Калибровка Скоростей Мутаций, Кланы для калибровки, необходимость калибровки Опции

[Ostan]

Протестированы останки двух скелетов в захоронениях культуры колоколовидных кубков. Оба оказались R1b. Один протестировали до M343, другой до M269 ( R1b1a2+)
http://r1b.org/?page_id=112
Захоронения были найдены около селения Кронсдорф в Германии. В этом районе захоронения культуры колоколовидных кубков имеют возраст около 4500 лет. Сейчас самые древние захоронения в Европе этой культуры найдены в Иберии и имеют возраст 4900 лет по радиоуглеродным датировкам. Но самым древним фактом появления носителей R1b в Европе можно, по-видимому, считать факт разрушения стены Лос-Мильяреса, который произошел согласно дендрологической датировке 5025 лет тому назад. Факт появления гаплогруппы R1b в Европе по-прежнему можно считать самым удобным для калибровки скорости мутаций по археологическим материалам. Если откалибровать скорости мутации по этому факту , с учетом появления R1b в Европе около 4800-5000 лет тому назад, то получим на одну мутацию около 203 года и скорость мутации 0,1232 для 67-маркерных гаплотипов. Это, как уже отмечалось ранее практически совпадает с калибровкой, полученной ранее Клесовым и Рожанским.

[kosmonomad]

http://www.sciencedirect.com/science/artic...872497313001026
попгенетическое

[Ostan]

Прошло почти три года с тех пор, когда была предпринята первая попытка калибровки скоростей мутации по археологическим данным. С тех пор база данных по R1b увеличилась более чем в четыре раза, а следовательно, точность калибровок может увеличиться в два раза. Поэтому, представляет интерес посмотреть на сколько могут измениться калибровки, если бы калибровки проводили бы сейчас.

Как известно, калибровка проводилась по субкладам R1b1a2a1a1 ( U106+) и R1b1a2a1a2 ( P312+). Возраст появления этих субкладов в Европе по археологическим данным оценивается как 4800 - 5000 лет тому назад. Оценим возраст этих субкладов по современным проектам в которых количество 12-маркерных гаплотипов соответствующих субкладов достигает 255. Для субклада U106+ на базе одноименного проекта получим:

1, 12-3, 13-233, 14- 15, 15-4 всего мутаций 34.
2. 22-7, 23-139, 24-82, 25-23, 26-4 всего 206
3. 13-1, 14-230. 15-21.16-3. всего 34
4. 10-74, 11-175, 12-10 всего 84
5. 9-1,10-8, 11-238, 12-6, 13-1, 14-1 всего 31
6. 11-10, 12-3, 13-14, 14-182, 15-37,16-6,17-2 всего 195
7. 11-3, 12-251, 13-1. всего 4
8. 10-3, 11-1, 12-248, 13-3 всего 16
9. 10-3, 11-62, 12-156, 13-32, 14-2 всего 114
10. 11-1, 12-10, 13-218, 14-26 всего 40
11. 11-2, 12-4, 13-234, 14-12, 15-2 всего 32
12. 27-2, 28-34, 29-160,30-53, 31-6 всего 119
________________
Итого; 920 мутаций, или 920/254 =3,622 мутации на гаплотип. Это соответствует 3,622*1347 = 4880 +_480 лет. Несмотря на достаточно низкую расчетную точность мы попали в диапазон 4800-5000 лет. Следовательно, пока для 12-маркерных гаплотипов корректировки скоростей мутации не требуется.

Аналогичный вывод можно сделать и для субклада P312+. Его возраст оценим по другому проекту. Но, по случайности, количество 12-маркерных гаплотипов в этом проекте оказалось тоже 255.
1. 12-5, 13-228, 14-19, 15-3 всего 36
2, 22-2,23-30,24-192, 25-31 всего 69
3. 13-6, 14-220,15-26, 16-3 всего 44
4. 10-77,11-165, 12-13, 13-1 всего 94
5. 8-1, 9-0, 10-14, 11-201, 12-35, 13-1, 14-2, 15-1 всего 96
6. 11-10, 12-3, 13-25, 14-162, 15-50, 16-4, 17-1 всего 202
7. 11-1, 12-251, 13-2, 14-1 всего 7
8. 12-251, 13-2, 14-2 всего 10
9. 10-2, 11-7, 12-143, 13-37, 14-2 всего 124
10. 12-20, 13-182, 14-45, 15-8 всего 97
11. 12-4, 13-239, 14-2 всего 16
12. 27-1, 26-34, 29-150, 30-58, 31-12 всего 144
____________________________
Итого: 939 мутаций или 939/254 = 3,696 мутаций на гаплотип. Это соответствует 3,696* 1347 = 4980 +_485 лет. Я специально привел обе матрицы расчета для 12-маркерных гаплотипов, чтобы можно было бы сравнить статистику по обоим субкладам. Как видно, обе статистики очень близки. Близки и результаты.

Для других гаплотипов приведу только результаты. По субкладу U106+ имеем на 25-ти маркерах 1302 /228 =5,7105, + 3,622 =9,3325*554 =5170+-340 лет, для 37-ми маркеров 1717/209 =8.215, + 9,333 = 17, 548, * 283 =4900+_240 лет , для 67-ми маркеров 769/157 = 4,898, +17,548 = 22,446, * 203 = 4560+- 230 лет, для 111-маркерных 256/22 = 11,636, + 22,446 = 34,082, * 126 = 4300+- 470 лет.

По субкладу P312+ на 25-ти маркерах 1200/245 = 4,898, + 3,696 = 8,594, * 554 = 4760+- 320 лет, для 37-ми маркеров 2084/ 236 = 8,831, +8,594 =17, 425, * 283 = 4930+- 230 лет, для 67-ми маркеров 851/169 = 5,036 , + 17, 425 = 22,461, * 203 = 4560+-220 лет, и для 111-ти маркеров 707/43 = 16,442, + 22,461 = 38,903, * 126 = 4900+- 350 лет.

Как видно из расчетов, существующие калибровки дают удовлетворительный результат на всех панелях. Может показаться, что для 111-ти маркерных гаплотипов необходимо подкорректировать скорость мутации. как предлагал в свое время Игорь Львович. Но это не так. Небольшая просадка до 4300 лет для 111-маркерных гаплотипов по субкладу U106+ обусловлена небольшим количеством гаплотипов в этом проекте. При таком количестве гаплотипов, британские гаплотипы легко перетягивают, и показывают свой возраст. Такого не наблюдается для субклада P312+. В этом случае и статистика больше, и британские гаплотипы старше ( около 4500 лет). Чтобы убедиться в этом определим возраст обобщенной ветви U106+ и P312+. Этот возраст не будет значительно отличаться от определенных возрастов, т.к. модальные гаплотипы обоих субкладов отличаются всего на две мутации на 67-маркерной панели, и на три мутации на 111-маркерной. Соответственно, ,возраст обобщенной ветви не будет отличаться более, чем на 200 лет. Кроме того, отличие наблюдается на быстрых маркерах, поэтому отличие возрастов будет еще меньшее. Фактически, возраст обобщенной ветви должен также как и возраст для отдельных ветвей попадать в тот же диапазон 4800-5000 лет.

Обобщенная ветвь дала для 12-ти маркерных гаплотипов 1873/509 = 3,679, *1347 = 4960+-340 лет, для 25-ти маркеров 2505/474 = 5,285, + 3,679 = 8,965, * 554 = 4970+-230 лет, для 37-маркерных гаплотипов 3877/446 = 8,693, + 8,965 = 17,658,* 283 = 4997+-170 лет, на 67-ми маркерах 1795/ 327 = 5,489, + 17,658 = 23,147, * 203 = 4700+-170 лет. для 111-маркерных гаплотипов 1033/66 =15,652, + 23,147 =38,799, * 126 =4890+- 290 лет. Как видно для обобщенной ветви все оценки лежат в диапазоне 4700-5000 лет. Таким образом, существующие калибровки не требуют пока корректировок ни в сторону увеличения, ни в сторону уменьшения.