Обновленное Генеалогическое Дерево Гаплoгрупы A И Современного Человека. Опции

[Люда]

http://eng.molgen.org/viewtopic.php?f=6&t=1132
Bonnie Schrack пишет:
Ищут финансовые средства для продолжения работы по выявлению новых А0 групп. На сегодня-
1 новый образец в 1000 Genomes относится к A0a1* , он негативный по отношению ко всем известным SNPs для A0a1a и A0a1b. Это только 2ой A0, найденный в 1K Genomes. Родина – Гамбия, намного западнее, чем известные до сих пор A0.
Планируется сбор новых образцов из районов, предполагаемой родины A00.
Matthew Fomine Forka Leypey уже имеет коллекцию Nkongho-Mbo A00 образцов вместе с более чем 2000 другими образцами из Cameroon. Не менее 30 членов A00 уже можно идентифицировать не только среди Mbo, но и из других этнических групп Cameroon. Несколько A0 также в этой коллекции.

[Люда]

Archaic lineages in the history of moden humans. D.Labuda, E. Zietkiewicz and V.Yotova. Genetics 156:799-808 (2000)
Ища статьи по сравнению митохонд., аутосомной и У-хромосомной ДНК, наткнулась на статью 2000 г., в которой поставлен вопрос – являются ли все современные популяции людей одной линией или было несколько независимо эволюционирующих линий? На примере dystrophin-гена (dys44) Х- хромосомы (участок размером 7622 нуклеотида) определен полиморфизм 36 сайтов. Ранее, в 1997 г. это было сделано на 250 образцах из разных популяций мира. В данной работе проверены более 1000 Х- хромосом, найдены 21 новых аллелей, 13 из которых уникальны для sub-Saharan Africa и только 2 ограничивались популяциями с других континентов (Япония и Папуа Новая Гвинея). В 19 популяциях мира (среди тестированных 868 хромосом) насчитали 64 гаплотипа данного гена. Гаплотипы, найденные в популяциях более чем 1 континента, называют общими. А присущие 1 континенту – специфическими. 14 гаплотипов классифицированы как общие. Хромосомы, несущие общий гаплотип гена дистрофина, составляли 82% всех образцов. Среди них 75% хромосом папуасов Новой Гвинеи, 93% азиатов, 93% европейцев, 96% америк.индейцев и только 58% африканцев. Все, кроме 1 гаплотипа, были найдены и у африканцев, у не-африканцев. Оставшиеся 50 гаплотипов из 64, были специфичными для разных континентов. 28 – найдены на хромосомах из Африки.
Анализ dys44 гаплотипов показал большой разрыв между африканскими специфическими гаплотипами и общими. В неафриканских группах общие и специфические гаплотипы близко родственны - специфические гаплотипы легко просматриваются как мутировавшие (в определенных, часто встречающихся позициях) общие гаплотипы; либо как рекомбинировавшие из 2-3 общих гаплотипов. В противоположность этому специфические африканские гаплотипы структурно несопоставимы с общими гаплотипами.
Т.е. если эволюция специфических гаплотипов неафриканских групп напрямую просматривается из общих гаплотипов, то африканские специф.гаплотипы представляют собой набор с разной эволюционной историей.
Проведены разные анализы этих данных – филогенетический, статистический, “PC plot”, построено максимально правдоподобное Древо. Выявлены ancestral нуклеотиды при сравнении с шимпанзе, гориллой и орангутангом (значащий ген это все-таки не У-хромосома, гомология здесь намного выше).
Вывод тот же, что в недавней статье Mendez … Hammer – смешивание с древними линиями. Т.е. повышенное разнообразие в ДНК sub-Saharan популяций объясняется не более старшим возрастом африканских популяций и не их “эффективным популяционным размером”. Авторы считают, что генетический пул в sub-Saharan Africa представлен 2 линиями, которые эволюционировали отдельно какой-то период, а потом гибридизовались.
И это 2000 год!

[Igor1961]

Archaic lineages in the history of moden humans. D.Labuda, E. Zietkiewicz and V.Yotova. Genetics 156:799-808 (2000)
...И это 2000 год!

Уважаемая Людмила, спасибо за очень интересную ссылку. Содержание статьи совсем не соответствует говорящей фамилии первого автора - все серьезно и по делу. Обратите внимание, что работа по популяционной генетике (в строгом ее понимании) опубликована в журнале, посвященном в основном "чистой" генетике, и в редколлегии там нет никого из той компании попгенов, что заполнила собой все СМИ и специализированные журналы. Наверное, потому и прошла без обязательных реверансов в сторону "out-of-Africa" и AMOVA c BATWING'ами.

Все части пазла складываются в одну и ту же картину - дерево Y-хромосомных гаплогрупп, Х-хромостма из этой статьи и (найденные Вами) данные по гелиобактерии логичнее всего объясняются относительно поздним смешиванием местных архваичных и пришлых "молодых" популяций. Как из такой модели сделали вывод, что рост последней начался с выхода из Африки, вообще непонятно - это могло произойти где угодно, никаких прямых указаний на Африку нет.

Что касается поиска новых линий А0 и А00, то я бы не стал сбрасывать со счетов бедуинские племена Сахары - берберов и тубу. В их довольно замкнутых кланах какие-то из древних линий могли дожить до наших дней. Насколько помню, один из гаплотипов А0 в статье Кручиани (A1b в их нотации) был найден у бербера из Марокко. Можеть быть, это покажется нонсенсом, но не исключены сюрпризы и у австралийских аборигенов. Из личной переписки с австралийскими попгенетиками знаю, что там сейчас ведется работа по их подробному исследованию.

[Павел Шварев]

Можеть быть, это покажется нонсенсом, но не исключены сюрпризы и у австралийских аборигенов.

Добавлю свои 5 копеек. Теоретически среди южноиндийских племен тоже наверное могут найтись.

[Люда]

На Facebook открыт A00-Cameroon Research Project.
B.Shrack дала Древо всех известных на настоящее время по FTDNA и SMSF А00 - на основании 38 STR. Образцы из 2 сообществ (Юго-Западный Камерун) - Fontem (Bangwa-этническая группа, говорящая на Ngwe) и Njungo (Mbo-этническая группа, говорящая на Lekongho или Nkongho), обе группы используют английский, как 2ой язык. Эти 2 группы отличаются 2 SNP - L1100 и L1149.

[Igor1961]

Такое дерево я тоже строил, как только стали доступны гаплотипы народности Мбо. К сожалению, они даны в нестандартном формате, без мультикопийных маркеров, так что время до предков обеих групп можно оценить лишь приблизительно. У меня получилось около 900 лет назад.

История заселения этих районов Западного Камеруна в точности неизвестна из-за отсутствия письменных источников. Считается, что основная часть современных его жителей - это потомки земледельческих племен, живших ранее на плато в центральной части современной Нигерии. Начиная с времн раннего Средневековья была постоянная миграция из этого прлодородного района на юг-юго-восток, отчести из-за перенаселения, отчасти под давлением скотоводов с севера. Датировка продходит, к тому же совпадает с датировкой для одной из ветвей А0, что отмечена чуть севернее (N71150 Boon + SMGF). Видимо, имеет смысл искать новые линии А0 и А00 также и в Нигерии.

[Люда]

Наверно все упирается в деньги. Пока планируется сбор и анализ образцов в Камеруне. Matthew Fomine Forka Leypey, как я поняла, сам проживает на этой территории и заинтересован.
Хорошо бы, если б дотестировали до 67 STRов имеющиеся образцы (вроде бы не так уж сложно, праймеры есть, присоседили бы к чему-нибудь и сделали, но видно, все считается, к тому же они в разных компаниях).
Получается, группа с Перри более "молодая", если у них L1100+ и L1149+ в отличии от других А00.

[Люда]

уважаемый Nimissin сообщил:

12.06.2013, Москва 10:15:30 В День России, 12 июня, президент вручит в Кремле Государственные премии Российской Федерации за 2012г. Как сообщает пресс-служба главы государства, Государственной премии РФ в области науки и технологий удостоены:

- Анатолий Пантелеевич Деревянко - за выдающиеся открытия и труды в области изучения древнейшей истории человечества в Евразии и формирования человека современного анатомического типа;

- Глеб Всеволодович Добровольский (посмертно), Дмитрий Сергеевич Павлов и - Андрей Владимирович Адрианов - за цикл фундаментальных работ в области изучения биологического разнообразия, его сохранения и обеспечения экологической безопасности;

- Георгий Павлович Карзов, Ярослав Игоревич Штромбах и Алексей Владимирович Дуб - за создание нового класса высокорадиационностойких материалов для корпусов атомных реакторов и методов продления сроков их эксплуатации;

- Ефим Леонидович Межирицкий, Сергей Петрович Никулин и Виктор Александрович Шурыгин - за создание ракетного комплекса стратегического назначения "Ярс".

Интервью А.П.Деревянко
http://www.ras.ru/news/shownews.aspx?id=6e...68-b5fc097cf614

[Люда]

Интересная картинка из статьи Continuity of Microblade Technology in the Indian
Subcontinent Since 45 ka: Implications for the Dispersal of Modern Humans
Sheila Mishra, Naveen Chauhan, Ashok K. Singhvi
http://www.plosone.org/article/fetchObject...resentation=PDF

Родина АСЧ - Индия