Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



4 страниц V  « < 2 3 4  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Гаплoгрупа A И Mrca Современного Человека, MRCA современного человека
Igor1961
сообщение 21.2.2012, 20:04
Сообщение #61


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Right & Midfield @ 21.2.2012, 23:57) *
Будут обнаруживаться всё новые и новые древние гаплотипы, у которых будут минусы по всем 146 V-SNP. А значит - у них нет мутаций такого типа. А значит такой тип мутаций в ДНК-генеалогии - использовать нельзя.

Да уж. Хотелось бы понять, что Вы имеете в виду под "мутациями такого типа"? То, что они обозначены буквой V, а не какой то другой? Так это просто сделано для удобства, чтобы не выписывать 6-7-значные цифры, отмечающие позицию нуклеотида, что у части людей один, а у других - другие. Собственно, это и есть определение снипа (single nucleotide polymorphism). Если у всех людей, прошедших тест, в данной позиции один и тот же нуклеотид, то снипом он по определению не является до тех пор, пока не будет показано обратное. Вот и вся механика.

Все остальное, включая интерпретацию предкового и производного значения, делают специализированные программы, задача которых - оптимизировать полученные ряды, состаящие из "букв" A, G, T, C. Нет оснований сомневаться, что те 146 снипов, что фигурируют в статье Cruciani, попадают под определение SNP. То есть, в соответствующих позициях ДНК имеются разные нуклеотиды у разных людей. В сопровождающей информации они все подробно расписаны, можете проверить. Дерево из его статьи было построено на основании анализа 7-ми человек, и для той выборки, что он имел на руках, оно может считаться вполне адекватным. Что такого особенного в данной серии, что ее нельзя использовать для ДНК-генеалогии, ума не приложу. Снипы как снипы, не лучше и не хуже, чем остальные.

Это что касается топологии. Расчет времен - это уже отдельная тема. О ней говорили много раз, возвращаться не буду. То, что он поместил корень в то место, а не другое - результат работы алгоритма, а не какого-то злого умысла. Разумеется, появление новых данных, в том числе WTY, будет вносить изменения, в том числе и в положения корня. На сегодняшний день пока не очень понятно, куда его помещать.

Однако, для положения гаплогрупп А2, А3 и ВТ это не так уж принципиально, поскольку для них "водоразделом" являются снипы Р108 и V221, что отделяют А1 (по сути - альфа гаплогруппу) от всех остальных. Причем отделяют так, что мы имеем 100000-летний разрыв между расхождением ветвей, дочерних к альфа-раплогруппе и появлением новой волны ветвей в лице ВТ и все тех же А2 и А3. Вот эти данные и следует интерпретировать, а не заниматься схоластикой.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Right & Midfield
сообщение 22.2.2012, 9:42
Сообщение #62


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 27
Регистрация: 13.2.2012
Из: Moscow
Пользователь №: 3715



Цитата(Igor1961 @ 21.2.2012, 21:04) *
следует интерпретировать, а не заниматься схоластикой.

Следует вникать в суть явлений, иначе так всю жизнь и придётся интерпретировать.
Конечно, Ваш подход "от частного к общему" - это тоже способ познания, и нередко - наиполезнейший,
но когда надо идти "от общего к частному" - то Вы сами у себя находите противоречия, которых на самом деле нет. А мы - идём именно "от общего к частному", что позволяет нам не заниматься только лишь интерпертированием, но проникать в суть явлений.
Именно поэтому мы понимаем что:
надо было сначала определяться с SNP Адама;
надо было сначала осознать суть понятия mutation rate как вероятность мутации, а не как "скорость",
ну и разумеется Ваш последний пост показывает, что Вы опять не разобрались в том, о чём мы рассказали.

146 минусов над Адамом означают, что минусовой снип у того - кто предок. Главное - нашим методом определить, кто им вообще мог быть, а затем - аккуратно расставить плюсы и минусы. Cruciani поступил хитрО - он взял за предка не саму A1 (что можно по нашей комбинаторике), а одну из её ветвей (что тоже можно). Но ветвь он взял редкую (A1*), поэтому распутать клубок было непросто. Мистер Perry помог.

И когда мы выяснили, по какому алгоритму действовал Cruciani, то у нас получилось - аналогично выстроить дерево от любого, не противоречащего нашей комбинаторике предка, т.е. от BT, A2/A3, A1 (или от одной из её ветвей). "Аналогично" - это значит на его же базе V-SNP и тоже без других SNP, и так же как он - надставив все 146 минусовых SNP над Адамом. Комбинатроика не изменилась разумеется, т.е. если ствол это например группа BT, то от неё происходит A2/A3, а от неё - A1.

Так что - у нас получилось вообще похоронить фальсификацию Cruciani. Он не имел никаких оснований выдвигать A1 вперёд, но хитрО набросал маскирующей мишуры из V-SNP, которые на самом деле - ничего не решают принципиально. Как была возможность сделать из дерева ISOGG 2011 - любого лидера, так и осталась. Ни один догматик или популист - не уйдёт от вилки ДНК-генеалогии smile.gif


--------------------
Macro Genetic Genealogy
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 22.2.2012, 12:58
Сообщение #63


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Right & Midfield @ 22.2.2012, 1:42) *
... если ствол это например группа BT, то от неё происходит A2/A3, а от неё - A1.


Похоже, Вы создали свою индексацию, что дело только запутывает. "Ствол" вообще понятие неопределенное, "стволом" при желании можно называть любою сторону вилки. Более того, "ствол" не называют по конечной гаплогруппе (на данном участке), от понятия "ствола" вообще стоит уйти.

Вы упорно продолжаете губить свою (возможно) интересную интерпретацию. Вы все время повествуете о том, какой Крусиани жулик. Науку по большому счету это не интересует. Вам надо дать четкие определения понятий, индексов, и сделать четкие выводы-заключения в несколько строк.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Right & Midfield
сообщение 22.2.2012, 16:55
Сообщение #64


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 27
Регистрация: 13.2.2012
Из: Moscow
Пользователь №: 3715



Если за нашей мыслью перестают успевать следить, то значит мы, пойдя навстречу собеседникам в применении более коротких формулировок - слишком сильно укоротили формулировки smile.gif

Цитата(aklyosov @ 22.2.2012, 13:58) *
Похоже, Вы создали свою индексацию, что дело только запутывает. "Ствол" вообще понятие неопределенное, "стволом" при желании можно называть любою сторону вилки.

Разумеется, но мы говорим "ствол", "Адам", "root", "предковая группа" и т.п. - подразумевая изначально набор ключевых SNP у MRCA. Мы приводили несколько таких наборов, но приводить каждый раз все 146 V-SNP - это конечно строго научно, но не всякому понятно.

Цитата(aklyosov @ 22.2.2012, 13:58) *
Вы упорно продолжаете губить свою (возможно) интересную интерпретацию. Вы все время повествуете о том, какой Крусиани жулик. Науку по большому счету это не интересует.

1. Да нет же!
То что выстроил Cruciani - НЕВОЗМОЖНО. Мы же в предыдущих постах показали, что если выбрать в качестве предковой - группу A1*, то у неё перестанут происходить мутации. Это противоречит сути генетики; это не может быть использовано в ДНК-генеалогии. Мы не знаем, случайно или неслучайно Cruciani выбрал эту группу, но она по сути своей - немонофилетическая (она же со "звёздочкой"), т.е. у её потомков, таких как Perry - вообще нет мутаций Cruciani. Напомним - он начал свой труд с тезиса о "нестабильности M91" и предложил пользоваться ТОЛЬКО его V-SNP мутациями.

Если бы он выбрал другую группу (A1, A2/A3, BT), т.е. такую группу, у которой есть собственные потомки, то у всех потомков - происходили бы V-SNP мутации, что не противоречило бы ни генетике, ни ДНК-генеалогии. Но тогда его поймали бы за руку сразу! Ведь ему пришлось бы сразу сказать, что основанием для выбора одной из трёх групп в качестве лидера - было условие про все 146 минусов выше Адама. И тогда ему сразу бы указали на то, что так - можно сделать лидера из любой группы.

Т.е. - ему хотелось не ДНК-генеалогии, а догматизации идеи "всё из атомов, все из Африки" - вот он и выдвинул одну из "не BT" групп. Но мы пришли к выводу - что Cruciani либо хитрО заметал следы, либо просто ошибся. Такое дерево, которое он предложил - вообще невозможно. Не с точки зрения "интерпретаций", а по сути! невозможно - нету никаких мутаций у Perry. От A1 (в терминах ISOGG 2011) - возможно, а от A1* - невозможно.

2. Какую науку? Микро ДНК генеалогию, имеющую дело лишь с интерпретациями STR?
Может быть, может быть...
Может поэтому и дискуссия в данной ветке - складывается между считанным количеством собеседников,
ибо как "наверху" решат, так и будем "интерпретировать"... и действительно: на расчёт возраста MRCA методом анализа STR - дискуссия о корневых гаплогруппах повлияет не сильно, какое бы решение не было признано окончательным или даже врЕменным.

Но мы наблюдаем вот какой факт: все составители деревьев - в 2012 году изменили свои деревья - сославшись на Cruciani. Вот "классический" пример в качестве иллюстрации:
http://www.familytreedna.com/public/Haplog..._A/default.aspx

И теперь у всех составителей деревьев - некорректные деревья.
Это не может не интересовать ДНК генеалогию, как науку в целом.
Но даже ftdna тоже постепенно пошла по алгоритму, сходному с нашим. У ftdna уже проскакивает текст в стиле: "thus excluding it from all known A clades" !?!
Т.е. потихоньку-потихоньку - исследователи сделают дополнительный анализ у обладателей редких гаплотипов и обнаружив двойные минусы - постепенно придут к выводу, что их надо помещать в root.
Ну и далее по алгоритму...

Тех собеседников, которых интересуют только интерпретации для их дальнейшей деятельности - мы можем порадовать:
A1* предковой быть не могла, рассчитывать возрасты гаплогрупп с помощью анализа STR исходя из дерева Cruciani, или любого дерева 2012 на основе Cruciani - некорректно.
Рекомендуем пока пользоваться ISOGG 2011, чтобы потом не переделывать свои работы.
Доходя в своих исследованиях до возраста MRCA у групп BT, A1, A2/A3 - необходимо либо останавливаться, либо самостоятельно принимать решение - какая из них предковая.

Цитата(aklyosov @ 22.2.2012, 13:58) *
Вам надо дать четкие определения понятий, индексов, и сделать четкие выводы-заключения в несколько строк.

Мы не рассчитываем и не требуем от каждого поста собеседников - научной работы, претендующей на Нобелевскую премию. Для того и необходим (с нашей точки зрения) форум - как место обмена идеями, место обсуждения концепций.
И мы совсем перестаём понимать, чего от нас хотят. Мы давно уже не просто критикуем Cruciani, но предлагаем альтернативы, и они как минимум равновероятны с концепцией Cruciani. Т.е. это не просто негатив в сторону фальсификации - это позитивное предложение прозрачного алгоритма при выполнении подобной работы - любым исследователем.

Мы просим привести иллюстрацию того, чего от нас хотят. На примере работы Cruciani разумеется.


--------------------
Macro Genetic Genealogy
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 28.2.2012, 14:57
Сообщение #65


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Igor1961 @ 14.2.2012, 19:26) *
Факт № 1. Африка - это континент, на котором в Y-хромосомных линиях безусловно доминируют различные субклады гаплогруппы Е.
...
Факт № 2. Все остальные гаплогруппы африканцев можно считать минорными по отношению к Е, хотя для отдельных популяций случаются выбросы...

Вот прямое подтверждение этого тезиса, основанное на анализе данных SMGF, что по своей репрезентативности и разрешению превосходят данные полевых выборок из работ попгенетиков для Западной, Центральной и большей части Южной Африки.

В таблице S5 из статьи Cruciani перечислены 1166 Y-хромосомных гаплотипов из этого региона, распределенные по 47 популяциям. Из них 199 образцов были взяты у представителей 10 народностей, проживающих в небольшом районе на стыке границ Камеруна, Чада, Нигерии и Нигера, у которых были найдены очень высокие проценты R1b. Поскольку охват тестирования для этих популяций во много раз превосходит цифры по остальным африканцам, их, строго говоря, следует исключить из общего анализа во избежание перекоса.

Таким образом, остается 967 гаплотипов из 37 популяций в следующих странах: Сенегал (16), Буркина Фасо (107), Нигер (39), Чад (11), Нигерия (63), Камерун (410, из них 36 пигмеев бакола), Центрально-Африканская Республика (46, пригмеи бяка и мбути), Бурунди (30), Кения (140), Ангола (64, народность !Kung), Намибия (33) и ЮАР (8). Выборка по попгенетическим меркам большая, к тому же включающая племена пигмеев и бушменов !Kung, но насколько она годится для поиска по-настоящему реликтовых линий?

Сравним со статистикой SMGF. Подсчет с соответствующей страницы дает 5-кратное превышение - 4822 гаплотипов, бОльшая часть которых приведена в длинных форматах. Правда, распределены они очень неравномерно на первый взгляд - львиную долю (98 %) забирают всего 6 стран: Камерун (1372), Нигерия (998), Мали (521), Бенин (490), Того (368) и Гана (139), плюс 828 гаплотипов отнесены к Африке вообще. Места жизни предков, указанные в базе данных, довольно равномерно покрывают территории этих стран и, по всей видимости, дают срез со всех основных этнических групп. Принимая во внимание искусственность границ современных стран Африки, разжеливших одни и те же этносы по разным государствам, данные по этим 6-ти странам с большой вероятностью можно считать репрезентативными для региона в целом. Поскольку жители Центральной и Южной Африки в своей основе - потомки выходцев из бассейна Нигера, то данные можно считать репрезентативными для всех регионов, где доминируют языки банту и родственные им.

Принимая во внимание число маркеров в гаплотипах (до 43-х) и общий количественный перевес, данные SMGF по странам субсахарской Африки можно считать на порядок более информативными, чем то, что дают полевые выборки 6-7-9-11-маркерных гаплотипов. Проблема лищь в том, как извлечь эти данные из этой крайне закрытой базы данных.

Однако, для целей этого исследования оказалость достаточно лишь подсчитать число гаплотипов, давших совпадения с базовым гаплотипом субклада E1b1a в формате DYS390, DYS426, DYS388, DYS392, DYS455, DYS454, DYS438, поисковый алгоритм предоставляет такую возможность. Последние 6 маркеров относятся к медленно мутирующим, а DYS390 имеет 21 аллель в базовом значении, что уводит этот базовый гаплотип в сторону от близких к нему. Судя по адресам гаплотипов, что высветились при поиске, посторонних там, кажется, нет.

Итак, собственно базовый гаплотип (21 11 12 11 11 11 11) дал 2278 полных совпадений, из которых 150 можно посмотреть, остальные скрыты. Практически все они оказались африканцами, и около 10 % - из Нового Света, очевидные потомки рабов. Далее, точно таким же образом подсчитал количество полных совпадений с мутационной разницей 1 по каждому из 7-ми маркеров. Таких оказалось 891, также без явно посторонних гаплотипов и с тем же соотношением африкенцев и афро-американцев. Итого получилось 3169 носителей гаплогруппы E1b1a на базу данных.

Но это еще не все, потому что в линии возрастом около 6500 лет должны присутствовать гаплотипы, уходящие от базового на 2, 3 и более мутаций. Из количество можно оценить, исходя из допущения, что их доля спадает по экспоненте. Экспериментальная проверка на сопоставимой по возрасту гаплогруппе R1a1 покаывает, что так оно и есть. Это дало еще 570 гаплотипов, а в сумме 3739. Исключая афро-американцев и округляя вниз, получаем 3300 гаплотипов E1b1a на 4822 африканцев, то есть 68 %. На деле эта цифра должна быть больше, поскольку среди упомянутых 4822-х есть гаплотипы с пропусками в тех 7-ми маркерах, по которым шел поиск, и они в счет не шли. Более реальной представляется доля в 75-80 %, и это без учета субкладов E1a и E1b1b, также заметно представленных в Африке.

Таким образом, современная Африка представляетс из себя практически "моногаплогруппный" континент, перезаселение которого началось около 6500 лет назад, и в ходе которого оказались почти стерты следы прежних Y-хромосомных линий. Самые древние ветви охватывают, по имеющимся данным, не более 1 % африканцев. Что и требовалось доказать.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 28.2.2012, 15:21
Сообщение #66


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Igor1961 @ 28.2.2012, 6:57) *
Таким образом, современная Африка представляетс из себя практически "моногаплогруппный" континент, перезаселение которого началось около 6500 лет назад, и в ходе которого оказались почти стерты следы прежних Y-хромосомных линий. Самые древние ветви охватывают, по имеющимся данным, не более 1 % африканцев. Что и требовалось доказать.


Это хорошее и отдельное исследование, отвечающее на вопрос - кто сейчас в основном живт в Африке. Но сторонникам происхождения современного человека в Африке оно не нужно. Они будут настаивать на том, что вот те 1% и есть потомки тех, от кого человечество и произошло, и что те предки жили именно в Африке, имели гаплогруппу А, от которой современное человечество и произошло.

Я имел на днях короткую но бурную дискуссию на этот счет на RootsWeb, которая показало, что то околонаучное сообщество в лице его наиболее активных представителей уже рассматривает африканское происхождение человека (из гаплогрппы А) как данность, а Крусиани как мессию.

Вот одно сообщение:

Date: Sat, 25 Feb 2012 23:55:36 -0800 (PST)
From: Ted Kandell <ted_kandell@yahoo.com>


The FTDNA haplogroup A Project has two kits, N64496 & 215865 who are:

V166- (xA0)[/u], L896- (= xA0b), V168- (= xA1a-T), V50- (xA2), M42- (xBT), P97+ (= xBT), SRY10831.1- (xBT)

Updated root of the human Y tree:
http://www.sciencedirect.com/science/artic...002929711001649

Y Haplogroup A Project Results

http://www.familytreedna.com/public/Haplog...px?section=ysnp
http://www.familytreedna.com/public/Haplog...tion=ycolorized

THIS MEANS "NO KNOWN HAPLOGROUP". NONE!

Latest Y haplogroup "A0" SNPs
http://ytree.ftdna.com/index.php?name=Draf...parent=99813091

N64496 is the descendant of Albert Perry, black slave from York Co. South Carolina.

They more or less match an African Y cluster from Buea in Southwest Cameroon:

Search SMGF to find this matching Cameroonian cluster using this
link:

http://www.smgf.org/ychromosome/search_results.jspx?

DYS385_b=17&DYS385_a=15&DYS389I=13&YCAII_b=18&DYS426=13&YCAII_a=16&DYS389B=17&DYS388=11&showAllSurnames=on&YGATAH4=
10&GGAAT1B07=10&DYS463=20&DYS462=13&DYS461=12&DYS460=12&showCountries=on&DYS458=16&DYS456=15&DYS455=10&DYS454=11&DYS452
=31&matchPercent=match_70&showMissingData=on&DYS459_b=9&DYS459_a=8&searchType=genetic&YGATAA10=14&DYS449=32.2&DYS448=21&DYS447=
24&DYS446=19&DYS445=12&DYS444=12&DYS442=17&DYS441=14&DYS464_d=18&DYS464_c=15&DYS464_b=15&DYS464_a=13&DYS439=12&DYS438=
16&DYS437=12&labStandard=FamilyTreeDNA_v1&DYS394=16&DYS393=13&DYS392=12&DYS391=10&DYS390=19&YGATAC4=15&page=1

Unusual STR values:

DYS390=19 (bottom), DYS19=16 (high), DYS426=13 (high), DYS437=12 (low). DYS511=7 (low),
DYS438=16 (high), DYS425=9 (low), DYS446=19 (top), DYS462=13 (high), DYS635=15 (bottom)

The "Holy Grail" of African Ancestry. "X", or? *finally* "Crossing the Middle Passage" using DNA?

This is going to tell us something very critical about human origins in Africa!

Ted Kandell

На это я ответил, что вношу небольшую, но важную поправку:

This is going to tell us something very critical about human origins


Забавно то, что Африка совершенно безусловно постулируется, хотя все должны понимать, что раз загадка, то ответа нет.

Мое замечание тут же обозвали "фантазией". Я еще никогда не видел, чтобы более осторожную формулировку называли "фантазией", а более категоричную (при на самом деле неизвестности) называл истиной.


После этого сообщения появилась Бонни Шрак, и сделала признание, что у Крусиани картина далеко неполная. Но сказав за здравие, опять вернулась к заупокой, что все мы произошли от гаплогруппы А1

From: Bonnie Schrack <bschrack1@comcast.net>
Date: Sun, 26 Feb 2012 12:10:49 -0500


While I appreciate Ted's help in fundraising, I don't want anyone to feel misled, either. We do have enough now for the Perry WTY. Yes, it's going to be a very exciting one!

We can certainly use donations any time for upgrades to project members' SNP and STR testing.

There is a huge amount of interest in questions related to human origins, out-of-Africa migrations, interbreeding with archaic humans, etc., etc., which people feel that the A haplogroup (as it's called,
though it actually incorporates several haplogroups) will help to illuminate. For anyone out there who has been out of the loop, this is because of findings by Cruciani last year which showed all haplogroups
descending from a branch of A. I have now updated the ISOGG haplogroup A tree to show this.

The other side of the first main branching of A, the one from which other haplogroups are *not *descended, is being called A0. (The rest of us are descended from A1, which can also be called A1T.) A0 is very
rare, so far found in Cameroon and Ghana, and we are only beginning to find out how many branches are within it. Cruciani and previous scientists were only aware of one branch, which they called A1b. Thanks
to research we're doing in our Haplogroup A project, with the great contributions of Thomas Krahn, we now have two branches, A0a and A0b, both downstream of 16 A0* SNPs (though A0b is not quite ready to show
on the ISOGG tree, as a second set of positive test results for the new SNPs are required for these SNPs to gain a non-private status, so we have to wait a little for these SNPs to be ordered and tested).

Perry's results apparently will establish a third branch of A0, which branches off earlier than the current A0a and A0b. Thus the great interest. Thanks for your support,

Bonnie


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 28.2.2012, 15:27
Сообщение #67


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Продолжение выступления автивистов, все тех же. Реакция Бонни была на невинное замечание из аудитории, что у разных африканцев в геноме отмечено разное количество снипов, а значит расчеты по ним для гаплогруппы А неверны.

Date: Mon, 27 Feb 2012 19:56:56 -0500
From: Bonnie Schrack <bschrack1@comcast.net>

Sasson wrote:
> In a recent (2010) article called "Complete Khoisan and Bantu genomes from
> southern Africa", results are presented comparing the "standard" (probably
> European) genome with the genomes of five African individuals.
>
> One of the participants (KB1) had accumulated 14.5 times more differences
> (relative to the "out-group") than did the "reference" genome.
>
> This shows that the recent age estimate of Haplogroup A (based on number of
> mutations) should be disregarded.


Bonnie:

This is silly -- comparing apples to oranges. Even a newbie can understand the difference between autosomal and Y-DNA. The Khoisan are autosomally much more divergent than most other peoples. This may be due in part to archaic admixture, and mostly to long isolation. But this has no relevance to their Y-DNA, which is passed down without being altered by the changes in autosomal DNA. If there were ever extremely early Y-DNA branches among the Khoisan, there is no evidence of them today. The Khoisan belong to the clades that in the ISOGG tree are known as A1b1a and A1b2a1, and their subclades.

Since all these branches are included in "A," it's easy to forget that between the branches of A, we have the deepest splits in the tree. A1b1 and A1b2 (formerly A2 and A3) are separated from A0 by a great many SNPs. A1b1 and A1b2 should really be given their own names in the haplogroup tree, such as V and X, but we're being stingy about giving out letters these days.

A1b1 and A1b2 are as far down the tree as BT is. Their subclades would be yet further, of course. The branches that are nearer the root of the phylogenetic tree would be A0 and A1a, and these aren't found at all in southern Africa. A0, the most divergent haplogroup, is found among farming peoples of Central and West Africa, as well as among the Western Pygmies. A1a is found a bit further north, from Niger through Mali and Burkina Faso to Guinea-Bissau.

The best scientists in the world have to grapple with the complexity of human history, to discover why the most divergent the Y, mtDNA, and autosomal DNA are sometimes found in different populations within Africa. This challenging puzzle isn't going to be solved by simplistic statements which try to treat Y and autosomal genetics as if they were the same.

Then there is the apparent confusion in your statement about there being 14.5 x as many differences between KB1 and the outgroup, as there were with the reference genome. You provide no source for this figure. I have searched both the original paper and the supplementary data, without finding this statistic there, so apparently you either calculated it, or found it in some secondary source. Without knowing what sample constituted the outgroup (a word which also was not found in the paper, either as one word, or a phrase), it has little meaning to make this comparison. The only conclusion I would draw from it is that the "outgroup" was far more closely related to the "reference" sequence than to the Bushman. In the paper, they use many previously sequenced genomes for comparison, such as Craig Venter, James Watson, Yoruba, Chinese, Korean, and CEU genomes, so there was no *one* outgroup.

I would recommend to all this fascinating paper -- read it for yourself and draw your own conclusions.

It has probably been pointed out before, but regarding the Y chromosome haplogroups, the authors say,

> Haplogroup population definitions are as defined by the International
> Society of Genetic Genealogy Y-DNA Haplogroup Tree 2009
> (http://www.isogg.org/tree/index09.html)

Yeah!! :-)

Bonnie



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 28.2.2012, 15:31
Сообщение #68


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



И еще одно, на ту же тему:

Date: Mon, 27 Feb 2012 22:46:08 -0800 (PST)
From: Ted Kandell <ted_kandell@yahoo.com>
Subject: [DNA] Kits N64496 Perry and 215865 - Crossing the Middle-Passage: The "Holy Grail" of "Genetic Genealogy"

In the Y Haplogroup A Project we have two haplotypes that are A0-V166- A1-V168-. NO HAPLOGROUP. NOT ON THE Y TREE.

One of these is descended from Albert Perry, a black slave b. abt. 1819-1827, lived York Co, South Carolina, US.

SNPs at the root of the Y tree:

http://img850.imageshack.us/img850/5532/yr...nps27022012.png

http://www.familytreedna.com/public/Haplog...tion=ycolorized

Here are the SMGF matches for N64496 Perry and 215865 who are xA0-166 & xA1a-T-V168 (not A0 or A1a-T):

Apparently almost all the matches are from Fontem, Southwest Province, Cameroon, among Ngwe speakers of the Bamil?k? lanugage family, in the Lebang Fondom (chiefdom).
Map of Fontem, Southwest Province, Cameroon
http://g.co/maps/jqp74

A list of the earliest known ancestors:

Atabong b. 1862 (Azi, Cameroon), Mbenzefeh b. 1888 (Fontem, Southwest, Cameroon), Mbekem b. 1875(Fontem, Southwest, Cameroon), Tatuh ANUTECHIA b. 1885 (Fontem, Southwest, Cameroon), Forethia b. 1885 (Fontem, Southewest, Cameroon), Emetem [NWEDLATAW] b. 1858 (Fontem, Southewest, Cameroon), Aminde b. 1897 (Fontem, Southwest, Cameroon), Ncheanzah TABI b. 1894 (Mamfe, Cameroon), Atemkeng [NGWONDONG] b. 1846 b. 1846 (Fontem, Southwest, Cameroon), George TECHOUKWI b. 1895 (Fontem, Southwest, Cameroon), Mbeh NTONGHAWAH b. 1905 (Fontem, Southwest, Cameroon), --- (Imo State, Nigeria, Igbo speakers?)

Linguistic map of Benin, Nigeria and Cameroon:
http://en.wikipedia.org/wiki/File:Nigeria_...n_languages.png

Here is a dramatic portrayal from "Roots" of how Albert Perry's ancestor, a manof the Lebang people of Fontem Cameroon, got to York County, South Carolina colony:
http://youtu.be/Zfp-KOlx6Ao

Maybe someone on this list would like to contact these folks in Fontem Cameroon.

It may be that these particular clans have different know historicial origin than the rest of the people of Fontem. They may be a remnant of some earlier group of earlier inhabitants, migrants from the Igbo region of Nigeria to the west, or perhaps the descendants of slaves taken from elsewhere. They may also have a much earlier known noble lineage in the Lebang Fondom.? Can anyone ask, on Facebook or elsewhere?

Help find out YOUR African origins too. These are my African origin, yours, and EVERYONE'S.


http://youtu.be/P7nZdlK_oWg

SMGF search for matches for N64496 Perry and 215865:
http://www.smgf.org/ychromosome/search_res...2&DYS463=20






--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Right & Midfield
сообщение 29.2.2012, 16:56
Сообщение #69


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 27
Регистрация: 13.2.2012
Из: Moscow
Пользователь №: 3715



Мы, пока ждём попрошенного нами примера, возимся потихоньку с поиском дальнейших альтернатив догматическому дереву ISOGG 2012. И приходим к выводу, что групп, претендующих на первенство - всё-таки не три, а четыре (приводим в традиционной нотации): A1, A1a, A2/A3, BT.
Это даёт богатую комбинаторику, которая сводится уже не к трём возможным вариантам развития событий.
Однако как минимум четыре, происходящих от вышеуказанных ключевых групп - доказываются что называется "на салфетке".

Цитата(Igor1961 @ 16.2.2012, 7:13) *
Если не секрет, в чем Вы видите разницу между бета-гаплогруппой и гаплогруппой ВТ? С позиций ДНК генеалогии это одно и то же, если только не будет показано, что существуют какие-то генеалогические линии, отличные от А1-А3, но с общим предком более ранним, чем предок ВТ.

Не секрет: BT - это BT, а бета - это предок BT. Этот предок - не мог взяться из ниоткуда: либо от предковой группы альфа, либо от Адама. Дополнительные генеалогические линии для этого не нужны - достаточно дерева ISOGG 2011. Оно было не догматическим и оставляло вариативность, в отличие от нынешнего.

В качестве иллюстрации:
A2/A3 - сводится сначала не к другим веткам под буковкой A,
но к общему предку с BT, т.е. к предковой группе бета,
на основании общего входящего SNP P108 T / V221 T.
И уж только потом - в зависимости от выбранного варианта - сводится либо к Адаму непосредственно, либо подсовывается под группу альфа, примерно так, как это сделал Cruciani.

На наш взгляд - гигантские цифры в расчётах общего предка A1, A2, A3 - получаются именно потому, что эти группы традиционно предпочитают рассчитывать "cross the lines", потому что так принято - мол, первая буковка одинаковая.
На самом деле, какой вариант не выбери (т.е. какую группу не поставь в качестве Адама)- считать A2/A3/BT - надо "сепаратно" от альфа-группы, т.е. от A1*/A1b/A1a.

Цитата(aklyosov @ 28.2.2012, 16:21) *
Perry's results apparently will establish a third branch of A0, which branches off earlier than the current A0a and A0b. Thus the great interest. Thanks for your support,
Bonnie

Это уже анекдот получается smile.gif
Сначала мистер Кручиани исследовал все ключевые группы, но не исследовал A1*;
потом его компьютерная программа поместила туда Root (а куда же ещё может поместить Root программа, которой не дали данных по одной из ключевых групп - конечно же на свободное место);
естественно - все дружно потеряли A1*, а когда обнаружился Perry, то все дружно начали искать ему место;
great interest... earlier than the current... sensation... third branch...
Как дети: один спрятал - другие ищут, находят, радуются...

На самом деле - достаточно приглядеться повнимательнее к старому доброму дереву ISOGG 2011,
чтобы посоображав - прийти к выводу, что раз получается не A1a, не A1b - то это A1*,
и ничего более.
Просто обнаружился редкий гаплотип.

Цитата(aklyosov @ 28.2.2012, 16:21) *
околонаучное сообщество в лице его наиболее активных представителей уже рассматривает африканское происхождение человека (из гаплогрппы А) как данность, а Крусиани как мессию.

Скажите пожалуйста, как более опытные собеседники, а насколько оно вообще - научное, это сообщество?
По "легенде" - дерево пересматривается неким общим консорциумом,
это чуть ли не таблица Менделеева, со строгой процедурой внесения изменений...

а тут - ну постарел великий Кавалли-Сфорца, ну надо кого-то выдвигать на его место, ну согласился один из возможных претендентов - замазаться, и сработать "заказуху про Африку", ну сработал, ну "мессия" для догматиков, ну дайте ему руководителя лаборатории и диплом какой-нибудь...
но общее, научное дерево-то тут причём?

Если мы "на салфетке" анализируем несколько возможных равновероятных вариантов, то они там и подавно соображают, что вариант Cruciani - далеко не единственный...
зачем с такой поспешностью - дерево переделали? это частная лавочка/"шарашкина контора" что-ли?

П.С.
Совсем другой вопрос зададим: можно ли с помощью анализа STR - посчитать не только time to most recent, но и time to most ancient common ancestor какой либо пары гаплогрупп, ну и Адама в конце концов?


--------------------
Macro Genetic Genealogy
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 29.2.2012, 20:39
Сообщение #70


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Вот как в сокращении выглядит дерево гаплогруппы А на сегодняшний день:

Y Root (Y-Adam)
• A0 P305, V148, V149, V154, V164, V166, V172, V173, V177, V190, V196, V223, V225, V229,
V233, V239
• • A0a P114, V150, V151, V152, V153, V158, V159, V162, V169, V170, V181
• A1 L985, L989, L990, L1002, L1003, L1004, L1009, L1013, V161, V168, V171, V174, V203,
V238, V241, V250
• • A1a M31, P82, V4, V14, V25
• • A1b P108, V221
• • • BT M42, M91, M94, M139, M299, P97, PK1, Page65.1/SRY1532.1/SRY10831.1, V29, V31,
V59, V64, V187,V202, V235

То есть гаплогруппу ВТ загнали уже под гаплогруппы А0 и А1, которые параллельны друг другу, и под гаплогруппу А1в. У меня ощущение, что гаплогруппы поменяли сегодня утром, потому что еще вчера ВТ была прямо под А1.

Что мы имеем на самом деле? По состоянию на 18 января (по-моему) несколько носителей R1a имели снипы V168, V174, V203, V328 и V241. Это все - гаплогруппа A1 по современной номенклатуре.

Поэтому на самом деле должно быть так:

Y root (Y Adam) должно быть вообще убрано. Это сейчас абстракция, и ни к чему не привязяна.

А1 должно быть переназвано А0. Это - альфа-гаплогруппа. Он нее снипы V168, V174, V203, V328 и V241 и идут в R1a, как и должно быть.

То, что сейчас указано как А0, должно быть А1. Это - африканская ветвь, с подветвью А1а, которая сейчас называется А0а.

ВТ должна стоять под A0 (в новой номенклатуре).

То есть вот так:

• A0 L985, L989, L990, L1002, L1003, L1004, L1009, L1013, V161, V168, V171, V174, V203,
V238, V241, V250
• • BT M42, M91, M94, M139, M299, P97, PK1, Page65.1/SRY1532.1/SRY10831.1, V29, V31,
V59, V64, V187,V202, V235
• • A1 P305, V148, V149, V154, V164, V166, V172, V173, V177, V190, V196, V223, V225, V229,
V233, V239
• • • A1a P114, V150, V151, V152, V153, V158, V159, V162, V169, V170, V181
• • • A1в M31, P82, V4, V14, V25

Жирным-красным выделены снипы, которые есть у R1a.

Авторам сегодняшней схемы ISOGG так хотелось поместить ВТ под африканские субклады, что они даже параллельные ветви А0 и А1 назвали наоборот, чтобы ВТ был не под А0, а под А1.

Те, кто знают новые данные по WTY, могут внести дополнения.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 1.3.2012, 6:10
Сообщение #71


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Right & Midfield @ 29.2.2012, 22:56) *
...с поиском дальнейших альтернатив догматическому дереву ISOGG 2012.
Оно было не догматическим...

Вы, случайно, по своей прежней профессии не были преподавателем истории КПСС или научного коммунизма? Как-то пахнУло знакомой до аллергии фразеологией angry.gif Я бы советовал избегать подобных формулировок-ярлыков, что вносят совершенно ненужный эмоциональный фон в обсуждение действительно сложной научной проблемы. Мы не на политическом форуме, и не на заседании парткома.
Цитата(Right & Midfield @ 29.2.2012, 22:56) *
На наш взгляд - гигантские цифры в расчётах общего предка A1, A2, A3 - получаются именно потому, что эти группы традиционно предпочитают рассчитывать "cross the lines", потому что так принято - мол, первая буковка одинаковая.

Вовсе не поэтому, а потому что гаплотипы, записанные в гаплогруппу А, разбегаются на огромные дистанции - 25 и более мутаций на МЕДЛЕННОЙ 22-маркерной панели. Для сравнения, во всем узле ВТ расхождение на 10 и более мутаций в этой панели - казуистический случай. Их STR'ам глубоко "по барабану", какими буковками их обозначили. Если прибегнуть к Вашей любимой фразеологии, то это - объективная реальность, данная нам в хроматограммах.
Цитата(Right & Midfield @ 29.2.2012, 22:56) *
Совсем другой вопрос зададим: можно ли с помощью анализа STR - посчитать не только time to most recent, но и time to most ancient common ancestor какой либо пары гаплогрупп, ну и Адама в конце концов?

Можно. См. ниже.

Цитата(aklyosov @ 1.3.2012, 2:39) *
Вот как в сокращении выглядит дерево гаплогруппы А на сегодняшний день:

Y Root (Y-Adam)
• A0 P305, V148, V149, V154, V164, V166, V172, V173, V177, V190, V196, V223, V225, V229,
V233, V239
• • A0a P114, V150, V151, V152, V153, V158, V159, V162, V169, V170, V181
• A1 L985, L989, L990, L1002, L1003, L1004, L1009, L1013, V161, V168, V171, V174, V203,
V238, V241, V250
• • A1a M31, P82, V4, V14, V25
• • A1b P108, V221
• • • BT M42, M91, M94, M139, M299, P97, PK1, Page65.1/SRY1532.1/SRY10831.1, V29, V31,
V59, V64, V187,V202, V235

...
То, что сейчас указано как А0, должно быть А1. Это - африканская ветвь, с подветвью А1а, которая сейчас называется А0а.

Мадам Bonnie, кажется, запутала своей новой нотацией всех, включая себя. А0а - это ветвь, которую Кручиани определил как A1b, a A1a сохранила свое отнесение с версии ISOGG-2011 (V168+ V221- M31+). Уместно сопоставить это с деревом, что получается по 22-маркерным базовым гаплотпам гаплогрупп/субкладов. Как раз к сегодняшнему дню подоспели заказанные еще 3 месяца назад 67-маркеров одного из "древнекамерунцев" (N71150 Boon).

Прикрепленное изображение


Дерево не укоренено и приведено в радиальном виде, чтобы иметь представление о шкале времен. Если посмотреть на его правую половину, то становится очевидно, что SNP и STR филогения дают принципиально одну и ту же топологию ветвления в пределах гаплогруппы ВТ. Небольшой разнобой со взаимным расположением В и С лишь подтверждает найденную закономерность, поскольку для этих гаплогрупп известно слишком мало 67-маркерных гаплотипов, чтобы по ним реконструировать базовые 22-маркерные с той же надежностью, как, скажем, в сводной гаплогруппе IJ. Не очень стабильное положение гаплогрупп L и Т в кусте К и в SNP-филогении нельзя назвать окончательно установленным.

Такой вот получается ответ STR-скептикам. Следующий вопрос - что делать с "вопиющим" расхождением корневой части древа ISOGG и тем, что дают гаплотипы? Как минимум, им уже задался Томас, раз не торопится пока публиковать раскладку снипов африканцев из далеко ушедших линий.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

4 страниц V  « < 2 3 4
Быстрый ответОтветить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 18.10.2019, 22:26
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU