Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



14 страниц V   1 2 3 > »   
Ответить в данную темуНачать новую тему
> A-wty, Walk Thru Y
Igor1961
сообщение 19.12.2011, 19:08
Сообщение #1


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Боромир @ 20.12.2011, 0:43) *
На западных форумах, в связи с отмеченным затишьем, народ ударился в спекуляции.

Пан Станислав предположил на DNA forums, что силы брошены на типирование некоего мистера Джонса (Jones), у которого оказались в минусе все известные на сегодняшний день человеческие снипы blink.gif

Народ жаждет сенсаций.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 19.12.2011, 19:16
Сообщение #2


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Igor1961 @ 19.12.2011, 11:08) *
...силы брошены на типирование некоего мистера Джонса (Jones), у которого оказались в минусе все известные на сегодняшний день человеческие снипы blink.gif

Народ жаждет сенсаций.


Последняя сенсация - у Джонса вообще не оказалось ДНК.

blink.gif



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_казак_*
сообщение 19.12.2011, 23:53
Сообщение #3





Гости






Любимая тещина кошка? laugh.gif Припомнил шутку в юности, когда на раскопках, проводимых студентами в Херсонесе, в керамику, взятую по соседству в музее, клали крышку от пепси и аккуратно зарывали в раскоп...
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Stanislaw
сообщение 30.12.2011, 13:07
Сообщение #4


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 635
Регистрация: 24.10.2009
Пользователь №: 2444



Цитата(Igor1961 @ 19.12.2011, 19:08) *
Цитата(Боромир @ 20.12.2011, 0:43) *
На западных форумах, в связи с отмеченным затишьем, народ ударился в спекуляции.

Пан Станислав предположил на DNA forums, что силы брошены на типирование некоего мистера Джонса (Jones), у которого оказались в минусе все известные на сегодняшний день человеческие снипы blink.gif
Народ жаждет сенсаций.
"Пан Станислав предположил на DNA forums, что силы брошены на типирование некоего мистера Джонса (Jones)"
Так? Вы всерьез это пишете?
А кто первый уплатил дар на WTY Jonesa, Rozhanski ли Stanislaw?




--------------------
Y-DNA: R1a
mt-DNA: ? (Unknown)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 7.2.2012, 23:25
Сообщение #5


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Сообщения с WTY фронта (сервера зяблик2).

Внешне все выглядит спокойно, вроде как большой активности нет - за прошлую неделю не проанализировали ни одного образца. За позапрошлую сделали 6, но большинству участников форума эти гаплогруппы не интересны.

В начале этой недели 6 февраля был проанализирован #154501 с корнями в РФ. Правда безуспешно, т.к. не было найдено ни одного нового снипа. Гаплогруппа N-M178 (L729). Интересен тем, что у него было прочитано 421000 нуклеотидов (пока это рекорд) и скоростью прохождения через ФТДНА. Образец ДНК поступил в компанию накануне Нового года. В середине января проверили его на качество. 1 февраля ДНК была амплифицирована (увеличено её количество, чтобы можно было провести сиквенс). 4 февраля образец просиквенировали (прочитали) и уже 6 февраля проведен анализ прочитанного.

Теперь подкину адреналинчика нашим гуру. Вот эти 3 африканских образца должны явно заинтересовать:
#229038 A-P262
#N38376 A-P108
N14468 A-P108
Все три были амплифицированы 1 февраля, первый уже отсиквенирован 4-го числа и для двух оставшихся стоит дата 10 февраля (ошибка? - обычно дату, когда будут сиквенировать не указывают).

И на закуску, впервые на мировой арене! Еще три африканца в очереди. Их ДНК прошла качественный контроль 27 января, т.е. образцы подготовлены к работе. Это:
#229033 A-P114
#229035 A-M114
#229037 A-P28

Похоже, что вопрос происхождения человека не на шутку заинтересовал компанию ФТДНА. Ждем результатов.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 8.2.2012, 6:36
Сообщение #6


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Боромир @ 8.2.2012, 5:25) *
Похоже, что вопрос происхождения человека не на шутку заинтересовал компанию ФТДНА. Ждем результатов.

Во всяком случае, он заинтересовал спонсоров, которые вложили изрядную сумму в WTY этих джентльменов. Судя по обилию польских фамилий и адресов на страничке пожертвований проекта, это, похоже, результат активности пана Станислава. Учитесь, как надо захватывать идеей своих родственников и знакомых!

Правда, в погоне за снипом Адама как-то в стороне остались апгрейды до длинных форматов STR blink.gif Сложилась занятная ситуация, как в тосте из "Кавказской пленницы" про наши желания и возможности - 67-маркерные гаплотипы не проверены на снипы (и даже не стоят на очереди), а те, кто проходит через WTY, так и остаются с куцыми 37-маркерными.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
kosmonomad
сообщение 8.2.2012, 20:47
Сообщение #7


Магистр
******

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 2622
Регистрация: 4.10.2009
Из: Москва
Пользователь №: 2401



Цитата(Igor1961 @ 8.2.2012, 7:36) *
как-то в стороне остались апгрейды до длинных форматов STR blink.gif Сложилась занятная ситуация, как в тосте из "Кавказской пленницы" про наши желания и возможности - 67-маркерные гаплотипы не проверены на снипы (и даже не стоят на очереди), а те, кто проходит через WTY, так и остаются с куцыми 37-маркерными.


Намеренно зажали деньги, чтобы побольше осталось для WTY - там все снипы и рассмотрят.


--------------------
Y-DNA: R1a>Z283>Z280>CTS1211>YP1019>YP1033+ BY27605+ Central-Eurasian-2, R1a1a1b1a2b
mt-DNA: H
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 9.2.2012, 7:53
Сообщение #8


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Не зря скидывались на WTY африканцев. Вот свежая новость от пана Станислава

Цитата
New SNPs from Africa A-P262, for kit 229038:
L949-L971 and L973-L978,
29 new SNPs!
Record in WTY?

176787 (Turkey) A-M13 in WTY had 28 SNPs.

Как и следовало ожидать, снипы вываливаются пачками, подтверждая ооооочень далекое время, когда жил Y-хромосомный Адам.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 9.2.2012, 13:13
Сообщение #9


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Igor1961 @ 8.2.2012, 23:53) *
Как и следовало ожидать, снипы вываливаются пачками, подтверждая ооооочень далекое время, когда жил Y-хромосомный Адам.


Ну, то что он жил давно это в общем все понимают, вопрос - когда именно. Второй важный вопрос - какие из этих снипов тянутся от шимпанзе и от прочих потомков шимпанзе вплоть до неандертальского отхода в сторону (вот эти снипы, пост-шимпанзе и пре-неандерские, играют роль джокеров в колоде), поскольку они должны быть общие у нас с африканцами, но никакого отношения от нашего якобы происхождения от африканцев не имеют.

Вот этот спокойный и взвешенный анализ необходим. К сожалению, Крусиани этой проверки на спокойность и выдержанность не прошел, и найдя такие снипы сразу назвал статью по сути "выход из Африки".

И вот только после этого отфильтровывания снипов, идущих ДО Африки, стоит посмотреть на то, что остается в нас и в африканцах. Более того, даже здесь понятие "африканцы" нуждается в четком определении, например, это те, кто были в Африке до, скажем, 130 тысяч лет назад. Те, кто прибыли в Африку, скажем, 30 тыс лет назад, или 5 тыс лет назад, или голландские буры и их потомки в этом смысле африканцами уже не являются, как и носители гаплогруппы R1b в Камеруне и Чаде.

Можно, конечно, поступить по попгенетически, по Крусиански, просто назвав все эти пост-шимпанзе снипы "гаплогруппой А", и тем самым вопрос снять, зачислив всех нас в потомки гаплогруппы А. Но тогда придется африканцами считать и неандертальцев, что как-то не так, но попгенетики этот вопрос не обсуждают, он для них неудобный.

И последнее - поскольку по опубликованным данным в нас около 80% снипов от шимпанзе, а это много миллионов снипов, то там и не такие пачки будут идти потоком. Кстати, шимпанзе тоже были разные, и какие именно и от кого к нам попали - тоже вопрос. Геномщики-то смотрят на современных шимпанзе. Поэтому фильтровать там - если честно и откровенно - полностью не получится. Только общее приближение. Вот такой "конандрум".


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 9.2.2012, 13:33
Сообщение #10


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(aklyosov @ 9.2.2012, 19:13) *
Цитата(Igor1961 @ 8.2.2012, 23:53) *
Как и следовало ожидать, снипы вываливаются пачками, подтверждая ооооочень далекое время, когда жил Y-хромосомный Адам.

Ну, то что он жил давно это в общем все понимают, вопрос - когда именно. Второй важный вопрос - какие из этих снипов тянутся от шимпанзе и от прочих потомков шимпанзе вплоть до неандертальского отхода в сторону

Если я правильно понял, то в предварительном варианте почти 3 десятка снипов на человека - это те, которых нет у всех остальных участников WTY. То есть, они набежали от развилки А2 (kit 229038) и А3 (kit 176787) с ВТ. Строго говоря, какие-то набежали, а какие-то сохранились, а мутировали ВТ. А как понять, какие из них сохранили свое предковое значение с "доадамовых" времен, если у нас нет снипов неандертальца?


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Шоломич_*
сообщение 9.2.2012, 13:36
Сообщение #11





Гости






Цитата(aklyosov @ 9.2.2012, 14:13) *
в нас около 80% снипов от шимпанзе,

Может Вы хотели сказать - общих снипов с шимпанзе? Или уже эволюционная теория подтверждена?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 9.2.2012, 15:34
Сообщение #12


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Шоломич @ 9.2.2012, 5:36) *
Цитата(aklyosov @ 9.2.2012, 14:13) *
в нас около 80% снипов от шимпанзе,

Может Вы хотели сказать - общих снипов с шимпанзе? Или уже эволюционная теория подтверждена?


По первому - не вижу разницы. Если у нас с шимпанзе общие снипы, то это у нас от них, а не у шимпанзе от нас.

По второму - остается только процитировать "Какое у вас, милые, тысячелетье на дворе"? Когда это наука сомневалась в эволюционной теории? Если неясны некоторые "моменты" в конкретных формах передачи наследственности, но это вовсе не означает, что были сомнения в эволюции человека, животных, и вообще всего живого, эволюционной теории как таковой. Вы вообще слышали о степени перекрывания генов у мыши и человека, о геноме приматов, неандертальца, человека и о степени их соответствия?


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Шоломич_*
сообщение 9.2.2012, 16:21
Сообщение #13





Гости






Цитата(aklyosov @ 9.2.2012, 16:34) *
Цитата(Шоломич @ 9.2.2012, 5:36) *
Цитата(aklyosov @ 9.2.2012, 14:13) *
в нас около 80% снипов от шимпанзе,

Может Вы хотели сказать - общих снипов с шимпанзе? Или уже эволюционная теория подтверждена?


По первому - не вижу разницы. Если у нас с шимпанзе общие снипы, то это у нас от них, а не у шимпанзе от нас.

По второму - остается только процитировать "Какое у вас, милые, тысячелетье на дворе"? Когда это наука сомневалась в эволюционной теории? Если неясны некоторые "моменты" в конкретных формах передачи наследственности, но это вовсе не означает, что были сомнения в эволюции человека, животных, и вообще всего живого, эволюционной теории как таковой. Вы вообще слышали о степени перекрывания генов у мыши и человека, о геноме приматов, неандертальца, человека и о степени их соответствия?

Это, наверное, потому, что вышли из одной «лаборатории» и нет ничего удивительного, что строительный замес или раствор имеет общую структуру строения.
О разнице – у меня она «пока» есть. Нельзя же полностью исключать общего предка и это может быть всё что угодно, и не обязательно обезьяна.
«Отец» теории в ней (теории) сильно сомневался, потому что был, для церкви, всего лишь еретиком.
О летоисчислении лучше уточнить у ув. Славера.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 9.2.2012, 17:52
Сообщение #14


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



На день раньше срока, т.е. сегодня отсиквенировали второй образец #N38376 A-P108 из списка. Продолжаем ждать. Самое интересное наступит, когда проанализируют все шесть африканских образцов и будет материал для сравнения.

Весь набор снипов уже проанализированного образца #229038 пока не вывешен, кроме новых, о которых сообщил пан Станислав.

Похоже, что африканская неделя продлится месяц. Думал,huh.gif что вслед за первой тройкой африканцев будут анализировать вторую, но ошибся - в амплификацию пошли образцы других гаплогрупп в соответствии с порядком их поступления в ФТДНА.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 10.2.2012, 5:49
Сообщение #15


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Вопрос к пользователям сервера Finch2. Там как-то отображено ОБЩЕЕ количество нуклеотидов во фрагментах, секвенированных в программе WTY? Если да, то какое количество из них обладает полиморфизмом среди участников проекта? То есть, является снипами, иными словами. Если я правильно понимаю, то все, что нашел Томас, идет под аббревиатурой L. Снипы серий Р, М, V и Page также типируют в рамках программы, или они из других участков, как Z?

Спрашиваю потому, что, зная экспериментально определенный процент снипов в фиксированном фрагменте Y-хромосомы, можно теоретически оценить скорость мутаций в нем, хотя бы на уровне порядка величины. В литературе видел цифру 10-9 мутации на нуклеотид на поколение - явно оценочную. Меня лично интересует коридор погрешностей, который вытекает из реальных данных, а не теоретических моделей.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 10.2.2012, 8:50
Сообщение #16


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(Igor1961 @ 9.2.2012, 21:49) *
Вопрос к пользователям сервера Finch2. Там как-то отображено ОБЩЕЕ количество нуклеотидов во фрагментах, секвенированных в программе WTY?
Да, указывается прочтённое общее количество нуклеотидов у каждого участника. Эта информация есть у Вас в экселевском файле с названием "R1a participants of WTY" на стр. Total list в колонке coverage.
Рядом с coverage есть другая колонка, в которой указаны новые снипы, если они были обнаружены у участника. Два года назад прочитывали около 100,000 нуклеотидов суммарно, год назад около 200,000 нуклеотидов и сейчас около 400,000.
Цитата
Если да, то какое количество из них обладает полиморфизмом среди участников проекта? То есть, является снипами, иными словами.
Вопрос не понял. На проекте целенаправленно прочитываются именно те участки Y-хромосомы, в которых уже раньше академическими исследованиями были обнаружены снипы из различных серий (P, M, V, Page и Z), что позволяет сравнивать старые сиквенсы с новыми участников проекта. Длина прочитываемых участков колеблется в размерах от 100 до 300 нуклеотидов в среднем. На них и обнаруживают новые снипы.
Цитата
Спрашиваю потому, что, зная экспериментально определенный процент снипов в фиксированном фрагменте Y-хромосомы, можно теоретически оценить скорость мутаций в нем, хотя бы на уровне порядка величины.
Не вижу, как это можно сделать. С другой стороны мат смекалка не мой хлеб.
Цитата
В литературе видел цифру 10-9 мутации на нуклеотид на поколение - явно оценочную. Меня лично интересует коридор погрешностей, который вытекает из реальных данных, а не теоретических моделей.

Слово поколение в прозвучавшем контексте выше моего понимания.
Мутации - это ошибки, совершенные ДНК-полимеразой во время удвоения ДНК. Когда-то давно прочитал в вики, что прокариотическая ДНК-полимераза совершает такие ошибки одну на каждые 1,000,000 нуклеотидов. Однако, репарирующие ферменты корректируют ошибки. Насколько? У человека это выливается приблизительно в 10-8 мутаций на нуклеотид. Это то, что я пытался изложить в двух своих предыдущих постах тут и тут. Там есть полезные ссылки.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 10.2.2012, 15:13
Сообщение #17


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Igor1961 @ 9.2.2012, 21:49) *
Спрашиваю потому, что, зная экспериментально определенный процент снипов в фиксированном фрагменте Y-хромосомы, можно теоретически оценить скорость мутаций в нем, хотя бы на уровне порядка величины. В литературе видел цифру 10-9 мутации на нуклеотид на поколение - явно оценочную. Меня лично интересует коридор погрешностей, который вытекает из реальных данных, а не теоретических моделей.


Ответ на этот вопрос стоило бы привести в разделе - "Осторожно: популяционная генетика". Да, приводят цифру 10 <-9>, и именно эту привел недавно, например, Крусиани в своей статье "про Африку". Но вот история и жизнь этой цифры своеобразная, и варьируется, насколько помню, между 10<-8> до 10 <-10>, то есть примерно в 100 раз, два порядка величины. Вполне возможно, что с экстремальными краями перебор (а возможно и нет), и границы можно сузить от сотни раз до, скажем, пяти раз, но и тогда фокусы Животовского с "популяционной скоростью" покажутся детской забавой. То, что Крусиани с помощью этой округленной до порядка величины цифрой получает значения - цитирую - 141.5+/-15.6 тысяч лет до "root", то есть с точностью до четвертого (!) знака, для попгенетиков это не вопрос. Нормальное дело.

Штука в том, что для определения 10<-9> или любой другой величины требуется калибровка, сами снипы без шкалы времени ничего не говорят. Разные исследователи берут для калибровки разные реперные точки (а на самом деле не точки, а продолжительные эпохи). Наиболее популярная - время расхождения человека и шимпанзе. Уже примерно понятно, что там за точность. Эта цифра колеблется по разным работам - причем работам тех, кто именно калибрует - от 3.92 до 8.3 миллионов лет назад. Именно потому так гуляет оценочное время расхождения человека и неандертальца, потому что опираются для калибровки опять же на эти временные показатели, а гуляет оно между 300 и 700 тысяч лет назад. Кстати, те самые 1-4% как якобы доля в нас от неандертальцев основывались на том времени расхождения человека и шимпанзе, которое по своим причинам выбрали авторы работы, и это не считая гигантской погрешности при "отфильтровывании" снипов шимпанзе от снипов человека, понимая, что еще сотни тысяч, если не миллионы снипов появились уже ПОСЛЕ штмпанзе, но еще ДО homo sapiens.

Я, честно говоря, не знаю, стоит ли тратить время на подсчеты этих "коридоров", они шире, чем коридоры в Эрмитаже. У меня есть смутное (но не безосновательное) подозрение, что финальные цифры у попгенетиков и попгенетических генетиков появляются просто в результате подгонки скорости мутации к нужной финальной величине. Технология этого понятно - берут, скажем, 10<-9> и считают время появления человека в Африке. Получается 20 тысяч лет назад. Нуууу, говорят авторы, это не может быть, это пчелы неправильные, и мед у них неправильный. Надо брать 6x<10-8>, тем более, что вот тут Пупкин такую или близкую цифру приводил в таком-то журнале. А не приводил, так мог привести. О, вот и получается, выход из Африки в аккурат 62.7 тысяч лет назад. Так и запишем.

Я не знаю, как они это делают, но примерно так. Я давно обращался на этом Форуме к молодым активистам, чтобы разобраться, какие допущения и приближения про расчетах по геномным данным делаются, чтобы понять цену этим расчетам. Но настоящих буйных мало, и никто не вызвался.

Они, попгенетики, уже выработали такой стиль написания журнальных статей, что за руку их не поймать. В итоге цифра появляется как чертик из табакерки, и концов не найти. Вот, например, последняя статья про "южный выход из Африки на Арабский полуостров" (февраль 2012). Так и пишут - взяли 2362 последовательностей из литературы, и классифицировали их с помощью PhyloTree, провели reduced-median network analysis, затем вручную постороили дерево с наиболее подходящей parcimonious, далее для определения TMRCA использовали ро-статистику и максимальную вероятность (ML, maximum likelihood) и получили Bayesian skyline plots (BSPs), используя BEAST 1.4.6 with a relaxed molecular clock, и далее использовали Tracer v1.3 и "Spatial Analyst Extension" of ArcView version 3.2 и employed a founder analysis and two criteria f1 anf f2.

В итоге - типа кушайте что дают. При этом получили - я не шучу - что выход их Африки был 60 тысяч лет назад.

Каково? А проверить - невозможно. Это же не как мы пишем статьи - что в серии было 96 гаплотипов (из такой-то базы данных) по 67 маркеров каждый, что базовый гаплотип такой-то (приведен), что во всех 96 гаплотипах суммарно 564 мутации, и потому общий предок жил 564/96/0.12 = 49 --> 52 условных поколений назад, то есть 1300 лет назад с такой-то погрешностью определения, где 0.12 - это константа скорости мутации, и стрелка - поправка на возвратные мутации, проведенная по таблице такой-то (ссылка). Любой может проверить.

Есть разница?



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 20.2.2012, 22:16
Сообщение #18


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Такое чувство, что по гаплогруппе А работа идет подспудно. Из 6-ти новых африканских образцов в проекте WTY, три уже отсиквенированы и проанализированы, но полная информация о проделанной работе на сервере зяблик2 заморожена.

Обычно после анализа сиквенсов ДНК клиента вся сырая информация (хроматограммы сиквенсов) делается доступной на сервере. Например, ДНК литовца #180947 гаплогруппы N-M178(L550) была отсиквенирована 17 февраля. У него обнаружены новые снипы L1025,L1026,L1027 и его хроматограммы уже обнародованы на сервере и любой с доступом к нему может их сгрузить и самостоятельно проанализировать.

Ничего подобного с африканскими образцами не происходит, хотя они были отсиквенированы ещё до 10 февраля. На поверхность всплыло только переименование терминального названия некоторых из них. Теперь бывшие А-Р108 гаплотипы переименованы на сервере в A-L896 (ex P108).

Обращает на себя внимание факт, что из 85 гаплотипов проанализированных на снип L896 он отрицателен у всех (включая шимпанзе), кроме двух африканских образцов A-L896 (ex P108). (#N38376 и #N14468)

Приятная новость для ИР. ДНК немца Bookhammer 2QWXS/116853 с ЦЕ-2 ветви была отсиквенирована в субботу, 18 февраля.


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 21.2.2012, 2:08
Сообщение #19


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Боромир @ 21.2.2012, 4:16) *
Такое чувство, что по гаплогруппе А работа идет подспудно. Из 6-ти новых африканских образцов в проекте WTY, три уже отсиквенированы и проанализированы, но полная информация о проделанной работе на сервере зяблик2 заморожена.
...
На поверхность всплыло только переименование терминального названия некоторых из них. Теперь бывшие А-Р108 гаплотипы переименованы на сервере в A-L896 (ex P108).

Обращает на себя внимание факт, что из 85 гаплотипов проанализированных на снип L896 он отрицателен у всех (включая шимпанзе), кроме двух африканских образцов A-L896 (ex P108). (#N38376 и #N14468)

Информацию заморозили, судя по всему, из-за того, что Томас обрабатывает образцы пигмеев Р114, хранящиеся в Аризрнском Университете. Видимо, их предоставили на таких условиях. А вот переименования снипов мне совершенно непонятны. Согласно Ymap это совершенно разные нуклеотиды в совершенно разных местах. Это все равно, что сказать "кошка домашняя, экс-волк обыкновенный". Или у них там каша в голове, или я не догоняю с определениями позиций и нуклеотидов.

Цитата(Боромир @ 21.2.2012, 4:16) *
Приятная новость для ИР. ДНК немца Bookhammer 2QWXS/116853 с ЦЕ-2 ветви была отсиквенирована в субботу, 18 февраля.

Будем надеяться, одна из самых больших европейских ветвей обретет, наконец, свой снип. А то как-то обидно - у мини-веточек L366 и L784 снипы есть, у десятимиллионной ЦЕ - нет. wink.gif


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 21.2.2012, 2:24
Сообщение #20


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Igor1961 @ 20.2.2012, 18:08) *
А вот переименования снипов мне совершенно непонятны. Согласно Ymap это совершенно разные нуклеотиды в совершенно разных местах. ...Или у них там каша в голове...


Судя по тому, что лепит (точнее, лепила) на форуме Bonnie Schrack, администратор Проекта по гаплогруппе А, у них там действительно каша. Судя по ее словам, она плотно связана с ISOGG и с Томасом, и называет то, что она делает, mainstream. На вопросы о датировках по гаплогруппе А ответить не может, ссылается на Крусиани. Майка попытался для ее спасения расчитать предка гаплогруппы А по 67-маркерным гаплотипам (!) и Нортведскому калькулятору (!), получил 70 тысяч лет, но тут же признал, что это не может быть верным, потому что таким способом идет занижение. Оставил только самые медленные маркеры и получил 160 тысяч лет. Но Bonnie не врубилась, и уже после дезавуирования Майкой своих 70 тыс лет победно воскликнула (после очередного нервного срыва), что у меня все не так, а вот Майка уже все рассчитал верно, у него получилось 70 тысяч лет biggrin.gif

В общем, был бы цирк, если бы не истерики этой дамочки Bоnnie. Она воспринимает покушения на Африку как вторжения в ее личный будуар, причем вторжения в галифе и не снимая бурки.

biggrin.gif

Я там уже написал, после ее очередной истерики, что дело гаплогруппы А оказалось не в тех руках. После этого она исчезла и пока больше не появлялась. Хорошо, что у меня не гаплогруппа А, а то бы на Проекте загнали туда, куда Адам телят не гонял.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

14 страниц V   1 2 3 > » 
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 21.10.2019, 13:35
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU