Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



10 страниц V  « < 8 9 10  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Ftdna, Анонсы, тесты, обсуждение
Surfer
сообщение 8.3.2015, 11:37
Сообщение #181


Новичок
*

Группа:  R1a
Сообщений: 12
Регистрация: 24.7.2014
Из: Москва
Пользователь №: 4444



Цитата(Боромир @ 8.3.2015, 9:05) *
Y2910 16179119 C>T
Y2915 8180860 C>T


Боромир, спасибо большое за информацию!
CSV файл сразу же скачал, но в том-то и дело, что у всех новелей там не указаны обозначения снипов. Ну и как известные снипы они тоже не прописаны (скачал еще раз сейчас - и то же самое).
А так - действительно, и 16179119, и 8180860 - оба на месте smile.gif

Не подскажете, где можно найти соответствие новелей с уже принятыми обозначениями? (UPD: на ISOGG соответствие Y2910 нашел, а Y2915 там пока нет.)

И судя по Вашему ответу получается, что Y2915 - это потенциальная новая веточка?


--------------------
Y-DNA: R1a.M198+,M512+,M417+,Z282+,Z280+,CTS1211+,CTS3402+,CTS8816+,Y2902+,Y2910,
L579-,L365-,CTS11142-,L1280-
FTDNA Kit No. 294325
Ysearch: 8XRNK
Yfull: YF03004
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 8.3.2015, 20:09
Сообщение #182


Эксперт
*****

Группа: R1a, ДНК-Генеалоги
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(Surfer @ 8.3.2015, 3:37) *
И судя по Вашему ответу получается, что Y2915 - это потенциальная новая веточка?

Нет, на данный момент Восточно-Карпатская (ВК) ветвь, к которой Вы и я относимся, разделяется на пять охарактеризованных подветочек (субкладов). Их на самом деле больше, но мы пока не знаем сколько точно, хотя как минимум дополнительно напрашиваются два. Посмотреть их и их обозначения можно по этому линку. Вот эти субклады:
R-CTS11142
R-Y2910
R-Y3219
R-Y4379
R-YP1447

Обратите внимание, что сама ВК ветвь (обозначена R-Y2902) характеризуется на данный момент двадцатью снипами, три из которых видны и 17 спрятаны под серым прямоугольником (наведите на него мышь, чтобы их увидеть). ВК ветвь выделилась (отделилась от основного ствола) 4200 лет тому назад (formed 4200 ybp) и 2000 лет росла (говорят проходила бутылочное горлышко) или по-простому выживала до тех пор, пока 2200 лет назад (TMRCA 2200 ybp) не начала снова ветвится (бурно развиваться). За эти 2000 лет выживания и накопились её 20 снипов.

Самая большая (по протестированным на данный момент гаплотипам) из пяти подветвей, а именно наша R-Y2910 (я тоже в ней), в свою очередь, прошла небольшое бутылочное горлышко в 300 лет (2200 минус 1900) и накопила два снипа: Y2910 и Y2915. Который из этих снипов возник раньше, а какой позже пока не известно и Y2910 произвольно был выбран для обозначения субклада. Точно также произвольно был выбран снип Y2902 (из двадцати) для обозначения Восточно-Карпатской ветви.

Новая ветвь возникает на дереве, когда обнаруживается минимум два гаплотипа с одним и тем же новым снипом помимо уже известных.

Цитата
Не подскажете, где можно найти соответствие новелей с уже принятыми обозначениями? (UPD: на ISOGG соответствие Y2910 нашел, а Y2915 там пока нет.)

Новели это по определению новые снипы (для ФТДНА) и большая часть их обозначений пока не имеет. Список снипов с суффиксами Y и YP и соответствующие им позиции на Y-хромосоме можно найти в следующем линке.

Добавлю от себя. Вчера на Переформате Анатолий Алексеевич Клёсов опубликовал продолжение статьи под названием "Венеты и венеды – кто их современные потомки?". Это продолжениие фактически ставит целью познакомить читателя с основными ветвями-субкладами славян гаплогруппы R1a. Отдельным разделом идет Восточно-Карпатская ветвь, возраст которой (TMRCA) оценён в 2400±200 лет.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Surfer
сообщение 9.3.2015, 3:01
Сообщение #183


Новичок
*

Группа:  R1a
Сообщений: 12
Регистрация: 24.7.2014
Из: Москва
Пользователь №: 4444



Уважаемый Боромир, огромное спасибо за развернутый ответ!

Ваши пояснения про бутылочные горлышки вкупе с информацией из статьи Анатолия Алексеевича невероятно будят воображение! Здесь хочется написать еще множество восторженных мыслей о наших славных предках, но оставлю лирику и перейду к конкретике, дабы не отнимать Вашего времени, чем я по-моему и так уже злоупотребляю smile.gif

Цитата(Боромир @ 8.3.2015, 21:09) *
Список снипов с суффиксами Y и YP и соответствующие им позиции на Y-хромосоме можно найти в следующем линке.


С большим интересом сопоставил 20 снипов подветви Y2902 (+ Y2910 и Y2915), показанных на Yfull, с их аналогами позиций новелей по вашей ссылке и собственным CSV BigY, и вот что получилось:

Y1390/S3366+
Y1387-
Y1395-
Y2902+
Y1391+
Y1394/S3369+
Y2904+
Y1389+
Y2901+
Y1392+
Y2908-
CTS1070/S3356 ? (FTDNA Known SNP)
Y2900-
Y2899-
Y2906-
CTS3441/S3362 + (FTDNA Known SNP)
Y1393+
Y1388-
Y2903-
Y2916-
Y2910+
Y2915+
_________
(-) - соответствующей позиции в новелях CSV нет.
(+) - соответствующая позиция в новелях CSV присутствует.

Не знаю, насколько корректно такое сопоставление, возможно FTDNA дает лишь выборочные новели (в моем CSV их ровно 100, и возможно, получается, что я просто забегаю вперед, не дождавшись результата Yfull). Но может быть, такое сочетание наличия/отсутсвия новелей также закладывает новые подветви внутри Y2902?

И второй вопрос - касательно FTDNA BigY matches.

Обратил внимание, что в перечне "совпаденцев" BigY в графе "Non-Matching Known SNPs" неоднократно указываются снипы, которые на самом деле очень даже "matching". В частности, у нас с Вами указано различие по трем снипам - CTS1278, L458 и PF7315. Однако в моем CSV файле CTS1278 отмечен знаком "+" (оба других - действительно, соответственно "-" и "?"). Более того, у ряда совпаденцев приводятся в качестве отличий и такие основополагающие снипы как CTS8816 и Y33. Что это - недоработка FTDNA?

Также Вы говорите:

Цитата(Боромир @ 8.3.2015, 21:09) *
на данный момент Восточно-Карпатская (ВК) ветвь, к которой Вы и я относимся, разделяется на пять охарактеризованных подветочек (субкладов). Их на самом деле больше, но мы пока не знаем сколько точно, хотя как минимум дополнительно напрашиваются два.
...
Новая ветвь возникает на дереве, когда обнаруживается минимум два гаплотипа с одним и тем же новым снипом помимо уже известных.


Судя по тому, что L458 существует как отдельный снип, он есть не только у Вас. Это и есть одна из тех подветвей, которые как минимум дополнительно напрашиваются?


--------------------
Y-DNA: R1a.M198+,M512+,M417+,Z282+,Z280+,CTS1211+,CTS3402+,CTS8816+,Y2902+,Y2910,
L579-,L365-,CTS11142-,L1280-
FTDNA Kit No. 294325
Ysearch: 8XRNK
Yfull: YF03004
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 12.3.2015, 17:51
Сообщение #184


Эксперт
*****

Группа: R1a, ДНК-Генеалоги
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(Surfer @ 8.3.2015, 20:01) *
Не знаю, насколько корректно такое сопоставление, возможно FTDNA дает лишь выборочные новели (в моем CSV их ровно 100, и возможно, получается, что я просто забегаю вперед, не дождавшись результата Yfull).

Сопостовление совершенно корректное. Есть две основные причины почему часть снипов, которые должны быть положительными, у Вас получились отрицательными. Ровное число 100 в данном случае чисто случайное.

Считается, что Y-хромосома состоит из 59,373,566 нуклеотидов по одной из последних (hg19) сборок/ревизии. Во время Big Y анализа компанией ФТДНА прочитывается не вся Y-хромосома, а только слегка более 10 миллионов нуклеотидов, которые иногда называют золотым стандартом. Из девяти снипов, обозначенных Вами "отрицательными", семь просто не попадают в золотой стандарт. Снип CTS1070/S3356, который показан с вопросом тоже не попадает в золотой стандарт и поэтому окажется у Вас "отрицательным".

Продолжение ответа проиллюстрирую и сделаю более развлекательным. По этому линку посмотрите на мои положительные снипы, выявленные Big Y анализом и собранные в виде индивидуального, своеобразного "филогенетического" дерева. Почему своеобразного? Во первых, оно перевёрнуто - его корни, начиная с Y-хромосомного Адама (Y-Chromosome "Adam"), расположены вверху и соответственно макушка - мои терминальные снипы Y2910 и Y2915 находятся внизу. Во вторых, это совершенно голый ствол без боковых веток, представленный цепочкой снипов идущих по порядку от самых древних до недавно приобретенных. Самые первые снипы (например V250 и L1013) я, как и почти всё современное человечество, приобрёл согласно расчётам Клёсова/Рожанского 180 тысяч лет назад или 138900 лет назад по оценке команды YFull.

Экспериментально доказнные Big Y анализом положительные снипы показаны в зелёных прямоугольниках. Снипы, которые должны быть положительными, но не попали в золотой стандарт показаны на сером фоне. Для меня все эти снипы кликабельны, поскольку имею доступ к дереву со своего YFull аккаунта. Для вас, к сожалению, нет. В выплывающем после клика окошке показывается общая информация по интересующему снипу, а также данные о нём, вытянутые из индивидуального BAM–файла (моего в данном случае). Итак, кликаю на серый снип Y2899 (первый в списке субклада R-Y2902) и расшифровываю информацию в нём:

Sample: #YF01595 (R-Y2910) - YF01595 это ID моего образца в компании YFull
ChrY position: 5990761 (+strand) – 5,990,761 это позиция на положительной (+strand) цепи Y–хромосомы (напоминаю, что всего в Y–хромосоме 59,373,566 нуклеотидов)
Sample allele: no call position - именно здесь сказано, что в моём образце (Sample allele) эта позиция не была прочитана (no call position)
Reference (hg19) allele: C - сказано, что в предковой последовательности находится цитозин (C - английская аббревиатура для цитозина)
Known SNPs at this position: YFC057533 (C->A) Y2899 (C->T) - в этой позиции (говорят локусе) обнаружены две мутации (два снипа): снип YFC057533, если предковый цитозин © переходит в аденин (А) или снип Y2899, если цитозин © переходит в тимин (Т). Качество обоих снипов оценивается в 4 звёздочки из 5-ти возможных. Итак, на примере снипа Y2899 видно, что он не попадает в новели, т.к. участок Y-хромосомы в который он входит, не прочитывается анализом Big Y.

Теперь перейдём к снипу Y1387, который в ваших новелях отсутствует, а у меня экспериментально найден положительным. Почему разночтения? Кликаем на Y1387 и смотрим:

Снип находится на положительной цепи Y–хромосомы в позиции 21,256,038. Это единственный снип в этой позиции. Его предковое значение С (Reference (hg19) allele), но в моём образце обнаружен Т (Sample allele). Эта позиция была прочитана дважды (Reads:2) и в обоих случаях там был обнаружен Т (Position data: 2T). Пять звёздочек говорит, о том, что аналитики YFull считают его надёжным снипом. Пока опустим строчки Weight for и Probability of error. Когда я глянул свои новели, то оказалось, что в них снип Y1387 тоже не входит. Из чего делается вывод, что компания ФТДНА применяет более жесткие фильтры для отбора новых снипов и двойное прочтение, как в моём случае не является достаточным, чтобы отнести снип к новелям. Кстати, если очень хочется узнать прочитана или нет у Вас позиция снипа Y1387, надо с домашней странички пойти на Big Y Results и в Download Raw Data выбрать и скачать VCF-файл. Он содержит добавочный файл с расширением .bed. Этот bed-файл содержит список всех прочитанных участков Y–хромосомы.

Наконец, рассмотрим ещё один снип который в Ваших новелях отсуствует, а у меня показан положительным. Это снип Y2903. Кликаем на него.

Снип находится на положительной цепи Y–хромосомы в позиции 22,473,124. Единственный снип в этой позиции. Предковое значение С, а у меня обнаружен Т. Позиция была прочитана 60 раз: 52 раза, как Т и 8 раз, как С. Мутированное значение снипа (Т) прочитано с вероятностью 52/60=0.866 (Weight for T), а предковое значение (С) прочитано с вероятностью 8/60=0.134 (Weight for C). Вывод сделан, что мутация есть, но с возможностью ошибки 0.189 (Probability of error). Качественности снипа присвоено только три звёздочки. У меня в новелях этот снип присутствует. Уверен, что этот снип у Вас прочитан, но уж с очень большой ошибкой и, поэтому, ФТДНА решила не включать его в новели.

Цитата
И второй вопрос - касательно FTDNA BigY matches.

Если честно, я так и не понял какую информацию ФТДНА пытается донести через раздел Matching, поэтому не обращаю на него внимание. Люди разные - может быть Вы что-либо полезное для себя извлечёте.

Цитата
Судя по тому, что L458 существует как отдельный снип, он есть не только у Вас. Это и есть одна из тех подветвей, которые как минимум дополнительно напрашиваются?

Нет, снип L458 был обнаружен пока только у меня. Раньше у ФТДНА существовал другой анализ: под названием WTY (аббревиатура от английского "прогулка по Y-хромосоме"). На форуме где-то есть ветка, посвящённая обсуждению WTY, если интересуетесь. Этим анализом у меня тогда была обнаружена мутация, которая была обозначена L458 (14,236,813 C>A).
На новые подветви Восточно-Карпатской ветви (снип Y2902) напрашиваются образцы под звёздочкой.


Поскольку складывается впечатление, что Вы, Surfer, человек интересующийся и копающий вглубь, задам вопрос. На моём "филогенетическом дереве" есть снип M526, характеризующий уровень K(xLT). Он Вам ни о чём не говорит? smile.gif


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 25.4.2015, 4:29
Сообщение #185


Эксперт
*****

Группа: R1a, ДНК-Генеалоги
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Скидки. С 8 утра (московское время) 25 апреля до 8 утра 1 мая Big Y можно заказать на $100 дешевле. При заказе использовать купон DNADayBigY.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
zss
сообщение 16.11.2015, 13:08
Сообщение #186


Новичок
*

Группа:  R1a
Сообщений: 20
Регистрация: 10.1.2014
Из: Рязань
Пользователь №: 4322



Начался очередной сезон скидок.
R7NPIO1A - $10 off mtFull Sequence,
R7118ZQA - $5 off Y37, Y67, or Y111.
Купоны действительны 7 дней.


--------------------
Y-DNA: R-Z92, YP569+, YP682+
mt-DNA: Т2b
FTDNA: 309593; ySearch: S73QZ; mitosearch: HVP55
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
TapaH
сообщение 13.12.2016, 22:49
Сообщение #187


Новичок
*

Группа:  R1a
Сообщений: 5
Регистрация: 17.9.2009
Из: Germany
Пользователь №: 2358



Подскажите кто-нибудь, до какого числа действуют скидки? Хотел быть сделать тест на Y111.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 14.12.2016, 3:55
Сообщение #188


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6108
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



По 1 января, 15:00 по московскому времени. Это полночь в Хьюстоне. Вот оpигинал анонса

The 2017 Holiday Sale is Here!

We have several discounts on our testing during the Holiday Sale, which will end on December 31st at 11:59 pm CST. In addition, each Monday a new coupon code called a Holiday Reward will be put on the kit, and an email sent out as a reminder. If you share that code with someone and it's used for a purchase, you should get another code. These coupons ARE stackable with sale prices.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>L1029* (YP263-, YP416-, YP417-, YP444-, YP592-)
mt-DNA: U3a2* (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
SWAN
сообщение 13.7.2017, 16:59
Сообщение #189


Магистр
******

Группа: J2
Сообщений: 2614
Регистрация: 24.12.2009
Из: EUSKAL HERRIA
Пользователь №: 2598
Страница в ЖЖ:-



Ploxie novosti,FTDNA zakrila bazu Ysearch,i uzhe ne budet vozmozhno zagruzhat raznie resultati tuda dlia sravnenia...
Sevodnia poluchil otvet na moio vozmushenie:


Hi Irakli, ySearch is no longer being updated. The site remains online primarily so existing customers can access the information they've previously uploaded there. We have no plans to update ySearch in the future and do not recommend using the site.
ySearch was primarily setup so that people who tested their Y chromosome at different companies could transfer their test results into a unified database to find matches. No other companies offer Y-STR tests anymore, so the only new test results coming out are from our company and already in our general database. We have no plans to revive ySearch or make a replacement.


--------------------
User ID в проекте Ysearch.org: 3UJ75

Апакидзе 258948 - G2a-Z6692
Ахвледиани E10625-J2a-SK1317
Гиоргобиани 553029 - G2a-Z6653
Кецбая 303286 - G2a-FGC5081
Мамисашвили 347281 - G2a - FGC2315
Какубава 358622 - J2a-SK1317
Дашниани 392381 - J1a-CTS1460



--------------------
Y-DNA: J2a*.DYS434=7.M410+, M172+, L505+, L212+, L152+, L532+,, L559+, Z6049+, Z6048-, M92-, M67-, M340-, M289-, L581-, L27-, L26-, L25-, L24-
mt-DNA: X2e2a
Отец mt-DNA: U2e1a1
Дед (с отцовской стороны) mt-DNA: H*
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

10 страниц V  « < 8 9 10
Быстрый ответОтветить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 20.10.2017, 0:46
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU