Версия для печати темы

Нажмите сюда для просмотра этой темы в обычном формате

Rodstvo.ru _ Расчёт возрастов, скорости мутаций, константы _ Осторожно: "популяционная Генетика"

Автор: aklyosov 19.7.2011, 19:12

Передо мной - типичная статья по популяционный генетике человека. Название статьи - "Распределение Y-хромосомных гаплотипов в центральной Португалии с использованием 17-STRs". Статья недавняя, в международном журнале.

Читаем: 17-маркерные гаплотипы были определены в 303 мужчинах, живущих в центральной Португалии. Всего выявили 287 гаплотипов, из которых 272 были уникальными. Индекс разнообразия гаплотипов (HD, Haplotype Diversity) был определен как 0.996.

Всё. Весь абстракт.

Попытаемся перевести на язык ДНК-генеалогии. Видимо, из 303 мужчин гаплотипы определились только у 287, у 16 мужчин гаплотипы не получились. Из этих 287 15 гаплотипов были одинаковыми у пар, троек, четверок и т.д., и остальные 272 гаплотипа были разными.

Гаплогруппы не определяли. Просто строгали гаплотипы, смешивая по разным гаплогруппам. Поэтому эти данные никому (у нас) не нужны. В какой-то гаплогруппе 15 гаплотипов совпали, но в какой - неясно. Сколько гаплотипов этой гаплогруппы было - неизвестно. Какой смысл имеет этот "индекс разнообразия" в смеси гаплотипов - неизвестно.

И нам уже много лет толкуют, что популяционная генетика и ДНК-генеалогия одно и то же.

Безумие.

Автор: Шоломич 19.7.2011, 21:04

Цитата(aklyosov @ 19.7.2011, 20:12) *
Читаем: 17-маркерные гаплотипы были определены в 303 мужчинах, живущих в центральной Португалии. Всего выявили 287 гаплотипов, из которых 272 были уникальными. Индекс разнообразия гаплотипов (HD, Haplotype Diversity) был определен как 0.996.

Никакой элементарной смысловой нагрузки. Какой поп, такой и приход, а если быть точнее, то такая и генетика. Одним словом - попгенетика. Шибко аднака. biggrin.gif

Автор: bugler 19.7.2011, 21:45

Цитата(Шоломич @ 19.7.2011, 22:04) *
Цитата(aklyosov @ 19.7.2011, 20:12) *
Читаем: 17-маркерные гаплотипы были определены в 303 мужчинах, живущих в центральной Португалии. Всего выявили 287 гаплотипов, из которых 272 были уникальными. Индекс разнообразия гаплотипов (HD, Haplotype Diversity) был определен как 0.996.

Никакой элементарной смысловой нагрузки. Какой поп, такой и приход, а если быть точнее, то такая и генетика. Одним словом - попгенетика. Шибко аднака. biggrin.gif


Да-а-а-а-а! Статья по Гитлеру, которую я сегодня на форуме отпечатал почти академический труд.
Волшебная сила печатного слова!

Автор: aklyosov 23.8.2011, 17:41

Совсем недавно вышла статья Малярчука, Деренко и др. в Journal of Human Genetics (2011, 1-6). Cтатья называется "Древние связи между сибиряками и америндами, выявляемые типированием галогруппы Q1a в Y-хромосоме" (на англ. языке).

Безумие продолжается. Налицо полное игнорирование того, что на всех сайтах (кроме молгена) потешаются над "скоростями Животовского". Это именно то, что авторы использовали, причем вся статья - о расчетах древних миграций по "скоростям Животовского". Главный вывод статьи - что древние люди перешли из Сибири через Берингов мост. Мы это и так знали, но авторы к этому добавили безумные расчеты. Они везде находили на самом деле бутылочные горлышки давностью 1000-1500-2000 лет, но по "методу Животовского" получали от 3 до 6 тысяч лет, а в целом - до 40 тысяч лет для 63 гаплотипов R1b1b1-M73. Если разделить на 3 (что есть грубое приближение) получим 13 тысяч лет, но это скорее всего будет примерно 16 тысяч лет.

В итоге статья, которая могла бы быть хорошей, стала очередным мусором. К сожалению. Пишут, ссылаясь на статью Balaresque, что гаплогруппa R1b зародилась в "Западной Азии" и про ее "неолитическую экспансию" (в Европу), не имея понятия, видимо, что Балареску в той статье восточнее Западной Азии и не заглядывала, и расчеты тоже вели по методу Животовского. По Балареску, R1b1 пришли в Европу 10 тысяч лет назад. Эта статья была подробно рассмотрена в Вестнике. На самом деле Балареску начала отсчет гаплогруппы R1b примерно от 4-5 тысяч лет назад, и он ее (R1b1) происхождении в те времена речи быть просто не может.

Кетов не рассматривали, но для южно-сибирских гаплотипов Q1a3*-M346 они получили 4500 тыс лет "по Животовскому", то есть примерно 1500 лет по правильному. Для тех же китайских и южно-пакистанских получили 20300 лет "по Животовскому", значит, примерно 6500 лет, хотя может быть почти любое число. Когда смешали, получили 7850 лет, что не мудрено, ветви-то разделять не умеют. Но дистанция между обеими всего две мутации на 7-маркерных гаплотипах, то есть общий предок всех перечисленных Q1a3 жил примерно 6525 лет назад. Вот и "Животовские" 20300 лет, как раз в 3 раза выше.

А поскольку статья пестрит их расчетными датировками "по Животовскому" и соответствующими историческими "соображениями" на основе совершенно неверных датировок, то статья, увы, мусор и есть.

Вот такая очередная "популяционная генетика". Когда они наконец поймут?


Автор: Боромир 23.8.2011, 19:28

Цитата(aklyosov @ 23.8.2011, 10:41) *
А поскольку статья пестрит их расчетными датировками "по Животовскому" и соответствующими историческими "соображениями" на основе совершенно неверных датировок, то статья, увы, мусор и есть.

Вот такая очередная "популяционная генетика". Когда они наконец поймут?
Видимо не скоро. 2/3 института http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%98%D0%BD%D1%81%D1%82%D0%B8%D1%82%D1%83%D1%82_%D0%BE%D0%B1%D1%89%D0%B5%D0%B9_%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B8_%D0%B8%D0%BC._%D0%9D._%D0%98._%D0%92%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D0%BB%D0%BE%D0%B2%D0%B0_%D0%A0%D0%90%D0%9D на последних выборах директора проголосовали за Животовского. Это массовая болезнь россиянских генетиков. Лысенко в прошлом веке вырубил настоящих ученых, а позже в Союзе новую, нормальную школу, видимо, восстановить не успели. sad.gif

Автор: Шоломич 23.8.2011, 19:39

Цитата(Боромир @ 23.8.2011, 20:28) *
Цитата(aklyosov @ 23.8.2011, 10:41) *
А поскольку статья пестрит их расчетными датировками "по Животовскому" и соответствующими историческими "соображениями" на основе совершенно неверных датировок, то статья, увы, мусор и есть.

Вот такая очередная "популяционная генетика". Когда они наконец поймут?
Видимо не скоро. 2/3 института http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%98%D0%BD%D1%81%D1%82%D0%B8%D1%82%D1%83%D1%82_%D0%BE%D0%B1%D1%89%D0%B5%D0%B9_%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B8_%D0%B8%D0%BC._%D0%9D._%D0%98._%D0%92%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D0%BB%D0%BE%D0%B2%D0%B0_%D0%A0%D0%90%D0%9D на последних выборах директора проголосовали за Животовского. Это массовая болезнь россиянских генетиков. Лысенко в прошлом веке вырубил настоящих ученых, а позже в Союзе новую, нормальную школу, видимо, восстановить не успели. sad.gif

Наверное потому, что нормальная школа разъехалась в Бостон и Токио. smile.gif

Автор: vladgor 23.8.2011, 20:00

Цитата(Боромир @ 23.8.2011, 20:28) *
[ на последних выборах директора проголосовали за Животовского. Это массовая болезнь россиянских генетиков. Лысенко в прошлом веке вырубил настоящих ученых, а позже в Союзе новую, нормальную школу, видимо, восстановить не успели. sad.gif


Вот и здорово.
Академии и нужно выстраивать НОВУЮ ШКОЛУ.
Она к кстати и шаг за шагом и строится. В конкурентной борьбе.

Автор: Боромир 23.8.2011, 23:13

Цитата(vladgor @ 23.8.2011, 13:00) *
Цитата(Боромир @ 23.8.2011, 20:28) *
[ на последних выборах директора проголосовали за Животовского. Это массовая болезнь россиянских генетиков. Лысенко в прошлом веке вырубил настоящих ученых, а позже в Союзе новую, нормальную школу, видимо, восстановить не успели. sad.gif


Вот и здорово.
Академии и нужно выстраивать НОВУЮ ШКОЛУ.
Она к кстати и шаг за шагом и строится. В конкурентной борьбе.
Не питайте иллюзий. В науке под школой подразумевается талантливый ученый собравший под свое крыло плеяду других талантливых ученых, его последователей. Чтобы была конкурентная борьба надо, по крайней мере, иметь ровное для всех поле для этой борьбы.

Только не нужно говорить, что такие условия для ученых созданы в Россиянии. Тут намедни информация прошла, что очередной россиянский миллиардер за четверть миллиарда долларов купил себе особнячок в Англии. А Вы говорите наука. Для серьезной науки нужны серьезные денежные вливания, а не распил денег под видом науки.

Из моего института биоорганической химиии АН СССР, а это был лидирующий в Союзе институт по молекулярному направлению в биологии, я знаю только одного возвращенца. И то у него были старые комсомольские связи. Кстати, бывший последний парторг тоже слинял сюда, в Штаты, прикинувшись овечкой. А Вы говорите конкуренция. smile.gif

Автор: казак 24.8.2011, 1:32

В век коммуникаций место жительства не важно. Школа же создана и существует давно. Школа А. Клесова. Должен признаться, что мне в ней интересно.

Автор: Igor1961 24.8.2011, 2:06

Цитата(aklyosov @ 23.8.2011, 23:41) *
Безумие продолжается. Налицо полное игнорирование того, что на всех сайтах (кроме молгена) потешаются над "скоростями Животовского". Это именно то, что авторы использовали, причем вся статья - о расчетах древних миграций по "скоростям Животовского".

Но даже им пришлось наступить на горло собственной песне, и провести в статье о Сев. Кавказе параллельные расчеты по нормальной методике, чтобы их соавторы-лингвисты не сняли свои подписи. Так и представляется диалог в стиле торговли советских времен:

Попген: По нашим расчетам, предки осетин-иронцев и дигорцев разделились 4000 лет назад.
Лингвист: blink.gif huh.gif ohmy.gif
Попген: Наши методики откалиброваны по историческим событиям и приняты мировым сообществом.
Лингвист: tongue.gif mellow.gif
Попген (на ухо): Но вообще-то есть один метод, который дает 1400 лет, но он совсем не проверенный, и в приличном обществе о нем не принято говорить.
Лингвист: А давайте напишем и ту, и другую цифру!
Попген (глядя в пол): Мне надо посоветоваться с шефом.
(Уходит)
Спустя некоторое время.
Попген: Шеф сказал, можно написать в виде исключения, потому что Кавказ - это особый случай, и в качестве примера его приводить не надо.
Лингвист: По рукам. Вот вам мои расчеты, а вы уж сами между собой разберитесь, где особый случай, а где нет. Мне не шашечки нужны, мне ехать.

Автор: aklyosov 24.8.2011, 4:08

Смех смехом, но это на самом деле трагедия. Сотрудники академических институтов не имеют понятия, и не задумываются, когда применяют одну и ту же скорость мутации к гаплотипам любого формата - 6-, 7-, 8-, 9-, 10-, 12-маркерные, и любые остальные. Они что, не соображают, что у каждого маркера своя скорость мутации, и, следовательно, у каждого гаплотипа тоже своя скорость мутации?

Они что, не понимают, что в наборах гаплотипов есть разные ветви, разного размера, с разным возрастом? Как можно это все смешивать в кучу, и делить на одну и ту же величину, якобы универсальную "скорость мутации"?

Как можно не следить за дискуссиями на форумах по своей тематике? Ведь нет ни одного англоязычного форума, на котором не посвятили критических рассмотрений "популяционной скорости Животовского". Про наш я и не говорю. Диенекес посвятил несколько разгромных статей этому методу. Как можно настолько не уважать то, чем занимаешься, чтобы не обращать на все это никакого внимания? Неужели в их среде это и не обсуждают? Не знают? Или просто настолько наплевать на то, чем занимаются?

Вот эта деградация академической науки в лице "популяционных генетиков" - самое поразительное.

Автор: vladgor 24.8.2011, 4:40

Цитата
Не питайте иллюзий. В науке под школой подразумевается талантливый ученый собравший под свое крыло плеяду других талантливых ученых, его последователей. Чтобы была конкурентная борьба надо, по крайней мере, иметь ровное для всех поле для этой борьбы.


Я и не питаю иллюзий.
Речь о развитии НАШЕЙ АКАДЕМИИ. А в РАНе (в основном) вся научная жизнь под мягкое, нежное мурлыканье сегодняшних капитанов - пошла на дно.

Цитата
...Только не нужно говорить, что такие условия для ученых созданы в Россиянии. Тут намедни информация прошла, что очередной россиянский миллиардер за четверть миллиарда долларов купил себе особнячок в Англии. А Вы говорите наука. Для серьезной науки нужны серьезные денежные вливания, а не распил денег под видом науки.. smile.gif


Десятки таких информационных примеров просачиваются в СМИ.
Это БОЛЬШОЕ ГОРЕ поселилось на нашей РОДИНЕ. Отдельная тема для дискуссии.

Автор: vladgor 24.8.2011, 4:50

Цитата(казак @ 24.8.2011, 2:32) *
В век коммуникаций место жительства не важно. Школа же создана и существует давно. Школа А. Клесова. Должен признаться, что мне в ней интересно.

Да, и Вы уважаемый Юрий Викторович являетесь не только интересующимся наблюдателем, а активным строителем НОВОЙ АКАДЕМИИ.
Иногда правда с плеча строительной лопатой (шашкой) ЗА ПРАВДУ хорошо рубите! laugh.gif
В каждого своё место в строю АКАДЕМИИ.

Автор: aklyosov 24.8.2011, 18:41

Очередная сенсация, средства массовой информации полезли, как водится, на стенку. Я статью еще не читал, но читал сегодняшние материалы BBC, которые слово в слово переведены ниже. В статье 28 авторов, в основном итальянцы. Ведущий автор - Cristian Capelli.

На английском языке материал (не сама статья) называется "Исследование ДНК наносит удар по теории происхождения европейцев". Сама статья называется не в пример более скромно: "заселение Европы и рассказ об осторожности работы с хромосомной линией R-M269". Примерно так.

Какие мнения по тому, что ниже?

***********************

Нанесён удар гипотезе о том, что большинство европейских мужчин — потомки земледельцев, пришедших с Ближнего Востока 5–10 тыс. лет назад и вытеснивших местных охотников. Новое исследование считает, что масштабы вытеснения сильно преувеличены.
Археологические находки показывают, что люди современного типа впервые поселились в Европе примерно 40 тыс. лет назад — во времена палеолита. Около 20 тыс. лет назад они пережили ледниковый период, отступив в относительно тёплые регионы на юге континента, после чего снова проникли на северные территории. Где-то 10 тыс. лет назад в Передней Азии на смену присваивающему хозяйству пришло производящее, и из Анатолии в Европу потянулся ручеёк переселенцев, нёсших с собой новую культуру и более передовую экономику.

В какой степени современные европейцы являются потомками этих древних земледельцев и в какой — коренных охотников-собирателей? Этот вопрос по сей день остаётся предметом отчаянных споров. Результаты исследований сильно варьируются в зависимости от того, какие изучаются генетические маркеры и как они толкуются.

На этот раз международная группа специалистов сосредоточила внимание на Y-хромосоме, которая передаётся более или менее неизменной от отца сыну. Свыше 100 млн евромужчин имеют тип R-M269. Более всего он распространён в Западной Европе: в Испании, Ирландии и Уэльсе (то есть на краю Атлантики) частотность этого типа достигает 90%. Тем не менее в 2010 году Патрисия Балареск и её коллеги из Лестерского университета (Великобритания) показали, что генетическое разнообразие R-M269 увеличивается по мере продвижения на восток, достигая пика в Анатолии.

Генетическое разнообразие используется как мера возраста: чем дольше существует род, тем больше разнообразие. Исходя из этого, лестерские учёные оценили время присутствия R-M269 в различных европейских популяциях в 5–10 тыс. лет, что совпадает с неолитическим исходом.

Впоследствии были опубликованы две статьи, подтверждавшие эти выводы, и одна работа, которая, напротив, говорила о том, что источником R-M269 могло быть палеолитическое население Европы.

Новую попытку прояснить ситуацию предприняли Кристиан Капелли и Джордж Басби из Оксфордского университета (Великобритания), а также их зарубежные коллеги. Результаты на основе выборки более чем из 4 500 мужчин, представлявших Европу и Западную Азию, не показали тенденции к географическому многообразию R-M269, которой можно было бы ожидать, если бы данный тип Y-хромосом восходил к неолитическим земледельцам Анатолии.

Более того, учёные предполагают, что некоторые маркеры Y-хромосом являются менее надёжными, чем другие, для оценки возраста генетической родословной. На этом основании они утверждают, что актуальные аналитические инструменты не подходят для датировки распространения R-M269. Поэтому никакое исследование не может ответить на вопрос, когда вездесущая R-M269 распространилась по Европе. «Сегодня невозможно говорить что-либо о возрасте этой линии», — отмечает г-н Капелли.

Увеличение частоты R-M269 в направлении Западной Европы уже давно рассматривается некоторыми исследователями как признак того, что в этом регионе сохранились палеолитические гены.

Возможно и более позднее происхождение R-M269. Но исследователи отмечают, что после появления сельского хозяйства в Европе начался демографический бум — и новым мигрантам было бы очень трудно вытеснить местное население.

Результаты исследования опубликованы в журнале Proceedings of the Royal Society B.

Подготовлено по материалам Би-би-си.

Подробнее: http://news.mail.ru/society/6647556/?frommail=1

Автор: Igor1961 24.8.2011, 18:49

Оригинальная ссылка:
http://rspb.royalsocietypublishing.org/search?fulltext=Capelli&submit=yes&andorexactfulltext=and&x=31&y=10

Текст и сопроводительная информация доступны для свободной загрузки. Имеется список из 1035 15-маркерных гаплотипов (YFiler без пары DYS385a,b ).

George B. J. Busby, Francesca Brisighelli, Paula Sбnchez-Diz, Eva Ramos-Luis, Conrado Martinez-Cadenas, Mark G. Thomas, Daniel G. Bradley, Leonor Gusmгo, Bruce Winney, Walter Bodmer, Marielle Vennemann, Valentina Coia, Francesca Scarnicci, Sergio Tofanelli, Giuseppe Vona, Rafal Ploski, Carla Vecchiotti, Tatijana Zemunik, Igor Rudan, Sena Karachanak, Draga Toncheva, Paolo Anagnostou, Gianmarco Ferri, Cesare Rapone, Tor Hervig, Torolf Moen, James F. Wilson, and Cristian Capelli

The peopling of Europe and the cautionary tale of Y chromosome lineage R-M269
Proc. R. Soc. B published online before print August 24, 2011, doi:10.1098/rspb.2011.1044

Abstract
Recently, the debate on the origins of the major European Y chromosome haplogroup R1b1b2-M269 has reignited, and opinion has moved away from Palaeolithic origins to the notion of a younger Neolithic spread of these chromosomes from the Near East. Here, we address this debate by investigating frequency patterns and diversity in the largest collection of R1b1b2-M269 chromosomes yet assembled. Our analysis reveals no geographical trends in diversity, in contradiction to expectation under the Neolithic hypothesis, and suggests an alternative explanation for the apparent cline in diversity recently described. We further investigate the young, STR-based time to the most recent common ancestor estimates proposed so far for R-M269-related lineages and find evidence for an appreciable effect of microsatellite choice on age estimates. As a consequence, the existing data and tools are insufficient to make credible estimates for the age of this haplogroup, and conclusions about the timing of its origin and dispersal should be viewed with a large degree of caution.

Автор: Igor1961 24.8.2011, 19:27

Если я правильно понял крайне запутанный ход рассуждений, попгены изобрели велосипед - обнаружили, что на разных наборах маркеров нужно применять разные скорости мутаций. Слово "калибровка", правда, там не прозвучало unsure.gif

Our analysis confirms that this phenomenon is not specific to the R-M269 haplogroup nor to methods using ASD. Figure 4b shows that STRs with high D produce larger estimates of T. What is clear is that estimates of T implicitly depend on the STRs that are selected to make this inference. Using BATWING on an HGDP population for which 65 Y-STRs are available, we have shown that the median estimate of TMRCA can differ by over five times when STRs are selected on the basis of the expected duration of linearity (electronic supplementary material, figure S4). While researchers take into account STR mutation rates when estimating divergence time with ASD, commonly used STRs do not have the specific attributes that allow linearity to be assumed further into the past. The majority of haplogroup dates based on such sets of STRs may therefore have been systematically underestimated.

Может, им графики с документальными генеалогиями послать? wink.gif

Карты субкладов Р312 (в тексте S127), U106 (aka S21), L21 (aka S145) и U152 (aka S28) также Америку не открыли - в гораздо больших подробностях они давно доступны на сайтах, посвященных ДНК-генеалогии. Такое ощущение, что какой-то кустарь-самоучка сварганил нечто на 4-х колесах и с гордостью въехал на своем "чуде" на автошоу.

Автор: aklyosov 25.8.2011, 3:16

Почитал я статью. Это, конечно, кошмар. Популяционная генетика в своем отталкивающем обличье.

Действительно, авторы открыли (!), что разные маркеры мутируют с разными скоростями, и они вошли в ступор, как же Животовский со товарищи применяют для всех форматов гаплотипов одну и ту же скорость мутации под названием "популяционная скорость", а именно 0.00069 мутаций на маркер для любых комбинаций маркеров.

То есть то, над чем мы здесь уже больше трех лет смеемся, до них только сейчас дошло. По этой причине они предупреждают международное содружество, что надо к расчетам относиться осторожно, потому что какой другой гаплотип не возьмешь - все разные результаты получаются.

Они даже слово "с осторожностью" в название статьи вынесли, так их пробрало. То, что я еще в 2009 году таблицу для более чем 20 форматов гаплотипов опубликовал в J. Genet. Geneal., они понятия не имеют. То, что в Human Genetics в том же 2009 году о том же писал, и значения приводил - они тоже понятия не имеют.

Будучи в шоке от такого "открытия", они так статью и закончили: "For now, we can offer no date as to the age of R-M269 or R-S217 (это L11 - AK)...". То есть "мы не можем посчитать времена для общего предка субкладов М269 и L11", потому что в тупике. На самом деле это все давно уже посчитано и опубликовано. Я послал Вестник с последней статьей с этими расчетами Capelli, Gusmao, Tоfanelli и Wilson (все они авторы этой статьи), потом расскажу, как они отреагировали. На самом деле эти датировки я публикую, с уточнениями или без, с 2008 года.

Кстати, Wilson - это тот Jim Wilson, который над недавно прислал открытое письмо, выставленное здесь уважаемым Павлом, и который очень интересовался, как мы рассчитываем датировки для R1a1. Оказывается, он работает в Ethnoancestry Ltd, о чем нам не упомянул. То есть попросту приходил пошпионить. Я ему тогда написал большое письмо, которое помещено в последнем Вестнике в разделе ДИСКУССИИ.

Обратно к статье. Итак, вывод первый. Они поняли, что "метод Животовского" - это мусор. Уже хорошо. По этому поводу они раскритиковали Балареску и Морелли, за то, что они применяли "метод Животовского" и явно завысили возраст общего предка М269. Ну, это мы и так знали. В Вестнике есть подробный разбор статей и Балареску, и Морелли.

Дальше, Капелли в этой статье рассмотрели тысячи гаплотипов R1b1b2, но дальше Малой Азии не заглянули. Они хотели именно европейские, потому проигнорировали азиатские - и уйгурские, и казахские и прочие среднеазиатские. Более того, они вычеркнули и все L23, значит, кавказские, анатолийские, ассирийские и прочие. И пришли к выводу, что если их всех вычеркнуть, то возраст всех оставшихся М269 один и тот же. Нет никакого "клина" с востока на запад. А что же они хотели и на что рассчитывали? Клин именно дает переход от L23 (6000 лет) до европейских гаплотипов (4000 лет). Известно, что по всей Европе возраст R1b1a2 один и тот же, кроме Островов с молодыми М222, которые авторы этой статьи и не анализировали.

Создается впечатление, что авторы и не знают ничего про субклады R1b1a2, кроме верхних. На рис. 1 у них приведены субклвды, всего семь. М222 среди них есть, но его нет ни на картинках, ни в расчетах. Впрочем, расчетов у них тоже нет.

Смешно, что они написали, что "вопреки общему убеждению, результат расчетов (возраста общего предка) зависит от выбора маркеров в гаплотипе". То есть они кроме Животовского и его последователей (типа тех же Балареску и Морелли) ничего больше не читали и не знают.

В целом, статья производит впечатление своей жуткой убогостью. Там, где очевиден субклад L23, они пишут "восточный мотив M269 (DYS393 - 12)". И так далее в том же духе. На рис. 2 вся Иберия зачернена L11, так они пишул, что миграции в Европе шли с востока. Если старейший субклад на Пиренеях, и нигде в Европе его больше нет (есть еще на Островах, куда Колоколовидные Кубки тут же достигли морем), то какое с востока? То есть придумать все можно, могли и на вертолете с востока долететь, но надо же начинать с простейшего объяснения. Субклад Р312 вообще не рассматривали, сразу от L11 перескочили к L21, U152, U106. Ну и получили, естественно, что два последних во Франции. А то, что Р312 на Пиренеях, откуда дочерние U106 и пошли во Францию, об этом у них ни слова. Вообще вот эта сумбурность тоже приятно удивляет.

Вот замечательная фраза. Для установления времени общего предка "мы показали, что не все STR равны в этом контексте". Они показали!! С ума сойти. Так и пишут - "we have shown that not all STRs are of equal use in this context".

Популяционная генетика. Что с них взять.

В общем, популяционная генетика.



Автор: Igor1961 25.8.2011, 3:37

Полагаю, сам автор пресловутой модели, будучи профессиональным математиком, осознает ее недостатки, но по каким-то причинам не хочет отказываться от нее, и давит своим авторитетом. Вот и приходится попгенам выкручиваться, чтобы и овцы были целы, и волки сыты. Самое лучшее, что до сих пор они придумали - это обрубить гаплотип до 6-9 маркеров и считать свои "вариативности" в таком грубом приближении. С зябликами и белочками, что размножаются раз в год, а то и чаще, наверное, такое искусственное загрубление имеет смысл, а с людьми - сплошной конфуз mellow.gif

Автор: aklyosov 25.8.2011, 4:01

Так они свои "вариантивности" и в этой работе поперек ветвей и субкладов считают. При этом такую "математику" наводят, что цирка не надо.

-- "Interpolation was performed using the inverse distance weighting procedure".

-- "The R statistic package".

-- "Median STR variance" - это поперек ветвей и субкладов-то.

-- "...following 1000 bootstrap replicates with replacement over individuals".

-- "Regresssion analysis was performed in R to compare average STR variance" - и это опять поперек ветвей гаплотипов.

Думаю, что популяционные генетики в цирке не смеются.

Автор: Igor1961 25.8.2011, 4:01

Цитата(Igor1961 @ 25.8.2011, 1:27) *
Может, им графики с документальными генеалогиями послать? wink.gif


Например, этот, что сделан для использованного авторами формата.

[attachment=754:Lin_16.PNG]

В качестве экспериментальных точек использовались данные из документальных генеалогий (охват от 300 до 2300 лет назад) и датировки надежно сходящихся ДНК-генеалогических линий, рассчитанные в максимально точном из имеющихся приближений - по 67-маркерным гаплотипам лнейным методом с поправкой на возвратные мутации.

Автор: aklyosov 25.8.2011, 4:04

Цитата(aklyosov @ 24.8.2011, 20:01) *
Так они свои "вариантивности" и в этой работе поперек ветвей и субкладов считают. При этом такую "математику" наводят, что цирка не надо.

-- "Interpolation was performed using the inverse distance weighting procedure".

-- "The R statistic package".

-- "Median STR variance" - это поперек ветвей и субкладов-то.

-- "...following 1000 bootstrap replicates with replacement over individuals".

-- "Regresssion analysis was performed in R to compare average STR variance" - и это опять поперек ветвей гаплотипов.

Думаю, что популяционные генетики в цирке не смеются.


Посылать им что-либо бесполезно. Помните, как мы с неким "тау" здесь это обсуждали? Они не воспринимают.

Можно перефразировать - "кто с популяционными генетиками имел дело - в цирке не смеются".

Автор: Igor1961 25.8.2011, 4:15

Цитата(aklyosov @ 25.8.2011, 10:01) *
Так они свои "вариантивности" и в этой работе поперек ветвей и субкладов считают. При этом такую "математику" наводят, что цирка не надо.

А вот здесь стоять будут, как под Сталинградом, поскольку весь математический аппарат поп. генетики выстроен под такое усреднение. Поменять же что-то в консерватории, похоже, кишка тонка, поскольку владение этим аппаратом у большинства (есть такое подозрение) сводится к подстановке цифр в уже написанные профессионалами программы. То, что к таким расчетам можно применять методы химической кинетики, в их головах не укладывается, поскольку они вряд ли вообще представляют, что это такое. Издержки образования sad.gif

Плюс сказывается своего рода табу на само упоминание факта, что существуют другие методики обработки тех же самых данных. Вдруг новохронологом или расистом обзовут? Научный планктон боится этого, как огня. Боится настолько, что в упор не видит, что 90 % датировок в ДНК-генеалогии совпадает с традиционными историческими (чего нельзя сказать о поп. генетических), а само понятие расы практически не фигурирует в парадигме. Вот и изобретают один велосипед за другим, в меру своих способностей.

Автор: aklyosov 25.8.2011, 13:02

Все верно.

Надо сказать, что в обсуждаемой статье самый главный "вывод" - что расчет датировак по гаплотипам в настоящее время невозможен из-за сложности задачи, в основном потому, что результаты расчета зависят от того, какие STR (то есть маркеры) берутся для расчетов.

Поэтому авторы демонстративно используют только "вариативности" (опять же считая поперек ветвей, и не понимая, что ЭТО - самая главная проблема попгенетики), и на этом основании строят свои карты. По указанным причинам датировок не дают, подчеркивая в заключеним работы, что этого сделать не могут, и другим не советуют. Наука, мол, до этого еще не дошла.

Занятно, что околонаучная пресса, движимая принципом "сенсации любой ценой", представила это так, что авторы внесли гигантский вклад в понимание происхождения европейцев. Не удивлюсь, если авторов выдвинут на Нобелевскую премию.

Но еще интереснее реакция форума RootsWeb. Вчере они целый день посвятили обсуждению этой статьи, причем исключительно с серьезным видом. Поскольку там понимающих ДНК-генеалогию практически никого нет (собственно, потому я там и перестал участвовать, потому что никакого толку), то главный вопрос статьи (см. выше) никто и не упомянул. Все уже второй день обсуждают с серьезным видом карты, найдя в них ряд ошибок, начиная от подписей и обозначений панелей. Воистину, у 28 нянек дитя без глазу.

Мне любопытно, какая реакция будет у тех нескольких основных авторов, которым я послал статью в Вестнике (в англоязычном июньском номере этого года), в которой не 10-15, а 67-маркерные гаплотипы, деревья гаплотипов, анализ по каждой ветви и каждому субкладу, и описана вся мотодика расчета. То есть это как совремнный реактивный самолет против их каменного топора. Предсказываю варианты - либо просто не ответят, либо скажут, что это ненаучно, и нет bootstrap, и вообще где у каменного топора дырка, куда вставляется каменная же рукоятка, либо ответят вежливо "вопрос нуждается в изучении". Правда, Гусмао уже откликнулся, что статью получил, огромное спасибо, начинаю читать.

Так что Сталинград - у них на повестке дня. Жуков и Василевский склонились над картами попгенетики.

Автор: Igor1961 25.8.2011, 13:25

Проиллюстрирую на конкретном примере, насколько беспомощным оказывается попгенетический подход при анализе Y-хромосомных генеалогических линий. Рассмотрим одну этническую группу численностью в несколько сот человек, у которых известны 19 протяженных гаплотипов, из них 15 67-маркерных. Все тестированные участники возводят свой род к этому субэтносу, как минимум, в течение последних 500 лет, и не являются родственниками, по меньшей мере, до 6-го поколения. Как видите, по репрезентативности и численности эта группа удовлетворяет самым жестким требованиям популяционной генетики. Под такую характеристику вполне подошли бы такие малочисленные народы, как кеты или юкагиры, которые пока исследовали исключительно популяционными методами.

Рассчитаем вариативность (т.е. ASD) по каждому локусу, а по ним - время до общего предка, используя одну и ту же "эволюционную" скорость 0,0006 мутаций на маркер на 25 лет. Для сравнения, посчитаем времена в нескольких форматах: 6-маркерном "старом научном" (DYS19, DYS388, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393) и 12-, 25-, 37- и 67-маркерных стандартах FTDNA.

Итак, при счете всей кучей эти 19 гаплотипов дали на удивление близкое время во всех 5-ти форматах - от 28500 лет назад в 12-маркерном до 38000 в 37-маркерном, что для такой глубины практически одно и то же. Как видим, этот субэтнос имеет весьма древнюю историю. Наибольшую вариативность в "старом научном" формате, до сих пор популярном при таких расчетах, дали маркеры DYS392 (ASD = 2,443) и DYS19 (ASD = 1,368). Если использовать эти маркеры в качестве 2-х принципиальных компонент, и отложить на графике их средние значения, то эта этническая группа почти наверняка ляжет очень близко с жителями Прибалтики и севера России. Ничего удивительного в этом нет, потому что выборка состоит из 10-ти гаплотипов N1c1, 8-ми R1a1 и одного I2a2, а все вместе они составляют членов династии Рюриковичей. Ввиду такой полигаплогруппности общий предок у них, разумеется, не летописный Рюрик, а предок гаплогрупп I, N и R. По последним оценкам, он мог жить около 60 тыс. лет назад, а, значит, "эволюционная" константа сильно ЗАНИЗИЛА это время. Если даже принять во внимание, что в выборке всего 1 гаплотип I2a2, и гаплогруппы N и R перетягивают общего предка на себя, оценка "по Животовскому" все равно занижает эту датировку примерно на 10 тыс. лет.

Итак, при счете поперек ветвей мы получаем некую цифру, не поддающуюся никакой трактовке. Про ее поводу можно спекулировать сколько угодно, но это всего лишь сотрясение воздуха.

Может быть, мы получим правильный результат при разделении по ватвям? Попробуем рассчитать время до общего предка носителей N1c1, что образуют компактный кластер в графике Нетворка, также любимой программы попгенетиков. Вот тут-то и начинаются чудеса, о которых поведали в последней статье о R1b1a2. В 6-маркерном формате получается как будто бы точное время жизни Рюрика - 1250 лет назад, но на 12-ти маркерах Рюрик оказывается куда древнее - 2225 лет. Дальше - больше: 25 и 37 иаркеров дали 4900 и 5600 лет, с неожиданным возвратом до 4000 лет на 67-ми маркерах. Легко понять ступор, в котрый впали попгены, а журналисты из ВВС тут же раззвонили по всему миру tongue.gif

Так, может, не надо мудрствовать лукаво и считать только по бикини-формату, в котором нет никаких подводных камней? Давайте проверим на 8-ми рюриковичах гаплогруппы R1a1. Вот что получилось по мере увеличения маркеров в панелях: 7275, 7375, 10350, 16650 и 13125 лет назад. Тенденция та же, но разнобой в цифрах не поддается никакой оценке. По идее, общий предок этой линии должен бы совпадать с предком R1a1 на Русской Равнине, но какой цифре верить?

Наконец, снова доверимся Нетворку и посчитаем, когда жил предок компактного кластера из 4-х гаплотипов, относимого к субкладу R1a1a1g2. Получаем последовательно вот что: 6500, 3900, 2600, 3000 и 2775 лет. Все летит кувырком - расчеты выдали в общей сложности 20 цифр, и все "в молоко".

Напомню, что при расчетах, сделанных по правильной методике, линии N1c1 и R1a1a1g2 четко сходятся, каждая сама по себе, к одному и тому же времени, попадающему на время жизни летописного Рюрика - около 1150 лет назад. Причем точность закономерно нарастает по мере увеличения числа маркера в гаплотипе, а не скачет как безумная.

Спрашивается, кто после всего этого новохронолог? Если кто скажет, что к таким выборкам нельзя применять "эволюционный подход", пусть прочтет еще раз первый абзац. Что, разве у кетов или юкагиров не может быть точно такая же ситуация с несколькими относительно недавними общими предками?

Автор: aklyosov 26.8.2011, 15:18

Ситуация среди попгенетиков и "примкнувших", как выявила реакция на статью про R1b1a2 как лакмусовой бумажкой, оказалась намного хуже, чем я ожидал. Хотя я думал, что хуже быть уже не может.

Вчере у меня была некоторая коллизия с Диенекесом, которая меня порадовала. А порадовала потому, что еще раз показала, что мы не только занимаемся важным и нужным делом, но действительно полностью размежевались с "популяционной генетикой". Это еще раз выпукло показало, что мы развиваем совершеннно другой подход , чем попгенетика, и что все смешные претензии попгенетиков, что ДНК-генеалогия - это якобы и есть попгенетика - абсолютно несостоятельны. Они сами не верят, что это попгенетика, просто бесятся от какой-то (непонятной мне) злости.

Что произошло вчера? Диенекесу очень понравилась статья, и он написал в своем блоге, что эту статью надо было назвать "эпитафия расчетам по STR". Что статья еще раз убедительно показала, что расчеты по мутациям в гаплотипах неверны в принципе, не имеют смысла, принципиально ошибочны, о чем он, Диенекес, много раз писал раньше.

Иначе говоря, Диенекес написал совершенно откровенно, что ДНК-генеалогия - не часть популяционной генетики. Что она вообще не существует в его понимании. Что то, чем мы занимаемся, это совершенно отдельная область, в его представлении - неверна.

После его слов поступило 25 комментариев, и никто не возразил. С ним схлестнулись, но по другим вопросам.

Я написал в шуточном виде, что, мол, большое спасибо за доставленное удовольствие, как Диенекесом, так и комментаторами, хорошо посмеялся. Что Диенекес, видимо, просто провоцировал аудиторию, и аудитория на это попалась. И написал, что по поводу R1b1a2 опубликованы сотни страниц с расчетами, датировками, причем перекрестными методами, и утверждать, что расчеты неверны, просто невозможно.

Я не исключал, что Диенекес напишет в ответ, что да, мол, пошутил, и что мне тогда свое (неважное) мнение о Диенекесе придется изменить. Ничего подобного. Он ответил, что все опубликованное, о чем я упомянул, это мусор.

Я написал в ответ, что то же самое кто-нибудь может написать и про его блог, и Диенекес ответил бы, что это необоснованно и злонамеренно, и такой ответ были бы правильным. Так вот, такой ответ даю и я.

На этом я из дискуссии вышел. Не знаю, пропустил ли Диенекес мой последний ответ.

Так вот, возвращаюсь к началу. Меня такая реакция Диенекеса порадовала. Это показало, что мои предыдущие коллизии с ним были заакономерными, я не ошибался. Это также показало, что у нас - свое направление, причем новое и оригинальное. Это показало, что мы не повторяем кого-то, у нас - свои подходы, своя методология, свои результаты.

И это - самое главное.

Наконец, это еще раз показало, что с попгенетиками и прочими людьми с мозгами типа Сабитова, Диенекеса и других обсуждать что-либо - это без толку. Они не мотивируют, не обосновывают. Они просто изрекают негативные оценки, которые давно сформированы на основе чего-то "нутряного". Раскладывать перед ними корреляции, константы, сопоставлять линейный и логафифмический и другие методы - бесполезно. Они не врубаются, им глаза застит совершенно другое. А именно - "нэ трэба".

Поэтому нам надо спокойно заниматься своими делами, но время от времени анализировать их "подходы", иллюстрируя более наглядно, как НЕ НАДО делать. Они-то этого делать по отношению к нашим подходам не могут и не умеют. То, что выше показал Игорь Львович по отношению к подходам попгенетики - я никогда не видел, чтобы подобное написали попгенетики по отношению к нашим подходам. А очень хотелось бы. Но увы, сие невозможно. Алхимия критиковать химию по сути не может, может только заклинаниями. Хотя химия выросла из алхимии.


Автор: Igor1961 26.8.2011, 16:37

Цитата(aklyosov @ 26.8.2011, 21:18) *
... с попгенетиками и прочими людьми с мозгами типа Сабитова, Диенекеса и других обсуждать что-либо - это без толку. Они не мотивируют, не обосновывают. Они просто изрекают негативные оценки, которые давно сформированы на основе чего-то "нутряного". Раскладывать перед ними корреляции, константы, сопоставлять линейный и логафифмический и другие методы - бесполезно. Они не врубаются, им глаза застит совершенно другое. А именно - "нэ трэба".

Поэтому нам надо спокойно заниматься своими делами, но время от времени анализировать их "подходы", иллюстрируя более наглядно, как НЕ НАДО делать. Они-то этого делать по отношению к нашим подходам не могут и не умеют. То, что выше показал Игорь Львович по отношению к подходам попгенетики - я никогда не видел, чтобы подобное написали попгенетики по отношению к нашим подходам. А очень хотелось бы. Но увы, сие невозможно. Алхимия критиковать химию по сути не может, может только заклинаниями. Хотя химия выросла из алхимии.

Честно говоря, я до сих пор не могу понять, неужели среди нескольких десятков человек, специализирующихся на Y- и митоДНК, нет ни одного более-менее грамотного математика? Меня лично заинтриговал бы тот факт, что при анализе аутосомных маркеров точность оценок растет по мере их увеличения, а с Y-хромосомой все наоборот - вариативности скачут, как ненормальные, так что вообще никаких выводов сделать нельзя. То, что взвод попгенетиков, опубликовавших работу по R1b1a2, решил избегать термина "время слияния" (coalrscence time) вовсе не означает, что одни лишь "вариативности" окажутся более информативными. По сути, это одно и то же, только записанное в разных единицах измерения.

Пока они делают хорошую мину при плохой игре, но своими выкладками уже подписали приговор - все датировки и выводы, сделанные ими из анализа STR за последние несколько лет (а это десятки, если не сотни статей), следует выбросить в мусорное ведро. Показать, что китайцы по Y-хромосомному набору близки к корейцам, а жители Тосканы - к жителям Малой Азии, это их методы позволяют, но сказать, когда и каким образом это получилось - никак.

Обидно то, что теперь они (точнее, кормящиеся с их руки "активисты") будут трубить на каждом углу, что ДНК-генеалогия - лженаука, потому что там считают датировки, да еще с точностью до 10 %, что принципиально невозможно. А раз невозможно, то и нечего вникать, что там у них за формулы - наверняка какой-нибудь мухлеж. Как пробить стену, не знаю. Серьезные историки и лингвисты будут больше доверять тому, что написано в академических журналах, особенно, если не в ладах с математикой.

Автор: aklyosov 26.8.2011, 17:02

Ничего страшного. Рецепт один - публиковать данные, обсуждения, выводы, причем сначала для обкатывания всего этого в Вестнике, потом - в академических журналах. Обкатка - это и значения констант, и методов расчетов, и гипотезы, и графическая подача, и выводы, которые уточняются. Это иногда меняется, юстируется, перепроверяется, и для Вестника это нормально, он для того и создан.

А далее - надо выходить с серией статей для последовательного рассмотрения основных положений ДНК-генеалогии и ее связи с языкознанием, археологией, историей. Легкая проблема в том, что генетические журналы контролируются теми же Диенекесами, Баларесками, Андерхиллами, Животовскими, Балановскими, Сабитовыми и подобными им (фамилии не обязательно именно те, но то же "нэ трэба"), но эта проблема решаема. Именно потому я дал согласие войти в редколлегию Advances of Anthropology, что они хотят представить там ДНК-генеалогию. Там можно эту серию и дать. Первую статью, например, по константам, расчетам, калибровкам и корреляциям по временам и гаплотипам. Вторую - по гаплогруппе А и древнейшей истории происхождения человека по гаплогруппам и 22-маркерным гаплотипам. Третью - по R1a1, по всем выявленным ветвям-субкладам и истории образования. Четвертую - по R1b1, по всем выявленным субкладам и истории образования. Пятую - по гаплогруппе N1с1 и связи ее с древними N. Шестую - по гаплогруппе I, и ее предполагаемой истории, связав с археологией. Седьмую - по основным гипотезам о связи гаплогрупп-гаплотипов и вопросов языкознания, начиная от ностратического языка. И так далее.

Мы с Игорем Львовичем это в целом обсуждали, и "цели ясны, задачи определены".

Вот это и есть нормальный научный подход.

Автор: Славер 26.8.2011, 17:02

"Активисты" уже трубят, например, что русские не славяне. Упор на генетику:
http://rutube.ru/tracks/2598558.html
Исправил ссылку. Первая была неверной.

Автор: aklyosov 26.8.2011, 17:13

Цитата(Славер @ 26.8.2011, 9:02) *
"Активисты" уже трубят, например, что русские не славяне. Упор на генетику:


Уважаемый Славер, не обращайте внимания. Это - игра в слова. Особенно когда определения "славяне" там не дается.

Тот очевидный факт, что мы говорим на славянском языке, уже определяет нас в славян. А все остальное - как определить.

Тот чудак на видео напирает на то, что наши предки пришли из Азии. А как насчет западноевропейцев? То же из Азии. А перед этим, возможно, что из Африки. Опять чудак будет напирать, что мы не славяне, а африканцы.

На всех чудаков нас не хватит. Поэтому надо игнорировать. Делать то, что мы делаем.


Автор: Igor1961 27.8.2011, 6:42

Раз уж меня http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?s=&showtopic=1572&view=findpost&p=76795 моей основной специальностью, позволю привести пример из истории химии, что как две капли воды напоминает нынешнюю ситуацию с популяционной генетикой и ДНК-генеалогией.

Началась она в начале 20-х гг. 20-го века, когда 40-летний профессор престижнейшей Высшей Технической школы в Цюрихе начал публикацию работ, в которых впервые ввел в оборот термин "макромолекула" и заложил основы новой науки - химии и физики полимеров. Его коллеги, включая целое созвездие нобелевских лауреатов, отнеслись, мягко говоря, скептически к такой идее, и если бы не большой авторитет Германа Штаудингера (так звали профессора) как химика-органика, то его идеи, возможно, вообще бы не прошли рецензирование в более-менее солидном научном журнале. Тогда считалось, что не существует молекул с массой больше, чем 4 тысячи атомных единиц, поскольку по термодинамическим критериям теоретически невозможны химические реакции, что приводили бы к таким продуктам. Природные полимеры, включая белки и нуклеиновые кислоты, рассматривали как разновидность коллоидных частиц, а, значит, заявки на их особый "макромолекулярный" статус спекулятивны. Вердикт научного сообщества 20-х гг.: нет такой науки - химия и физика полимеров (по-английски просто polymer science), а есть раздел коллоидной химии, занимающийся очень узким кругом объектов, и не более того.

Неизвестно, как долго теория Штаудингера оставалась бы одним из маргинальных течений, если бы не руководство американкой химической фирмы "Дюпон", что дало в 1928 г. карт-бланш талантливому синтетику У. Карозерсу на разработку перспективных материалов, и тот за какие-то 5 лет выдал серию патентов на производство синтетических волокон, полистеров и полиамидов, что тут же завоевали мировой рынок. Их свойства и методы получения в точности подтвердили правоту Штаудингера, который в 1953 г. был удостоен Нобелевской премии, и до сих пор считается основателем новой науки, что по практическому значению в разы переросла коллоидную химию, куда ее искусственно загоняли.

В данном примере химическая фирма пошла на риск, профинансировав исследования, что по господствовавшей парадигме, не имело смысла даже начинать - такие молекулы синтезировать нельзя, а если даже что-то и получится, то это не будет иметь никакого практического применения. И не прогадала, потому что им были нужны не шашечки, а ехать.

В ДНК-генеалогии место Штаудингера уже занято, осталось лишь дождаться, когда появится свой Карозерс.

Автор: Шоломич 27.8.2011, 7:03

Цитата(Igor1961 @ 27.8.2011, 7:42) *
В ДНК-генеалогии место Штаудингера уже занято, осталось лишь дождаться, когда появится свой Карозерс.

Дерзай брат, у тебя есть все шансы занять это вакантное место - оно достойно тебя.
Зато "лысенковцев" хоть отбавляй. laugh.gif

Автор: Igor1961 27.8.2011, 7:12

Цитата(Шоломич @ 27.8.2011, 13:03) *
Цитата(Igor1961 @ 27.8.2011, 7:42) *
В ДНК-генеалогии место Штаудингера уже занято, осталось лишь дождаться, когда появится свой Карозерс.

Дерзай брат, у тебя есть все шансы занять это вакантное место.

В том смысле, что тоже работаю в химической компании? dry.gif

Автор: Igor1961 27.8.2011, 7:48

Цитата(Шоломич @ 27.8.2011, 13:03) *
Зато "лысенковцев" хоть отбавляй. laugh.gif

Ну, здесь аналогия с Лысенко не совсем верная. Тот был все же жуликом и лжеученым с хорошим политическим чутьем, а в противостоянии ДНК-генеалогии и поп. генетики сошлись дисциплины, стоящие на прочном научном базисе.

То есть идет не борьба науки и лженауки, а оформление новой дисциплины, со своим методом и математическим аппаратом. Те, кто освоил попгенетический аппарат с его расчетами вариативностей, корреляционными диаграммами и синтетическими картами (очень полезными по основному своему назначению) в толк не могут взять, зачем нужно придумывать что-то еще. Точная аналогия с химиками 20-х гг., которые недоумевали, зачем придумывать какие-то "макромолекулы", когда физические свойства больших биомолекул прекрасно описываются методами коллоидной химии. Описывались пост-фактум при существовавшем тогда уровне знаний, но не могли предсказать, к примеру, ни способы получения синтетических полимеров, ни их физические свойства. А новая наука смогла.

К чести довоенных ученых, преимущественно немецких, дискуссии по этим вопросам не перерастали в сведение счетов и шельмование несогласных с "генеральной линией". То, что сейчас происходит с обсуждением поп. генетических работ, видимо завязано на какие-то корпоративные интересы. Во всяком случае, со стороны людей думающих, которые в поп. генетике, хочется надеяться, немало. Они пока молчат, ждут, куда ветер (в виде грантов и ставок) подует. Те же, кто поднимает хай, делают это по скудоумию, потому что больше ничего не умеют.

Автор: Шоломич 27.8.2011, 8:18

Цитата(Igor1961 @ 27.8.2011, 8:12) *
Цитата(Шоломич @ 27.8.2011, 13:03) *
Цитата(Igor1961 @ 27.8.2011, 7:42) *
В ДНК-генеалогии место Штаудингера уже занято, осталось лишь дождаться, когда появится свой Карозерс.

Дерзай брат, у тебя есть все шансы занять это вакантное место.

В том смысле, что тоже работаю в химической компании? dry.gif

В том смысле, что ты человек – науки или от науки. С потенциалом.

Автор: Шоломич 27.8.2011, 8:33

Цитата(Igor1961 @ 27.8.2011, 8:48) *
Цитата(Шоломич @ 27.8.2011, 13:03) *
Зато "лысенковцев" хоть отбавляй. laugh.gif

Ну, здесь аналогия с Лысенко не совсем верная. Тот был все же жуликом и лжеученым с хорошим политическим чутьем, а в противостоянии ДНК-генеалогии и поп. генетики сошлись дисциплины, стоящие на прочном научном базисе.


Это имя нарицательное и не надо углубляться в суть разницы этих двух дисциплин.
Или они не жульничают? wink.gif Такая у них метОда. smile.gif

Автор: aklyosov 27.8.2011, 15:10

Цитата(Igor1961 @ 26.8.2011, 23:48) *
Цитата(Шоломич @ 27.8.2011, 13:03) *
Зато "лысенковцев" хоть отбавляй. laugh.gif

Ну, здесь аналогия с Лысенко не совсем верная. Тот был все же жуликом и лжеученым с хорошим политическим чутьем...


Хорошее эссе, уважаемый Игорь Львович. Но в отношении цитаты, при всей ее в общем правильности, должен немного заступиться за МОЛОДОГО Лысенко. Молодой Трофим Лысенко был преданным науке и талантливым исследователем. Не зря его заметили. Но дальше он энергично впитал дух и стиль тоталитарного, брутального руководства общества, и с успехом (для себя) обратил его в свою пользу. В подавлении научных оппонентов он активно использовал доносы, аресты (руками НКВД-ГПУ-МВД), ссылки, расстрелы. Его стандартный инструмент был психологическое подавление возможных оппонентов простыми приемами, которые сразу снимали возможность научной оппозиции. Свой доклад на печально известной сессии ВАСХНИЛ он начал с того, что "ЦК партии рассмотрел мой доклад и одобрил его". Ну и какая после этого может быть дискуссия?

Кстати, в середине 1970-х я, приехав в "Дом на набережной", перепутал этаж и позвонил в дверь этажом ниже. Дверь открыл Т.Д. Лысенко в пижаме, на которой висела Золотая Звезда Героя (социалистического труда). На пижаме.

Хотя имя Лысенко и стало нарицательным, но, похоже, оно теперь сдвинуто по смыслу. Я так, честно говоря, и не пойму, какой смысл сейчас в него вкладывается.

Автор: aklyosov 27.8.2011, 15:27

Цитата(aklyosov @ 26.8.2011, 7:18) *
Ситуация среди попгенетиков и "примкнувших", как выявила реакция на статью про R1b1a2 как лакмусовой бумажкой, оказалась намного хуже, чем я ожидал. Хотя я думал, что хуже быть уже не может.

Вчере у меня была некоторая коллизия с Диенекесом, которая меня порадовала. ...

... На этом я из дискуссии вышел. Не знаю, пропустил ли Диенекес мой последний ответ.


Пропустил полностью, в том числе и прямой намек на то, что я считаю его комментарий необоснованным и злонамеренным.

Более того, он смягчил тон и ответил, что нас рассудит будущее.

Ну, ясен пень. rolleyes.gif


Автор: Шоломич 27.8.2011, 15:31

Хотя имя Лысенко и стало нарицательным, но, похоже, оно теперь сдвинуто по смыслу. Я так, честно говоря, и не пойму, какой смысл сейчас в него вкладывается.
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Заводя под базу, ареал обитания и учёт популяции индивидов, они на почве попгенетики сажают генеалогические деревья, а потом их пилят и продают их как оберег от ДНК-генеалогии. smile.gif

Автор: aklyosov 17.10.2011, 13:03

Народ продолжает потешаться над "популяционными скоростями Животовского". Сегодня на RootsWebDNA обсуждалось, каким образом посчитали, что в мире 7 миллиардов человек, и если бы использовали "константу Животовского", то получили бы в три раза больше:

Message: 12
Date: Sun, 16 Oct 2011 21:01:05 -0400
Subject: Re: [DNA] funny headline
To: genealogy-dna@rootsweb.com
Message-ID: <4E9B7E51.9060104@jarman.net>
Content-Type: text/plain; charset=UTF-8; format=flowed

7 billion seems too low; lets apply the Zhiv rates to raise the count to
21 billion.


Автор: Павел Шварев 17.10.2011, 22:54

Цитата(aklyosov @ 17.10.2011, 14:03) *
Народ продолжает потешаться над "популяционными скоростями Животовского". Сегодня на RootsWebDNA обсуждалось, каким образом посчитали, что в мире 7 миллиардов человек, и если бы использовали "константу Животовского", то получили бы в три раза больше:
ПЖиВДНКг
Партия Жуликов и Воров в ДНК-генеалогии!

Автор: aklyosov 17.10.2011, 23:03

Ну это Вы, уважаемый Павел, перебираете. Человек просто не очень грамотен в
некоторых вопросах, а Вы его в воры.

Автор: Павел Шварев 17.10.2011, 23:14

Цитата(aklyosov @ 18.10.2011, 0:03) *
Ну это Вы, уважаемый Павел, перебираете. Человек просто не очень грамотен в
некоторых вопросах, а Вы его в воры.
Не вор, а жулик detected.
В ворах у нас из этой шайки другие фамилии числятся.
Если неграмотен, но честен, давно бы признал факты несоответствия своей методики реальности, сказал бы, ребята, я туплю, простите, не обращайте на мои прежние ошибочные выводы внимание. И это бы было честно по отношению к исследовательскому сообществу. А так, это чистейшее жульничество.

Автор: Igor1961 18.10.2011, 1:58

Отчасти согласен с Павлом. Яркий пример - статья Балановского о Кавказе. Образцовая с точки зрения сбора и лабораторной обработки материала, в интерпретациях она также образцово-показательный пример суетливого "прогибания под клиента". Для лингвистов они рассчитали все по генеалогическим скоростям, и получили взамен подпись лорда Ренфрю, для попгенов - по Ж, и там их тоже расхвалили. Если вы такие уж принципиальные, так или трусы наденьте, или крестик снимите, как говорится в одном старом анекдоте.

Автор: aklyosov 19.10.2011, 2:23

Цитата(Павел Шварев @ 17.10.2011, 15:14) *
Цитата(aklyosov @ 18.10.2011, 0:03) *
Ну это Вы, уважаемый Павел, перебираете. Человек просто не очень грамотен в
некоторых вопросах, а Вы его в воры.
Не вор, а жулик detected.
Если неграмотен, но честен, давно бы признал факты несоответствия своей методики реальности, сказал бы, ребята, я туплю, простите, не обращайте на мои прежние ошибочные выводы внимание. И это бы было честно по отношению к исследовательскому сообществу. А так, это чистейшее жульничество.


Вот это верно. Согласен. Если бы Л. Животовский выступил со статьей в одном из тех крупных журналов, в которых публиковался сам и продолжают публиковаться его многочисленные последователи, и денонсировал свои методы расчетов, это принесло бы большую пользу попгенетике.

То, что этого не делает, неважно характеризует его и как ученого, и как человека. Здесь "неважно" - это мягкое слово.

Автор: Igor1961 20.10.2011, 16:27

Началась ожидаемая контратака в виде многократно повторенного дерева Маугли на DNA forums
http://radikal.ru/F/s53.radikal.ru/i139/1110/ee/44f07f2c40b8.png.html

Обратите внимание, как он жестом сеятеля выкинул целую охапку снипов , не подкрепленных пока НИ ОДНИМ опубликованным гаплотипом, заодно приписав их к тому или иному месту. К венедо-сарматской фразеологии решил в этот раз не прибегать, ограничившись загадочной Куманией (она же Половецкое Поле) и Южным Уралом в качестве родины всех европейских ветвей, включая "десятников".

Народ что-то там начал обсуждать и даже одобрять, за исключением скептически настроенных скандинавов и пана Станислава (Atim).

Честно говоря, нет никакого желания обсуждать эту пустышку, пусть и поданную в красивой обертке. Имел уже опыт с его деревом N1c1, из которого оказалось нереальным вытянуть хоть какую-нибудь полезную информацию. Кружочков и стрелочек там было не меньше, но такое ощущение, что они, собственно, и были самоцелью.

Как вот только дать понять заинтересованным участникам, что им предлагают суррогат вместо настоящего продукта?

Автор: Martell 20.10.2011, 18:55

Цитата(Igor1961 @ 18.10.2011, 23:14) *
Сегодня посетители DNA forums были свидетелем очередной серии визга известных товарищей, теперь по поводу якобы подтасованной http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?s=&showtopic=1312&view=findpost&p=79206 на нашем сайте.


А шо на перпендикуляре то деится. Лучшие местные "филогенисты R1a" (но по странному стечению обстоятельств из других гаплогрупп) реальный шабаш устроили с ломанием стульев. Нашим досталось само собой, а заодно по доносу обретающегося у нас постоянно начальника ихней Дефензивы воришки веренича их Тунцу (Семарглу) и нашему-ихнему Генезису. rolleyes.gif Я так и не понял - за что?
Кстати, "прямой и честный" евген более всех того-этого накладывает, оно понятно по АК, но Вас то за что бездарем и нацистом назвал?

Основной пункт обвинений - у нас ученые не знают, что такое популяционная генетика, истинных ученых здесь нет (ученые степени ваще ниочем, а важнее соавторство в статьях) и "считают они неправильно". Последнее особенно забавно. biggrin.gif

Остаюсь в недоумении, по какой причине очередной прилив жидкости к головке???
Мы же это того-этого давно не трогали и повода не давали...


Автор: Боромир 20.10.2011, 22:39

Цитата(Martell @ 20.10.2011, 11:55) *
Остаюсь в недоумении, по какой причине очередной прилив жидкости к головке???
Мы же это того-этого давно не трогали и повода не давали...

Да просто время пришло.

Не знаю, что у них там на молгене, но здесь я приведу перл Маугли с дна-форумс. Он заслуживает отдельного цитирования.

"The term Cumania includes besides Central Asian steppes all the steppes from South Urals to Hungaria.
This region is much greater for us Europeans than just Central Asia.

1500 years ago and earlier, as you know, this territories were inhabited by Iranian (Scyths, Sarmats) and Turkic languages speakers"

Перевожу для тех форумчан кто с английским не на вы.

"Термин Кумания, кроме центрально-азиатских степей включает в себя все степи от Южного Урала до Венгрии. Для нас европейцев этот термин значительно больше, чем Центральная Азия.

1500 лет тому назад и ранее эти территории были населены ирано- (скифы, сорматы) и тюркоязычными народами."

Мне казалось, что с моими ираноговорящими предками было покончено ещё в 2008 году после http://www.lebed.com/2008/art5386.htm. Ан нет, жив ещё курилка и вполне лопочет по ирански на русской земле.

А все началось с публикации Маугли на дна-форумс его очередного опуса в виде совершенно безобразной карты клада R1a. Нарисовал он её, используя одну из филогенетических программ. Ну, как же… все обсуждают новые снипы, привязывают их к географии (Игорь Львович - ау!!!). Цель - совершенно очевидная - покрасоваться, как павлину на забугорном форуме, потому, что ничего нового, кроме красивой картинки сплошных ошибок сидящих одна на другой, там нет. Начну с воровского элемента. Все древние снипы М420, М448, М17 и М417 он отнес к Средней Азии. Поскольку никаких данных по древним R1a1 в Азии, кроме расчетов АК, неуважаемого молгеновской бандой воров нет, то вывод одназначен - у АК и спёр. Не удивительно, что на законный вопрос индуса Парасара: "Why Central Asia for M420 or M417 or M17? How is Cumania different from Central Asia?" "Почему M420 или M417 или M17 в Центральной Азии? Чем Кумания отличается от Центральной Азии?", - последовал ответ-неответ, который я привел вначале поста.

Мне вообще нанесена смертельная обида. angry.gif Мало того, что я по молгеновцам ираноговорящий сармат, так меня еще и географически в неметчину посадили. Теперь я ираноговорящий сармато-немец. laugh.gif

Думаю, что у форумчан составилось представление о "ценности" R1a дерева очередного вора с перпендикулярного сайта. Где мой германо-ржущий Буцефал? Забыли, что я АЛЕКСАНДР???

Все было бы смешно, если бы на эту тюрьку не велись люди, кто искренне хотят узнать о своих корнях.

Очень удивился, что пан Лапинский повелся на эту муть и стал серьёзно обсуждать опус.

Автор: Igor1961 21.10.2011, 9:20

Цитата(Martell @ 21.10.2011, 0:55) *
Кстати, "прямой и честный" евген более всех того-этого накладывает, оно понятно по АК, но Вас то за что бездарем и нацистом назвал?

Да уж, а ведь когда-то в рот смотрел, каждое слово ловил.
Обычный путь для юноши с пылким сердцем и большой внушаемостью. В 30-е годы такие вот Евгении с чистой совестью строчили доносы на своих товарищей по комсомольской ячейке, свято уверенные, что тем самым они приближают светлое будущее. Много вреда, правда, нанести не успевали, потому что сами быстро попадали в расстрельные списки по доносам более практичных товарищей.

Лавры Джордано Бруно, погибшего за науку (что само по себе миф, на деле сожгли за неортодоксальные религиозные воззрения), ему также не светят. Чтобы обличать ЛЖЕнауку, надо бы для начала иметь представление, что такое НАУКА, и чем она отличается от школярства и начетничества. С этим, я так понимаю, большие проблемы. Если такой борьбой занимался на склоне лет покойный В.Л. Гинзбург, наработавший на пяток "Нобелей", он имел полное на то право. Кричать же вместе с толпой:"Ату его! Ату!" - это уже из репертуара хунвейбинов, что громили университетские аудитории и забивали насмерть собственных профессоров. Им тоже внушили, что это все лженаука и угроза для общества.

Автор: Martell 21.10.2011, 19:08

Цитата(Eugene @ 21.10.2011, 21:54) *
Цитата(Igor1961 @ 21.10.2011, 10:20) *
Цитата(Martell @ 21.10.2011, 0:55) *
Кстати, "прямой и честный" евген более всех того-этого накладывает, оно понятно по АК, но Вас то за что бездарем и нацистом назвал?

Да уж, а ведь когда-то в рот смотрел, каждое слово ловил.
Обычный путь для юноши с пылким сердцем и большой внушаемостью. В 30-е годы такие вот Евгении с чистой совестью строчили доносы на своих товарищей по комсомольской ячейке, свято уверенные, что тем самым они приближают светлое будущее. Много вреда, правда, нанести не успевали, потому что сами быстро попадали в расстрельные списки по доносам более практичных товарищей.

Игорь Львович,
Кто бы говорил такие вещи про 30-е - это именно про Вас, т.к. это не я на Вас ополчился, а Вы на меня после того как мои сообщения стали противоречить генеральной линии Вашего вождя, но и здесь Вы не сразу выступать стали, а сначала в ЛС меня поддерживали и называли Фриками сами знаете кого, но когда поняли, что из поддерживающих остались только Вы один, то тут же решили, чтобы Вас не сочли как несогласного с линией nazy тоже добавить свои 5 коп. Вот это точно поступок малодушный.

Что-то я не вижу как бы Вы активно на чистую воду пытались вывести здешних фриков. Когда чушь говорят - Вы молчите, когда спрашивают - поддакиваете.
Цитата(Igor1961 @ 21.10.2011, 10:20) *
Лавры Джордано Бруно, погибшего за науку (что само по себе миф, на деле сожгли за неортодоксальные религиозные воззрения), ему также не светят. Чтобы обличать ЛЖЕнауку, надо бы для начала иметь представление, что такое НАУКА, и чем она отличается от школярства и начетничества. С этим, я так понимаю, большие проблемы. Если такой борьбой занимался на склоне лет покойный В.Л. Гинзбург, наработавший на пяток "Нобелей", он имел полное на то право. Кричать же вместе с толпой:"Ату его! Ату!" - это уже из репертуара хунвейбинов, что громили университетские аудитории и забивали насмерть собственных профессоров. Им тоже внушили, что это все лженаука и угроза для общества.

Я человек совершенно не амбициозный, в отличие от Вас (узнав это для меня было удивлением, т.к. совершенно не ожидал такого поворота от Вас).

Суть даже не в том, что наука у Вас или нет (свое мнение я оставлю при себе), а в том, что Ваши методы и расчеты имеют совершенно прикладное значение - только средством для подгонки результатов под бредовые идеи превосходства.


Все равно отмечусь. Шо хотите со мной делайте.
Да уж Женя, кроме повальной безграмотности, Вы еще и жалкая личность, причем повторюша-дядя хрюша. Когда вываливают что-то про фашизм, то не надо думать откуда ветер веет.
Малацца, егорка! Свои отруби на молгене ты выслужил.
Жаль, я же ишшо и защищал такое "того-этого". Противно, аднака.

Автор: Igor1961 21.10.2011, 19:26

Цитата(Eugene @ 22.10.2011, 0:54) *
а сначала в ЛС меня поддерживали и называли Фриками сами знаете кого

Спорить с Вами бесполезно, как я вижу. Причем дело уже не во взглядах на предмет обсуждения, а в элементарной порядочности. Я могу понять, если эмоции бьют через край, но если человек прибегает к прямой лжи, то такой оппонент перестает для меня существовать. Все ЛС у меня сохранены, рассказать, по какому поводу они были написаны, как я Вас там поддерживал и было ли там вообще слово "фрик"?

В старой русской армии офицера, публично уличенного в таких вещах, оставляли одного в комнате с револьвером на столе. Но это, видимо, Вас не касается. Прощайте.

Автор: Шоломич 21.10.2011, 19:46

Цитата(Igor1961 @ 21.10.2011, 10:20) *
Лавры Джордано Бруно, погибшего за науку (что само по себе миф, на деле сожгли за неортодоксальные религиозные воззрения), ему также не светят.

Подкорректирую. Католицизм – не является ортодоксальным течением. И Бруно они сожгли за ересь противоречащую и не соответствующую их воззрениям, хотя они сами со своими взглядами, являются еретиками по отношению к православию (ортодоксам).

Автор: Павел Шварев 21.10.2011, 20:20

Обещание не перебегать к ворам мне значит примерещилось?
Нормально...
Евгений, зачем вы сюда пришли после случившегося?
Я не перевариваю лжецов, это все знают.

Автор: Шоломич 21.10.2011, 20:26

Цитата(Павел Шварев @ 21.10.2011, 21:20) *
Обещание не перебегать к ворам мне значит примерещилось?
Нормально...
Евгений, зачем вы сюда пришли после случившегося?
Я не перевариваю лжецов, это все знают.

А помнишь брат, ещё зимой...? Я, к сожалению, оказался прав. Увы…

Автор: Igor1961 21.10.2011, 20:35

Цитата(Igor1961 @ 22.10.2011, 1:26) *
Я могу понять, если эмоции бьют через край, но если человек прибегает к прямой лжи, то такой оппонент перестает для меня существовать.

Цитата(Павел Шварев @ 22.10.2011, 2:20) *
Евгений, зачем вы сюда пришли после случившегося?
Я не перевариваю лжецов, это все знают.

Любопытно... Вроде о разных случаях говорим, а исход один и тот же.

Тот, кого ловили на лжи 2 раза и больше, не удостаивался револьвера на столе. Какой смысл стреляться г..ну? Как был бесформенной кучей, так и останется, лишь забрызгает всех.

Автор: Шоломич 21.10.2011, 20:39

Цитата(Igor1961 @ 21.10.2011, 21:35) *
Тот, кого ловили на лжи 2 раза и больше, не удостаивался револьвера на столе. Какой смысл стреляться г..ну? Как был бесформенной кучей, так и останется, лишь забрызгает всех.

Для этого случая, вместо револьвера, предоставлялся унитаз. smile.gif

Автор: Павел Шварев 21.10.2011, 21:05

Цитата(Шоломич @ 21.10.2011, 21:26) *
А помнишь брат, ещё зимой...? Я, к сожалению, оказался прав. Увы…
Видимо планида у меня такая, мазохистская - доверять слабо знакомым людям, сперва пригрел у себя на форуме Запаоржченко, уволок Топ 250 русских фамилий, потом полностью доверился помошнику Григорьеву доверил зарегить ему на себя мой проект ДНАТрий, в итоге проект сперли, и на его базе раскрутился прокисший молген.
Ладно, зато теперь мы знаем ху из ху.
Цитата
Для этого случая, вместо револьвера, предоставлялся унитаз. smile.gif

Игорь, дерни веревку, а я дезодорантом попшикаю.


Автор: aklyosov 22.10.2011, 1:21

Ну что же, многие высказались, суть ясна.

Дезертира и лжеца я выставил.

Автор: Павел Шварев 22.10.2011, 10:47

Ну, а я на Рашн импайр продизенфицировал, а то Евген до последнего момента оставался в соадминистраторах, я надеялся, что все поотстынут и человек вернется к делу.

Автор: Павел Шварев 22.10.2011, 20:06

Цитата
Я Вам проект этот доделал до рабочего состояния и завершенного вида - чему очень рад, что гаплотипы увидели свет (или свет их).

Великая работа - расставить гаплотипы по гаплогруппам!
Лучше бы я за пару вечеров это сделал, чем потом слышать такой истошный стон труженника.

Автор: Павел Шварев 22.10.2011, 20:17

Цитата(Eugene @ 22.10.2011, 20:00) *
Вы все как лицемеры даже перед друг другом и говорите то, что даже не думаете, как Вам друг с другом не пративно еще мусолить нацисткие идеи.

Какую Вы Павел, с таким поведением демакратию желаете вести. Вы просто хотите вместо одних воров поставить своих и дальше меланхольничать.
Яв генрунете больше 10 лет, ни разу и нигде до вчерашнего дня я не пропагандировал свои политические взгляды, вы не найдете у меня ни одного фашистского высказывания.

Попробуйте....

Чтобы больше за меня не выдумывали, я раскрываю свои политические взгляды - с начала 90-х убежденный национал демократ. Фашистская и имперская линия в национализме - не мое.
Постарайтесь это запомнить, чтобы я больше не слышал стона о моих "нацистских идеях".

Автор: aklyosov 16.11.2011, 2:14

Цитата(Боромир @ 15.11.2011, 14:35) *
А можно хотя бы часть их осветить для русскоговорящих форумчан?


Много пересказывать, к сожалению. Там же как встрянешь - уже не выбраться.

Началось с того, что Кен Нордтведт предложил тамошним форумчанам некую задачку на нахождение общих предков, сопроводив ее обычными словами, что с ветвистыми деревьями никто работать не умеет. Я-то знаю, что он сам в первую очередь с ними работать не умеет, все деления на ветви производит вручную, по аллелям, и, естественно, нещадно дробит. У него где мутированная аллель(даже быстрая) - это новая ветвь-субклад. Поэтому у него в I1 таких "субкладов" уже штук тридцать, если не больше, и у каждого свой индекс и название. Это типа если бы мы в R1a1 делили на субклады так: для DYS390 = 23, 24, 25, 26 - уже четыре субклада, плюс DYS19 = 15, 16 и 17 - еще три варианта, значит, берем все пермутации с первыми четырьмя, и так далее. Он же деревья не умеет строить, и не понимает, что это все может быть одна ветвь, это просто мутации.

Короче, мне это надоело, и я сказал, что все это давно решено, вчерашний день ДНК-генеалогии. Занятно, что он и не возразил. Потом пару раз высказывался, но по сопровождающим "моментам", в целом позитивно.

Но тут, естественно, выскочил Понтикос, для которого я типа красной тряпки для быка. Я же ведь его умыл в последнем Вестнике, на английском языке, что он понятия не имеет в гаплотипах и мутациях, и поместил линк на Rootsweb, потому что спросили, как я отношусь к статье Busby. А я Понтикоса умывал именно в связи с этой статьей. Короче, грек выскочил, и объявил, что мои расчеты неправильны, потому что я рассчитал для E-V13 время жизни общего предка 3400 лет назад, а только что нашли кости в испанской могиле, с датировкой 7000 лет назад, и там E-V13.

Я объяснил полуграмотному Понтикосу, что наши расчеты относятся к гаплотипам ныне живущих людей, и мы считаем времена жизни ИХ общих предков, и достигаем до дна только бутылочных горлышек популяции. А выкапывают кости тех, кто могли жить ДО бутылочного горлышка. И я добавил, что не представлял, что есть здесь такие, что этого не знают.

Понтикос уполз зализывать раны, и больше не появлялся. Но со злости и от бешенства поместил у себя на сайте пасквиль, что я фальсифицирую данные biggrin.gif

Короче, таких как Понтикос раньше били канделябрами. Я знал, что он подлец, но не предполагал, что до такой степени.

Но никто на форуме на это не отреагировал, и ко мне пошел поток вопросов для разъяснений. Майка прислал список из 193 67-маркерных гаплотипов E-V13, и, разумеется, они дали гладкое дерево с одним общим предком и возрастом примерно 3400 лет. Расчеты по коротким гаплотипам Cruciani и Battaglia дали примерно 2600 лет. Ни о каких 7000 лет и вопросов нет. Я показал и на отдельных медленных маркерах, типа DYS393, что если бы до предка было 7000 лет, то DYS393 дал бы довольно много мутаций, а их на самом деле всего несколько, как раз для 3400 лет назад.

Но дискуссия показала, что есть такие, которые все равно в упор не хотят видеть никакой ДНК-генеалогии. Есть один активный там мексиканец, так от после всех моих объяснений объявил, что он не верит в расчеты по мутациям, и что я неправильно расчитал E-V13, потому что там должно быть 7000 лет. Круг замкнулся. От идиотов никуда не уйти.

Там много всяких забавных нюансов, всего не перескажешь. Может, стоит отдельный выпуск Вестника этому посвятить. Там действительно много познавательного, как люди реагируют на ДНК-генеалогию. Был еще интересный случай. Некто из клана Barton дал ссылку на свою коллекцию из 80 67-маркерных Бартонов. Я тут же прикинул дерево, и на нем одна изящная молодая ветвь из 47 гаплотипов, и одна резко отстающая, старая. Молодая получилась легко, линейный метод дал примерно 1580 год, а логарифмический - 1605 год. Я это там поместил, оказалось до документам - "не позже 1620 года". Так что демонстрация получилась удачной. Ну, и так далее.

Автор: aklyosov 16.11.2011, 2:30

Дополнение. Я бы не хотел, чтобы мой стиль описания был воспринят так, что мы все знаем и умеем, а остальные - идиоты. Это, конечно, не так. Мы многого не знаем и не умеем, и постоянно ищем пути улучшения того, что знаем.

Но есть хорошее правило. что когда говоришь нам, что мы считаем неправильно, то надо показать, КАК надо правильно.

Вот поэтому в моей шкале ценностей идиот - это тот, кто выливает негативные комментарии, не зная и не умея того, КАК НУЖНО. Это просто уже устройство мозг такое, или того, что мозг заменяет.

Потому выше я и назвал идиотом того мексиканца, который публично высказывается, что мы считаем неверно, не имея понятия, КАК надо считать, и не понимая, как мы это делаем. То есть ему нужно просто куснуть, потому что идиот.

НИКТО в ходе всей дискуссии, состоящей из десятков сообщений, не показал, что мы счмтаем неверно, или что мы используем неверные константы скорости мутаций, или неверно считаем обратные мутации, или вообще хоть что-то делаем не так. Ни одного предметного замечания не было, хотя участвовали и Кен Нортведт, и Джон Чандлер, и другие.

Собственно, и я не уходил, потому что было интересно, хоть кто поправит нас по сути расчетов или нет. Ответ - НИКТО. Хотя человека три показывали откровенную враждебность. Но ни один не выставил ничего путного. Да, собственно, вообще ничего.

Автор: Stanislaw 16.11.2011, 11:20

Я читал эту интересующую дискуссию в DNA-Forums и статью Dienekes на его блоге.
Пользуясь из своей доски времени мутации (FMT) я проверил время MRCA для E-V13.
Результат: 3650 лет. Так аналогично как у уважаемого А.К.

Interclade E-V12: E-V13 - 7250 лет
(я имел только один гаплoтып 67 маркэровы E-V12).

Время моего предка MRCA и E-V13 - равен 37800 лет.


Автор: Igor1961 16.11.2011, 12:45

Цитата(aklyosov @ 16.11.2011, 8:14) *
Но тут, естественно, выскочил Понтикос, для которого я типа красной тряпки для быка. Я же ведь его умыл в последнем Вестнике, на английском языке, что он понятия не имеет в гаплотипах и мутациях, и поместил линк на Rootsweb, потому что спросили, как я отношусь к статье Busby. А я Понтикоса умывал именно в связи с этой статьей. Короче, грек выскочил, и объявил, что мои расчеты неправильны, потому что я рассчитал для E-V13 время жизни общего предка 3400 лет назад, а только что нашли кости в испанской могиле, с датировкой 7000 лет назад, и там E-V13.

Я объяснил полуграмотному Понтикосу, что наши расчеты относятся к гаплотипам ныне живущих людей, и мы считаем времена жизни ИХ общих предков, и достигаем до дна только бутылочных горлышек популяции. А выкапывают кости тех, кто могли жить ДО бутылочного горлышка. И я добавил, что не представлял, что есть здесь такие, что этого не знают.

Цитата(Stanislaw @ 16.11.2011, 17:20) *
Я читал эту интересующую дискуссию в DNA-Forums и статью Dienekes на его блоге.
Пользуясь из своей доски времени мутации (FMT) я проверил время MRCA для E-V13.
Результат: 3650 лет. Так аналогично как у уважаемого А.К.

Interclade E-V12: E-V13 - 7250 лет
(я имел только один гаплoтып 67 маркэровы E-V12).

Время моего предка MRCA и E-V13 - равен 37800 лет.

У меня "в лоб" получился аналогичный возраст субклада E1b1b1a1b-V13, но оценка на сходимость дала параметр 1,22, что с большой вероятностью говорит о суперпозиции двух или более ветвей в выборке. Ситуация очень похожа на ту, что наблюдается в гаплогруппе N1c1 с ее перекрывающимися угро-финской и южно-балтийской ветвями, или в R1b1a2a1 с практически неразличимыми по STR субкладами P312 и U106. Чтобы получить время до реального, не фантомного, предка современных V13, надо выявлять эти подветви, что может оказаться отнюдь не тривиальной задачей.

Судя по виду гаплотипов, этот предок никак не убежит на 7000 лет, более реальной выглядит датировка в 4300-4000 лет назад. То есть это то же самое "магическое время" для Западной Европы, к которому сходятся едва ли не все генеалогические линии, что преобладают севернее Альп, Балкан и Пиреней.

Что касается времени, когда возник снип V13, то нижнюю границу можно оценить из базовых гаплотипов родственных ему E1b1b1a1a-V12 и E1b1b1a1c-V22. Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал.

Любопытно, что субклад, ныне равномерно рассеянный по всей Европе, на самой заре своей истории "отметился" в Испании, что находится довольно далеко от Балкан, где сейчас живет больше всего его носителей. Помимо расстояния, эти точки разделяет еще и 3 тыс. лет, в течение которых исчезли все линии, кроме той, что дала относительно недавних потомков.

Возникает, как минимум, 3 вопроса:
Кем могли быть первые поселенцы E1b1b1 в Европе?
Откуда и каким маршрутом они пришли?
Что послужило причиной бутылочного горлышка, стершего все следы их пребывания до 4000 лет назад?

Автор: aklyosov 16.11.2011, 15:16

Цитата(Igor1961 @ 16.11.2011, 4:45) *
Цитата(Stanislaw @ 16.11.2011, 17:20) *
Я читал эту интересующую дискуссию в DNA-Forums и статью Dienekes на его блоге.
Пользуясь из своей доски времени мутации (FMT) я проверил время MRCA для E-V13.
Результат: 3650 лет. Так аналогично как у уважаемого А.К.

Interclade E-V12: E-V13 - 7250 лет
(я имел только один гаплoтып 67 маркэровы E-V12).

Время моего предка MRCA и E-V13 - равен 37800 лет.

У меня "в лоб" получился аналогичный возраст субклада E1b1b1a1b-V13, но оценка на сходимость дала параметр 1,22, что с большой вероятностью говорит о суперпозиции двух или более ветвей в выборке. ...Чтобы получить время до реального, не фантомного, предка современных V13, надо выявлять эти подветви, что может оказаться отнюдь не тривиальной задачей.

Судя по виду гаплотипов, этот предок никак не убежит на 7000 лет, более реальной выглядит датировка в 4300-4000 лет назад. То есть это то же самое "магическое время" для Западной Европы, к которому сходятся едва ли не все генеалогические линии, что преобладают севернее Альп, Балкан и Пиреней.

Что касается времени, когда возник снип V13, то нижнюю границу можно оценить из базовых гаплотипов родственных ему E1b1b1a1a-V12 и E1b1b1a1c-V22. Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал.

Возникает, как минимум, 3 вопроса:
Кем могли быть первые поселенцы E1b1b1 в Европе?
Откуда и каким маршрутом они пришли?
Что послужило причиной бутылочного горлышка, стершего все следы их пребывания до 4000 лет назад?


Как обычно, обсуждение расплылось. Это нормально, если продолжать держать в фокусе исходные вопросы, и четко отделять те, которые появились в процессе.

Исходных вопросов было четыре:

(1) Какое расчетное время дают имеющися в нашем распоряжении (именно так!) современные гаплотипы Е-V13?

(2) Почему это время отличается от ископаемых E-V13?

(3) Означает ли это различие тем, что считают неправильно?

(4) Означает ли это различие то, что расчеты умышленно "фальсифицируются"?

К ним в ходе обсуждения добавились:

(5) имеет ли в данном контексте отношение расчетного времени (TMRCA) для E-V13 к расчетному времени совокупности V13, V12, V22 и так далее? Как было отмечено выше, "Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал". Корректно ли последнее положение?

Наконец, добавились еще три вопроса, процитированные выше.

Отвечаю:

(1) Любые расчеты TMRCA хороши настолько, насколько хороши имеющиеся в рапоряжении гаплотипы. Иначе говоря, что имеем, то и получаем. Так вот, из 193 67-маркерные гаплотипов E-V13, которые вообще известны и сведены в таблицу, получилось вполне гладкое и симметричное дерево гаплотипов, вся крона которого имеет одинаковую высоту от ствола, и на котором нет никаких выдающихся отдельных ветвей.

Расчеты дают:
12-маркерные гаплотипы - 3100+/-340 лет до общего предка.
25-маркерные гаплотипы - 3250+/-340 лет до общего предка.
37-маркерные гаплотипы - 3325+/-340 лет до общего предка.
67-маркерные гаплотипы - 3525+/-360 лет до общего предка.

Логарифмический метод (по 12-маркерным гаплотипам) дает 3750+/-500 лет. Последние два числа различаются на 6%. Для 12-маркерных гаплотипов разница между линейным и логарифмическим методом дает 1.21 (21% разницы). Но надо понимать, что если бы в системе из 193 гаплотипов было бы не 14 базовых, а, скажем, 16 (что статистически довольно просто), то вместо 3750 лет мы бы получили уже 3550 лет, и разница была бы уже 12%). Но в любом случае мы видим, что все датировки перекрываются в пределах погрешностей. Никаких 7000 лет здесь нет и близко. Более того, если считать по отдельным маркерам, медленным или быстрым, 7000 лет нигде не просматриваются. Получаются те же 2-4 тысячи лет.

Таким образом, ныне живущие носители всех гаплотипов, все те 193 человека, никак не происходят от общего предка, жившего 7000 лет назад.

(2) Вопрос второй - как это может быть? Ответ - очень просто. Просто древняя линия E-V13 утончилась настолько, что ее проскочили только немногие, и выжило потомство практически только одного человека (в понятиях ДНК-генеалогии). "В понятиях" - потому что это могли быть, например, братья, с одинаковым гаплотипов. Или отец и сыновья с дядями. В понятия ДНК-генеалогиии - это один общий предок, потому что один гаплотип. Как ни странно, ни Понтикос, ни Феликс (мои оппоненты в дискуссии на RootsWeb) этого не понимают.

(3) Нет, вовсе не означает. У нас есть гаплотипы, и мы ПО НИМ считает ИХ общего предка. Тот, 7000 лет назад, НЕ ИХ общий предок. Все очень просто.

(4) Нет, не означает. См. пояснения выше. Это только воспаленное это Понтикоса могло такое родить. Это называется уже истерика Понтикоса. Неустойчивая ментальность.

(5) имеет ли в данном контексте отношение расчетного времени (TMRCA) для E-V13 к расчетному времени совокупности V13, V12, V22 и так далее? Как было отмечено выше, "Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал". Корректно ли последнее положение?

Нет, в данном контексте оно некорректно. Аналогия: мы знаем, что у отца три сына, 13, 15 и 20 лет от роду.Общий предок (то есть отец) жил 60 лет назад. Мы не можем сказать - "общий предок попадает на 60 лет назад, так что любой из сыновей спокойно вписывается в этот интервал". Общий предок всех европеоидов жил 58 тыс лет назад, но мы не можеи сказать - "R1a1 спокойно вписывается в этот интнрвал". То есть сказать мы можем, но это лишего смысла в данном контексте. Есть разница между экстраполированным временем общего предка, и времени жизни его потомков. Особенно когда мы видим возраст (выживших) потомков. Понятно, что раз НАЙДЕН гаплотип V13 7000 лет назад, то он был. Но это означает, что фактически был разрыв в МАССОВОЙ непрерывности потомков.

Последние три вопроса:

Кем могли быть первые поселенцы E1b1b1 в Европе?
Откуда и каким маршрутом они пришли?
Что послужило причиной бутылочного горлышка, стершего все следы их пребывания до 4000 лет назад?


Первые два вопроса меня пока не очень интересовали, так что я не знаю. Говорят, что с Балкан, но это большому счету не ответ, потому что на Балканы они должны были откуда-то тоже попасть. Если европеоиды появились на Русской равнине-Европе-Леванте, то Е оттуда и пришли. И в северную Африку тоже оттуда.

А вот на третий вопрос у меня примерный ответ уже давно есть. Это время совпадает с расселением R1b1a2 по Европе. Судя по всему, они всех мужчин просто уничтожали. Ликвидировали и G2, и R1a1, и I1, и E-V13, и всех остальных. Остались только те, кто были на периферии Европы, или убежали туда.

Кто не хочет, может не верить. Это просто моя гипотеза, но к которой есть основания. У И. Великовского была другая - что 4000 лет назад в Европе был катаклизм. Я бы поверил, но этот катаклизм почему-то не затронул R1b1a2. Очень избирательный катаклизм. Может, он так и назывался - R1b1a2?

Автор: Stanislaw 16.11.2011, 15:20

Цитата(Igor1961 @ 16.11.2011, 12:45) *
У меня "в лоб" получился аналогичный возраст субклада E1b1b1a1b-V13, но оценка на сходимость дала параметр 1,22, что с большой вероятностью говорит о суперпозиции двух или более ветвей в выборке.
Спасибо, уважаемый Игорь!
Какая у вас сходимосць 67- маркэровых гаплoтыпов E-V13 без этиx двox последниx?
GPWCC,W62AR,Q7EPD,58XAB,RQFW9,ev4j6,S76XW,PGGV7,42W8T,VDZ8E,59CDC, HYTG2,G67FA,MS7WQ,73XTY,WMHK8,ZNF7S,DZQPE,8MH8T,8H2C3,NEYGB,6HMRD,PUM5Q,JWS6Z,4Y
JUS,4vb7e,2C5XX,A2URP,GP2P8,UQUHX, PUEZV, QM8NV,



Автор: aklyosov 16.11.2011, 17:06

Цитата(Stanislaw @ 16.11.2011, 7:20) *
Какая у вас сходимость 67- маркеровых гаплoтыпов E-V13 без этиx двуx последниx?


Уважаемый Stanislaw,

Вы задали вопрос, ответ на который может послужить предметом некой образовательной программы.

Итак, все 193 гаплотипа имеют 2857 мутаций, то есть в среднем примерно 15 мутаций на каждый 67-маркерный гаплотип.

Два гаплотипа, на котоый Вы указали, находятся с более высокой стороны в отношении мутаций, а именно 17 и 19 мутаций. Посмотрим, действительно они какие-то древние (скажем, от предка 7000 лет назад), или нормальные, потому что есть и с 12 и 13 мутациями, что в среднем и дает 15 мутаций на гаплотип.

Эти 15 мутаций дают 15/0.12 = 125 -->143 поколения, то есть 3575 лет от общего предка (на самом деле там 14.8 мутаций в среднем, но это здесь не важно).

При 17 мутациях получается 4150+/-1090 лет.

При 19 мутациях получается 4675+/-1170 лет.

Как видите, это все укладывается в погрешность с 3575 лет до общего предка. Действительно, никаких отдельных ветвей эти гаплотипы на дереве не представляют.

То есть одни гаплотипы имеют больше мутаций, другие меньше. А в среднем - 15 мутаций на гаплотип.

Автор: Боромир 16.11.2011, 18:00

Цитата(aklyosov @ 16.11.2011, 7:16) *
(5) имеет ли в данном контексте отношение расчетного времени (TMRCA) для E-V13 к расчетному времени совокупности V13, V12, V22 и так далее? Как было отмечено выше, "Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал". Корректно ли последнее положение?

Нет, в данном контексте оно некорректно. Аналогия: мы знаем, что у отца три сына, 13, 15 и 20 лет от роду.Общий предок (то есть отец) жил 60 лет назад. Мы не можем сказать - "общий предок попадает на 60 лет назад, так что любой из сыновей спокойно вписывается в этот интервал". Общий предок всех европеоидов жил 58 тыс лет назад, но мы не можеи сказать - "R1a1 спокойно вписывается в этот интнрвал". То есть сказать мы можем, но это лишего смысла в данном контексте. Есть разница между экстраполированным временем общего предка, и времени жизни его потомков. Особенно когда мы видим возраст (выживших) потомков. Понятно, что раз НАЙДЕН гаплотип V13 7000 лет назад, то он был. Но это означает, что фактически был разрыв в МАССОВОЙ непрерывности потомков.

Мне, кажется, что ув. ИР хотел подчеркнуть, что расчеты (или расчетная методология) на кладе E1b1b1 не противоречат находке гаплотипа древностью 7000 лет назад. For the rest of us smile.gif ("для нас, остальных" - лозунг компании Apple) это звучит вполне логично, тем более, что возраст клада М78 (предкового для V13) в 8.5 тлн, был озвучен впервые.

Анатолий Алексеевич, а вот еще момент о разнице в 4 мутации между найденным древним гаплотипом и рассчитанным базовым V13. Он тоже интересен. Есть ли возможность раскрыть его для форумчан чуть больше, чем на рутсвебе?

И последнее, спасибо за прозвучавший ранее ответ.

Автор: aklyosov 16.11.2011, 19:51

Цитата(Боромир @ 16.11.2011, 10:00) *
Мне, кажется, что ув. ИР хотел подчеркнуть, что расчеты (или расчетная методология) на кладе E1b1b1 не противоречат находке гаплотипа древностью 7000 лет назад. ... возраст клада М78 (предкового для V13) в 8.5 тлн, был озвучен впервые.


Я понимаю, что не противоречит, но это не противоречит вообще по другой причине, а именно по причине бутылочного горлышка. Мы же не говорим, что общий предок R1a и R1b жил тогда-то, и это не противоречит возрасту R1a. Естественно, не противоречит, потому что это общий предок другого уровня. И возраст отца не противоречит возрасту сына, и это естественно. Только информации никакой не дает.

Строго говоря, возраст М78 не есть возраст V12, V13 и V22, так как в него входит и V65. Возраст М78 был озвучен нами с Сергеем Лутаком в апреле 2009 года в Вестнике, и это было, по-моему, перенесено в Wikipedia, по крайней мере в ранние издания. У нас получилось 11050 лет, а потом для книги "Происхождение человека" я пересчитал, и получилось 9975+/-1500 лет назад. Так что 8.5 тыс лет вполне вписывается, хотя, конечно, должно быть точнее, мы с Лутаком использовали короткие гаплотипы.


Цитата(Боромир @ 16.11.2011, 10:00) *
... а вот еще момент о разнице в 4 мутации между найденным древним гаплотипом и рассчитанным базовым V13. Он тоже интересен. Есть ли возможность раскрыть его для форумчан чуть больше, чем на рутсвебе?


Там довольно просто, но действительно наглядно. Гаплотип 7000-летней давности, из раскопок, имеет вид (первая панель без DYS426 и 388, и DYS458, 437, 448)

13 24 13 10 16 19 11 13 11 31 -- 16 14 20

а базовый гаплотип современиков E-V13

13 24 13 10 16 18 12 13 11 30 -- 15 14 20

То есть гаплотип общего предка 3200-3500 лет назад (он и есть базовый гаплотип наших современников) сдвинут по сравнению с гаплотипом 7000 лет назад на 4 мутации. То есть это уже показывает, что мы считаем правильно, но гаплотип 3200-3500 назад продрейфовал на 4 мутации от гаплотипа 7000 лет назад. Вот это и есть результат бутылочного горлышка.

Посмотрим, насколько эти 4 мутации действительно покажут разницу между 7000 и 3200-3500 лет назад. Константа скорости мутацтт приведеннного выше 13-маркерного гаплотипа равна 0.0305 мут/гаплотип/поколение (25 лет). Величина рассчитана просто - для 12-маркерный панели это 0.020 (426 и 388 здесь не оказывают никакого влияния), и к этому я прибавил при величины из списка Чандлера, что для трех последних маркеров равно 0.0105, в итоге 0.0305. Тогда 4 мутации разницы дают 4/0.0305 = 131 --> 150 покрлений, то есть 3750 лет расстояния между гаплотипами, один из которых базовый, а второй одиночный, но 7000 лет назад. Тогда общий предок их обеих жил (3750+7000+[3200-3500])/2 = 6975-7125 лет. То есть тот 7000 лет назад и был общим предком (или, точнее, имел его гаплотип) наших современников, но был отброшен бутылочным горлышком, и не проявляется в гаплотипах современников.

Это все показывает, что мы считаем правильно, и, естественно, находки древних гаплотипов только улучшают общую картину. Но кто бы сомневался!

Автор: Боромир 16.11.2011, 20:21

Ещё раз, спасибо.

Цитата(aklyosov @ 16.11.2011, 11:51) *
То есть тот 7000 лет назад и был общим предком (или, точнее, имел его гаплотип) наших современников, но был отброшен бутылочным горлышком, и не проявляется в гаплотипах современников.

Можно ли тогда утверждать, что "по Клёсову" прямые предки современных V13 7000 лет назад обитали в испанской Иберии, затем где-то в Европе прошли бутылочное горлышко 3200-3500 лет назад? Если да, то какими условиями ограничено это "по Клёсову"?

Автор: aklyosov 16.11.2011, 20:51

Цитата(Боромир @ 16.11.2011, 12:21) *
Ещё раз, спасибо.
Цитата(aklyosov @ 16.11.2011, 11:51) *
То есть тот 7000 лет назад и был общим предком (или, точнее, имел его гаплотип) наших современников, но был отброшен бутылочным горлышком, и не проявляется в гаплотипах современников.

Можно ли тогда утверждать, что "по Клёсову" прямые предки современных V13 7000 лет назад обитали в испанской Иберии, затем где-то в Европе прошли бутылочное горлышко 3200-3500 лет назад? Если да, то какими условиями ограничено это "по Клёсову"?


Давайте для простоты и наглядности примем схему, по которой E-V13 обитали по всей Европе 7000 лет назад, как и G2, как и I1, как и R1a1. То есть был у них мир и покой, и земледельческая радость. И на Балканах жили, и во Франции, и в Испании, и где их душе было угодно.

А потом, 4800-4500 лет назад пришли злые R1b1a2, и взяли Европу в клещи. Одни 4800 лет назад поперли с Пиреней (куда прошли по средиземноморскому африканскому побережью, кстати, тогда же там насадив своих R1b1a2 фараонов) , другие - со стороны Малой Азии, на Балканы и Апеннины, третьи из Понтийских степей, те самые курганники. Куда бедному крестьянину податься? Вот всех их и прикончили. И I1, и G2, и R1a1, и E-V13. Всех в интервале 4500-3500 лет назад. Как говорит уважаемый Игорь Львович - магическое число, 4000 лет назад.

И вот сейчас находим. Одного E-V13 нашли в Испании, от 7000 лет назад. А случайно выжившие соплеменники оклемались и вышли в стабильную генеалогию только начиная с 3200-3500 лет назад, где-то на Балканах, где и спрятались. Выжившие I1 начали свою линию 3300-3400 лет назад, то есть в то же время. Их пока в раскопках никого древнее не нашли, но найдут. G2 прикончили в Альпах, при попытке перейти границу из Австрии в Италию, 5000 лет назад, находили и других, тоже примерно 5000 лет назад. R1a1 нашли 4500 лет назад, в процессе ликвидации, в Германии, убили всех женщин и детей поселения, каменными топорами, это описано у Haak, 2008. R1a1 бежали на Русскую равнину примерно в то же время, стали перезаселять Европу 3000-2500 лет назад.

Систему видите?

Вот теперь посмотрите еще раз на Ваш вопрос. Да везде они были, по всей Европе. Вот сейчас выкапывают.

Кстати, еще Чайлдс в своей книге описал прибытие злых людей с Пиреней в Европу как "нашествие брахицефалов". Но он тогда, в 1920-х, не знал, что это были R1b1a2.


Автор: Igor1961 24.1.2012, 7:30

"Чистил" свой архив, и обнаружил статью, на которую в свое время не обратил внимания. Это работа W. Shi et al. "A Worldwide Survey of Human Male Demographic History Based on Y-SNP and Y-STR Data from the HGDP–CEPH Populations" http://mbe.oxfordjournals.org/content/27/2/385.abstract. Стартовый материал замечательный - 590 65-маркерных гаплотипов, собранных по 51 популяции, в том числе такие, по котрым нет данных ни в одной из открытых баз данных. Вдобавок все гаплотипы были еще типированы на 37 снипов. При должной обработке это мог бы быть прорыв в нашем знании о ранних миграциях людей.

Что имеем в действительности? Авторы взяли каждую популяцию, честно посчитали вариабельности для каждого из 65-ти маркеров в пределах популяции, на их основе провели калибровку скоростей мутаций и выдали в итоге схему, в которой нелепица громоздится на нелепице:

Цитата
the earliest expansion begins at 81 (40-130) KYA for the San in sub-Saharan Africa, followed by Burusho and Brahui of Pakistan, South Asia (42 and 40 KYA), Xibe and Mongolians of East Asia (37 and 36 KYA), Tuscans and Russians of Europe (35 and 33 KYA), Bedouin and Druze of Middle East and North Africa (33 and 26 KYA), Papuans of Oceania (20 KYA), and Pima of America (14 YA).

Прошу отметить, что ни о каких деревьях, гаплогруппах и разделению по ним ни в расчетах, ни в обвуждении нет ни слова. Все расчеты и калибровки принципиально делались "поперек" ветвей, тем самым сводя к нулю всю ту немалую работу по сбору и обработке образцов, что была проведена.

Это, впрочем, можно было предугадать, но оставалась надежда, что в таком солидном издании, как Molecular Biology and Evolution, список гаплотипов будет выложен в сопроводительной информации. Увы, нашему взору предстает только рассчитанная известно как таблица вариабельностей и времен до общих предков, без первичного материала. Хотелось бы верить, что гаплотипы не были опубликованы из-за сложностей с правами интеллектуальной собственности, а не потому что попгенетикам они просто-напросто не нужны.

Чувства, что вызывает такое обращение со столь ценным материалом, наветное, мог испытывать Микеланджело при виде того, как кусок прекрасного каррарского мрамора перерабатывают на крошку, и из нее штампуют унитазы и прочие сантехнические изделия.

Автор: Боромир 24.1.2012, 19:10

Попробуйте написать этому автору: Chris Tyler-Smith cts@sanger.ac.uk
Может вышлет гаплотипы, если представиться и объяснить для чего.

Автор: Igor1961 24.1.2012, 19:52

Цитата(Боромир @ 25.1.2012, 1:10) *
Попробуйте написать этому автору: Chris Tyler-Smith cts@sanger.ac.uk
Может вышлет гаплотипы, если представиться и объяснить для чего.

Спасибо за совет. Попробую, хотя особых надежд не питаю. Проект HGDP–CEPH (Human Genome Diversity Project - Centre d’Йtude du Polymorphisme Humain), с которого авторы брали гаплотипы, кажется, не слишком склонен раскрывать свои первичные данные. Буду рад ошибиться.

P.S. Нашел сайт проекта с хромосомным браузером. В-общем, данные есть, но в виде урановой руды, из которой надо извлечь крупинку радия.Боюсь, без специальной подготовки не справиться sad.gif

Автор: Боромир 25.1.2012, 21:49

Цитата(Igor1961 @ 24.1.2012, 11:52) *
Цитата(Боромир @ 25.1.2012, 1:10) *
Попробуйте написать этому автору: Chris Tyler-Smith cts@sanger.ac.uk
Может вышлет гаплотипы, если представиться и объяснить для чего.

Спасибо за совет. Попробую, хотя особых надежд не питаю. Проект HGDP–CEPH (Human Genome Diversity Project - Centre d’Йtude du Polymorphisme Humain), с которого авторы брали гаплотипы, кажется, не слишком склонен раскрывать свои первичные данные. Буду рад ошибиться.

P.S. Нашел сайт проекта с хромосомным браузером. В-общем, данные есть, но в виде урановой руды, из которой надо извлечь крупинку радия.Боюсь, без специальной подготовки не справиться sad.gif

Еще раз внимательнее посмотрел на раздел статьи "Data". Там есть такая фраза "Further details and genotypes are available on request from PdeK." Похоже, что получить гаплотипы очень даже просто - указывают к кому обратиться. PdeK - это, вероятно, аббревиатура одного из авторов: Peter de Knijff. Если прогуглить его имя, то вытягивается вот такая ссылка, http://www.nature.com/ejhg/journal/v15/n5/full/5201820a.html, где есть e-mail адрес и даже телефон голландца.

Автор: Stanislaw 25.1.2012, 22:28

Или хватит иметь доступ к базе HGDP-CEPH, по которой гаплётыпы были избранным?
http://www.cephb.fr/en/hgdp/main.php?PHPSESSID=08ac0a307c0813bc6e4e3d88a1ee243f
http://hagsc.org/hgdp/data/hgdp.zip 179MB

Цитата
Data
Haplotypes of 590 HGDP–CEPH male samples chosen from the H952 subset (Cann et al. 2002; Rosenberg 2006) based on a total of 67 Y-STRs have been determined (Vermeulen et al. 2009), but the two DYS385 loci were excluded from the current analyses because they could not be distinguished using the typing method employed, and all work was based on 65 Y-STRs or subsets of them. Duplicated or fractional alleles were treated as missing data. Thirty-three Y-SNPs identifying major branches in the Y-chromosomal phylogeny were genotyped using a standard multiplex amplification and minisequencing protocol modified from that of Sanchez et al. (2003). Further details and genotypes are available on request from PdeK. The populations were assigned to seven geographical regions for some analyses as shown in supplementary table S1, Supplementary Material Online. Some individual population sample sizes were very small, and this raised the question of what minimum size should be used. Because of the particular interest of the San, we did not want to exclude this sample, so we provisionally accepted n ≥ 4 and investigated the constraints imposed by such a small sample as described in the Results section. The Colombian and Mayan samples (two individuals each) fell below this threshold and were combined.




Автор: Igor1961 26.1.2012, 1:57

Цитата(Боромир @ 26.1.2012, 3:49) *
Еще раз внимательнее посмотрел на раздел статьи "Data". Там есть такая фраза "Further details and genotypes are available on request from PdeK." Похоже, что получить гаплотипы очень даже просто - указывают к кому обратиться. PdeK - это, вероятно, аббревиатура одного из авторов: Peter de Knijff. Если прогуглить его имя, то вытягивается вот такая ссылка, http://www.nature.com/ejhg/journal/v15/n5/full/5201820a.html, где есть e-mail адрес и даже телефон голландца.

Спасибо, попробую. Посмотрел заметку голландца по ссылке - написано грамотно и толково. А еще его фамилия ("нож" в буквальном переводе) сразу вызвала ассоциации вот с этим - http://www.youtube.com/watch?v=xgrqJPOdc3k&feature=related
Пардон за оффтоп, но не удержался, чтобы не послушать песенку о его однофамильце.

Форум Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)