Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



6 страниц V   1 2 3 > »   
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Вести Про Неандертальца, то Расшифрованный геном неандертальца сделали общедоступным
Вашурин
сообщение 21.3.2013, 22:01
Сообщение #1


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 328
Регистрация: 1.10.2010
Пользователь №: 3032



Не знаю насколько актуально и интересно, но статья о геноме неандертальца и о том, что расшифрованный геном доступен в интернете: http://www.vesti.ru/doc.html?id=1061225&cid=2161
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 23.3.2013, 17:57
Сообщение #2


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Представлена и У-хромосома


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 23.3.2013, 19:04
Сообщение #3


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6880
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Люда @ 23.3.2013, 23:57) *
Представлена и У-хромосома

А с какого сервера она доступна? Можно извлечь оттуда снипы и STR, как делали с приматами?


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 23.3.2013, 19:17
Сообщение #4


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



http://cdna.eva.mpg.de/neandertal/altai/bam/
Скачиваю


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 23.3.2013, 19:25
Сообщение #5


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6880
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



А как в этих гигабайтных списках найти Y-хромосому? К тому же смущает название neandertal/altai. Если это геном денисовского человека, то это, вроде бы, девочка blink.gif


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 23.3.2013, 19:35
Сообщение #6


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Как? Увидите там в общем списке хромосом -У-хромосома (последняя в списке). Я скачала, но нужно осваивать, как с ним работать. Формат "BAM". В той пещере в разное время жили все.


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
bugler
сообщение 23.3.2013, 19:43
Сообщение #7


Эксперт
*****

Группа: Знатоки
Сообщений: 1064
Регистрация: 10.5.2011
Из: Москвы
Пользователь №: 3366



Цитата(Люда @ 23.3.2013, 20:35) *
Как? Увидите там в общем списке хромосом -У-хромосома (последняя в списке). Я скачала, но нужно осваивать, как с ним работать. Формат "BAM". В той пещере в разное время жили все.


Хм! Действительно 23 пары хромосом. Интересно из какой пещеры?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 23.3.2013, 19:49
Сообщение #8


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6880
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Люда @ 24.3.2013, 1:35) *
Я скачала, но нужно осваивать, как с ним работать. Формат "BAM".

Действительно, букву Y не увидел. Про работу с форматом, может быть, эта ссылка поможет?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/tutorial6/


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 23.3.2013, 19:56
Сообщение #9


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Цитата
Интересно из какой пещеры?

http://www.eva.mpg.de/neandertal/index.html
Из Денисовой пещеры.
Цитата
может быть, эта ссылка поможет?

Поможет, но если кто разберется и доступно объяснит, мне было б легче.


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
bugler
сообщение 23.3.2013, 19:57
Сообщение #10


Эксперт
*****

Группа: Знатоки
Сообщений: 1064
Регистрация: 10.5.2011
Из: Москвы
Пользователь №: 3366



Цитата(bugler @ 23.3.2013, 20:43) *
Цитата(Люда @ 23.3.2013, 20:35) *
Как? Увидите там в общем списке хромосом -У-хромосома (последняя в списке). Я скачала, но нужно осваивать, как с ним работать. Формат "BAM". В той пещере в разное время жили все.


Хм! Действительно 23 пары хромосом. Интересно из какой пещеры?


Денисова пещера на Алтае. Геном из кости ноги. . Денисовский человек это кость пальца. Есть дерево.

http://www.eva.mpg.de/neandertal/index.html
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
bugler
сообщение 24.3.2013, 9:31
Сообщение #11


Эксперт
*****

Группа: Знатоки
Сообщений: 1064
Регистрация: 10.5.2011
Из: Москвы
Пользователь №: 3366



Цитата(Люда @ 23.3.2013, 20:56) *
...
Поможет, но если кто разберется и доступно объяснит, мне было б легче.


Каждая хромосома записана в виде BAM файла. По сути это запись нуклеотидной последовательности в формате большой избыточности. Его надо переформатировать в более пригодный вид. Для этих целей используется программа Genome Workbench версии 2.7.0 (released March 18, 2013) под свою операционную систему. Именно для неё дана пошаговая инструкция. Беда в том, что для переформатирования BAM файла понадобиться SAMTools. Указанная ссылка позволяет скачать сборку только для открытых операционных систем (типа Linux). Проблема решается если у вас операционная система Win 7, 8 64 bit. Во всяком случае файл samtools.exe для них я нашёл. Когда получены три необходимых файла , то Genome Workbench обрабатывает их без проблем и в 32 bit и в 64 bit системе.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
bugler
сообщение 25.3.2013, 8:10
Сообщение #12


Эксперт
*****

Группа: Знатоки
Сообщений: 1064
Регистрация: 10.5.2011
Из: Москвы
Пользователь №: 3366



Покопался в геноме неандертальца. Получается что он не R ( rs2032658 = M207=А) и не Т (rs2032672 = M70 =А). Снипов M513 (rs 17222573) для R1a и M343 (rs9786184) для R1b - нет вообще ( делеция?). Если делеция, то M513 и M343 не снипы.
К сожалению не все снипы по утилите Thomas Krahn's имеют соответствие в базе dbSNP NCBI. А по некоторым информации нет вообще, например AF4.

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 26.3.2013, 23:12
Сообщение #13


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Благодаря помощи Боромира, составившего "мануал" для работы с BAM-файлами, и помощи других людей, смогла удовлетворить любопытство и посмотреть на У-ДНК неандертальца. Странно, конечно, такая похожесть по STR на современных людей. В дополнение к STR, выложенным в базе данных Semargla http://www.semargl.me/ru/dna/ydna/kit/50959/ посчитала следующие последовательности:
DYS426 [GTT]n =12
DYS578 [AAAT]n =9
DYS641 [TAAA]n =10
DYS472 [AAT]n = 6(но не точно, начало немного стерто, короткое плечо), по нашим данным у чел.8, шимп.-5
DYS425 TGT нет сиквенса
DYS594 [TAAAA]n= 10
DYS436 [GTT]n=12
DYS490 [TTA]n=12
DYS617 [TTA]n=12
DYS568 [TAAA]n =10
DYS640 [TAAA]n = 10
DYS492 [TTA]n = 11


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 27.3.2013, 2:01
Сообщение #14


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Это какой-то странный неандерталец. Он скорее смахивает на нашего общего предка на Русской равнине.Потерянное звено.

Посмотрите, вот обобщенный 16-маркерный базовый гаплотип общего предка современного человека (DYS 426, 388, 392, 455, 438, 578, 641, 472, 425, 594, 436, 490, 617, 568, 640, 492):

11 12 11 11 10 8 10 8 12 10 12 12 12 11 11 11

А вот - этого якобы неандертальца с территории современной России, как я понимаю:

12 12 13 11 10 9 10 6 Х 10 12 12 12 10 10 11

Между ними - всего 8 мутаций, неандертальцам на смех.

Это означает вот что. Поскольку константа скорости мутации для этого гаплотипа равна 0.00405 (все эти маркеры есть в 22-маркерной панели), то 8/0.00405 = 1975 поколений без поправки, а поскольку этих мутаций всего 8 на 15 маркеров, то это 0.533 мутаций на маркер, и поправка равна 1.352. То есть этот "неандерталец" расходится с современным человеком всего на 1975х1.352 = 2670 поколений, или 66,800 лет. Поскольку современный человек жил те самые 66 тысяч лет назад, и если датировка неандертальца, скажем, 30 тысяч лет, то их общий предок жил (66800+66000+30000)/2 = 81 тысячу лет назад.

Выходит, при таком сходстве человека и "неандертальца" он - наш прямой прародитель, и никакой не неандерталец. А мы гадаем, куда делись предки современного человека, если они были неафриканцы. А их с неандертальцами перепутали.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 27.3.2013, 2:27
Сообщение #15


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6880
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Если взять все найденные на сегодняшний день маркеры, всключая быстрые, то больше он похож на "потерянное звено" между R1a и R1b. То, что образец нашли на Алтае, в этом плане смотрится очень интересно. Кто-нибудь смотрел снипы "неандертальца"? По их картине можно понять, имеем мы дело с контаминацией от нескольких современных людей или эта Y-хромосома одного человека.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
scorpio
сообщение 27.3.2013, 4:07
Сообщение #16


Знаток
****

Группа:  Y - ???
Сообщений: 511
Регистрация: 15.10.2008
Из: Архангельск
Пользователь №: 905



Тогда выходит, что фенотип "неандертальца" это все тот же "большой полиморфизм и малая дифференциация" антропологических признаков, присущая всем палеолитическим останкам рода "Homo"? Получается, что Homo Neanderthalensis своего рода некий расовый тип палеолита? Или я ошибаюсь?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 27.3.2013, 6:41
Сообщение #17


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Z2105-


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 27.3.2013, 7:08
Сообщение #18


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6880
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Люда @ 27.3.2013, 12:41) *
Z2105-

Технический вопрос. Как искать снипы в ВАМ-файле, если 1000 Genomes Browser пошет, что такой снип в нем не найден, и, стало быть, его позиция в 37-й сборке неизвестна? Есть какой-нибудь другой способ?


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 27.3.2013, 7:14
Сообщение #19


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?comm...hgsid=211704715
здесь можно перевести данные под новую сборку


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 27.3.2013, 7:16
Сообщение #20


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6880
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Большое спасибо!


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

6 страниц V   1 2 3 > » 
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 24.7.2019, 5:37
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU