Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



15 страниц V  « < 11 12 13 14 15 >  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Обновленное Генеалогическое Дерево Гаплoгрупы A И Современного Человека.
aklyosov
сообщение 19.11.2012, 14:16
Сообщение #241


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Более полная информация от Tim Janzen:

Michael Hammer and Thomas Krahn have access to chimpanzee and gorilla DNA which allowed them to determine which SNPs were ancestral and which were derived in the haplogroup A00 sample. Thomas has done a WTY for both chimpanzee and gorilla. He has also run the 111-marker STR panel on the chimpanzee and gorilla DNA. However, there were no results for many STR markers with the standard primers.

The branch line from the A00/A0 node to the first node leading to haplogroups A0-T has 31 SNPs on it. There are 52 new SNPs on the branch line from the A0/A00 node to the first node within haplogroup A00. The man
in haplogroup A00 from S. Carolina thus has a total of 83 SNPs that are different from the other previously known branches of haplogroup A. A crucial piece of information from Thomas' presentation is that there are 1109 SNPs from the A00/A0 node to the human/chimp node and an additional 1109 SNPs from the human/chimp node to the chimpanzee that was tested. And there are 2084 SNPs (plus 27 additional tri-allelic SNPs) on the branch line from the haplogroup A00/A0 node to gorilla.

Michael Hammer also has access to 11 other samples that were collected years ago in Africa that turned out to be in haplogroup A00 once they had been properly SNP tested. They had previously only had very limited STR testing.

Это уже больше показывает работу, проведенную Хаммером и Краном.

Правда, 1109 снип-мутаций между общим предком шимпанзе и человека до общего предка А0/A00 при одной миллиардной мутаций в год означает расстояние чуть больше миллиона лет (1.1 миллиона лет). Поскольку общий предок шимпанзе и человека жил примерно 6 миллионов лет назад, то формальный расчет показывает, что общий предок А0/A00 жил 4.9 миллиона лет назад. Вряд ли это то, к чему пришли Кран и Хаммер.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 19.11.2012, 14:35
Сообщение #242


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6947
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(aklyosov @ 19.11.2012, 20:16) *
Michael Hammer also has access to 11 other samples that were collected years ago in Africa that turned out to be in haplogroup A00 once they had been properly SNP tested. They had previously only had very limited STR testing.

Это не те камерунцы-бамилеке из SMGF, о которых шла речь в нашей статье 1,5-летней давности? Их отличительная особенность - DYS438=16. В полном 43-маркерном варианте их 6 человек, с неполными вполне может быть 11. Тогда мы знали только 6 маркеров из медленной 22-маркерной панели, и лишь после того, как я отправил сообщение контактному лицу Перри на YSearch с предложением сделать апгрейд до 67, через несколько 3-4 месяца появились остальные маркеры. Перри вместе к камерунцами составляют компактную ветвь возрастом около 700 лет (пл памяти).


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
ОН Шоломицкий
сообщение 19.11.2012, 14:43
Сообщение #243


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 43
Регистрация: 17.11.2012
Пользователь №: 3926



Цитата(aklyosov @ 19.11.2012, 15:16) *
расчет показывает, что общий предок А0/A00 жил 4.9 миллиона лет назад. Вряд ли это то, к чему пришли Кран и Хаммер.

А чем обусловлена такая невероятная дистанция? И если брать во внимание возникновение последних гаплогрупп, то этот процесс прошёл, ну почти что, экстерном... wink.gif


--------------------
Охотник на бандерлогов.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 19.11.2012, 19:29
Сообщение #244


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(ОН Шоломицкий @ 19.11.2012, 6:43) *
Цитата(aklyosov @ 19.11.2012, 15:16) *
расчет показывает, что общий предок А0/A00 жил 4.9 миллиона лет назад. Вряд ли это то, к чему пришли Кран и Хаммер.

А чем обусловлена такая невероятная дистанция? И если брать во внимание возникновение последних гаплогрупп, то этот процесс прошёл, ну почти что, экстерном... wink.gif


Скорее всего, неверным подсчетом числа мутаций Хаммером и Краном. При такой константе скорости снип-мутаций, а сильно сомневаться в ней трудно, не в пять же раз различие - то должно быть не 1109 мутаций между общим предком шимпанзе и современным человеком, а примерно 5 тысяч мутаций. А если мутации считали правильно и все уже обнаружили, то наши африканские ребята повели свою линию практически от шимпанзе, или от родственного ему примата. Ну как могут наши политкорректные коллеги с этим согласиться?



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 19.11.2012, 21:24
Сообщение #245


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Cтанислав, снова выступаю как Ваш корректор. Исправьте в своем рис. L1020, L1021 на L1120, L1121.


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_В.Юрковец_*
сообщение 20.11.2012, 0:40
Сообщение #246





Гости






Цитата(aklyosov @ 19.11.2012, 20:29) *
Цитата(ОН Шоломицкий @ 19.11.2012, 6:43) *
Цитата(aklyosov @ 19.11.2012, 15:16) *
расчет показывает, что общий предок А0/A00 жил 4.9 миллиона лет назад. Вряд ли это то, к чему пришли Кран и Хаммер.

А чем обусловлена такая невероятная дистанция? И если брать во внимание возникновение последних гаплогрупп, то этот процесс прошёл, ну почти что, экстерном... wink.gif


Скорее всего, неверным подсчетом числа мутаций Хаммером и Краном. При такой константе скорости снип-мутаций, а сильно сомневаться в ней трудно, не в пять же раз различие - то должно быть не 1109 мутаций между общим предком шимпанзе и современным человеком, а примерно 5 тысяч мутаций. А если мутации считали правильно и все уже обнаружили, то наши африканские ребята повели свою линию практически от шимпанзе, или от родственного ему примата. Ну как могут наши политкорректные коллеги с этим согласиться?

Неужели они свой расизм ставят выше научной истины? Наиболее свободные и прогрессивные учёные уже давно поставили шимпанзе в род Гомо - http://www.medicina.lv/rus/second4.php?pag...cat=1&thm=9
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 20.11.2012, 1:02
Сообщение #247


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(aklyosov @ 19.11.2012, 6:16) *
Правда, 1109 снип-мутаций между общим предком шимпанзе и человека до общего предка А0/A00 ...

Если посмотреть на файл-презентацию Томаса Крана, то можно сделать вывод, что 1109 снип-мутаций разделяют шимпанзе (бонобо) и условного Y-хромосомного Адама (в данном месте эта терминология удобна). Однако не ясно на какой части Y-хромосомы обнаружены эти расхождения, но можно поспекулировать. Похоже, что речь идёт о 400 000 основаниях, покрываемых сейчас стандартно WTY проектом. Теоретически, при сходстве между шимпом и человеком 99%, количество обнаруженных снип-мутаций должно было быть 4 000. Как видно, порядок совпадает. Однако если не все человеческие праймеры сработали на ДНК шимпанзе, то Кран отсиквенировал меньше чем 400 000 нуклеотидов Y-хромосомы шимпанзе - отсюда и меньшее число 1109.

Кстати, на WTY проекте повторно (за последние пол-года) появилась информация о Перри #215865. Отсиквенировали ДНКу 14 апреля. Отсиквенировано 407 186 нуклеотидов. Новые снипы, найденные у Перри L1085-L1168,L1233,L1234,AF4-AF13. Откуда взялась серия AF не знаю, не копал.
Хроматограммы сиквенсов пока не доступны.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Stanislaw
сообщение 20.11.2012, 10:19
Сообщение #248


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 635
Регистрация: 24.10.2009
Пользователь №: 2444



Цитата(Боромир @ 20.11.2012, 2:02) *
Цитата(aklyosov @ 19.11.2012, 6:16) *
Правда, 1109 снип-мутаций между общим предком шимпанзе и человека до общего предка А0/A00 ...

Если посмотреть на файл-презентацию Томаса Крана, то можно сделать вывод, что 1109 снип-мутаций разделяют шимпанзе (бонобо) и условного Y-хромосомного Адама (в данном месте эта терминология удобна). Однако не ясно на какой части Y-хромосомы обнаружены эти расхождения, но можно поспекулировать. Похоже, что речь идёт о 400 000 основаниях, покрываемых сейчас стандартно WTY проектом. Теоретически, при сходстве между шимпом и человеком 99%, количество обнаруженных снип-мутаций должно было быть 4 000. Как видно, порядок совпадает. Однако если не все человеческие праймеры сработали на ДНК шимпанзе, то Кран отсиквенировал меньше чем 400 000 нуклеотидов Y-хромосомы шимпанзе - отсюда и меньшее число 1109.

Кстати, на WTY проекте повторно (за последние пол-года) появилась информация о Перри #215865. Отсиквенировали ДНКу 14 апреля. Отсиквенировано 407 186 нуклеотидов. Новые снипы, найденные у Перри L1085-L1168,L1233,L1234,AF4-AF13. Откуда взялась серия AF не знаю, не копал.
Хроматограммы сиквенсов пока не доступны.

Уважаемый Боромир и Людмила,
Я вижу, что во вас моя надежда. smile.gif
Ваша роль - восстанавливать научное мышление - по правилам генетики
От генетики нельзя здесь отмежевываться!



--------------------
Y-DNA: R1a
mt-DNA: ? (Unknown)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 20.11.2012, 20:06
Сообщение #249


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(Stanislaw @ 20.11.2012, 2:19) *
Уважаемый Боромир и Людмила,
Я вижу, что во вас моя надежда. smile.gif
Ваша роль - восстанавливать научное мышление - по правилам генетики
От генетики нельзя здесь отмежевываться!

Пан Станислав, Вы глубоко ошибаетесь. На этом форуме собралось несколько профессиональных академических учёных (бывших и настоящих). Наша задача, которую мы сформулировали сами себе - постараться максимально возможно восстановить историю своих предков. Методологическая база этих исследований во многом была заложена трудами Анатолия Алексеевича, которого Вы (да и не только Вы) или не хотите, или не можете понять.

Неизбежно, текущие исследования затронули тему происхождения человека. Вы не будете отрицать, что у Вас было два родителя - мать и отец, четыре прародителя (две бабушки и два дедушки) восемь пропрародителей и т.д. Т.е. каждый индивидуальный человек - это конечный продукт огромного количества предков в n-ом поколении. Поэтому концепция Адама, как единственного?!! предка, приемлема только со многими оговорками в применении к отдельным ситуациям (в моём предыдущем сообщеннии в этой теме была такая уместная ситуация) и никоим образом не может быть механически перенесена на теорию происхождение человека. Но именно это, сделал Spencer Wells популяризируя генографический проект, который сам по себе является великолепной идеей.
Это привело к тому, что даже некоторые академические учёные стали слепо верить, что человечество произошло из Африки от некоего Адама и его древней подружки Евы. Во всяком случае, если взять наугад любую недавнюю академическую статью по этой теме, то там, как молитва будет повторена эта концепция.

Нужно отдать должное, что не все купились на концепцию Адама. Взять того же Майкла Хаммера - соавтора будущей статьи по коррекции Y-хромосомного дерева человека. Он не рассматривает эволюцию человека в упрощённом варианте - типа дерева или куста с ветвями отходящими от одного корня или ствола. Он видит её (во временном масштабе сотни тысяч - миллионы лет ) как ряд параллельных стволов время от времени сливающихся (интрогрессия ) и расходящихся, как он показал это на его недавней лекции, прочитанной в Университете штата Северной Каролины (США). Посмотрите, пан Станислав, Вам будет очень полезно, если ещё не видели.

Теперь немного о человеческих взаимоотношениях. Я, честно говоря, всё ещё надеюсь, что Вы наберётесь сил и извинитесь перед Анатолием Алексеевичем за расистские ярлыки, которые Вы на него вешали, думаю в пылу горячности, как на этом, так и англоязычных форумах.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 21.11.2012, 10:04
Сообщение #250


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Станислав, действительно зачем такие заявления? У Вас я то “укокошиваю” науку, то спасаю. Я не обращаю на это внимание. Вот Вы выкладываете бесстрастно очередное Дерево, конечно, у Вас опечатки, потому что для Вас это только чужие цифры. Вы же знаете, чем мы здесь занимались. Первоначально было объявлено 83 SNP Перри (по моим записям). 28 из них еще в начале мая, по- нашему мнению, оказывались не снипами Перри, а снипами нашей группы. Теперь, на презентации 12.11.12. так и оказалось почти со всеми снипами. 3-4 снипа не согласуются с нашими результатами. О них я спросила Thomas Krahn и получила ответ (надо еще проанализировать, но выкладываю сразу, думаю, будет интересно и другим):

Dear Ludmilla,

thanks for your interest in hg A00.

On 11/20/2012 04:22 AM, Людмила Рябченко wrote:
I hope that this address, which I took from the page Family Tree DNA Y Chromosome Browser, delivered a letter to Thomas Krahn.

Hello, dear Dr. Thomas Krahn,

On the Russian site http://www.rodstvo.ru/forum/index.php we closely follow your work on the study of a new line of humanity - A00. Announced in the spring of the new SNPs series L, we also tested for their ancestral status. Even then, we were able to understand the SNPs are a new branch, and which should be transferred to the main branch. Now, looking at your presentation, I had a few
questions to classify SNPs in a particular branch.

1. L1095 - I think it's SNP of A00, where the nucleotide found "a". In
the X chromosome of chimpanzees(according by NCBI), in the autosomes of macaques,
Pongo, Gorilla - "g" (in the Y chromosome of the chimpanzee homology was not found.)

We have also no L1095 result for the chimpanzee, however our gorilla
sample showed a clear A allele. Therefore we considered it as a A to G
mutation in the human branch.
We often see derived alleles on highly similar X chromosome sequences
and it is likely that they are getting transposed to the Y chromosome by
some recombination mechanism.
Of course we can never be sure that our sequencing primers actually
picked up really the gorilla Y chromosome, so the sequence may be
physically located on any other chromosome.


2. L1114 - I think this is not SNP of A00. Chimpanzees "g" as A00, then "a"-it derivat.

This could be true. Note that I highlighted it with a yellow background
which means it needs further investigation. We have no sequencing
results for chimp or gorilla.


3. L1121 - this SNP A00. Chimpanzees "a".

This conflicts with our chimpanzee sequencing results which have a G at
this position. We do not have Gorilla results for L1121 though.
Note that we actually did sequencing on chimp and gorilla samples on our
own. We didn't pick out published sequencing data from public sources.
Therefore there may be some variation.


4. L1129 - hard to say. Some nucleotides deleted compared to chimpanzees. What is the A00 in this area, I do not know.

The chimpanzee has some deletions, but the gorilla sequence aligns
linear to the human reference and has a T at the L1129 position.


5. Some SNPs declared before, now is not listed - L1112, L1153 (deletion), L1162, L1164, L1165, L1166. They have not been confirmed?

L1112 and L1153 are on the A1-V168 branch.

L1162,L1164, L1165 and L1166 are located on the P1 palindromic region. I
should have also removed L1163 (my mistake).
Because of the active recombination processes taking place in the
palindromic region I don't want to consider such markers for a
phylogenetic tree.
Also we do not have primate results for L1162 .. L1166.


6. I wanted to draw your attention (perhaps you know) that the L1099 and the V150 is the same nucleotide, in which there was a double mutation.

Yes, I'm aware that this is the same position. However L1099 is an A to
G mutation and V150 is a subsequent G to C mutation. So the base changes
G > C
The reason we know this is because GRC005628 is ancestral for V150.


7. I want to ask about the L165. What does this mean? Discussions in this regard have not yet met.

This is a pure coincidence. There are several of these in the primate
sequences. L165 was just a funny story that caught the attention of the
group administrator audience because it's a quite well known SNP among
the West Europeans.


Results of your work are very interesting. What discoveries lie ahead? I wish you good luck in the future.

I'd love to do Y research on male Neanderthal or Denisova samples but I
didn't get a hold on such a sample yet.


Regards,
Ludmila Ryabchenko


Thomas


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Stanislaw
сообщение 21.11.2012, 22:49
Сообщение #251


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 635
Регистрация: 24.10.2009
Пользователь №: 2444



Уважаемый Пан Boromir et al.
Я благодарю за ваше высказывание.

1) Давайте начнем с последнего дела - обвинeния в расизме у АК.
Он часто требовал в этом деле. По-видимому его это обвинение очень проболело, что хорошо об нём свидетельствовало бы.

Я однако не ответил на это, думая, что сам себе это выдумал.
Ведь наверное он сам читал, как я (под другим именем) его наверное два раза защищал на DNA Forums, , на российском форуме по радио-разведке в ARIA (?), также на английском Мольгэне.
Откуда так у него это обвиняние мне?

Не хватает здесь цитат (вы не даете мне).
Но первый раз стало это когда я показал, что это настойчивое отрезание родов BT неафриканскиx от африканскиx может благоприятствовать расизму, вот какой наверное другое, чем обвинение в расизме.
Ведь и на теорию Дарвина о разных независимых рукавах, которыми вырастала эволюция человека и его расы, ссылались англичане, которые устраивали охоту на тасманийцев, или немецкие колонисты, которыe в южной Африкэ охотились на "самки пигмеев". Но я не обвиняю Дарвина о расизм, cколько наука о расах - только наука о расах; и не перерождается oнa во враждебные отношения к другим расам. Однако в этом подчеркиванию науки (ненаучным, по-моему) о независимом происхождении от неопределенных и неродных предков, вижу большyю опасность расизма.
Вот и все! Oпасность!

2) Другая тема это национализм, о который был АК обвиненный, а к которому, как я помню, признавался. Я понимаю, ”национализм” это слово очень многозначное в разных нациях: от здорового патриотизма - за агрессивным отношением к другим национальностям, неоднократно в утробе одной страны.
Я в такой вражде по отношению к другим национальностям никогда не обвинял АК.
В крайнем случае - я АК подозревал (не писал!) о неестественный патриотизм, который его склоняет, чтобы на Русской Равнине усмотреть укрытие всего рода R1a перед превратностями судьбы, или когда на Русской Равнине бы видеть колыбель всего неафриканскoгo человечества; я просто не вижу здесь научного обоснования.
Вот и все этой темы!

3) А относительно научности на этом форуме.
Так, я знаю, Боромир, что не нехватает здесь разумных и учёных людей. Поэтому я этот форум считал слишком наиболее из всеx похожиx устраивающее мои потребности. Долго нравилось мне прозрачное считание времени мутации STR (По этой причине, за быть представителем "народного генетика" Клёсова, дважды бановальи мне на польских форумах!).

Но что меня начало отталкивать?
a) Kогда я узнал oбщий грех все гэнэалoгов - это слишком большое доверие к СТР; никакие математические модели не учитывают большого числа многократных мутаций в том же месте, не даваться посчитать. На эту мою проблему АК реагировал смехом...

x) Во время дискуссии о происхождении человека выявилось глубокомысленное незнание основныx принципoв, как конструкция генеалогического древа SNP, незнание того, что это дерево не подчиняется никакому произволу, незнание того, что не надо дебатировать на тему его укорененя, потому что место корня всегда у стыка разветвления мутации двоx образцов. Оттолкнуло меня странное дерево STR гаплoгрупы Апфа. Оттолкнуло меня отрицание дерева как целое с общим забоем. Оттолкнуло меня приписываниe идеологии этим людям, которыe такое единство генетическyю видят отчетливо...

c) И что мне еще отталкивает?
То особенно, что все, который возражают против обязывающих здесь теорий, который даже в научном далеком мире думают и пишут иначе , здесь немилосердно смешиваные с грязью, что касается особенно генетиков популяцийных. О ценности популяцийнэй я имею и своя сдача.
Но это не причина унижания людей!!!
Часто применяли здесь это и к мне. Неоднократно три четвертое текста это: вы..., вы..., вы..., а небольшая часть текста о научной проблеме. Это очень отталкивает! Это антинаука!
Простите, я не хочу вac здесь беспокоить.
Я стараюсь мало писать, как можно меньше.
Может уже ничто...


--------------------
Y-DNA: R1a
mt-DNA: ? (Unknown)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 22.11.2012, 1:07
Сообщение #252


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Stanislaw'y, кратко.

1. Вы, судя по Вашим комментариям, не понимаете, что такое расизм.

2. Тогда тем более недопустимо, что вы используете это слово, не понимая его сути.

3. Если думаете, что понимаете, дайте свое, личное определение "расизма". Не надо списывать из энциклопедий.

4. Может тогда вам станет понятнее, что доказательство того, что бета-гаплогруппа (или ВТ) не выводится из африканских линий, не имеет никакого отношения к "расизму".

5. Вы меня не защищали, и в "защите" я не нуждаюсь. В том числе и от вас.

6. Когда вы говорите "я не вижу научного обоснования", мне становится смешно. В этом вы тоже не разбираетесь. Как и в вашем высказывании "нехватает здесь разумных и учёных людей". Кто бы говорил!

7. В STR вы тоже СОВСЕМ не разбираетесь. Как и в обратных мутациях. Как и в расчетах на основе мутаций в гаплотипах. Как, кстати, и в гаплогруппах. Я, честно говоря, не вижу, чтобы вы вообще хоть в чем-то разбирались, судя по вашим высказываниям. В любом случае, не в ДНК-генеалогии.

8. "Я стараюсь мало писать, как можно меньше".

Это не очень заметно.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 22.11.2012, 9:10
Сообщение #253


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Если вернуться к научным проблемам.
Мне стало непонятно. Получила еще 1 ответ от Thomas Krahn. На мой вопрос-почему использовали Бононо, он ответил:
We did not sequence Bonobo DNA. It was just a regular male chimpanzee
(Pan troglodytes) cell line NA03448.
We did use the same DNA for SNPs and STRs.

А в презентации указана ссылка на Ysearch 6RCUU, где (как обратил на это наше внимание Боромир записана та же линия NA03448, но P.paniscus.


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 22.11.2012, 15:30
Сообщение #254


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Уважаемая Людмила,

Там у Т. Крана многое чего непонятно, хотя этому всему должно быть объяснение. Вот, например, следующая непонятность у Крана.

Это - последовательность в Y-хромосомном регионе DYS388 у человека с числом аллелей 12. Это число ясно читается между выделением черточками, как 12 повторов ATT.

GAATTCATGTGATTAGCCGTTTAGCGATATATACATATTATGAAAC--ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT--TGAGACGGACTCTCGCTCTGTCGCCCAG

Вот - тот же регион у шимпанзе. Число аллелей - 15.

GAATTCATGTGATTAGCCGTTTAGCGATATATACATATTATGAAAC--ATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATT--TGAGACGGACTCTCGCTCTGTCGCCCAG

У Крана для шимпанзе почему-то стоит число DYS388=12 - в YSearch 6RCUU, ясно написано "paniscus", и написано, что контакт - с Т. Краном.

Здесь такой простой случай, что перепутать 12 и 15 повторов просто невозможно. Говорить же (Кран) что работали с "троглодитом", когда у него же ясно написано "панискус" - это вообще странно.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 22.11.2012, 15:45
Сообщение #255


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6947
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Между гаплотипами шимпанзе Крана и шимпанзе Людмилы я насчитал 10 мутаций на 7-ми медленных маркерах, с учетом трактовки спорных маркеров Томасом. Для двух разных видов с общим предком более миллиона лет назад, по-моему, маловато. В-общем, надо выяснять, кто же записан в YSearch. Там есть ссылка на базу данных, откуда взят геном, но я не смог до нее добраться. Думаю, первичная информация о доноре должна там быть.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 22.11.2012, 20:56
Сообщение #256


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Igor1961:
Цитата
Там есть ссылка на базу данных, откуда взят геном

Thomas Krahn:
Цитата
we actually did sequencing on chimp and gorilla samples on our
own. We didn't pick out published sequencing data from public sources.

Я задала вопрос, может быть еще ответит.
Цитата
шимпанзе Людмилы
- скажете тоже...- NCBI.


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 22.11.2012, 21:55
Сообщение #257


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(Люда @ 22.11.2012, 12:56) *
Цитата
шимпанзе Людмилы
- скажете тоже...-
wub.gif


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Люда
сообщение 23.11.2012, 11:02
Сообщение #258


Знаток
****

Группа: Mt Helena
Сообщений: 619
Регистрация: 1.1.2010
Пользователь №: 2612



Все. Это была ошибка. Томас ответил, что исправит в Ysearch.
T.K.:
Цитата
I've corrected the Ysearch entry now. It was really Pan troglodytes and
NOT Pan paniscus. sorry.


--------------------
муж: Y - J2-L24(L590), митоДНК - F1b
зять1: Y - R1a1 (L784)
зять2: Y - R1a1 (YP331)

--------------------
mt-DNA: H6a1a5
Y-DNA: R1a.L365+ & mt-DNA: V1a (отец)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_В.Юрковец_*
сообщение 23.11.2012, 12:27
Сообщение #259





Гости






Ничего себе, ошибочки! Вид перепутали. Это не ошибка, это что-то другое.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 23.11.2012, 16:27
Сообщение #260


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Ладно, с кем не бывает? Ну, ошибся. Не туда заглянул.

Сейчас ситуация оказывается сложнее. Как могло получиться, что, например, в DYS388 в опубликованной последовательности шимпанзе 15 повторов, а у Крана - только 12? Вид-то теперь один и тот же... А там повторы настолько простые, что разночтений, как считать, быть просто не может.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

15 страниц V  « < 11 12 13 14 15 >
Быстрый ответОтветить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 12.11.2019, 17:54
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU