Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



3 страниц V  < 1 2 3 >  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Male Demography In East Asia A North–south Contrast In Human Population Expansion Times
Yurgan
сообщение 14.9.2008, 13:46
Сообщение #21


Эксперт
*****

Группа: N
Сообщений: 1167
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 529



Цитата(Nimissin @ 14.9.2008, 6:39) *
Большое спасибо. Как я понял, в гаплогруппе N число повторов в YCAIIb
может быть не только 20, как у меня, но и 19, и 18.

В статье Keyser-Tracqui et al. 2003 года опубликованы гаплотипы из костных
образцов погребений в Эгийн-Гол (Монголия, ок. 2000 лет назад). Нашел
гаплотип (погребение № 84.1), у которого YCAII равно 18/20, а DYS392 = 16.
В остальных 4 локусах 3 одношаговых различия с моим гаплотипом.
Единственное - гаплогруппа неизвестна.
Теперь можно не переживать biggrin.gif .

Это без сомнения N1c.
Возраст захоронений 100 г. до н.э. -150 н.э. Таким образом, мутация DYS392 = 16. вполне возможно появилась до этого времени. По мои расчетам - 2250 лет назад.





--------------------
Y - DNA-mater: N1с1* (Baltic line)

--------------------
Y-DNA: N1c (Karelian line)
mt-DNA: U4a
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 14.9.2008, 19:36
Сообщение #22


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Цитата(Yurgan @ 14.9.2008, 14:46) *
Это без сомнения N1c.
Возраст захоронений 100 г. до н.э. -150 н.э. Таким образом, мутация DYS392 = 16. вполне возможно появилась до этого времени. По мои расчетам - 2250 лет назад.
Дрейф такой произошёл. То есть, скорее всего имеем дело с родом (родами) N1c, давно отделившимся от своего прародителя. Другой вариант: у монголв много DYS392 = 16, но мы об этом не знаем из-за "малой заинтересованности" монголов в FTDNA.

Дорогие родичи, если это не трудно и не составляет тайну, покрытую мраком, то внесите свои позывные в подписи.

А то, из-за своего маразма я чуть было не забыл, что уважаемый Nimissin - наш родич. Старость - не радость blink.gif .




--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 15.9.2008, 0:37
Сообщение #23


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



В этой теме был вопрос о разных системах конверсий в разных системах (базах данных).
Это может помочь:

http://genforum.genealogy.com/dna/messages/1945.html





--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 26.9.2008, 8:15
Сообщение #24


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Male Demography in East Asia A North–South Contrast in Human Population Expansion Times Yali Xue, Tatiana Zerjal, Weidong Bao, Suling Zhu, Qunfang Shu, Jiujin Xu, Ruofu Du, Songbin Fu, Pu Li, Matthew Hurles, Huanming Yang and Chris Tyler-Smith

Тут наложил гаплотипы из этой статьи 71 (NO*N) на 149 гаплотипов 67YDNA из коммерческих выборок по значениям: DYS 393 DYS 390 DYS 391 DYS 426 DYS 388 DYS 439 DYS 389-1 DYS 392 DYS 389-2 DYS 437 DYS 438 DYS 425 DYS 436 
По краскам:
NO статья  Серый
N* статья  Розовый
PVVT8  Голубой
N1a статья  Желтый
N1b статья  Оранж
N1b подборка  Зеленый
N1c статья  Красный
N1c балты подборка  Коричневый
N1c балтийские финны подборка  Фиолет
N1c финны подборка  Пурпур
N1c1 статья Синий
получилось:



Веточка NO - доволно древняя. NO и N* очень разнообразные. Это где-то 10 тысяч лет. Наступают и сверху и снизу. Вывод: появится N2* (даже N3*) на  базе азиатской части N*.
А вот N1a, N1b и N1c (то есть наши люди - североевропейцы N) произошли от относительно недавнего предка, значительно отошедшего от основного  N*.
Было всё-таки оно-таки, убежище. Пока, я думаю, Такла-Макан. 6-7 тысяч лет назад.
PS. Кто-нибудь сможет помочь с Network Publisher. Уж очень отнимает время без него.

В догонку:

Название гаплотпа:


Для коммерческой базы: номер по Ysearch или FTDNA
Для статьи: гаплогруппа, популяция
Наибольшее расстяние между N* HH23 Han (Harbin) и NO Bu12 Buyi - 10867/2=5433 года (по Yutility).


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 26.9.2008, 21:15
Сообщение #25


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Продолжение разбора результатов работы авторов статьи.
По предыдущей сетке мы можем, также, предположить, что PVVT8 - до определения гаплогруппы с вероятностью 70% может оказаться N1a.
Из подборки были убраны N1a и N1b, добавлены 146 из выборки N1c коммерческих баз данных.
Остаток: NO, N*, N1c, N1c1.
NO статья Серый
N* статья Розовый
N1c статья Оранж
N1c1 статья Зеленый
N1c балты подборка Синий
N1c балтийские финны подборка Малиновый
N1c финны подборка Желтый
На рисунке № 1 представлена сетка в исходном виде.

По ней мы видим, что, несмотря на то, что мы, N1b и N1c - довольно-таки молодые гаплогруппы - 5-6 тыс. лет, (N1a - постарше), сама гаплогруппа-прародитель N8 имеет солидный возраст (её предстовители обступили кучку N1c со всех сторон и на значительном расстоянии). Можно предположить, что её возраст модет составить действительно 10 тыс. лет.
На рисунке № 2 сеточка была расчёсана.

Связи с гаплогруппой-прародителем имеются по трём наплавлениям:
Справа с одним корейским гаплотипом - относительно недалеко через представителя N1c балтофиннов.
Сверху (от основной массы NO и N*) - с представителями N1c Хани, Манчжуром, и двух японцами. Остальные лежат намного дальше. Связь через бооольшую группу балтов и балтофиннов. Хани - соседи народа Йи, того самого, где обнаружено до 30 % носителей гаплогруппы N*. Место обитания - граница Китая, Вьетнама и Лаоса.
Cнизу (рисунок № 3 - крупно) с тремя гаплотипами из Внутренней и Внешней Монголии через представителей N1c Внутренней и Внешней Монголии и, далее балтов и балтофиннов (похоже на правду).

Второй вариант, лично мне представляется наиболее реалистичным.
До появления дальнейших исследований по Китаю для себя я принимаю за основу то предположение, которое изложил Пт Апр 18, 2008 9:36 am http://www.dnatree.ru/index.php?name=Forum...pic&p=17507Так что, гаплогруппа N - вьетнамцы, а N1c - пока тибетцы tongue.gif .


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 25.10.2008, 22:02
Сообщение #26


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



 В статье даны 13 маркеров: DYS 393 DYS 390 DYS 391 DYS 426 DYS 388 DYS 439 DYS 389-1 DYS 392 DYS 389-2 DYS 437 DYS 438 DYS 425 DYS 436
Они из разных панелей. Беру за основу скорость 0,002. Тогда, с учётом возвратных мутаций:
Для 624 гаплотипов NO (+O+N) количество отклонений (от среднего между 624) 4 549, возраст 11 467 лет.
Для 552 гаплотипов O количество отклонений (от среднего между 552) 3 481, возраст 9 385 лет.
Для 63 гаплотипа N количество отклонений (от среднего между 63) 228, возраст 5 118 лет.
Из них 5 гаплотипов N1a количество отклонений (от среднего между 5) 9, возраст 2 025   лет.
Для 15 гаплотипов N1b количество отклонений (от среднего между 15) 11, возраст 748 лет.
Для 19 гаплотипов N1c количество отклонений (от среднего между 19) 31, возраст 1 805 лет.
Правильно ли произведён расчёт, господа?


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Valery
сообщение 25.10.2008, 22:40
Сообщение #27


Знаток
****

Группа: Известные анонимы
Сообщений: 570
Регистрация: 25.10.2008
Пользователь №: 956



Вот линк на дерево по данным той статьи построенное Муркой сразу по снипам и сателлитам. Оно было укоренено мидпойнтом (срединной точкой, как точкой минимизирующей дисперсию длины до листиков) и разумеется неправильно потому что разные ветви представлены неравномерно в той выборке. И конечно того количества микросателлит которое было использовано авторами мало для хорошего представления финальных ветвей дерева. Важно было просто показать что мурка делает за пару минут без применения пользователем ума smile.gif Так что смотрите дорогие друзья но без серьезного отношения к этой картинке а если заметите странности со снипами - укажите плиз:

http://www.savefile.com/files/1811439

an arbitrary Steiner tree from 0-eps MJ network for 988-sample dataset of the paper "Male Demography in East Asia: A North–South Contrast in Human Population Expansion Times", Xue et al. 2006, inexact midpoint rooting
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Centurion_*
сообщение 25.10.2008, 23:25
Сообщение #28





Гости






Valery, мне нравятся деревья, которые строит Мурка с точки зрения наглядности, визуализации, потому что они очень напоминают генеалогические, и не похожи на сети Нетворка. Если тебе удастся приблизится к "реальному" древу и сделать прогу в виндовском интерфейсе (как Нетворк, например) будет здорово!

Конечно размеры картинок получаются едренопасатижными smile.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Valery
сообщение 26.10.2008, 0:05
Сообщение #29


Знаток
****

Группа: Известные анонимы
Сообщений: 570
Регистрация: 25.10.2008
Пользователь №: 956



Качество картинки настраивается специальной опцией smile.gif

Что касается виндового интерфейса - нет не будет. Знал бы я джаву сделал бы кроссплатформенного клиента. Увы.

Что касается деревьев - запусти в Нетворк постпроцессинг - и получишь уйму деревьев. Просто Мурка позволяет нагляднее их представлять. Главное - чтобы пользователь экономил мозг! Мозг нужен для более важных дел!
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Valery
сообщение 26.10.2008, 0:29
Сообщение #30


Знаток
****

Группа: Известные анонимы
Сообщений: 570
Регистрация: 25.10.2008
Пользователь №: 956



Кстати в Графвиз (который юзает Мура для отрисовки) увы нету возможности сделать кругленькую диаграмку с популяционными частотами для каждого образца, как делает Флюксус. В принципе если интегрировать туда собственный код это станет возможно, но придется это делать отдельно для виндовса и линукса.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 26.10.2008, 0:40
Сообщение #31


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Качество вывода замечательное. Но я, попробовав на следующий день после того, как Вы разместили ссылку на Молгене, убедился, что работа с программой выше моих способностей. Интерфейсу видОвского, конечно, Мурке не хватает.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Valery
сообщение 26.10.2008, 0:51
Сообщение #32


Знаток
****

Группа: Известные анонимы
Сообщений: 570
Регистрация: 25.10.2008
Пользователь №: 956



Цитата(mouglley @ 26.10.2008, 0:40) *
Качество вывода замечательное. Но я, попробовав на следующий день после того, как Вы разместили ссылку на Молгене, убедился, что работа с программой выше моих способностей. Интерфейсу видОвского, конечно, Мурке не хватает.



Да, там даже установщик (гну автотулз) только под линукс а для виндоуз ничего нет. Увы, с графическими библиотеками способными работать одновременно под линукс и виндоуз очень плохо. Они есть конечно, но это немалые трудности разработки. Другой вариант - джава. Если у Мурки будет аудитория то возможно и будет джава версия, пока рано говорить.

С Мурой еще можно например общаться через веб сервер, кликает юзер чего-то а на серверной стороне строится сеть и выводится динамически. Мы планируем разработку системы которая в частности все это будет включать но когда это будет и как не от меня зависит. В мурке есть масса опций заточенных именно под сервер например аварийный выход если размер памяти или количество шагов превысит некий предел указанный администратором итп. Мура короче не для человека а для другой программы smile.gif Я уже писал в топике про примирение что это именно полуфабрикат. Он может больше чем графическая версия но для работы нужно терпение.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Valery
сообщение 26.10.2008, 1:03
Сообщение #33


Знаток
****

Группа: Известные анонимы
Сообщений: 570
Регистрация: 25.10.2008
Пользователь №: 956



Цитата(Centurion @ 26.10.2008, 0:25) *
и не похожи на сети Нетворка.



Дело в том что примеры настроены на самый распространенный вид практики - это вывод одного или нескольких штейнеровских деревьев. Сама MJ сеть как у Флюксуса тоже создается но не выводится в графику. Вообще-то у муриного рисовальщега есть опции которые выводят и сети с ретикуляциями. Только при условии если удалось укоренить. Если же не укоренены то все равно можно нарисовать с помощью утилиты neato (есть такая опция) но не советую.. ужасный вид. Позор. Если нужна обычная нетворковская сеть то можешь вывести указав формат 3 (это флаксас .out) и рисуй нетворком. Скажем если Нетворк возится час а мурка несколько минут то можешь построить мурой а рисовать их тулзой нетворка. Я сейчас добавил еще больше опций совместимости. Еще есть третий формат вывода - это ньюик но только для укорененных деревьев.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 26.10.2008, 1:25
Сообщение #34


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Цитата(Valery @ 26.10.2008, 1:51) *
Другой вариант - джава. Если у Мурки будет аудитория то возможно и будет джава версия, пока рано говорить.
Интересно, у нас есть специалисты по java?
Цитата(Valery @ 26.10.2008, 1:51) *
С Мурой еще можно например общаться через веб сервер, кликает юзер чего-то а на серверной стороне строится сеть и выводится динамически. Мы планируем разработку системы которая в частности все это будет включать но когда это будет и как не от меня зависит. В мурке есть масса опций заточенных именно под сервер например аварийный выход если размер памяти или количество шагов превысит некий предел указанный администратором итп. Мура короче не для человека а для другой программы smile.gif
То есть можно использовать рессурcы Родства или Молгена и на них просто заводить файл с базой, а сервер, если хозяева сайтов дадут добро и установят сервер, сможет рассчитывать деревья?
Цитата(Valery @ 26.10.2008, 1:51) *
Он может больше чем графическая версия но для работы нужно терпение.
Ну, к терпению нам не привыкать.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Valery
сообщение 26.10.2008, 1:53
Сообщение #35


Знаток
****

Группа: Известные анонимы
Сообщений: 570
Регистрация: 25.10.2008
Пользователь №: 956



Цитата(mouglley @ 26.10.2008, 2:25) *
То есть можно использовать рессурcы Родства или Молгена и на них просто заводить файл с базой, а сервер, если хозяева сайтов дадут добро и установят сервер, сможет рассчитывать деревья?



нет нет, для этого нужно писать собственную систему с нуля. Заточенную именно под это дело. То есть база данных по каким-то локусам (У, мт) + софт на серверной стороне.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VovaN
сообщение 5.1.2009, 22:15
Сообщение #36


Новичок
*

Группа: N
Сообщений: 44
Регистрация: 4.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 523



Здесь нашли NO* (синие)

Здесь нашли N* (зеленые)

А здесь N3 (желтые)

Male Demography in East Asia: A North–South Contrast in Human Population Expansion Times


--------------------
Y-DNA: N1c1* (M178+, P105+, Tat+/ P21-, P67-, P119-)
mt-DNA: U4
CCR5: normal, normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Yurgan
сообщение 6.1.2009, 1:00
Сообщение #37


Эксперт
*****

Группа: N
Сообщений: 1167
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 529



[quote name='VovaN' date='6.1.2009, 1:15' post='12532']

Спасибо, что раскрасили, а то я не догадался. Обязательно помещу совмещенную карту в статью.


--------------------
Y - DNA-mater: N1с1* (Baltic line)

--------------------
Y-DNA: N1c (Karelian line)
mt-DNA: U4a
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 6.1.2009, 1:05
Сообщение #38


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Извините, а что за карты?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 6.1.2009, 1:11
Сообщение #39


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Цитата(Пастор @ 6.1.2009, 1:05) *
Извините, а что за карты?
Карты, сделанные уважаемым VovaN на основании статьи Male Demography in East Asia: A North–South Contrast in Human Population Expansion Times.
Уважаемый Yurgan, когда будете размещать карты в статье, может быть, требуется пояснение: сколько образцов данного гаплотипа из выборки ( в штуках) данной местности. Можно, просто сигментированными кругами разной величины.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Yurgan
сообщение 6.1.2009, 1:17
Сообщение #40


Эксперт
*****

Группа: N
Сообщений: 1167
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 529



Цитата(mouglley @ 6.1.2009, 4:11) *
Карты, сделанные уважаемым VovaN на основании статьи Male Demography in East Asia: A North–South Contrast in Human Population Expansion Times.
Уважаемый Yurgan, когда будете размещать карты в статье, может быть, требуется пояснение: сколько образцов данного гаплотипа из выборки ( в штуках) данной местности. Можно, просто сигментированными кругами разной величины.

Попробую


--------------------
Y - DNA-mater: N1с1* (Baltic line)

--------------------
Y-DNA: N1c (Karelian line)
mt-DNA: U4a
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

3 страниц V  < 1 2 3 >
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 17.10.2019, 8:54
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU