Версия для печати темы

Нажмите сюда для просмотра этой темы в обычном формате

Rodstvo.ru _ Расчёт возрастов, скорости мутаций, константы _ Окончательное решение "возрастного вопроса"

Автор: Igor1961 10.6.2019, 16:49

На заре ДНК-генеалогии, преимущественно на англоязычных ресурсах, горячо дебатировался вопрос, корректно ли сопоставлять датировки, полученные при счете по мутациям в STR, если в разных популяциях средняя продолжительность жизни мужчин (в случае Y-хромосомы) и, опосредованно, длина поколения (усредненная по числу сыновей от старшего до младшего) различна. На этот счет кипели нешуточные страсти, в основе которых были имевшиеся в то время данные по статистике мутаций на парах отец-сын. Формально получается, что, если вероятность мутации в том или ином маркере при мелосе не зависит от возраста отца, то среднее количество мутаций, накопленных в течение фиксированного промежутка времени у потомков основателя рода, будет различаться в зависимости от среднего числа поколений, укладывающихся в данный промежуток.

Со временем эти дискуссии сошли на нет, потому что ни доказать, ни опровергнуть тезис о независимости скорости мутаций от возраста отца на экспериментальном материале не удалось. Профессионалы перешли к понятию условного поколения как способа перевода скоростей, полученных при калибровке по календарным годам, и только любители (как правило, малограмотные в буквальном смысле) продолжали разговоры в духе, что, мол, во времена палеолита детей рожали в 15 лет, а потому мутации набегали в 2 раза быстрее, чем сейчас.

С появлением технологии Next Generation Sequencing появилась возможность провести калибровки по снипам в Y-хромосоме, что, среди прочих, проделали с исландцами, располагавшими документальными родословными вплоть по 17-18 веков. Оказалось, что принимаемый ранее без доказательства тезис о независимости вероятности мутации от возраста отца неверен.На статистически достоверном уровне была найдена положительная корреляция. А именно, чем старше отец, тем выше вероятность мутации. Если на пальцах, то родные братья с разницей в возрасте в 20 лет будут (в среднем) по мутациям в Y-хромосоме больше напоминать двоюродных братьев, а младший сын - внука своего родного отца. После этого исследования при калибровках по снипам вообще отказались от понятия средней длины поколения, и константы считают по календарным годам. В формате YFull это в среднем 1 мутация за 144 года, и не имеет значения, сколько поколений уложилось в этот срок.

После этих расчетов почти не оставалось сомнений, что с мутациями в STR происходит то же самое, но не было конкретных данных, чтобы это подтвердить. В этом году они появились. В последнем номере журнала "Forensic Science International. Genetics" группа генетиков-криминалистов из Сербии опубликовала результаты исследования Y-ДНК 120 сербов из гаплогруппы R1b, находившихся в документированном родстве и располагавших сведениями о датах рождения своих предков вплоть до начала 18 века. Вот ссылка на оригинальную работу https://www.fsigenetics.com/article/S1872-4973(18)30675-6/abstract

Авторы калибровали данные в форматах, принятым у криминалистов, но в данном случае это не принципиально, потому что один их основных выводов исследования не должен зависеть от таких частностей. Он звучит так:
A positive correlation between the fathers’ ages and mutability rates was observed (Наблюдается положительная корреляция между возрастом отцов и скоростями мутаций). Как и следовало ожидать, в этом плане мутации в STR ничем не отличаются от мутаций в снипах.

Вот как эта корреляция выглядит "живьем" в виде графика, на котором по оси абсцисс отложен средний возраст отцов в 4-х родственных генеалогических линиях, а по оси ординат - среднее число мутаций, накопившихся у потомков родоначальника каждой из линий.



Можно при желании выискивать "проколы" в методике подсчета и придираться к коэффициентом корреляции, но это все переливание из пустого в порожнее. Работа сербских генетиков ставит точку в вопросе о влиянии длины поколения на датировки, полученные при калибровках Y-STR по календарным годам. Будучи эмпирическим на момент изобретения, это подход теперь получил экспериментальное обоснование. Мутации накапливаются пропорционально календарным годам, что дает возможность говорить о ДНК-генеалогических датировках как очень стабильных и мало подверженных внешним воздействиям.

Автор: kannelur 30.6.2019, 9:28

и за какой промежуток времени в итоге происходит 1 мутация в STR?

Автор: Vader 30.6.2019, 17:17

Окончательный это абстракция , вопрос - какая будет разница в мутациях между братьями , детьми солдата рождённых до и после первой мировой если солдат траванулся БОВ , таких данных нет но на мой взгляд мутации могут исчисляться десятки а может быть и сотнями поколений и это между братьями .

Мы не одноклеточные , у многих одноклеточных , червей и т.д. мужских особей для адаптационного изменения нет , зато одни женские особи быстро размножаются ) но стоит изменится условиям выживания или на зиму и они рождают мужские особи для того чтобы приспособится и мутации идут очень быстро и в разных направлениях - человек не так уж и далеко ушел и система должна действовать достаточно аналогично .

В общем по миру много чего происходит , что провоцирует ускорение мутаций .


Автор: Igor1961 30.6.2019, 18:27

Цитата(kannelur @ 30.6.2019, 15:28) *
и за какой промежуток времени в итоге происходит 1 мутация в STR?

В 111-маркерном гаплотипе - в среднем раз в 114 лет, в 67-маркерном - раз в 208 лет. Только не надо думать, что все это происходит черед равные промежутки времени, как по метроному. Мутации - процесс случайный, а потому для сужения коридора погрешностей в датировках необходимы выборки достаточно размера, чтобы заработал закон больших чисел.

Автор: kannelur 1.7.2019, 11:35

Цитата(Igor1961 @ 30.6.2019, 18:27) *
Цитата(kannelur @ 30.6.2019, 15:28) *
и за какой промежуток времени в итоге происходит 1 мутация в STR?

В 111-маркерном гаплотипе - в среднем раз в 114 лет, в 67-маркерном - раз в 208 лет. Только не надо думать, что все это происходит черед равные промежутки времени, как по метроному. Мутации - процесс случайный, а потому для сужения коридора погрешностей в датировках необходимы выборки достаточно размера, чтобы заработал закон больших чисел.


спасибо, а можете что-то определённое сказать о временном расстоянии до общего предка?:

dys391 dys439 dys459b dys448 yca2b dys456 dys570 dys442 dys537 dys572 dys565
196509 11 10 9 20 22 17 18 13 12 12 13
319364 10 10 9 20 23 14 18 13 11 11 12
672961 10 11 10 19 22 16 19 14 12 11 13

Автор: Igor1961 1.7.2019, 12:42

Во-первых, если не секрет, поясните, пожалйста, с какой целью вместо полноценных 67-маркерных галотипов от FTDNA Вы даете какие-то обрывки? Во-вторых, вопросы такого рода следует направлять в раздел новичков. Сообщение будет перемещено, чтобы не засорять тему оффтопом.

Автор: Alexandr-2 22.7.2019, 22:41

Цитата(Vader @ 30.6.2019, 18:17) *
В общем по миру много чего происходит, что провоцирует ускорение мутаций.



А на что влияет ускорение мутаций в Y-хромосоме?
Надо полагать, что расширение ареала проживания ариев (R1a-Z645) связан не с мутацией
в Y-хромосоме, а с некоторыми особенностями их хозяйственного уклада.
Обратимся к артефактам Ямочно-гребенчатой керамики (охватывала всю лесную зону европейской части России - от Кольского по­луострова до северной Украины и от восточной Прибалтики до Прикамья).
Во-первых, культура богата разнообразными на­ходками, прежде всего керамикой. А это в том числе и приготовление "горячей" пищи. Для работы по дереву использовались топоры, тесла, включая желобчатые, ста­мески, скобели, резцы, резчики, пилы, сверла, развертки и строгальные ножи из слан­ца, реже из кремня.
Во-вторых, судя по темным углистым полосам, в основании стен жилищ лежали горизонтально по­ложенные бревна. Следы столбов вдоль стен отсутствуют. В Трипольской культуре столбовая конструкция и использование глины, данные жилища менее морозоустойчивые, чем у ариев.
Эти факторы могли сыграть решающую роль в выживании ариев и расширении ареала их проживания в период после климатического оптимума в Европе, климат в 4 тысячелетии до н.э. становится более прохладным и влажным.
Кроме того, на юге культуры Ямочно-гребенчатой керамики граничили с Трипольской культурой и могли
заимствовать передовые технологии, в том числе в металлообработке.
В качестве тяглового животного использовали лошадь, её использовалась и в военном деле (см.колесницы), что также давало преимущество.













Форум Invision Power Board (http://www.invisionboard.com)
© Invision Power Services (http://www.invisionpower.com)