Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



4 страниц V  < 1 2 3 4 >  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Гаплогруппа I В Азии, откуда?
Nimissin
сообщение 20.3.2009, 4:44
Сообщение #21


Участник
**

Группа: Знатоки
Сообщений: 260
Регистрация: 1.8.2008
Из: г.Находка
Пользователь №: 625



Уважаемый Пастор,

для 7-маркерных гаплотипов величина поправки на возвратные мутации слишком
велика (почти в 2 раза). Надо проверить правильность определения возраста
без учета возвратных мутаций, возраст получился очень маленький.

Для более точного ответа на Ваш вопрос нужна дополнительная информация:
1) каковы предковые аллели (число STR повторов) по каждому маркеру;
2) сколько мутаций Вы насчитали по каждому маркеру.

Я обработал приведенные Вами 26 гаплотипов следующим образом:
взял 10-маркерный гаплотип, маркер 439 не включил, т.к. есть вопрос
по предковой аллели.
Определил для себя предковый гаплотип:
15-13-13-17-23-10-11-13-14-10-Х (записано в последовательности,
приведенной Вами).
Насчитал 131 мутацию. Поскольку считал быстро, может быть, ошибся на
одну-две мутации. Это не меняет результата:
наблюдаемое число мутаций на маркер 131/26/10 = 0.504.
Величина поправки определяется следующим образом:
из таблицы Руководства Клесова (5-й номер Вестника)
напротив значения 0.504 стоят 2 возраста при скорости 0.002: 250 и 331.
Поправка на возвратные мутации составляет 331/250 = 1.324
Истинное число мутаций на маркер (т.е. с учетом возвратных мутаций):
0.504*1.324 = 0.667 на маркер на поколение.
Определяем возраст по 10 маркерам: 0.667/0.0015 = 445 поколений, или 11125 лет.
Скорость определил так: для 10-маркерного гаплотипа с маркерами 385 a,b
АК дает скорость 0.018. У нас вместо быстрых маркеров 385 a,b со скоростями по
0.00226 более медленные маркеры 437 (скорость 0.00099) и 438 (скорость 0.00055).
Разница составляет -0.003. Для анализируемого 10-маркерного гаплотипа
получаем скорость 0.018-0.003 = 0.015, или 0.0015 на маркер.

Уважаемый Пастор, в 1 и 2 номерах Вестника за 2009 год опубликованы 3 статьи
Адамова и Клесова, в которых разработана более общая модель возвратных мутаций,
учитывающая асимметрию в направлении мутаций. Методы определения возраста
продвинуты еще дальше. Вместо большой таблицы из 5-го номера можно
пользоваться следующей формулой:
Среднее число мутаций на маркер = 0.5*(наблюдаемое среднее число мутаций на
маркер)*(1+exp(наблюдаемое среднее число мутаций на маркер)).
В обсуждаемом примере формула дает:
0.504/2*(1+exp(0.504)) = 0.669. По таблице мы получили 0.667.



--------------------
Y-DNA: hg N1c1* M178+ P119- P21- P67-
mtDNA: hg C4b
Ysearch: 69ZKR
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 12:55
Сообщение #22


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Большое спасибо, уважаемый Nimissin, посмотрю, где я ошибся.


Интересно какой субклад. По крайней мере написали I*(xI1a2, I1a3, I1b2, I1/-c), что уже радует. Предиктор выдает неоднозначные версии, думаю что это какая-то старая ветвь I2. Использована номенклатура 2006 года, только что означает запись I1/-с?

I M170, M258, P19, U179
• I* -
• I1 P38
• • I1* -
• • I1a M253, M307, P30, P40
• • • I1a* -
• • • I1a1 M227 (formerly I1a4)
• • • I1a2 M21
• • • I1a3 M72

• • I1b S31
• • • I1b* -
• • • I1b1 P37.2 (formerly I1b)
• • • • I1b1* -
• • • • I1b1a P41.2 (M359.2) (formerly I1b1)
• • • • I1b1b M26 (formerly I1b2)
• • • • • I1b1b* -
• • • • • I1b1b1 M161 (formerly I1b2a)
• • • I1b2 S23, S30, S32, S33 (added)
• • • • I1b2* -
• • • • I1b2a M223, S24 (formerly I1c, also shown as I2)
• • • • • I1b2a* -
• • • • • I1b2a1 M284 (formerly I1c1, also shown as I2a)
• • • • • I1b2a2 M379
• • • • • I1b2a3 P78
• • • • • I1b2a4 P95

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 16:48
Сообщение #23


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Как я понимаю тут три ветви разного возраста



Самая старая ветвь это NMC - North Maronite Christian.
Маронитская католическая церковь — древняя христианская церковь, одна из шести Восточных католических церквей имеющих статус патриархата. Большинство общин церкви находятся в Ливане, а также в Сирии и на Кипре. Постоянная эмиграция маронитов из Ливана привела в последние годы к появлению общин в диаспоре США, Канады и Австралии.

История ливанских маронитов восходит к концу IV века, когда вокруг святого Марона собралась группа учеников. Позднее они построили на полпути из Алеппо в Антиохию монастырь. В V — VI веках монастырь решительно поддерживал христологическое учение Халкидонского Собора, в 517 году братия монастыря направила специальное послание папе Гормизду, где отвергала монофизитское учение.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 21.3.2009, 17:10
Сообщение #24


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Самая старая ветвь это NMC - North Maronite Christian.

Откуда следует, что она "самая старая"?


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 17:21
Сообщение #25


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Цитата(aklyosov @ 21.3.2009, 17:10) *
>Самая старая ветвь это NMC - North Maronite Christian.

Откуда следует, что она "самая старая"?


Возможно, что я ошибаюсь, но вроде та что ближе к центру старше или это не так? Я только учусь поэтому все дельные замечания приветствуются.

Хотя действительно логичней, кто дальше от корня тот старше, надо возраст веток посчитать.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 18:28
Сообщение #26


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Цитата(Nimissin @ 20.3.2009, 4:44) *
Уважаемый Пастор,

для 7-маркерных гаплотипов величина поправки на возвратные мутации слишком
велика (почти в 2 раза). Надо проверить правильность определения возраста
без учета возвратных мутаций, возраст получился очень маленький.

Для более точного ответа на Ваш вопрос нужна дополнительная информация:
1) каковы предковые аллели (число STR повторов) по каждому маркеру;
2) сколько мутаций Вы насчитали по каждому маркеру.

Я обработал приведенные Вами 26 гаплотипов следующим образом:
взял 10-маркерный гаплотип, маркер 439 не включил, т.к. есть вопрос
по предковой аллели.
Определил для себя предковый гаплотип:
15-13-13-17-23-10-11-13-14-10-Х (записано в последовательности,
приведенной Вами).
Насчитал 131 мутацию. Поскольку считал быстро, может быть, ошибся на
одну-две мутации. Это не меняет результата:
наблюдаемое число мутаций на маркер 131/26/10 = 0.504.
Величина поправки определяется следующим образом:
из таблицы Руководства Клесова (5-й номер Вестника)
напротив значения 0.504 стоят 2 возраста при скорости 0.002: 250 и 331.
Поправка на возвратные мутации составляет 331/250 = 1.324
Истинное число мутаций на маркер (т.е. с учетом возвратных мутаций):
0.504*1.324 = 0.667 на маркер на поколение.
Определяем возраст по 10 маркерам: 0.667/0.0015 = 445 поколений, или 11125 лет.
Скорость определил так: для 10-маркерного гаплотипа с маркерами 385 a,b
АК дает скорость 0.018. У нас вместо быстрых маркеров 385 a,b со скоростями по
0.00226 более медленные маркеры 437 (скорость 0.00099) и 438 (скорость 0.00055).
Разница составляет -0.003. Для анализируемого 10-маркерного гаплотипа
получаем скорость 0.018-0.003 = 0.015, или 0.0015 на маркер.

Уважаемый Пастор, в 1 и 2 номерах Вестника за 2009 год опубликованы 3 статьи
Адамова и Клесова, в которых разработана более общая модель возвратных мутаций,
учитывающая асимметрию в направлении мутаций. Методы определения возраста
продвинуты еще дальше. Вместо большой таблицы из 5-го номера можно
пользоваться следующей формулой:
Среднее число мутаций на маркер = 0.5*(наблюдаемое среднее число мутаций на
маркер)*(1+exp(наблюдаемое среднее число мутаций на маркер)).
В обсуждаемом примере формула дает:
0.504/2*(1+exp(0.504)) = 0.669. По таблице мы получили 0.667.


Я за базовый брал 15-13-13-17-23-10-11-13-15-10-Х

для него получилось 10925 лет,

если взять базовый выбранный Вами 15-13-13-17-23-10-11-13-14-10-Х

у меня получилось 10675 лет.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 21.3.2009, 20:10
Сообщение #27


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Цитата(Вадим Веренич @ 21.3.2009, 19:36) *
Это на 187 лет меньше прогнозируемого минимального возраста -2250 лет.
В пределах ошибки. Неплохая сходимость 187/2063=9,1%, поздравляю.
Появтся новые гаплотипы, будет дата точнее.
Не забывайте: мы на переднем фронте ДНК-генеалогии.
Мы (точнее, уважаемый aklyosov по нашим попыткам) и оттачиваем методику.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 20:13
Сообщение #28


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Посчитал возраст для каждой ветки.

Ветвь которая у основания имеет возраст 3480 лет, 17 мутаций на 9 гаплотипов (предковый 15-13-13-18-24-11-11-13-15-10-Х),

средняя ветвь имеет возаст 9890 лет, 32 мутации на 10 гаплотипов (предковый 14-12-13-17-23-10-12-13-14-10-Х),

последняя ветвь (внешняя) имеет возраст 11345 лет, 51 мутация на 10 гаплотипов (предковый 14-14-13-17-23-10-11-13-15-10-Х).


Общий предок имеет возраст 10925 лет, 129 мутаций на 26 гаплотипов (предковый 15-13-13-17-23-10-11-13-15-10-Х).

Осталось узнать правильно ли я посчитал. rolleyes.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 21.3.2009, 20:20
Сообщение #29


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Цитата(Пастор @ 21.3.2009, 20:13) *
последняя ветвь (внешняя) имеет возраст 11345 лет, 51 мутация на 10 гаплотипов (предковый 14-14-13-17-23-10-11-13-15-10-Х).


Общий предок имеет возраст 10925 лет, 129 мутаций на 26 гаплотипов (предковый 15-13-13-17-23-10-11-13-15-10-Х).
А я бы, к примеру принял за гаплотип общего предка самый древний из предковых гаплотипов ветвей. Тогда и общий возраст увеличится.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 20:32
Сообщение #30


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Цитата(mouglley @ 21.3.2009, 20:20) *
А я бы, к примеру принял за гаплотип общего предка самый древний из предковых гаплотипов ветвей. Тогда и общий возраст увеличится.


Надо спросить у АК можно ли так делать.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 21.3.2009, 20:43
Сообщение #31


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Возможно, что я ошибаюсь, но вроде та что ближе к центру старше или это не так? Я только учусь поэтому все дельные замечания приветствуются.

Это - правильная и достойная позиция.
На самом деле важно не столько расстояние от ствола, сколько высота ветви. Ветвь может сидеть высоко, на быть плоской. Тогда это молодой общий предок, но он ушел далеко от первопредка, например, пройдя бутылочное горлышко популяции.

Если плоская ветвь сидит у ствола - это молодой предок. Вот это и есть марониты.

Если плоская ветвь далеко от ствола - это молодой предок, но первопредок (до бутылочного горлышка) будет очень старый.

Если ветвь высокая и раскидистая, и идет от ствола - это древний предок.

>Я за базовый брал 15-13-13-17-23-10-11-13-15-10-Х
для него получилось 10925 лет,
если взять базовый выбранный Вами 15-13-13-17-23-10-11-13-14-10-Х
у меня получилось 10675 лет.

Это нормально. Одна мутация между двумя 10-маркерными гаплотипами - это примерно 650 лет их обоих от ИХ общего предка (правда, зависит от того, КАКИЕ это маркеры, но зависит обычно не сильно).

>Не забывайте: мы на переднем фронте ДНК-генеалогии.

Это совершенно верно. Мы тут вроде уже привыкли считать, вроде само собой, но мы впереди академической науки и публикаций в журналах типа Nature на несколько лет. И это именно так.





--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 21.3.2009, 20:44
Сообщение #32


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Нет вопросов, спросим.

Но подумайте сами:
От кого считать, как не от самого древнего, пускай и подсчитанного, гаплотипа данной группы?
У Вас, лично, варианты есть?

В подсчётах возраста ветвей ориентирутесь на тот гаплопип, который даёт наименьший возраст ветки.
В выборе предкового гаплотипа нескольких ветвей ориентируйтесь на самый древний предковый гаплотип. В данном случае я доверяю исключительно Нетворковскому предковому гаплотипу (проверено Муркой), а не Yutility.
Для N1c он (по 67) не изменился за последние 8 месяцев ни на маркер, несмотря на рост выборки в 1,5 раз.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 21.3.2009, 20:46
Сообщение #33


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Надо спросить у АК можно ли так делать.

На самом деле надо делать так: определять базовые гаплотипы для КАЖДОЙ ветви, и считать возраст от ЭТОГО базового гаплотипа для каждой ветви.

Потом выписать эти гаплотипы в столбик (в возрастом предка для каждой ветви), и потом... а потом скажу как дальше. Это - совершенно новый подход.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 20:50
Сообщение #34


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Цитата(aklyosov @ 21.3.2009, 20:46) *
>Надо спросить у АК можно ли так делать.

На самом деле надо делать так: определять базовые гаплотипы для КАЖДОЙ ветви, и считать возраст от ЭТОГО базового гаплотипа для каждой ветви.

Потом выписать эти гаплотипы в столбик (в возрастом предка для каждой ветви), и потом... а потом скажу как дальше. Это - совершенно новый подход.


Сделано.

15-13-13-18-24-11-11-13-15-10-Х 3480 лет
14-12-13-17-23-10-12-13-14-10-Х 9890 лет
14-14-13-17-23-10-11-13-15-10-Х 11345 лет
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 20:55
Сообщение #35


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Цитата(mouglley @ 21.3.2009, 20:44) *
Нет вопросов, спросим.

Но подумайте сами:
От кого считать, как не от самого древнего, пускай и подсчитанного, гаплотипа данной группы?
У Вас, лично, варианты есть?


Лично я пробую разные варианты, поскольку раньше не считал, попробую и Вашу методу.

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 21:07
Сообщение #36


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



Цитата(mouglley @ 21.3.2009, 20:20) *
А я бы, к примеру принял за гаплотип общего предка самый древний из предковых гаплотипов ветвей. Тогда и общий возраст увеличится.


У меня возраст вырос до 13020 лет.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 21.3.2009, 21:07
Сообщение #37


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Итак, как я понял (но не проверял), средняя скорость мутаций 0.0015 на маркер. Пусть будет так.

15-13-13-18-24-11-11-13-15-10-Х, 3625 лет (0.189 мутаций на маркер, так?) (почему у вас 3480 лет?)
14-12-13-17-23-10-12-13-14-10-Х, 6775 лет (0.320 мутаций на маркер) (почему 9890 лет?)
14-14-13-17-23-10-11-13-15-10-Х, 12650 лет (0.510 мутаций на маркер) (почему 11345 лет?)

Считаем также, как и обычно. На три гаплотипа 8 мутаций от гаплотипа первопредка

14-13-13-17-23-10-11-13-15-10-Х

Это дает 0.267 мутаций на маркер, или 5425 лет от УСРЕДНЕННОГО возраста по "промежуточным" базовым гаплотипам выше, который равен 7700 лет. Таким образом, возраст первопредка составляет 13125 лет.

Это, кстати, нормальная величина для I2 в Европе.

>Общий предок имеет возраст 10925 лет, 129 мутаций на 26 гаплотипов (предковый 15-13-13-17-23-10-11-13-15-10-Х). Осталось узнать правильно ли я посчитал

В целом, неплохо. Но резервы еще есть.





--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 21:08
Сообщение #38


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



У меня вопрос, как правильно считать предковый гаплотип для выборки и для каждой ветви?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 21.3.2009, 21:21
Сообщение #39


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



А так и считать, по ветвям.

Для каждой ветви - свой базовый гаплотип. Их совокупность образует серию гаплотипов, прошедших бутылочное горлышко, или отпочковавшись другими способами (переезд на новую территорию, например). И они по сути образуют серию гаплотипов, как будто те, что мы обычно используем. Но разница в том, что та, что мы обычно используем - гаплотипы наших современников, а базовые - это уже полупредковые. Поэтому и приходится вносить усредненное время до базовых гаплотипов.

Для двух гаплотипов проще. Время до ИХ общего предка - это мутационная разница между ними (переведенная в годы), плюс время до одного, плюс время до второго, деленное пополам.

Пример. Если есть два базовых (из двух разных ветвей), и они различаются на 5 мутаций в их 12-маркерных гаплотипах, то разница между ними 5/12 = 0.417 мутаций на маркер, что с поправкой на возратные мутации дает 7325 лет между ними. Если до первого 1000 лет, и до второго 500 лет (то есть оба свеженькие), то до ИХ общего предка (7325+1000+500)/2 = 4400 лет (округленно).


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Пастор
сообщение 21.3.2009, 21:21
Сообщение #40


Эксперт
*****

Группа: i1
Сообщений: 1538
Регистрация: 3.6.2008
Пользователь №: 404



13020 лет получилось так (считал как мне посоветовал ув. Дмитрия)

Предковый 14-14-13-17-23-10-11-13-15-10-Х

147 мутаций на 26 маркеров

147/26/10=0.56528

берем данные из таблицы

391/283=1.3816

0.56528*1.3816=0.78

0.78/0.015=520,76

520,76*25=13020
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

4 страниц V  < 1 2 3 4 >
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 22.9.2019, 9:30
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU