Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



2 страниц V   1 2 >  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Филогенетические деревья E1b1b1
wertner
сообщение 4.7.2008, 0:28
Сообщение #1


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Построил дерево E1b1b1a2 по 51 маркеру (67 маркеров минус двойные и четверной маркеры). Для отображения использовал Network, но формировал файл fdi (координаты точек и набор линий) в своей программе. Соблюден масштаб по вертикали: вертикальная координата ветвлений соответствует времени жизни общего предка веточек.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 4.7.2008, 0:31
Сообщение #2


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



jurgan писал:

У Вертнера появился родственник из Казахстана.
Гаплотип пока не знаю, но гаплогруппа Е1b1b

http://www.elim.kz/forum/index.php?showtopic=15&st=60

Он из рода Кожа (Ходжа). Род Кожа состоит из нескольких родов разного происхождения, кое-кто от пророка, кое-кто от его соратников, в любом случае, в большинстве от мусульманских миссионеров.
А кто то говорил, что Е1b1b не могло прийти в Россию с Востока.

Потомком пророка он вряд ли является, так как мы выяснили, что с большей вероятностью пророк и его родственники имели гаплогруппу J1, такую же как Моисей и его брат Аарон.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 4.7.2008, 0:40
Сообщение #3


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Очень интересно какой у него субклад и гаплотип. Особенно учитывая, что род происходит от мусульманских миссионеров и попал в Среднюю Азию с Ближнего Востока.

Что касается моих предков, то на построенном сегодня дереве я нахожусь недалеко от общего предка большинства протестировавшихся европейцев-E1b1b1a2. Хоть я и не происхожу от него, но все же достаточно близок.
Поэтому можно считать, что мои предки на Балканах побывали, и если и попали в Азию, то уже позже (с греками, македонцами и т.п.).


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Dominus_*
сообщение 4.7.2008, 9:57
Сообщение #4





Гости






Цитата(wertner @ 4.7.2008, 1:28) *
Построил дерево E1b1b1a2 по 51 маркеру (67 маркеров минус двойные и четверной маркеры). Для отображения использовал Network, но формировал файл fdi (координаты точек и набор линий) в своей программе. Соблюден масштаб по вертикали: вертикальная координата ветвлений соответствует времени жизни общего предка веточек.

Отличное. наглядное дерево, только его бы покрупнее в размере, чтобы можно было рассматривать мелкие ветви, и давать обозначение таксонам... видимо по вертикали.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 4.7.2008, 11:54
Сообщение #5


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Цитата(Dominus @ 4.7.2008, 10:57) *
Отличное. наглядное дерево, только его бы покрупнее в размере, чтобы можно было рассматривать мелкие ветви, и давать обозначение таксонам... видимо по вертикали.

Планирую по мелким ветвям сделать отдельные большие картинки. К сожалению, в Network нельзя задавать направление обозначения, оно всегда идет по горизонтали, слева от таксона. Обозначения будут только на картинках мелких ветвей.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Sergey Lutak
сообщение 4.7.2008, 17:50
Сообщение #6


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 362
Регистрация: 4.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 527



Огромное спасибо Wertner'у за наше общее древо!
Теперь, с нетерпением буду ждать отдельных ветвей, особенно, где я smile.gif !


--------------------
aka Moesus

Y-ДНК: E1b1b1a1b*-V13
мито-ДНК: H1b*-16356C
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 5.7.2008, 5:10
Сообщение #7


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Т.к. у Moesus'a появился возможный родственник, ближе всех по количеству мутаций, то добавил его в дерево. Заодно добавил с пару десятков новых гаплотипов. Теперь в дереве 203 гаплотипа. Из-за этого вид дерева слегка видоизменился.
Кроме этого, отметил расположение кластеров из проекта E3b.
Кластеры E1b1b1a2*-A, E1b1b1a2*-B, E1b1b1a2*-C, E1b1b1a2*-D обозначены литерами A, B, C, D, соответственно.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 5.7.2008, 6:50
Сообщение #8


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Откалибровал скорости 51 маркеров по МакДональдам и определил возраст предков ветвей. Центральная ветвь, там где от одного гаплотипа отходят десяток веточек, датируется IV веком до н.э. Аккурат на время жизни Александра Македонского. Можно нагло зачислить Александра Македонского в E1b1b1a2 (хотя он может быть и J, и I) и объявить этот гаплотип гаплотипом Александра Македонского и его династии :-))).

Возраст всего субклада в точке ответвления правой большой ветви определяется в 6600 лет назад (середина 5 тыс. до н.э). Но есть один очень сильно мутированный гаплотип, который сдвигает возраст гаплогруппы на тысячу лет в прошлое, до 7600 лет назад.
Напомню, что по мнению Кручиани возраст E1b1b1a2-V13 составляет 11,5 тыс. лет (6,8-17) и примерно 4,5 тыс. лет назад началась экспансия с Балкан.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Dominus_*
сообщение 5.7.2008, 10:12
Сообщение #9





Гости






Цитата
Центральная ветвь, там где от одного гаплотипа отходят десяток веточек, датируется IV веком до н.э. Аккурат на время жизни Александра Македонского. Можно нагло зачислить Александра Македонского в E1b1b1a2 (хотя он может быть и J, и I) и объявить этот гаплотип гаплотипом Александра Македонского и его династии :-))).

Да... это не скромно rolleyes.gif
ТОлько не J, I, а J2 (J2a, J2b) и I2a и у Александра Великого не осталось потомства. Было два сына, но они кажется погибли.
Может быть какой-то приближенный военачальник...

Я подсчитал БуГор для европейских J2b* и там аккурат 1200 г. до н. э. (туда-сюда 100 лет)...

- Пик миграционных процессов вокруг Средиземноморья
- Троянская война / падение Трои и возвращение победителей по домам wink.gif
- Смерть Геракла датируется 1209 г. д. н э. (как известно была династия архаических царей - Гераклиды, которые к 1100 году возглавили армию дорийцев).
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B5%...%B8%D0%B4%D1%8B

"Геракли́ды (от греч. Ήρακλείδης) — потомки легендарного Геракла [1], к которому возводили свое происхождение несколько исторических царских родов архаической и классической Греции.

Преимущественно этим именем обозначается в истории род Гилла, пришедший в Пелопоннес вместе с дорянами, чтобы вернуть себе земли, некогда принадлежавшие мифическому родоначальнику его Гераклу. Кстати, считается, что Александр тоже был из Гераклидов через царей Аргоса smile.gif

По рассказам греков, вскоре после смерти Геракла сыновья его, старшим из которых был Гилл, подверглись преследованию со стороны Еврисфея. Тогда они покинули Трахин, по другим — Аргос и Микены. По преданию, Геракл некогда захватил эти земли и отдал их местным правителям с наказом сохранить их для своих будущих потомков, если те попросят об этом. Гераклиды искали убежища в Афинах у Тесея. Еврисфей преследовал с войском беглецов, но при Скиронских скалах погиб от руки Гилла или Иолая."

В голову приходят тоже разные фантастические версии smile.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Dominus_*
сообщение 5.7.2008, 11:15
Сообщение #10





Гости






wertner, что за прога, которой Вы видоизменяете сеть в древо?

Откалиброванные веса по Макдональдам не выложите коллегам? ))
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 5.7.2008, 11:29
Сообщение #11


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Цитата("Dominus")
Я подсчитал БуГор для европейских J2b* и там аккурат 1200 г. до н. э. (туда-сюда 100 лет)...

- Пик миграционных процессов вокруг Средиземноморья
- Троянская война / падение Трои и возвращение победителей по домам
- Смерть Геракла датируется 1209 г. д. н э. (как известно была династия архаических царей - Гераклиды, которые к 1100 году возглавили армию дорийцев).
http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B5%...%B8%D0%B4%D1%8B

Как видите, у меня на дереве начало ветвления центральной ветви (появление нескольких тонких веточек налево) тоже датируется XII веком до н.э. Похоже, E1b1b1a2 тоже были затронуты миграционными потоками.
Вообще, в свете предположения Кручиани о совместном экспансии J2b и E1b1b1a2 с Балкан в последние 4,5 тысячи лет стоит их рассматривать совместно, анализируя совпадения и различия.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 5.7.2008, 11:42
Сообщение #12


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Цитата(Dominus)
wertner, что за прога, которой Вы видоизменяете сеть в древо?

Откалиброванные веса по Макдональдам не выложите коллегам? ))

Веса те же самые. По Макдональдам я откалибровывал скорость изменения 51 маркера. Получилось одна единица веса в 38 лет.
Прога самописная. После того, как я смог запрограммировать метод median-joining, то перестал использовать сам Network, кроме как для отображения результата.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Dominus_*
сообщение 5.7.2008, 12:21
Сообщение #13





Гости






Цитата(wertner @ 5.7.2008, 12:42) *
После того, как я смог запрограммировать метод median-joining, то перестал использовать сам Network, кроме как для отображения результата.

Ну а вашей программкой можно пользоваться? wink.gif Может вы ее представите общественности... как Javax свою по расчетам на Ruby - я ею пользую, очень удобно!
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Dominus_*
сообщение 5.7.2008, 12:24
Сообщение #14





Гости






Цитата(wertner @ 5.7.2008, 12:29) *
Как видите, у меня на дереве начало ветвления центральной ветви (появление нескольких тонких веточек налево) тоже датируется XII веком до н.э. Похоже, E1b1b1a2 тоже были затронуты миграционными потоками.
Вообще, в свете предположения Кручиани о совместном экспансии J2b и E1b1b1a2 с Балкан в последние 4,5 тысячи лет стоит их рассматривать совместно, анализируя совпадения и различия.

Надо... и давно уже. У меня постоянно проскальзывает мысль о дорийцах, что они могли привнести E1b1 и J2b в континентальную Грецию с Балкан... ведь именно оттуда (примерно с территории Албании/Сербии) они начали вытеснять местные племена постепенно продвигаясь вглубь.
Но это просто мысли... пока не более.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 5.7.2008, 14:39
Сообщение #15


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Цитата(Dominus @ 5.7.2008, 13:24) *
Надо... и давно уже. У меня постоянно проскальзывает мысль о дорийцах, что они могли привнести E1b1 и J2b в континентальную Грецию с Балкан... ведь именно оттуда (примерно с территории Албании/Сербии) они начали вытеснять местные племена постепенно продвигаясь вглубь.
Но это просто мысли... пока не более.

Да, очень не хватает гапотипов греков и балканцев.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 5.7.2008, 14:44
Сообщение #16


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Цитата(Dominus @ 5.7.2008, 13:21) *
Ну а вашей программкой можно пользоваться? wink.gif Может вы ее представите общественности... как Javax свою по расчетам на Ruby - я ею пользую, очень удобно!

Доводить программку до возможности использования другими пользователями очень долго. Сейчас я ею управляю каждый раз меняя текст кода и компилируя программу заново. Да и SQL Server нужен для работы.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 9.7.2008, 21:36
Сообщение #17


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Wertner писал:
Цитата
Для отображения использовал Network, но формировал файл fdi (координаты точек и набор линий) в своей программе

Да. Потрясающая программа!
Желаю Вам как можно быстрее довести её до ума (ума пользователей).
Это как раз тот результат, который многие из нас и ищут.

То есть, как я понял из fdi Networka Вы вылавливаете координаты таксона, просчитываете расстояние до ближайшего (исходя из координат каждого) и приводите к какому-то масштабу.
В результате получается то, что мы и ищем: не средние по маркерам вне зависимости от скорости мутаций) расстояния между индивидуами, как в Yutility, а постепенно приближающиеся (по мере корректировки Ваших коэффициентов) к реальным расстояниям между людми.
Замечательно!
Готовое дерево.

Вы ущё пользуетесь коэффициентами, изложенными в Вашей работе в "Вестнике..."? Или внесли в них изменения? Хотелось бы, что бы Вы где-то сообщали нам об этих измениениях.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 10.7.2008, 1:30
Сообщение #18


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



mouglley, спасибо за добрые слова.

Цитата(mouglley @ 9.7.2008, 22:36) *
То есть, как я понял из fdi Networka Вы вылавливаете координаты таксона, просчитываете расстояние до ближайшего (исходя из координат каждого) и приводите к какому-то масштабу.

Нет, я полностью делаю все расчеты в своей программе (но по алгоритму близкому к Network) и затем прорамма формирует готовый файл fdi, который я открываю в Network и сохраняю как bmp.


Цитата(mouglley @ 9.7.2008, 22:36) *
Вы ущё пользуетесь коэффициентами, изложенными в Вашей работе в "Вестнике..."? Или внесли в них изменения? Хотелось бы, что бы Вы где-то сообщали нам об этих измениениях.

Пока пользуюсь ими. Уже ясно, что нуждаются в изменении веса двойных маркеров и четверного DYS 464. Двигаюсь в этом направлении. Когда будет готов результат, то обязательно сообщу на форуме или сразу в готовой статье.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 16.12.2008, 2:26
Сообщение #19


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Прошло 5 месяцев. За это время я сильно модифицировал свой метод построения дерева.
На форуме я его уже описывал:
тут саму последовательность действий:
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?show...c=677&st=60
туи математику:
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=615

Теперь готово и дерево E1b1b1a2 (E-V13), построенное этим методом. Возраст субклада получился где-то 3600 лет плюс-минус 500 лет.
Картинки весом где-то 500-700Кб.
Корневая часть дерева:


И ветви:
F, H, I, J, K, L, M


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 16.12.2008, 9:30
Сообщение #20


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11620
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Вадим, поздравляю с завершением эпохальной для E1b работы. smile.gif
Теперь самое время подумать об оформлении, было бы здорово успеть до Нового Года.
А сколько у Вас ветвей? Посчитать не могу, картинки не открываются.

Мы сейчас прорабатываем вопрос с оформлением, хотим заказать здесь - http://www.leohao.ru/main.php?p=1, но не знаю, получится или нет, художник известный, заказов у него много.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

2 страниц V   1 2 >
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 23.10.2019, 18:45
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU