, оцененной по парам отец-сын, на «калиброванную скорость»? Первая – независимый параметр, вторая – зависимы.



Спасибо.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 25.7.2008, 11:24
Сообщение #46


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Цитата(АнТюр @ 25.7.2008, 6:36) *
1. Этот сайт и форумы являются научными или религиозными? Если они научные, то Библейскому Аврааму здесь не место. Если сайт и форумы религиозные, то здесь не место мне.


biggrin.gif Сразу же видно, что мы секта. ДНК-аум-сенрикё, вступайте в наши ряды.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 25.7.2008, 13:29
Сообщение #47


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Цитата(АнТюр @ 25.7.2008, 7:36) *
1. Этот сайт и форумы являются научными или религиозными? Если они научные, то Библейскому Аврааму здесь не место. Если сайт и форумы религиозные, то здесь не место мне.
[/font]

Скорее, любительски-научные. До научного нам еще расти и расти, имхо :-) (это если рассматривать нас как сообщество, а отдельные люди, например, aklyosov уже доросли)
aklyosov использует и калибровку по Макдональдам.

Цитата(АнТюр @ 25.7.2008, 7:36) *
2. В чем смысл замены скорости мутаций, оцененной по парам отец-сын, на «калиброванную скорость»? Первая – независимый параметр, вторая – зависимы.

За всех говорить не буду, но мне замена скорости мутаций, оцененной по парам отец-сын, на «калиброванную скорость» нужна для применения моих методов оценки времени жизни предка. Как раз причина зависимости "калиброванной скорости" от метода оценки времени жизни предка помогает потом скорректировать в обратную сторону оценку времени жизни предка других выборок.

Кроме того, в первом посте на этой странице Clavis уже писал:
Цитата(Clavis @ 13.7.2008, 9:01) *
Пока что разбос значений у разных исследователей пар отец-сын (я сужу по опубликованным на нашем форуме) весьма велик, значит, статистика маловата.



--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 25.7.2008, 16:16
Сообщение #48


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Уважаемый АнТюр,

В Вас сразу видно плохо информированного новичка, который тут же на скаку смешивает самые разные понятия, и с горячей категоричностью (или категоричной горячностью?) начинает размахивать сабелькой.

Как Вы понимаете, этой фразой я Вас немного осаживаю. Не Вы первый, не Вы последний.

Конспект Ваш ужасающе неверный, и смешивает фрагменты из разных жанров. В итоге - нечто близкое к билиберде в рамках нашего форума.

По порядку. Про Авраама и 12 колен израилевых Вы взяли из другого жанра. Поэтому восклицать в стиле Вашего первого вопроса - это просто ошибиться дверью. Если будете продолжать в стиле "значит здесь не место мне" - возможно, Вы и правы.

Статья про 12 колен израилевых имела определенный жанр. Она была призвана поместить основные сведения ДНК-генеалогии в увлекательный контекст, и привлечь внимание широкой аудитории. Эта задача была выполнена. На сайтах на этот цикл - многие тысячи ссылок. Кто-то недавно насчитал 16 тысяч, и высказал убедительное предположение, что евреи мне за это хорошо платят. К сожалению, эти деньги, видимо, кто-то забирает. До меня они не доходят.

Второй "момент" - мне давно хотелось пересказать Библию с точки зрения ДНК-генеалогии. Я рассматриваю эти занятия как интеллектуальную игру. Как ни удивительно, но основные генеалогические положения Библии не противоречат основным выводам ДНК-генеалогии. Но ДНК-генеалогия их заметно дополняет. Для меня это тоже интеллектуальная игра. Занимаясь этим, я для себя узнал очень много нового из истории как евреев, так и славян, и взаимоотношения между ними. Если Вам это неинтересно - дело хозяйское, но причитать здесь по этому поводу - это демонстрировать ограниченность ума. Опять же, дело Ваше.

Третье - исходя из законов жанра, я показал то, как считаются мутации и поколения в КРАЙНЕ упрощенном виде. То, что Вы законспектировали - неверно. Надо считать по возможности по значительно более протяженым гаплотипам (я обычно использую 25-маркерные, иногда - 37- и 67-маркерные), их специально калибровать, и вносить поправки на возвратные мутации. Естественно, в популярной статье про колена израилевы я этого не касался. Цель была другой.

>В чем смысл замены скорости мутаций, оцененной по парам отец-сын, на «калиброванную скорость»? Первая – независимый параметр, вторая – зависимы.

На этот вопрос я Вам отвечу, когда Вы переварите то, что сказано выше. После переваривания попробуйте переконспектировать, потом прочитать хотя бы пару статей по определению скорости мутаций по парам отец-сын, потом понять, что такое "калиброванная скорость", потом постучать в дверь, и без того апломба задать вопрос - либо в том же виде, либо уже (скорее всего) перефразированный. А может, к тому времени и сами поймете.

Удачи.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 2.8.2008, 0:16
Сообщение #49


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Уважаемые коллеги,

Я разработал новую систему скоростей мутаций в гаплотипах. Она примерно соответстствует старым моим величинам, но в ее основе лежит новая философия.

И вот причина для пересмотра.

Когда я вышел со своей старой системой, основанной на калибровке по Мак-Данальдам, в международное сообщество ДНК-генеалогов, то встретил настороженное отношение к моим скоростям мутаций. Коротко, вот мои впечатления.

Во-первых, политической (дипломатической) ошибкой с моей стороны было то, что я не стал расшаркиваться, делать реверансы, и причитать о том, какие там все великие, а я вот провинциал, и всех дико уважаю. Точнее, это была не моя ошибка, а ИХ восприятие. Напротив, я (как они восприняли) просто объявил, что они все могут просто заткнуться, и делать, как делаю я. И тогда им всем будет счастье.

Естественно, ТАК они воспринять положительно просто не могли. Но поскольку 90% их просто не умеют считать мутации и переводить их в годА до общего предка, то они сразу устроили типа истерики, и объявили, что у меня "нонсенс". Почему нонсенс, пояснения не было. Это просто был протест против появления "новичка", который не стал делать реверансы. Я получил много персональных писем, в которых мне рассказывали, что это обычная обстановка на том форуме - новые идеи не любят, когда они исходят не от "патриархов", и истерики такого рода - это обычная форма защиты "стариков".

Но мне от этого было не легче.

Короче, я для себя еще раз понял, что любое новое нужно связывать со старым. чтобы был плавный переход.

Вторая причина в том, что я обнаружил, что Мак-Доналды - не лучший вариант для калибровки. Я калибровал тогда, когда у них было 60 гаплотипов. Тогда все было замечательно. Потом у них добавилось 8 гаплотипов, стало 68, и калибровка стала хуже. Теперь добавились еще, и калибровка стала еще хуже. Я не могу публично и в статьях мотивировать тем, что надо использовать старый состав Маков, а с новым калибровать не надо. Это - несерьезно.

Я стал думать над тем, как примирить литературные данные по скоростям мутаций, калибровки, мои старые данные (я же вижу, что они в принципе правильные), и чехарду с невоспроизводимостью маркеров по второй панели, в частности, маркерами 459a,b и 464a,b,c,d. По ним идет непрерывная дискуссия, конца которой нет. Дело в том, что эти маркеры (или некоторые из них) сцеплены, и не являются независимыми (как и 389-1, -2 в принятом формате). Одни эти маркеры исключают, другие считают, что исключать нельзя. В итоге, сделать так, чтобы все были довольны, просто невозможно.

Встревать в эти дискуссии я не считаю целесообразным. Ясно, что конца им нет, и приемлемое решение не будет найдено. Все эти дискуссии идут по типу "ты меня уважаешь?".

Вот такая проблема встала передо мной в полный рост. И вот какой выход я нашел.

Первое - я заключил, что надо привязаться к таблице мутаций Чандлера. Она - признана, он - авторитет, это будет тот самый плавный переход от литературы, и что главное - моя калибровка с первой 12-маркерной панелью практически совпадает.

Так что я взял для первой 12-маркерной панели как среднюю скорость мутаций - сумму скоростей мутаций Чандлера. Это (все в стотысячных долях) - 76, 311, 151, 265, 226, 226, 9, 22, 477, 186, 52 и 242. В сумме, округленно, 0.022 мутаций на 12-маркерный гаплотип на поколение, то есть 0.0018 на маркер в 12-маркерной панели (точнее, 0.00183, но я округляю). В моей калибровке было 0.024 мутаций на гаплотип, но разница между 0.024 и 0.022 - всего 8%, так что несущественно. Тем более что у Чандлера погрешность равна 0.022+/-0.004, что все равно включает мою бывшую калибровку.

Так что я принял среднюю скорость мутаций для первых 12 маркеров 0.0018 на маркер или 0.022 на гаплотип.

А для второй панели (маркеры 13-25), по которой сплошные и нерешаемые проблемы? Например, для семи маркеров величины скоростей там 16, 16, 99, 132, 135 (в стотысячных долях) и так далее, и вдруг - для каждого из четырех 464-х маркеров скорость равна 566, в сумме - 2264 (точнее, 0.02264), больше, чем все другие вместе взятые. То есть именно эти четыре сцепленных маркера и определяют якобы скорость. У Чандлера они вообще все четыре имеют одинаковую скорость, что неверно, как следует из любого списка мутаций по маркерам. То есть Чандрер сам плюнул и сдался, и написал для всех одинаковые скорости.

Как быть?

А вот как. Я взял и положил и для второй панели ту же самую скорость 0.0018 на маркер, что и для первой панели. То есть я фактически предложил не обращать внимание на все эти сцепленности, невоспроизводимости, и бесконечные дискуссии, и считать скорости одинаковыми как в 12-, так и в 25-маркерных гаплотипах. А все остальное - это причуды сцепленных маркеров, не отражающих временное расстояния до общего предка. Между прочим, 0.00183х25 = 0.046 мутаций на 25-маркерный гаплотип на поколение, и у меня по калибровкам раньше было 0.046. То же самое.

И вот что у меня в итоге получилось:

6-маркерные гаплотипы - 0.0016 на маркер, 0.0096 на гаплотип
12-маркерные - 0.0018 на маркер, 0.022 на гаплотип
25-маркерные - 0.0018 на маркер, 0.046 на гаплотип
37-маркерные - 0.0024 на маркер, 0.090 на гаплотип

На самом деле там 0.00183 и 0.00243, но я беру округленно.

Примеры расчетов общего предка (первая цифра по 12-маркерным гаплотипам, вторая - по 25-маркерным):

Англия - 4800 и 4775 лет
Шотландия - 4225 и 4300
Норвегия - 4325 и 4300
Россия и Украина - 4225 и 4475
Индия, Россия, Украина (объединенно) - 4275 и 4275
Чехия и Словакия - 3925 и 4200
Индия - 3925 и 3750

Как видно, по этим странам совпадение замечательное. Хотя - 12 и 25 маркеров в каждом случае, так что принципиально разные системы.

В некоторых случаях наблюдаются скачки. Но это уже означает, что дело - не в скоростях мутаций, а в особенностях мутаций по 12- и 25-маркерным гаплотипам. Например, Ирландия - 4550 и 5400 лет. Германия 4200 и 4825 лет. Это означает, что скоростями мутаций такие расхождения не примирить. Либо 12-маркерные в этих случаях дают заниженное число мутаций, либо 25-маркерные дают завышенное число. Я больше верю 25-маркерным, поскольку они дают большее число маркеров, и включают в себя 12-маркерные.

Так что прошу любить и жаловать новую систему, которая фактически есть старая, но с лучшим обоснованием.

Комментарии?





--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Clavis
сообщение 3.8.2008, 6:01
Сообщение #50


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



поскольку система и ранее базировалась на скоростях, полученных в парах отец-сын, то какие могут быть возражения?


--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Clavis
сообщение 3.8.2008, 6:09
Сообщение #51


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



ИТАК, У ЧАНДЛЕРА В Х10000:
DYS 393 =76
DYS 390 =311
DYS 19/394 =151
DYS 391 = 265
DYS 385a =226
DYS 385b =226
DYS 426 =9
DYS 388 =22
DYS 439 =477
DYS 389-1 =186
DYS 392 =52
DYS 389-2 =242
АНАТОЛИЙ АЛЕКСЕЕВИЧ, ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ ПРАВИЛЬНАЯ?


--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 3.8.2008, 17:02
Сообщение #52


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Последовательность правильная, только не в десятитысячных долях, а в стотысячных. Кстати, в новом Вестнике будут даны все цифры по всем 37 маркерам. Только у Чандлера не 389-2, а 389ii, то есть без суммирования. Так я думаю.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 4.8.2008, 0:15
Сообщение #53


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Цитата(aklyosov)
Я взял и положил и для второй панели ту же самую скорость 0.0018 на маркер, что и для первой панели. То есть я фактически предложил не обращать внимание на все эти сцепленности, невоспроизводимости, и бесконечные дискуссии, и считать скорости одинаковыми как в 12-, так и в 25-маркерных гаплотипах. А все остальное - это причуды сцепленных маркеров, не отражающих временное расстояния до общего предка.

Мне кажется, что такое рассуждение применимо только для рабочей гипотезы. Чтобы потом найти весомые подтверждения полученной скорости для 25 маркеров.
Иначе можно взять произвольный набор маркеров 13-25 и считать возраст, исходя из мутаций в этих маркерах + первая панель. Например, набрать во "вторую панель" самые медленные маркеры из всех 67 маркеров FTDNA (кроме первых 12) и получать возраст общего предка в пару раз ближе, чем если взять стандартную панель (в пару раз меньше, потому что будет мутировать только первая панель, а "вторая панель" будет почти всегда одинаковая у всех гаплотипов выборки).
Получется, что Вы полагаетесь на FTDNA, что они набрали во вторую панель маркеры со средней скоростью, как в первой панели.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 4.8.2008, 1:58
Сообщение #54


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Мне кажется, что такое рассуждение применимо только для рабочей гипотезы.

Не понял. Не могли бы поконкретнее.

Для того, чтобы скорости мутаций и связанные с ними способа расчета были разумными, нужно выполнение трех условий:
-- привязка скоростей к имеющейся информации (например, скорости мутации в парах отец-сын, к другим источникам)
-- согласованность расчетов по 12- и 25-маркерным гаплотипам (в идеале - и по 37- и 67-маркерным гаплотипам)
-- иллюстрация на конкретных исторических примерах и примерах классической генеалогии.

Вот это, выше, и есть "рабочая гипотеза". После выполнения всех трех вариантов способ расчета выходит за рамки рабочей гипотезы, и становится методом расчета. Методологией.

Так вот, по первому разделу - есть привязка первой панели и с парам отец-сын, и к списку Чандлера, и к калибровкам, которые я делал ранее (включая Мак-Донадлов). Собственно, к первой панели вопросов и не было. Просто мало маркеров для надежных расчетов.

Возражений нет? Тогда поехали дальше.

Взгляните на расчеты по ряду стран по 12- и 25-маркерным гаплотипам. Возражения есть? Это - к второму разделу выше. 37- и 67-маркерные гаплотипы дают примерно те же данные, масса примеров приведены в Вестнике, первый и второй выпуски. Я уже писал, что расчеты давно проверены, мне просто было нужно найти лучшее обоснование.

По третьему разделу тоже примеров более чем достаточно. В новом выпуске Вестника будет еще много.

При желании можно что угодно назвать "рабочей гипотезой". Только обычно этот термин используют ДО проверки, а не ПОСЛЕ.
После проверки и обкатки, повторяю, это уже не гипотеза, это методология. Которая, конечно, может и будет совершенствоваться, как и любая методология.

>Получется, что Вы полагаетесь на FTDNA, что они набрали во вторую панель маркеры со средней скоростью, как в первой панели.

Опять не понял. Они не "набрали" с такой же средней скоростью, так показывают расчеты. Опять, посмотрите выше на примеры расчетов для R1a1 по разным странам. Если бы по второй панели скорости были другие, величины по друм панелям не совпадали бы.

Но самое неудачное в этой "дискуссии" - это опять голословность "критика". Я ожидал, что "критик" с цифрами в руках покажет, какой вариант расчета дает лучшие показатели. Поскольку уже ясно, что менять скорости мутаций бессмысленно (просто число поколений будет пропорционально уходить вверх или вниз по 12- и 25-маркерной панелям), то единственный путь - это начинать убирать маркеры, которые по каким-то причинам не нравятся. Но этот путь уже раскритикован "научной общественностью". Что, конечно, не мешает продолжать искать оптимальные пути. Это был бы конструктивный путь для критики. Но не просто слова, это разочаровывает.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VANGRAVE
сообщение 6.8.2008, 11:40
Сообщение #55


Новичок
*

Группа: R1b
Сообщений: 88
Регистрация: 6.8.2008
Пользователь №: 644



Здравствуйте,
прошу прощения за вопрос абсолютно неспециалиста.

Если мой вопрос будет неуместен, любезнейше прошу модераторов стереть его.

Вопрос: есть ли -а если нет, то может ли быть плодотворным для оценки времен - следующий подход:
- если бы вдруг можно было уточнить динамику мутаций (т.е. не считать скорость постоянной, не ограничиваться ее средним значением), это дало бы уточснение и эффект?
- если бы вдруг, да, то не помог бы тут учёт фактора, например, солнечной, а более корректно - геомагнитной активности (например, по известным и палеогеофизическим моделям геомагнитного поля) для моделирования динамики мутаций?

Я сам специалист по рискам (экономическим и т.п.) и веду исследования, которые показывают, что динамика многих рисков объясняется динамикой геомагнитной активности. Я подумал, что возможно, банальная мысль подставить вметсо слова риск слово мутации уже не раз была, однако может ли это помочь в ДНК-генеалогии ?

Еще не могу удержаться от эстетической радости на уровне бытового читателя от популяризаторских работ г-на Клёсова, за что ему благодарен (не претендуя на какое-либо мое компетентное мнение в этой предметной области).

Еще хотел спросить модераторов или участников, в каком разделе я мог бы найти собранные в одном месте полезные инструкции как себя вести чтобы заказать тест? Я бы хотел выяснить максимально информацию (мной движет лишь любопытство, так как я знаю свое национальное происхождение) и по Y и по mt и боюсь ошибиться в заказе, у кого заказывать, что заказывать, и как и кто мог бы мне помочь проинтерпретировать. Мне сдается, что мое заведомое понимание моего двольно типичного происхождения могло бы оптимизировать мой первоначальный заказ.

Спасибо, извините за некомпетентную реплику.



--------------------
Ph.D., Ass. Prof., Moscow
Ysearch: ED28N
Ashkenazim Jew

--------------------
Y-DNA: R1b.U106.L48+, L47+, L46-, L44- (Isaac Rogov, b.1877, Kopys, Belarus)
mt-DNA: K1a9 (Fruma-Genya Brener (Grace?) d.1916, Molodechno, Belarus)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 6.8.2008, 14:02
Сообщение #56


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>прошу прощения за вопрос абсолютно неспециалиста.

Уважаемый Vangrave,

Здесь неспециалисты (в ДНК-генеалогии) в большинстве. Но штука в том, что многие из них специалисты в своих областях, что делает Форум особенно ценным. И участники находят в работах "специалистов" немало плюх, в том числе и методологических. Так что добро пожаловать.

>- если бы вдруг можно было уточнить динамику мутаций (т.е. не считать скорость постоянной, не ограничиваться ее средним значением), это дало бы уточнение и эффект?
- если бы вдруг, да, то не помог бы тут учёт фактора, например, солнечной, а более корректно - геомагнитной активности (например, по известным и палеогеофизическим моделям геомагнитного поля) для моделирования динамики мутаций?

Ваш вопрос в принципе совершенно стандартный (в принципе, детали у всех отличаются), и обсуждается много лет. Но никаких конкретных данных и оснований к нему не найдено. Предлагалось и влияние питания (присущие тем или иным народам), и местная радиация, и что только не предлагалось. Беда в том, что подавляющее большинство, как водится, ограничиваются вбрасыванием предложения, после чего удаляются.

В целом никто не мог поколебать представлений, что мутации вызываются просто совершенно случайными ошибками копирующего фермента (или системы ферментов) при копировании ДНК, что и приводит к переносу гаплотипов от отца к сыну. Ошибка в маркере случается в среднем раз в 500 поколений. Ну как это объяснить "магнитным полем" или питанием?

Вот несколько примеров, которые я дал выше. Это - времена жизни до общего предка, рассчитанные исходя из одной и той же скорости мутаций. Первая цифра - расчет по первым 12 маркерам, вторая - по первым 25 маркерам (включая и первые 12).

Англия - 4800 и 4775 лет

Видите, здесь идеальное совпадение, разница в долях процента. Значит, скорости мутаций воспроизводимы по всем маркерам.

Шотландия - 4225 и 4300

Тоже очень хорошо. Археологи о таких совпадениях и не мечтают.

Норвегия - 4325 и 4300

Замечательно.

Россия и Украина - 4225 и 4475

Неплохо, всего 5% разница.

Индия, Россия, Украина (объединенно) - 4275 и 4275

Просто идеально. Становится ясно, что 5% у России-Украины - просто недостаточная статистика.

Ирландия - 4550 и 5400 лет.

А вот здесь - сбой. Вряд ли есть какие-то природные основания для такой разницы между Англией и Ирландией.

Германия 4200 и 4825 лет.

То же самое, сбой. Здесь уже 15% разницы.

Ясно, что просто скоростями мутаций это не решить. Будут просто сдвиги вверх-вниз, а разница сохранится. Возможно, это опять причуды статистики, и при увеличении числа гаплотипов дело сгладится.

За персональный комментарий - спасибо.

>мной движет лишь любопытство, так как я знаю свое национальное происхождение

"Национальное происхождение" не имеет прямого отношения к роду далекого предка. Тогда не было национальностей. Вы о чем-то другом. Есть, конечно, определенные корреляции между национальностью и родом (гаплотипом), но на уровне отдельных личностей они не работают. Здесь у нас большинство русских, а роды разные - R1a1, E, R1b, J2, J1, Q, G, N ...

>мое заведомое понимание моего двольно типичного происхождения

Интересно. Не могли бы Вы дать определение слову "понимание" в этом контексте?





--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Clavis
сообщение 6.8.2008, 15:36
Сообщение #57


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



Цитата(aklyosov)
Так что я принял среднюю скорость мутаций для первых 12 маркеров 0.0018 на маркер или 0.022 на гаплотип.

Только у Чандлера не 389-2, а 389ii, то есть без суммирования. Так я думаю.

Если Вы правильно поняли Чандлера, тогда никакого изменения в скорости, даже 8%-ого, Вы не произвели, потому что:
суммарная скорость по 12 маркерам, один из которых 389-2, равная 0.024,
и суммарная скорость по 12 маркерам, один из которых 389ii,, равная 0.022, -
это, в пределах разумной точности, одна и та же скорость. Если гнаться за точностью, в последнем случае будет 0,0223, но этот знак уже за пределами погрешности.


--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 6.8.2008, 16:08
Сообщение #58


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Если Вы правильно поняли Чандлера, тогда никакого изменения в скорости, даже 8%-ого, Вы не произвели, потому что:
суммарная скорость по 12 маркерам, один из которых 389-2, равная 0.024,
и суммарная скорость по 12 маркерам, один из которых 389ii,, равная 0.022, -
это, в пределах разумной точности, одна и та же скорость. Если гнаться за точностью, в последнем случае будет 0,0223, но этот знак уже за пределами погрешности.



Ну так и я о том же. Я и написал, что по сути ничего не изменилось, кроме обоснования выбора скоростей мутаций. Если раньше я писал, что обоснованием является калибровка по Мас-Доналдам, то сейчас пишу, что первую панель взял по усредненному списку Чандлера, а для второй взял ровно те же усредненные скорости, что и по первой панели. Так что я теперь Мас-Доналдов и не упоминаю, разве что в примерах проверки-иллюстрации.

Так что принимаю среднюю скорость мутаций по первой панели (12-маркерной) и по первой-второй (25-маркерной) как 0.0018 мутаций на маркер на поколение (можно, конечно, 0.001833, формально говоря, но это несерьезно). Или на панель - 0.022 на первую, и 0.046 - на 25-маркерную. На 37-маркерную я оставил 0.09, и на 67-маркерную 0.145, как дала калибровка по Мак-Доналдам, потому что это дает хорошую стыковку с первыми двумя. Чандлера там принимать бесполезно, у него мутации так прыгали по быстрым сцепленным маркерам, что он плюнул и для всех принял одинаковую скорость. Что в реале, конечно, не так, достаточно взглянуть на любые данные по мутациям для любой большой выборки. Просто когда для 67-маркерных гаплотипов по 500-800 мутаций, эти прыжки там просто тонут в общем количестве.

У него и 385a,b скорости одинаковые, что обычно не так, тоже можно на любую выборку взглянуть. Поэтому дискуссии и не прекращаются на международных форумах, на, так сказать, "академическом уровне". Специалисты спорят, и, что самое смешное, никто практически не рассматривает при этом реальные выборки. Спорят "в принципе". А я человек практический, мне не важно (в данном случае), чтобы все было объяснено, и только потом начинать считать. Потому что все объяснено никогда не будет. Мне важно, чтобы сходились разные панели, и чтобы сходилось с известными историческими (генеалогическими) примерами. Поэтому мне и было немножко смешно, когда это было здесь названо "рабочей гипотезой", опять без конкретных примеров. Сразу напомнило те самые "академические дискуссии", их язык. И их неопределенность.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VANGRAVE
сообщение 6.8.2008, 16:47
Сообщение #59


Новичок
*

Группа: R1b
Сообщений: 88
Регистрация: 6.8.2008
Пользователь №: 644



Предлагалось и влияние питания (присущие тем или иным народам), и местная радиация, и что только не предлагалось. Беда в том, что подавляющее большинство, как водится, ограничиваются вбрасыванием предложения, после чего удаляются.
В целом никто не мог поколебать представлений, что мутации вызываются просто совершенно случайными ошибками копирующего фермента (или системы ферментов) при копировании ДНК, что и приводит к переносу гаплотипов от отца к сыну. Ошибка в маркере случается в среднем раз в 500 поколений. Ну как это объяснить "магнитным полем" или питанием?

Огромное спасибо за Ваше мнение и информацию. Если позволите, я уточню свою идею как мне кажется, любопытным соображением.

Мне кажется - в данный момент лишь гипотетически - что как раз для случайных ошибок в том или ином природном механизме на Земле, в т.ч. ошибок при копировании ДНК очень неплохо может подойти фактор колебания тех или иных параметров геоманитного поля. Так как вовсе не обязательно должно быть какой-то специальной событийности (причины могут быть самые разные, а источник один и тот же - колебание поля).

Но если бы учет такого фактора был полезен, то лишь в том случае, если бы о б этой геомагнитной активности были данные на протяжении интересующих периодов. И, хотя данных непосредственно об активности нет, но есть модели палеомагнитных данных, в частности карты всякого рода магнитных склонений и других изолиний компонент магнитного поля в разные эпохи, и мне кажется, что если на карте Земли нарисовать движение этих линий магнитных склонений во времени будет нечто похожее на карты генетических миграций, как, впрочем, и на карты миграций языков.
Наверное, мою дилетантскую гипотезу можно таким образом вот довольно легко (споставлением карт) проверить...

Вот несколько примеров, которые я дал выше. Это - времена жизни до общего предка, рассчитанные исходя из одной и той же скорости мутаций. Первая цифра - расчет по первым 12 маркерам, вторая - по первым 25 маркерам (включая и первые 12).

Я очень впечатлен Вашими достижениями, в том числе и этими расчетами.
Не обижайтесь, если я позволю себе чуть чуть обсудить эти расчеты.
Если я правильно понимаю, то если скорости мутаций для маркеров с 13 по 25 принять в Вашем методе равными (ничем не отличаются) от других скоростей, то это все равно что считать, что этих различий и нет (поскольку уж речь идет о сокростях, то уместно сказать, что "ускорением" при переходе от маркеров к маркерам можно пренебречь), поэтому все и совпадает для 12 и для 25, а когда несовпадения начинают быть более существенными - то значит эти "отрицательные ускорения" уже существеннее. Может, эти отрицатлеьные приращения скорости как-то помогут Вам или другим исследователям?
Еще Вы используете логарифмическую шкалу. Я не знаю причин, но это так похоже на правду..В частности, это страшно сильно мне напоминает...закон Бенфорда, не так ли? Может быть, соотношение скоростей от маркера к маркеру стремятся к распределению по закону Бенфорда? забавная и не научное изложение его (см. внизу цифры и график) http://www.gaap.ru/biblio/corpfin/finman/079.asp
Кстати, об отличии Ирландии от Англии..- как раз, магнитное склонение очень существенно может отличать эти соседние с географической точки зрения страны.



>мое заведомое понимание моего двольно типичного происхождения
Интересно. Не могли бы Вы дать определение слову "понимание" в этом контексте?

я всего лишь имел ввиду, что у меня дедушки и бабушки как по матери, так и по отцу - ашкеназы белорусско-литовского происхождения, и что зная это, может быть, мне заведомо следует ожидать определенные альтернативы и может быть, тогда это может гарантировать мне, скажем, что какие-то анализы (скажем, на снипы) мне не нужны... Я подал заявку на анализ 67 маркеров + mt , это правильный выбор?


[/quote]






--------------------
Ph.D., Ass. Prof., Moscow
Ysearch: ED28N
Ashkenazim Jew

--------------------
Y-DNA: R1b.U106.L48+, L47+, L46-, L44- (Isaac Rogov, b.1877, Kopys, Belarus)
mt-DNA: K1a9 (Fruma-Genya Brener (Grace?) d.1916, Molodechno, Belarus)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 6.8.2008, 17:20
Сообщение #60


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>...хотя данных непосредственно об активности нет, но есть модели палеомагнитных данных, в частности карты всякого рода магнитных склонений и других изолиний компонент магнитного поля в разные эпохи, и мне кажется, что если на карте Земли нарисовать движение этих линий магнитных склонений во времени будет нечто похожее на карты генетических миграций, как, впрочем, и на карты миграций языков.
Наверное, мою дилетантскую гипотезу можно таким образом вот довольно легко (споставлением карт) проверить...

Ну так карты в руки, буквально говоря. Мне не очень понятно, что это в реальности даст. Дело в том, что, как Вы видели, по всей Европе скорости мутаций примерно одни и те же. В Азии, кстати, тоже (на примере Индии). Для большинства выборок скорости по 12-маркерной и 25-маркерной панели совпадают, так что и здесь систематических поправок на данное явление не сделать. Делать поправки по одним выборкам и не делать по другим - это как-то странно.

Видимо, максимум, на что можно рассчитывать - это на то, что сообщить, что ошибки копирующего фермента происходят не сами по себе, а под воздействием магнитного поля Земли (например). И что дальше? Что это фактически изменит? Только покажет, что скорости мутаций - величины непредсказуемые, и все эти расчеты для прошлого не имеют смысла, потому что тогда, в прошлом, магнитное поле было другим? Но этот вывод тоже неверен, потому что расчеты в целом совпадают с данными европейской археологии, с годами перехода ариев в Индию, с годами андроновской культуры и много с чем.

Выходит, что эта гипотеза вообще непонятно, что даст, поскольку мутации, судя по всему, статистически постоянны по скорости во времени на протяжении тысяч лет, в отличие от магнитного поля. Да, собственно, то, что магнитное поле - это тоже ведь практически взято с потолка. А что если это бета-дзета лучи, которые еще не открыты? Как тогда быть?

Думаю, что брать предположения практически с потолка, и ожидать, что кто-то будет проверять - это неудачный путь. Хотите - проверяйте. Возможно, потомки Вам будут благодарны.

>у меня дедушки и бабушки как по матери, так и по отцу - ашкеназы белорусско-литовского происхождения, и что зная это, может быть, мне заведомо следует ожидать определенные альтернативы

Нет, это ошибочное мнение. Вот гаплотипы ашкеназов, многие из которых литовско-белорусские и украинские (справа - возраст общего предка)


J1 (overall) 17,500±1,000 years BP

J1 (and below, Jewish) 15,500±4,100

K, T 8,500±1,000

E1b1b 6,800±400

J2 6,000±1,000

R1b 5,000±200

I1 4,100±1,900

G2 4,000±200

G1 3,600±200

I2 1,400±600

R1a1 1,350±300

Q 675±125

R2 650±50

G2c 575±50

I21b 500±125


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

30 страниц V  < 1 2 3 4 5 > » 
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 20.7.2019, 6:59
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU