Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



4 страниц V  « < 2 3 4  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Осторожно: "популяционная Генетика", О разнице между ДНК-генеалогией и популяционной генетикой
aklyosov
сообщение 16.11.2011, 2:14
Сообщение #61


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Боромир @ 15.11.2011, 14:35) *
А можно хотя бы часть их осветить для русскоговорящих форумчан?


Много пересказывать, к сожалению. Там же как встрянешь - уже не выбраться.

Началось с того, что Кен Нордтведт предложил тамошним форумчанам некую задачку на нахождение общих предков, сопроводив ее обычными словами, что с ветвистыми деревьями никто работать не умеет. Я-то знаю, что он сам в первую очередь с ними работать не умеет, все деления на ветви производит вручную, по аллелям, и, естественно, нещадно дробит. У него где мутированная аллель(даже быстрая) - это новая ветвь-субклад. Поэтому у него в I1 таких "субкладов" уже штук тридцать, если не больше, и у каждого свой индекс и название. Это типа если бы мы в R1a1 делили на субклады так: для DYS390 = 23, 24, 25, 26 - уже четыре субклада, плюс DYS19 = 15, 16 и 17 - еще три варианта, значит, берем все пермутации с первыми четырьмя, и так далее. Он же деревья не умеет строить, и не понимает, что это все может быть одна ветвь, это просто мутации.

Короче, мне это надоело, и я сказал, что все это давно решено, вчерашний день ДНК-генеалогии. Занятно, что он и не возразил. Потом пару раз высказывался, но по сопровождающим "моментам", в целом позитивно.

Но тут, естественно, выскочил Понтикос, для которого я типа красной тряпки для быка. Я же ведь его умыл в последнем Вестнике, на английском языке, что он понятия не имеет в гаплотипах и мутациях, и поместил линк на Rootsweb, потому что спросили, как я отношусь к статье Busby. А я Понтикоса умывал именно в связи с этой статьей. Короче, грек выскочил, и объявил, что мои расчеты неправильны, потому что я рассчитал для E-V13 время жизни общего предка 3400 лет назад, а только что нашли кости в испанской могиле, с датировкой 7000 лет назад, и там E-V13.

Я объяснил полуграмотному Понтикосу, что наши расчеты относятся к гаплотипам ныне живущих людей, и мы считаем времена жизни ИХ общих предков, и достигаем до дна только бутылочных горлышек популяции. А выкапывают кости тех, кто могли жить ДО бутылочного горлышка. И я добавил, что не представлял, что есть здесь такие, что этого не знают.

Понтикос уполз зализывать раны, и больше не появлялся. Но со злости и от бешенства поместил у себя на сайте пасквиль, что я фальсифицирую данные biggrin.gif

Короче, таких как Понтикос раньше били канделябрами. Я знал, что он подлец, но не предполагал, что до такой степени.

Но никто на форуме на это не отреагировал, и ко мне пошел поток вопросов для разъяснений. Майка прислал список из 193 67-маркерных гаплотипов E-V13, и, разумеется, они дали гладкое дерево с одним общим предком и возрастом примерно 3400 лет. Расчеты по коротким гаплотипам Cruciani и Battaglia дали примерно 2600 лет. Ни о каких 7000 лет и вопросов нет. Я показал и на отдельных медленных маркерах, типа DYS393, что если бы до предка было 7000 лет, то DYS393 дал бы довольно много мутаций, а их на самом деле всего несколько, как раз для 3400 лет назад.

Но дискуссия показала, что есть такие, которые все равно в упор не хотят видеть никакой ДНК-генеалогии. Есть один активный там мексиканец, так от после всех моих объяснений объявил, что он не верит в расчеты по мутациям, и что я неправильно расчитал E-V13, потому что там должно быть 7000 лет. Круг замкнулся. От идиотов никуда не уйти.

Там много всяких забавных нюансов, всего не перескажешь. Может, стоит отдельный выпуск Вестника этому посвятить. Там действительно много познавательного, как люди реагируют на ДНК-генеалогию. Был еще интересный случай. Некто из клана Barton дал ссылку на свою коллекцию из 80 67-маркерных Бартонов. Я тут же прикинул дерево, и на нем одна изящная молодая ветвь из 47 гаплотипов, и одна резко отстающая, старая. Молодая получилась легко, линейный метод дал примерно 1580 год, а логарифмический - 1605 год. Я это там поместил, оказалось до документам - "не позже 1620 года". Так что демонстрация получилась удачной. Ну, и так далее.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 16.11.2011, 2:30
Сообщение #62


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Дополнение. Я бы не хотел, чтобы мой стиль описания был воспринят так, что мы все знаем и умеем, а остальные - идиоты. Это, конечно, не так. Мы многого не знаем и не умеем, и постоянно ищем пути улучшения того, что знаем.

Но есть хорошее правило. что когда говоришь нам, что мы считаем неправильно, то надо показать, КАК надо правильно.

Вот поэтому в моей шкале ценностей идиот - это тот, кто выливает негативные комментарии, не зная и не умея того, КАК НУЖНО. Это просто уже устройство мозг такое, или того, что мозг заменяет.

Потому выше я и назвал идиотом того мексиканца, который публично высказывается, что мы считаем неверно, не имея понятия, КАК надо считать, и не понимая, как мы это делаем. То есть ему нужно просто куснуть, потому что идиот.

НИКТО в ходе всей дискуссии, состоящей из десятков сообщений, не показал, что мы счмтаем неверно, или что мы используем неверные константы скорости мутаций, или неверно считаем обратные мутации, или вообще хоть что-то делаем не так. Ни одного предметного замечания не было, хотя участвовали и Кен Нортведт, и Джон Чандлер, и другие.

Собственно, и я не уходил, потому что было интересно, хоть кто поправит нас по сути расчетов или нет. Ответ - НИКТО. Хотя человека три показывали откровенную враждебность. Но ни один не выставил ничего путного. Да, собственно, вообще ничего.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Stanislaw
сообщение 16.11.2011, 11:20
Сообщение #63


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 635
Регистрация: 24.10.2009
Пользователь №: 2444



Я читал эту интересующую дискуссию в DNA-Forums и статью Dienekes на его блоге.
Пользуясь из своей доски времени мутации (FMT) я проверил время MRCA для E-V13.
Результат: 3650 лет. Так аналогично как у уважаемого А.К.

Interclade E-V12: E-V13 - 7250 лет
(я имел только один гаплoтып 67 маркэровы E-V12).

Время моего предка MRCA и E-V13 - равен 37800 лет.



--------------------
Y-DNA: R1a
mt-DNA: ? (Unknown)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 16.11.2011, 12:45
Сообщение #64


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6948
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(aklyosov @ 16.11.2011, 8:14) *
Но тут, естественно, выскочил Понтикос, для которого я типа красной тряпки для быка. Я же ведь его умыл в последнем Вестнике, на английском языке, что он понятия не имеет в гаплотипах и мутациях, и поместил линк на Rootsweb, потому что спросили, как я отношусь к статье Busby. А я Понтикоса умывал именно в связи с этой статьей. Короче, грек выскочил, и объявил, что мои расчеты неправильны, потому что я рассчитал для E-V13 время жизни общего предка 3400 лет назад, а только что нашли кости в испанской могиле, с датировкой 7000 лет назад, и там E-V13.

Я объяснил полуграмотному Понтикосу, что наши расчеты относятся к гаплотипам ныне живущих людей, и мы считаем времена жизни ИХ общих предков, и достигаем до дна только бутылочных горлышек популяции. А выкапывают кости тех, кто могли жить ДО бутылочного горлышка. И я добавил, что не представлял, что есть здесь такие, что этого не знают.

Цитата(Stanislaw @ 16.11.2011, 17:20) *
Я читал эту интересующую дискуссию в DNA-Forums и статью Dienekes на его блоге.
Пользуясь из своей доски времени мутации (FMT) я проверил время MRCA для E-V13.
Результат: 3650 лет. Так аналогично как у уважаемого А.К.

Interclade E-V12: E-V13 - 7250 лет
(я имел только один гаплoтып 67 маркэровы E-V12).

Время моего предка MRCA и E-V13 - равен 37800 лет.

У меня "в лоб" получился аналогичный возраст субклада E1b1b1a1b-V13, но оценка на сходимость дала параметр 1,22, что с большой вероятностью говорит о суперпозиции двух или более ветвей в выборке. Ситуация очень похожа на ту, что наблюдается в гаплогруппе N1c1 с ее перекрывающимися угро-финской и южно-балтийской ветвями, или в R1b1a2a1 с практически неразличимыми по STR субкладами P312 и U106. Чтобы получить время до реального, не фантомного, предка современных V13, надо выявлять эти подветви, что может оказаться отнюдь не тривиальной задачей.

Судя по виду гаплотипов, этот предок никак не убежит на 7000 лет, более реальной выглядит датировка в 4300-4000 лет назад. То есть это то же самое "магическое время" для Западной Европы, к которому сходятся едва ли не все генеалогические линии, что преобладают севернее Альп, Балкан и Пиреней.

Что касается времени, когда возник снип V13, то нижнюю границу можно оценить из базовых гаплотипов родственных ему E1b1b1a1a-V12 и E1b1b1a1c-V22. Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал.

Любопытно, что субклад, ныне равномерно рассеянный по всей Европе, на самой заре своей истории "отметился" в Испании, что находится довольно далеко от Балкан, где сейчас живет больше всего его носителей. Помимо расстояния, эти точки разделяет еще и 3 тыс. лет, в течение которых исчезли все линии, кроме той, что дала относительно недавних потомков.

Возникает, как минимум, 3 вопроса:
Кем могли быть первые поселенцы E1b1b1 в Европе?
Откуда и каким маршрутом они пришли?
Что послужило причиной бутылочного горлышка, стершего все следы их пребывания до 4000 лет назад?


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 16.11.2011, 15:16
Сообщение #65


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Igor1961 @ 16.11.2011, 4:45) *
Цитата(Stanislaw @ 16.11.2011, 17:20) *
Я читал эту интересующую дискуссию в DNA-Forums и статью Dienekes на его блоге.
Пользуясь из своей доски времени мутации (FMT) я проверил время MRCA для E-V13.
Результат: 3650 лет. Так аналогично как у уважаемого А.К.

Interclade E-V12: E-V13 - 7250 лет
(я имел только один гаплoтып 67 маркэровы E-V12).

Время моего предка MRCA и E-V13 - равен 37800 лет.

У меня "в лоб" получился аналогичный возраст субклада E1b1b1a1b-V13, но оценка на сходимость дала параметр 1,22, что с большой вероятностью говорит о суперпозиции двух или более ветвей в выборке. ...Чтобы получить время до реального, не фантомного, предка современных V13, надо выявлять эти подветви, что может оказаться отнюдь не тривиальной задачей.

Судя по виду гаплотипов, этот предок никак не убежит на 7000 лет, более реальной выглядит датировка в 4300-4000 лет назад. То есть это то же самое "магическое время" для Западной Европы, к которому сходятся едва ли не все генеалогические линии, что преобладают севернее Альп, Балкан и Пиреней.

Что касается времени, когда возник снип V13, то нижнюю границу можно оценить из базовых гаплотипов родственных ему E1b1b1a1a-V12 и E1b1b1a1c-V22. Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал.

Возникает, как минимум, 3 вопроса:
Кем могли быть первые поселенцы E1b1b1 в Европе?
Откуда и каким маршрутом они пришли?
Что послужило причиной бутылочного горлышка, стершего все следы их пребывания до 4000 лет назад?


Как обычно, обсуждение расплылось. Это нормально, если продолжать держать в фокусе исходные вопросы, и четко отделять те, которые появились в процессе.

Исходных вопросов было четыре:

(1) Какое расчетное время дают имеющися в нашем распоряжении (именно так!) современные гаплотипы Е-V13?

(2) Почему это время отличается от ископаемых E-V13?

(3) Означает ли это различие тем, что считают неправильно?

(4) Означает ли это различие то, что расчеты умышленно "фальсифицируются"?

К ним в ходе обсуждения добавились:

(5) имеет ли в данном контексте отношение расчетного времени (TMRCA) для E-V13 к расчетному времени совокупности V13, V12, V22 и так далее? Как было отмечено выше, "Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал". Корректно ли последнее положение?

Наконец, добавились еще три вопроса, процитированные выше.

Отвечаю:

(1) Любые расчеты TMRCA хороши настолько, насколько хороши имеющиеся в рапоряжении гаплотипы. Иначе говоря, что имеем, то и получаем. Так вот, из 193 67-маркерные гаплотипов E-V13, которые вообще известны и сведены в таблицу, получилось вполне гладкое и симметричное дерево гаплотипов, вся крона которого имеет одинаковую высоту от ствола, и на котором нет никаких выдающихся отдельных ветвей.

Расчеты дают:
12-маркерные гаплотипы - 3100+/-340 лет до общего предка.
25-маркерные гаплотипы - 3250+/-340 лет до общего предка.
37-маркерные гаплотипы - 3325+/-340 лет до общего предка.
67-маркерные гаплотипы - 3525+/-360 лет до общего предка.

Логарифмический метод (по 12-маркерным гаплотипам) дает 3750+/-500 лет. Последние два числа различаются на 6%. Для 12-маркерных гаплотипов разница между линейным и логарифмическим методом дает 1.21 (21% разницы). Но надо понимать, что если бы в системе из 193 гаплотипов было бы не 14 базовых, а, скажем, 16 (что статистически довольно просто), то вместо 3750 лет мы бы получили уже 3550 лет, и разница была бы уже 12%). Но в любом случае мы видим, что все датировки перекрываются в пределах погрешностей. Никаких 7000 лет здесь нет и близко. Более того, если считать по отдельным маркерам, медленным или быстрым, 7000 лет нигде не просматриваются. Получаются те же 2-4 тысячи лет.

Таким образом, ныне живущие носители всех гаплотипов, все те 193 человека, никак не происходят от общего предка, жившего 7000 лет назад.

(2) Вопрос второй - как это может быть? Ответ - очень просто. Просто древняя линия E-V13 утончилась настолько, что ее проскочили только немногие, и выжило потомство практически только одного человека (в понятиях ДНК-генеалогии). "В понятиях" - потому что это могли быть, например, братья, с одинаковым гаплотипов. Или отец и сыновья с дядями. В понятия ДНК-генеалогиии - это один общий предок, потому что один гаплотип. Как ни странно, ни Понтикос, ни Феликс (мои оппоненты в дискуссии на RootsWeb) этого не понимают.

(3) Нет, вовсе не означает. У нас есть гаплотипы, и мы ПО НИМ считает ИХ общего предка. Тот, 7000 лет назад, НЕ ИХ общий предок. Все очень просто.

(4) Нет, не означает. См. пояснения выше. Это только воспаленное это Понтикоса могло такое родить. Это называется уже истерика Понтикоса. Неустойчивая ментальность.

(5) имеет ли в данном контексте отношение расчетного времени (TMRCA) для E-V13 к расчетному времени совокупности V13, V12, V22 и так далее? Как было отмечено выше, "Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал". Корректно ли последнее положение?

Нет, в данном контексте оно некорректно. Аналогия: мы знаем, что у отца три сына, 13, 15 и 20 лет от роду.Общий предок (то есть отец) жил 60 лет назад. Мы не можем сказать - "общий предок попадает на 60 лет назад, так что любой из сыновей спокойно вписывается в этот интервал". Общий предок всех европеоидов жил 58 тыс лет назад, но мы не можеи сказать - "R1a1 спокойно вписывается в этот интнрвал". То есть сказать мы можем, но это лишего смысла в данном контексте. Есть разница между экстраполированным временем общего предка, и времени жизни его потомков. Особенно когда мы видим возраст (выживших) потомков. Понятно, что раз НАЙДЕН гаплотип V13 7000 лет назад, то он был. Но это означает, что фактически был разрыв в МАССОВОЙ непрерывности потомков.

Последние три вопроса:

Кем могли быть первые поселенцы E1b1b1 в Европе?
Откуда и каким маршрутом они пришли?
Что послужило причиной бутылочного горлышка, стершего все следы их пребывания до 4000 лет назад?


Первые два вопроса меня пока не очень интересовали, так что я не знаю. Говорят, что с Балкан, но это большому счету не ответ, потому что на Балканы они должны были откуда-то тоже попасть. Если европеоиды появились на Русской равнине-Европе-Леванте, то Е оттуда и пришли. И в северную Африку тоже оттуда.

А вот на третий вопрос у меня примерный ответ уже давно есть. Это время совпадает с расселением R1b1a2 по Европе. Судя по всему, они всех мужчин просто уничтожали. Ликвидировали и G2, и R1a1, и I1, и E-V13, и всех остальных. Остались только те, кто были на периферии Европы, или убежали туда.

Кто не хочет, может не верить. Это просто моя гипотеза, но к которой есть основания. У И. Великовского была другая - что 4000 лет назад в Европе был катаклизм. Я бы поверил, но этот катаклизм почему-то не затронул R1b1a2. Очень избирательный катаклизм. Может, он так и назывался - R1b1a2?


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Stanislaw
сообщение 16.11.2011, 15:20
Сообщение #66


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 635
Регистрация: 24.10.2009
Пользователь №: 2444



Цитата(Igor1961 @ 16.11.2011, 12:45) *
У меня "в лоб" получился аналогичный возраст субклада E1b1b1a1b-V13, но оценка на сходимость дала параметр 1,22, что с большой вероятностью говорит о суперпозиции двух или более ветвей в выборке.
Спасибо, уважаемый Игорь!
Какая у вас сходимосць 67- маркэровых гаплoтыпов E-V13 без этиx двox последниx?
GPWCC,W62AR,Q7EPD,58XAB,RQFW9,ev4j6,S76XW,PGGV7,42W8T,VDZ8E,59CDC, HYTG2,G67FA,MS7WQ,73XTY,WMHK8,ZNF7S,DZQPE,8MH8T,8H2C3,NEYGB,6HMRD,PUM5Q,JWS6Z,4Y
JUS,4vb7e,2C5XX,A2URP,GP2P8,UQUHX, PUEZV, QM8NV,




--------------------
Y-DNA: R1a
mt-DNA: ? (Unknown)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 16.11.2011, 17:06
Сообщение #67


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Stanislaw @ 16.11.2011, 7:20) *
Какая у вас сходимость 67- маркеровых гаплoтыпов E-V13 без этиx двуx последниx?


Уважаемый Stanislaw,

Вы задали вопрос, ответ на который может послужить предметом некой образовательной программы.

Итак, все 193 гаплотипа имеют 2857 мутаций, то есть в среднем примерно 15 мутаций на каждый 67-маркерный гаплотип.

Два гаплотипа, на котоый Вы указали, находятся с более высокой стороны в отношении мутаций, а именно 17 и 19 мутаций. Посмотрим, действительно они какие-то древние (скажем, от предка 7000 лет назад), или нормальные, потому что есть и с 12 и 13 мутациями, что в среднем и дает 15 мутаций на гаплотип.

Эти 15 мутаций дают 15/0.12 = 125 -->143 поколения, то есть 3575 лет от общего предка (на самом деле там 14.8 мутаций в среднем, но это здесь не важно).

При 17 мутациях получается 4150+/-1090 лет.

При 19 мутациях получается 4675+/-1170 лет.

Как видите, это все укладывается в погрешность с 3575 лет до общего предка. Действительно, никаких отдельных ветвей эти гаплотипы на дереве не представляют.

То есть одни гаплотипы имеют больше мутаций, другие меньше. А в среднем - 15 мутаций на гаплотип.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 16.11.2011, 18:00
Сообщение #68


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(aklyosov @ 16.11.2011, 7:16) *
(5) имеет ли в данном контексте отношение расчетного времени (TMRCA) для E-V13 к расчетному времени совокупности V13, V12, V22 и так далее? Как было отмечено выше, "Общий предок всех трех генеалогических линий попадает примерно на 8,5 тыс. лет назад, так что находка V13 7-тысячелетней давности спокойно вписывается в этот интервал". Корректно ли последнее положение?

Нет, в данном контексте оно некорректно. Аналогия: мы знаем, что у отца три сына, 13, 15 и 20 лет от роду.Общий предок (то есть отец) жил 60 лет назад. Мы не можем сказать - "общий предок попадает на 60 лет назад, так что любой из сыновей спокойно вписывается в этот интервал". Общий предок всех европеоидов жил 58 тыс лет назад, но мы не можеи сказать - "R1a1 спокойно вписывается в этот интнрвал". То есть сказать мы можем, но это лишего смысла в данном контексте. Есть разница между экстраполированным временем общего предка, и времени жизни его потомков. Особенно когда мы видим возраст (выживших) потомков. Понятно, что раз НАЙДЕН гаплотип V13 7000 лет назад, то он был. Но это означает, что фактически был разрыв в МАССОВОЙ непрерывности потомков.

Мне, кажется, что ув. ИР хотел подчеркнуть, что расчеты (или расчетная методология) на кладе E1b1b1 не противоречат находке гаплотипа древностью 7000 лет назад. For the rest of us smile.gif ("для нас, остальных" - лозунг компании Apple) это звучит вполне логично, тем более, что возраст клада М78 (предкового для V13) в 8.5 тлн, был озвучен впервые.

Анатолий Алексеевич, а вот еще момент о разнице в 4 мутации между найденным древним гаплотипом и рассчитанным базовым V13. Он тоже интересен. Есть ли возможность раскрыть его для форумчан чуть больше, чем на рутсвебе?

И последнее, спасибо за прозвучавший ранее ответ.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 16.11.2011, 19:51
Сообщение #69


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Боромир @ 16.11.2011, 10:00) *
Мне, кажется, что ув. ИР хотел подчеркнуть, что расчеты (или расчетная методология) на кладе E1b1b1 не противоречат находке гаплотипа древностью 7000 лет назад. ... возраст клада М78 (предкового для V13) в 8.5 тлн, был озвучен впервые.


Я понимаю, что не противоречит, но это не противоречит вообще по другой причине, а именно по причине бутылочного горлышка. Мы же не говорим, что общий предок R1a и R1b жил тогда-то, и это не противоречит возрасту R1a. Естественно, не противоречит, потому что это общий предок другого уровня. И возраст отца не противоречит возрасту сына, и это естественно. Только информации никакой не дает.

Строго говоря, возраст М78 не есть возраст V12, V13 и V22, так как в него входит и V65. Возраст М78 был озвучен нами с Сергеем Лутаком в апреле 2009 года в Вестнике, и это было, по-моему, перенесено в Wikipedia, по крайней мере в ранние издания. У нас получилось 11050 лет, а потом для книги "Происхождение человека" я пересчитал, и получилось 9975+/-1500 лет назад. Так что 8.5 тыс лет вполне вписывается, хотя, конечно, должно быть точнее, мы с Лутаком использовали короткие гаплотипы.


Цитата(Боромир @ 16.11.2011, 10:00) *
... а вот еще момент о разнице в 4 мутации между найденным древним гаплотипом и рассчитанным базовым V13. Он тоже интересен. Есть ли возможность раскрыть его для форумчан чуть больше, чем на рутсвебе?


Там довольно просто, но действительно наглядно. Гаплотип 7000-летней давности, из раскопок, имеет вид (первая панель без DYS426 и 388, и DYS458, 437, 448)

13 24 13 10 16 19 11 13 11 31 -- 16 14 20

а базовый гаплотип современиков E-V13

13 24 13 10 16 18 12 13 11 30 -- 15 14 20

То есть гаплотип общего предка 3200-3500 лет назад (он и есть базовый гаплотип наших современников) сдвинут по сравнению с гаплотипом 7000 лет назад на 4 мутации. То есть это уже показывает, что мы считаем правильно, но гаплотип 3200-3500 назад продрейфовал на 4 мутации от гаплотипа 7000 лет назад. Вот это и есть результат бутылочного горлышка.

Посмотрим, насколько эти 4 мутации действительно покажут разницу между 7000 и 3200-3500 лет назад. Константа скорости мутацтт приведеннного выше 13-маркерного гаплотипа равна 0.0305 мут/гаплотип/поколение (25 лет). Величина рассчитана просто - для 12-маркерный панели это 0.020 (426 и 388 здесь не оказывают никакого влияния), и к этому я прибавил при величины из списка Чандлера, что для трех последних маркеров равно 0.0105, в итоге 0.0305. Тогда 4 мутации разницы дают 4/0.0305 = 131 --> 150 покрлений, то есть 3750 лет расстояния между гаплотипами, один из которых базовый, а второй одиночный, но 7000 лет назад. Тогда общий предок их обеих жил (3750+7000+[3200-3500])/2 = 6975-7125 лет. То есть тот 7000 лет назад и был общим предком (или, точнее, имел его гаплотип) наших современников, но был отброшен бутылочным горлышком, и не проявляется в гаплотипах современников.

Это все показывает, что мы считаем правильно, и, естественно, находки древних гаплотипов только улучшают общую картину. Но кто бы сомневался!


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 16.11.2011, 20:21
Сообщение #70


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Ещё раз, спасибо.
Цитата(aklyosov @ 16.11.2011, 11:51) *
То есть тот 7000 лет назад и был общим предком (или, точнее, имел его гаплотип) наших современников, но был отброшен бутылочным горлышком, и не проявляется в гаплотипах современников.

Можно ли тогда утверждать, что "по Клёсову" прямые предки современных V13 7000 лет назад обитали в испанской Иберии, затем где-то в Европе прошли бутылочное горлышко 3200-3500 лет назад? Если да, то какими условиями ограничено это "по Клёсову"?


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 16.11.2011, 20:51
Сообщение #71


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Боромир @ 16.11.2011, 12:21) *
Ещё раз, спасибо.
Цитата(aklyosov @ 16.11.2011, 11:51) *
То есть тот 7000 лет назад и был общим предком (или, точнее, имел его гаплотип) наших современников, но был отброшен бутылочным горлышком, и не проявляется в гаплотипах современников.

Можно ли тогда утверждать, что "по Клёсову" прямые предки современных V13 7000 лет назад обитали в испанской Иберии, затем где-то в Европе прошли бутылочное горлышко 3200-3500 лет назад? Если да, то какими условиями ограничено это "по Клёсову"?


Давайте для простоты и наглядности примем схему, по которой E-V13 обитали по всей Европе 7000 лет назад, как и G2, как и I1, как и R1a1. То есть был у них мир и покой, и земледельческая радость. И на Балканах жили, и во Франции, и в Испании, и где их душе было угодно.

А потом, 4800-4500 лет назад пришли злые R1b1a2, и взяли Европу в клещи. Одни 4800 лет назад поперли с Пиреней (куда прошли по средиземноморскому африканскому побережью, кстати, тогда же там насадив своих R1b1a2 фараонов) , другие - со стороны Малой Азии, на Балканы и Апеннины, третьи из Понтийских степей, те самые курганники. Куда бедному крестьянину податься? Вот всех их и прикончили. И I1, и G2, и R1a1, и E-V13. Всех в интервале 4500-3500 лет назад. Как говорит уважаемый Игорь Львович - магическое число, 4000 лет назад.

И вот сейчас находим. Одного E-V13 нашли в Испании, от 7000 лет назад. А случайно выжившие соплеменники оклемались и вышли в стабильную генеалогию только начиная с 3200-3500 лет назад, где-то на Балканах, где и спрятались. Выжившие I1 начали свою линию 3300-3400 лет назад, то есть в то же время. Их пока в раскопках никого древнее не нашли, но найдут. G2 прикончили в Альпах, при попытке перейти границу из Австрии в Италию, 5000 лет назад, находили и других, тоже примерно 5000 лет назад. R1a1 нашли 4500 лет назад, в процессе ликвидации, в Германии, убили всех женщин и детей поселения, каменными топорами, это описано у Haak, 2008. R1a1 бежали на Русскую равнину примерно в то же время, стали перезаселять Европу 3000-2500 лет назад.

Систему видите?

Вот теперь посмотрите еще раз на Ваш вопрос. Да везде они были, по всей Европе. Вот сейчас выкапывают.

Кстати, еще Чайлдс в своей книге описал прибытие злых людей с Пиреней в Европу как "нашествие брахицефалов". Но он тогда, в 1920-х, не знал, что это были R1b1a2.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.1.2012, 7:30
Сообщение #72


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6948
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



"Чистил" свой архив, и обнаружил статью, на которую в свое время не обратил внимания. Это работа W. Shi et al. "A Worldwide Survey of Human Male Demographic History Based on Y-SNP and Y-STR Data from the HGDP–CEPH Populations" Mol Biol Evol (2010) 27 (2): 385-393. Стартовый материал замечательный - 590 65-маркерных гаплотипов, собранных по 51 популяции, в том числе такие, по котрым нет данных ни в одной из открытых баз данных. Вдобавок все гаплотипы были еще типированы на 37 снипов. При должной обработке это мог бы быть прорыв в нашем знании о ранних миграциях людей.

Что имеем в действительности? Авторы взяли каждую популяцию, честно посчитали вариабельности для каждого из 65-ти маркеров в пределах популяции, на их основе провели калибровку скоростей мутаций и выдали в итоге схему, в которой нелепица громоздится на нелепице:
Цитата
the earliest expansion begins at 81 (40-130) KYA for the San in sub-Saharan Africa, followed by Burusho and Brahui of Pakistan, South Asia (42 and 40 KYA), Xibe and Mongolians of East Asia (37 and 36 KYA), Tuscans and Russians of Europe (35 and 33 KYA), Bedouin and Druze of Middle East and North Africa (33 and 26 KYA), Papuans of Oceania (20 KYA), and Pima of America (14 YA).

Прошу отметить, что ни о каких деревьях, гаплогруппах и разделению по ним ни в расчетах, ни в обвуждении нет ни слова. Все расчеты и калибровки принципиально делались "поперек" ветвей, тем самым сводя к нулю всю ту немалую работу по сбору и обработке образцов, что была проведена.

Это, впрочем, можно было предугадать, но оставалась надежда, что в таком солидном издании, как Molecular Biology and Evolution, список гаплотипов будет выложен в сопроводительной информации. Увы, нашему взору предстает только рассчитанная известно как таблица вариабельностей и времен до общих предков, без первичного материала. Хотелось бы верить, что гаплотипы не были опубликованы из-за сложностей с правами интеллектуальной собственности, а не потому что попгенетикам они просто-напросто не нужны.

Чувства, что вызывает такое обращение со столь ценным материалом, наветное, мог испытывать Микеланджело при виде того, как кусок прекрасного каррарского мрамора перерабатывают на крошку, и из нее штампуют унитазы и прочие сантехнические изделия.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 24.1.2012, 19:10
Сообщение #73


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Попробуйте написать этому автору: Chris Tyler-Smith cts@sanger.ac.uk
Может вышлет гаплотипы, если представиться и объяснить для чего.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.1.2012, 19:52
Сообщение #74


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6948
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Боромир @ 25.1.2012, 1:10) *
Попробуйте написать этому автору: Chris Tyler-Smith cts@sanger.ac.uk
Может вышлет гаплотипы, если представиться и объяснить для чего.

Спасибо за совет. Попробую, хотя особых надежд не питаю. Проект HGDP–CEPH (Human Genome Diversity Project - Centre d’Йtude du Polymorphisme Humain), с которого авторы брали гаплотипы, кажется, не слишком склонен раскрывать свои первичные данные. Буду рад ошибиться.

P.S. Нашел сайт проекта с хромосомным браузером. В-общем, данные есть, но в виде урановой руды, из которой надо извлечь крупинку радия.Боюсь, без специальной подготовки не справиться sad.gif


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 25.1.2012, 21:49
Сообщение #75


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(Igor1961 @ 24.1.2012, 11:52) *
Цитата(Боромир @ 25.1.2012, 1:10) *
Попробуйте написать этому автору: Chris Tyler-Smith cts@sanger.ac.uk
Может вышлет гаплотипы, если представиться и объяснить для чего.

Спасибо за совет. Попробую, хотя особых надежд не питаю. Проект HGDP–CEPH (Human Genome Diversity Project - Centre d’Йtude du Polymorphisme Humain), с которого авторы брали гаплотипы, кажется, не слишком склонен раскрывать свои первичные данные. Буду рад ошибиться.

P.S. Нашел сайт проекта с хромосомным браузером. В-общем, данные есть, но в виде урановой руды, из которой надо извлечь крупинку радия.Боюсь, без специальной подготовки не справиться sad.gif

Еще раз внимательнее посмотрел на раздел статьи "Data". Там есть такая фраза "Further details and genotypes are available on request from PdeK." Похоже, что получить гаплотипы очень даже просто - указывают к кому обратиться. PdeK - это, вероятно, аббревиатура одного из авторов: Peter de Knijff. Если прогуглить его имя, то вытягивается вот такая ссылка, http://www.nature.com/ejhg/journal/v15/n5/full/5201820a.html, где есть e-mail адрес и даже телефон голландца.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Stanislaw
сообщение 25.1.2012, 22:28
Сообщение #76


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 635
Регистрация: 24.10.2009
Пользователь №: 2444



Или хватит иметь доступ к базе HGDP-CEPH, по которой гаплётыпы были избранным?
http://www.cephb.fr/en/hgdp/main.php?PHPSE...e4e3d88a1ee243f
http://hagsc.org/hgdp/data/hgdp.zip 179MB

Цитата
Data
Haplotypes of 590 HGDP–CEPH male samples chosen from the H952 subset (Cann et al. 2002; Rosenberg 2006) based on a total of 67 Y-STRs have been determined (Vermeulen et al. 2009), but the two DYS385 loci were excluded from the current analyses because they could not be distinguished using the typing method employed, and all work was based on 65 Y-STRs or subsets of them. Duplicated or fractional alleles were treated as missing data. Thirty-three Y-SNPs identifying major branches in the Y-chromosomal phylogeny were genotyped using a standard multiplex amplification and minisequencing protocol modified from that of Sanchez et al. (2003). Further details and genotypes are available on request from PdeK. The populations were assigned to seven geographical regions for some analyses as shown in supplementary table S1, Supplementary Material Online. Some individual population sample sizes were very small, and this raised the question of what minimum size should be used. Because of the particular interest of the San, we did not want to exclude this sample, so we provisionally accepted n ≥ 4 and investigated the constraints imposed by such a small sample as described in the Results section. The Colombian and Mayan samples (two individuals each) fell below this threshold and were combined.





--------------------
Y-DNA: R1a
mt-DNA: ? (Unknown)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 26.1.2012, 1:57
Сообщение #77


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6948
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Боромир @ 26.1.2012, 3:49) *
Еще раз внимательнее посмотрел на раздел статьи "Data". Там есть такая фраза "Further details and genotypes are available on request from PdeK." Похоже, что получить гаплотипы очень даже просто - указывают к кому обратиться. PdeK - это, вероятно, аббревиатура одного из авторов: Peter de Knijff. Если прогуглить его имя, то вытягивается вот такая ссылка, http://www.nature.com/ejhg/journal/v15/n5/full/5201820a.html, где есть e-mail адрес и даже телефон голландца.

Спасибо, попробую. Посмотрел заметку голландца по ссылке - написано грамотно и толково. А еще его фамилия ("нож" в буквальном переводе) сразу вызвала ассоциации вот с этим - http://www.youtube.com/watch?v=xgrqJPOdc3k...feature=related
Пардон за оффтоп, но не удержался, чтобы не послушать песенку о его однофамильце.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

4 страниц V  « < 2 3 4
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 17.11.2019, 14:06
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU