Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



 
Ответить в данную темуНачать новую тему
> "admixture", K4, K7, K12, Etc., Ментальность "попгенетиков" уже в исследованиях генома
aklyosov
сообщение 11.11.2012, 17:29
Сообщение #1


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Для начала - ВВЕДЕНИЕ:

Уже довольно давно я с определенным подозрением слежу за упражнениями Диенекеса Понтикоса со снипами по всему геному. Понтикос, по своему незнанию и непониманию, дал большого петуха в ДНК-генеалогии, и не одного петуха, а несколько таких "псис". Сначала он объявлял, что огромные погрешности в расчетах времен до общих предков делают эти расчеты бессмысленными. Но оказалось, что он в этих расчетах ничего не понимает. Мне препираться с ним надоело, и я задал ему конкретный вопрос - есть сто 67-маркерных гаплотипов, в которых суммарно 2000 мутаций. Когда жил общий предок этих ста гаплотипов, и с какой погрешностью определяется эта величина? Понтикос не ответил и предпочел ретироваться. Больше со мной он этот вопрос не поднимал.

Ответ на самом деле очень прост - 5000 лет назад с погрешностью плюс-минус 510 лет. При этом нужно оговорить два условия - что все эти гаплотипы происходят от одного общего предка, и константа скорости мутации определена с точностью плюс-минус 10%. Если первое условие не выполняется, гаплотипы делятся на ветви, нет проблем. Второе условие обычно завышено, и погрешность на самом деле часто оказывается меньшей, ну да ладно, пусть будет для страховки. Лучше погрешность завышать, чем заужать.

Но Понтикос не успокоился, и после некоторого зализывания ран вылез опять, на сей раз с тем, что расчеты времен до общего предка не имеют смысла, потому что зависят от того, какие маркеры используют для расчетов. Его в этом отношении окрылила статья Busby et al, которая оказалась предельно безграмотной, хотя и опубликована в журнале Английского Королевского общества. Busby и соавторы взяли несколько "скоростей мутации" для отдельных маркеров, и нашли, что для разных маркеров получаются разные времена для общих предков. Эти "скорости мутаций" они взяли из сопоставления величин аллелей в примерно 1750 парах отец-сын. При этом английские авторы оказались настолько безграмотными, что не поняли, что эти "скорости мутации" просто нельзя рассматривать для подобных расчетов. Например, в 1750 парах DYS393 мутировал три раза, а DYS390 - два раза. То есть DYS393 оказался более "быстрым", чем DYS390 (!). И авторы английской статьи, а вслед за ними и Понтикос, там и посчитали, что скорость 393-го былее высокая, чем 390-го. И это и использовали в расчетах! Между тем, любой, кто хоть однажды видел серии гаплотипов, видел, что 393-й мутирует крайне редко, а 390-й строчит как из пулемета. То есть и английские авторы, и Понтикос не имеют о таких вещах ни малейшего понятия. Они не имеют понятия и о том, что 2 и 3 мутации в 1750 парах отец-сын - это никакая не статистика, там могла легко быть и 1 мутация, и 4-5 мутаций. Нельзя на таком уровне частоты событий вообще что-то рассчитывать. Это все равно, что бросить монету три раза, и на этом основании рассчитывать вероятность выпадения орла или решки. И на этом основании и английские авторы, и Понтикос делают выводы, что по мутациям ничего считать нельзя! Более того, Понтикос объявил на своем сайте, что отныне он делает "бан" на расчеты ДНК-генеалогии и больше ничего на эту тему не помещает.

Тогда я появился на его сайте и развернул дискуссию, которая показала полную безграмотность Понтикоса в любых расчетах. Дискуссия была долгой, и я ее опубликовал полностью в Вестнике за сентябрь 2011 года, она заняла 60 страниц текста. Там было много примеров, показывающих безграмотность грека. Понтикос обозлился, и опубликовал на своем сайте объявление, что мои расчеты "антинаучны". Ни одного примера или иллюстрации, он, понятно, не привел и привести не смог бы. То есть это был выход его мелкой злости, и ничего больше.

Следующим действием было его увлечение расчетов возраста гаплогрупп на основании числа SNP в гаплогруппах и субкладах по данным проекта "1000 геномов". Как он считал - он поначалу не показал, и просто опубликовал список "возрастов" по гаплогруппам. Три четверти из них совпадали с нашими датировками, опубликованными совместно с И.Л. Рожанским в нашей статье про Африку в Advances in Anthropology в мае этого года. Выкладки Понтикоса появились в июне-июле. Ссылки на нас он, понятное дело, не дал, но отметил, что считать по гаплотипам - это неправильно, надо считать по снипам. Я выступил на форуме RootsWeb, и задал ему вопрос - если он получает такие же цифры, как у нас, более того, подозрительно такие же, как он может говорить, что по снипам - правильно, а по гаплотипам - неправильно? Он стал скандалить, что это у нас неправильно, и стал приводить цифры по той четверти случаев, в чем у нас разница. Там, где совпадало, он умолчал. Но это было неудивительно, его шулерскую натуру я уже знал.

Но произошла неожиданность - выступил другой человек, и сказал, что он использовал те же снипы из проекта "1000 геномов", и тот же в принципе метод расчета, и получил совершенно другие данные, чем у Понтикоса. В частности, как видно, Понтикос не делил полученные датировки на 2, хотя он получал не возрасты гаплогрупп, а РАССТОЯНИЯ между ними. Понтикос опять ретировался и замолчал. Тут уже вышел я и потребовал объяснений. Он же до того объявил, что мы считаем неправильно, а он правильно. Мое требование пришлось повторять трижды, Понтикос молчал. Потом он вышел и повинился, что на 2 он действительно не делил, но во всем виноват проект "1000 геномов", потому что они выдают неправильные данные, и вообще данных недостаточно для подобных замечательных расчетов, какие делает Понтикос. Короче, он дезавуирует, то есть снимает свои данные как действительно неправильные, потому что по снипам получается что угодно. Извинения мне он, конечно, не принес.

К чему я это все описываю? А для того, чтобы показать, что объявления и расчеты Понтикоса гроша ломаного не стоят. И это уже переходит в новое увлечение Понтикоса, под названием ADMIXTURE.

И вот началась эта следующая эпопея - Понтикос добрался до данных генома, и стал сравнивать сотни тысяч снипов по популяциям. Но как истый популяционный генетик по духу, он не понял всей сложности картины. Дело в том, что считают по геномам как мужчин, так и женщин, совместно, не разделяя. Все это образует, естественно, облака снипов, которые только условно могут быть приписаны конкретным регионам, и там они пересекаются, накладываются поперек регионов. Но Понтикос сразу же стал приписывать этим облакам этнические названия, чисто в попгенетическом духе. Более того, даже там, где он приписывал этим облакам (которые он усредняет до якобы точек) названия континентов, или популяциям континентов, эти названия настолько упрощены, что стали ошибочными. А пипл, как известно, хавает. Тут уже некто сообщал, что у него 95.6% "польских снипов". То, что польские, литовские, белорусские, да и русские дают примерно такую же картину, он не знал. Иначе короря, это почти все равно, что назвать "польской" гаплогруппу R1b, и продолжать писать, что у уйгуров, например, 30% польского генома. Что из этого получается - в ПРОДОЛЖЕНИИ.

ПРОДОЛЖЕНИЕ СЛЕДУЕТ.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 11.11.2012, 18:02
Сообщение #2


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11620
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Цитата
Но Понтикос сразу же стал приписывать этим облакам этнические названия, чисто в попгенетическом духе.
Шулеры, пасущиеся около науки, всегда спешат с развешиванием названий, и очень часто, особенно в новых областях, попадают со своей суетливой спешкой в конфуз. laugh.gif

Это закономерность.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 11.11.2012, 19:13
Сообщение #3


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



ПРОДОЛЖЕНИЕ:

Вот - конкретный пример, который имел место всего несколько дней назад. Мой знакомый ирландец, с которым у меня в печати сидит статья про историю субклада М222 в Европе, выставил сообщение на RootsWeb с недоуменным вопросом. Он скачал программу, которую составил Понтикос на своем сайте, вставил свои (и родителей) данные по геному, и с удивлением обнаружил, что он и его родители почти на 10% - американские индейцы. Он выставил свои данные и с удивлением заметил, что его родители и он сам - "коренные ирландцы" из Ирландии, и никаких индейцев у них в роду отродясь не было. Вот что он выставил:

Here are my parents and mine - all Irish from Ireland, NO ancestry from the Americas at all.

Me:
92.02% European
0.00% Asian
0.11% African
7.87% Amerindian

Father:
91.95% European
0.00% Asian
0.07% African
7.98% Amerindian

Mother:
92.13% European
0.00% Asian
0.00% African
7.87% Amerindian

Are your results similar or more Amerindian?

Cheers,
Paul

Поднялась дискуссия, в которой обнаружилось, что у всех заметное присутствие доли американских индейцев.

Некоторые подняли вопрос, что в программе что-то не так. Другие защищали, что раз Понтикос сказал, то так тому и быть ("доктор сказал в морг, значит в морг"), и стали придумывать гипотезы одни фантастичнее других, и абсурднее третих.

А ларчик на самом деле просто открывался. Понтикос в своем попгенетическом рвении, вместо того, чтобы обозначить определенные закономерности цифрами или индексами, назвал их так, просто с потолка:

Four ancestral populations emerge at this level of resolution, which I have named: European, Asian, African, Amerindian. The names aren't important, and you can replace them with whatever you prefer.

http://dienekes.blogspot.com/2012/10/admix...ndian-like.html

Перевод: четыре предковых популяции появились на этом уровне разрешения, которые я назвал: европейская, азиатская, африканская, америндская. Имена не важны, и вы можете заменить их какими хотите.

Мой комментарий: если имена не важны, то какого дьявола их вообще называть так? Три дня эти чудаки на RootsWeb спорили о том, откуда у них в предках американские индейцы, а это вообще, судя по всему, сводная гаплогруппа Р. Она дала гаплогруппы Q, R --> R1 --> R1a + R1b, а ирландцы - это и есть гаплогрупа R1b на 90+%, и наш Paul - R1b-M222. Q ушла в Америку, и ее имеют многие американские индейцы. Вот и вся разгадка. Если геном имеет массу снипов от общего предка с шимпанзе 6 миллионов лет назад, то как же ему не иметь снипов от гаплогруппы Р, всего 40 тысяч лет назад? Они, эти снипы, и ушли как в Америку, к индейцам, так и в Ирландию, как и ко всем R1b, так и в Восточную Европу (и не только), ко всем R1a.

И действительно, у русских примерно столько же вклада "американских индейцев", о чем Понтикос старательно (и тупо) доложил:

Украинцы - 8.5% америндов
Поляки - 8.2% америндов
Литовцы - 9.1%
Славяне в целом - 9.1%

В другом месте Понтикос пишет: For example, HGDP Russians have 11.7% of Amerindian component.

Надеюсь, понятнее теперь, что эти цифры и этносы у Понтикоса на самом деле никакой смысловой нагрузки не несут?

Ущерность этого подхода, повторяю, и в том, что все эти облака усредняются до точки в каждом случае, и эти точки и приводятся с точностью до долей процента.

На самом деле эти данные, если их обрабатывать правильно, несут вполне ценную информацию. Обычно рассматривают сотни тысяч снипов у каждого человека, и они, ясное дело, есть объективная реальность. В эти снипы входят снипы и шимпанзе, точнее, общего предка шимпанзе и человека (но их более 90% и осталось и в шимпанзе и в нас), и все снипы наших гаплогрупп и субкладов Y-хромосомы (которых у женщин нет, но все все равно усредняется между полами), и снипы наших отцов и матерей, что отражает причудливую картину их взаимного выбора, а поскольку часто мужчины в этносах выбирают женщин из того же этноса, и наоборот, то картины в целом по этносам расходятся. Примерно так: если взять группу русских (мужчин и женщин) и группу монголов-монголок, то у них будут - у тех и у других масса снипов шимпанзе, снипы альфа-гаплогруппы, снипы бета-гаплогруппы (пока все примерно одно и то же), но потом пошла разница - у монголов в немалой степени гаплогруппы С, Q, R1a у мужчин (R1a как древние, так и недавние вливания от России и СССР), и соответствующие мтДНК от женщин, которых у монголок весь иконостас, и у русских R1a, I1, I2, N1c1, и еще куча более минорных снипов, плюс гаплогруппа Н (преимущественно) от женщин, плюс вся палитра других женских гаплогрупп, причем у русских это варьируется по всему горизонту. И вот эта чудовищная каша усредняется в одну точку!! И это называется "русский геном" и "могольский геном", и вот они-то сравниваются с точностью до долей процента.

Все это, конечно, полная чушь. Это я - о точке и о долях процента. На самом деле этот "русский геном" пересекается со всей восточной Европой, и его не в точку нужно стягивать, а найти другой характер представления. А именно, в виде соответствующих облаков, растянутых неравномерно в разные стороны.

Но и в этом случае различия все равно будут между русскими и монголами. Качественно и как-то полуколичественно его можно рассматривать, но не в виде профанации, как это делает Понтикос. Более того, это рассмотрение - если правильно - надо проводить не на выбранных маленьких фрагментах, а действительно по всему геному. На маленьких фрагментах будут вылезать отдельные особенности - то присущие в основном, например, гаплогруппам Y-I2 и мтДНК-Н, то кому-то еще. И это еще будет зависеть от разрешения, которые и обозначают индексами К=4, К=8 и другими. То есть берут маленький фрагмент генома, да еще с малым (или бОльшим) разрешением, стягивают в точку, и все равно получают в целом ерунду. Но для коммерции годится, пипл хавает. Хавает пипл вот такие, в частности, "открытия" того же Понтикуса:

The interesting thing about this K=4 analysis is that European populations show evidence of Amerindian admixture, consistent with the pattern inferred using f-statistics, where European populations show admixture between Sardinians and a Karitiana-like population.

Как видим, Понтикос уже забыл, что названия им придуманы как попало, и уже придает им абсолютные значения. То есть пишет, что при разрешении К=4 европейская популяции показывает доказательство наличия американских индейцев, и европейцы же показывают смесь между "Сардинией" и "Каритиана".

Про Сардинию Понтикос уже мозг проел. Он придает Сардинии некую пра-Европейскую значимость, на основании, конечно, этой туфты с "геномом", который анализирует как хочет. Маленький пример - он трубил по всему свету, что Отци, "ледовый человек", имел геном "Сардинии". Однако, только что опубликована статья, что Отци - никакая не Сардиния, а типичная Центральная Европа. Ну, и что с "трубил по всему свету" делать будем?

Понтикос, с его страстным желанием сенсаций, каждый раз наступает на одни и те же грабли. Впрочем, пипл продолжает хавать. Теперь тем же занялся воришка-Веренич, как рассазал нам на днях "силезец", а именно тоже насчитывает "польскую компоненту", пользуясь подходом своего гуру-Понтикоса. Яблоко от яблони...

ПРОДОЛЖЕНИЕ СЛЕДУЕТ.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 13.11.2012, 3:07
Сообщение #4


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



ПРОДОЛЖЕНИЕ

Я не проводил детальный разбор все этих admixture подходов, всех этих К=4, К=7, К=12 и прочих, но беглое их рассмотрение показывает, что - как ни странно - картина в первую очередь диктуется мужскими гаплогруппами (Y хромосомы), а женские гаплогруппы (мтДНК) практически не имеют значения. На первый взгляд это абсурд, так как примерно половина участников в расчете этих admixtures - это женщины. У них мужской хромосомы нет. Но если подумать, то описанный феномен не исключен. Я уже об этом писал в свое время в Вестнике. Женские гаплогруппы хаотичны, они не образуют четкой картины, и они накладываются на значительно более упорядоченные мужские гаплогруппы. Более того, они часто образуют пары с мужскими гаплогруппами. В итоге имееем корреляции между частью мужских и женских гаплогрупп, и хаотичность женских у остальных. В итоге женских гаплогрупп не видно, они прозрачны в своей размазанности, как прозрачен винт самолета при его вращении.

На эту мысль меня навело беглое рассмотрение картин мутаций в геноме при 50:50 наличии мужчин и женщин. Оказалось, что на вид эти раскрашенные картинки геномов практически совпадают с картиной мужских гаплогрупп. У русских - половина одного цвета (это R), который одинаков с поляками, как и должно быть, и он совпадает с тремя четвертями у французов и 90% англичан и ирландцев, у которых столь и есть R. При том разрешении R1a и R1b не разделяются. Далее, у русских примерно 1/6 другого цвета, которого три четверти у финнов. Это, ясно, гаплогруппа N. Очень мало желтого цвета, который захлестывает монголов. Это - С или Q, надо разбираться. Совсем нет черного цвета, которого полно в Африке. Сейчас мы увидели (см. сообщение выше), что у ирландцев, русских и прочих европейцев около 10% чего-то, что доминирует у америндов. Это явно связано с гаплогруппой Р или Q.

В общем, в этом нужно разбираться, и странно, что никто из тех, кто упражняется в admixture, это не заметил. Я призываю тех, кому это может быть интересно, заняться этими подходами, и посмотреть, насколько это действительно контролируется мужскими гаплогруппами. В принципе, данные по геному - объективные данные, дело в интерпретации.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
bugler
сообщение 13.11.2012, 14:07
Сообщение #5


Эксперт
*****

Группа: Знатоки
Сообщений: 1064
Регистрация: 10.5.2011
Из: Москвы
Пользователь №: 3366



Всё-таки хотелось бы понять, чем оперирует Понтикос. Вряд ли полным геномом. Всё-таки наверное ограниченным количеством локусов. Если да, то не понятно из каких мест генома они взяты. Входят ли в эти локусы SNP гаплогрупп?

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 13.11.2012, 15:00
Сообщение #6


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(bugler @ 13.11.2012, 6:07) *
Всё-таки хотелось бы понять, чем оперирует Понтикос. Вряд ли полным геномом. Всё-таки наверное ограниченным количеством локусов. Если да, то не понятно из каких мест генома они взяты. Входят ли в эти локусы SNP гаплогрупп?


Да, там много в чем надо разбираться, но от этого никуда не деться. Формируется новый и мощный подход в генетике, основанный на объективных данных по набору мутаций в хромосомах и во всем геноме. Вопрос - как эти данные трансформировать в хронологические показатели, причем выявить их отношение к регионам, древним миграциям, и провести параллели-корреляции с гаплогруппами- гаплотипами и их хронологией.

При этом либо наши данные нужно будет подправлять на основании полного (или частичного) генома, но в этом надо будет надежно убедиться ( наука есть наука, и такая вероятность всегда есть), либо, напротив, геном полностью подтвердит наши подходы и данные. Тогда это будет сильным козырем, против которого не возразить. Если мы этого не сделаем, мы отстанем, чего допустить никак нельзя.

Проблема в том, что в это уже полезли попгенетики, и как им генетически присуще, начинают это дело бастардизироввть, превращать в обычную для них свалку и помойку. Так что опять, к сожалению, прогрессивно формируется новое поле для схватки, для битвы, для борьбы науки с нахрапистым гаданием и жонглированием. Это у попгенетиков системное.

Поэтому принцип все тот же - если не мы, то кто же? Мы это видим в ДНК-генеалогии гаплотипов, придется увидеть и в ДНК-генеалогии
генома. Это же та же ДНК-генеалогия.

Так что у меня призыв к коллегам, особенно к коллегам молодым (но не только) - засучить рукава и разобраться в новом направлении. Базы данных по геному прогрессивно растут, они доступны, программы по анализу этих данных уже есть и тоже их число нарастает. Надо понять суть всех этих К=4 и прочих, убрать эту этничность, с которой носятся попгенетики, забыть про все эти "польские компоненты", которые здесь ни к селу ни к городу и имеют плохой коммерческий привкус (или откровенное шарлатанство, чем сейчас и занимается Веренич, судя по описаниям канадского силезца), и посмотреть, насколько это привязывается к гаплогруппамv cубкладам Y-хромосомы.

Дело не в том, входят ли в сотни тысяч снипов в данном подходе конкретные снипы гаплогрупп, как спрашивает уважаемый Bugler. Эти конкретные несколько снипов все равно растворятся в сотнях тысяч других. Дело в том, что эти несколько снипов гаплогруппы формируют те самыe сотни тысяч анализируемых снипов, или десятки тысяч в них. Всеэто в целом образует общую картину, в которой корни популяции давностью десятки тысяч лет тащат за собой всю картину, точнее, ее значительную часть, включая и женскую половину.

А женскую - потому, что мы женимся в основном не на негритянках и не на австралийских аборигенках, и не на монголках, поэтому их мутаций в нашем геноме мало. Иначе говоря, это не статистическая каша, а весьма структурированный набор снипов в геноме. Фон, естественно, есть, и сильный, от тех же предков с шимпанзе, но его либо отфильтровывают при анализе, либо учитывают другим образом.

Именно потому должна быть корреляция с гаплогруппами Y-хромосомы, или, если ее нет, то это надо четко показать. Думаю, что она будет. Вопрос, в какой степени.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
bugler
сообщение 13.11.2012, 17:48
Сообщение #7


Эксперт
*****

Группа: Знатоки
Сообщений: 1064
Регистрация: 10.5.2011
Из: Москвы
Пользователь №: 3366



Цитата(bugler @ 13.11.2012, 15:07) *
Всё-таки хотелось бы понять, чем оперирует Понтикос. Вряд ли полным геномом. Всё-таки наверное ограниченным количеством локусов. Если да, то не понятно из каких мест генома они взяты. Входят ли в эти локусы SNP гаплогрупп?


Ответ получается такой:
проанализированы геномы 934 человек из 53 групп. Выбраны 629433 сайтов (локусов), которые означены как уникальные и подтверждённые SNP (unique and validated SNPs).

Анализу подвергаются аллели одинаковых SNP в каждой популяции. Применяются D- и F- статистики для нахождения корреляции между популяциями.
Но основная цель таких расчётов объявлена как нахождение в каждой существующей популяции примесей от предковых популяций для определения генетической изменчивости и болезни.
Основан такой подход на том, что даже в устоявшейся популяции, где доминируют определённые признаки, нет-нет, да проскальзывают редкие признаки исчезнувших предков.
Всё это присуще больше расовым,метисным популяциям. В основе похоже лежит метод графов.
А вот каким образом это может быть связано с ДНК-геналогией - вопрос-вопросов. Если гаплогрупные SNP не входят в выбраные 629433, то наверное никак.


Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 13.11.2012, 20:16
Сообщение #8


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(bugler @ 13.11.2012, 9:48) *
...основная цель таких расчётов объявлена как нахождение в каждой существующей популяции примесей от предковых популяций для определения генетической изменчивости и болезни.
Основан такой подход на том, что даже в устоявшейся популяции, где доминируют определённые признаки, нет-нет, да проскальзывают редкие признаки исчезнувших предков.
... А вот каким образом это может быть связано с ДНК-генеалогией - вопрос-вопросов. Если гаплогрупные SNP не входят в выбраные 629433, то наверное никак.


Да, это классическая цель популяционной генетики. К ДНК-генеалогии при такой постановке вопроса это не имеет отношения.

Классическая задача популяционной генетики - это нахождение связи (корреляции) между генотипом и фенотипом. Это опять не имеет отношение к ДНК-генеалогии. Поэтому я все время и повторяю, что попгенетики лезут не в свое дело, причем при полном отсутствии знаний и квалификации в этом не своем деле.

Опять же классический вопрос попгенетики - это выявление набора генов, являющихся причиной наследственных заболеваний. Опять к ДНК-генеалогии это не имеет отношения. Вопрос важный, и любимым объектом у попгенетиков являются, например, евреи с их букетом характерных наследственных болезней. А у киргизов, например, их таких нет. Вот описание этого и есть поле попгенетики. Оттого и их любимые графики F, в которых все гаплогруппы смешиваются в кучу, и вообще не рассматриваются. Потому что они в генетике (попгенетике) не нужны.

Похоже, этот же подход сейчас используют при анализе генома. И слава Богу, в медицине это важно. Только это опять же не ДНК-генеалогия.

Но я о другом. Эти данные и коллективный анализ мутаций можно явно рассматривать и применять в ДНК-генеалогии. И это - очень интересное поле науки. Просто нужно по-другому смотреть на те же вещи.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 15.11.2012, 16:36
Сообщение #9


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Вот еще пример, в котором ясно проглядываются гаплогруппы. Это - из дискуссии на форуме RootWeb, в которой опять рассматривают мутации в геноме, но гаплогруппы не замечают:

Take a look at Dienekes' K12b spreadsheet:

- Atlantic-Mediterranean, which predominates among French Basques and
Sardinians, is still quite high among French and British, and fairly high
among Germans. It drops significantly among Poles, and becomes a small
minority among Finns and Lithuanians.

- North European is nonexistent on Sardinia and a small minority in French
Basque country, but increases as we move from France to Britain to Germany,
reaching a considerable majority in Poland and predominance in Finland and
Lithuania.

https://docs.google.com/spreadsheet/ccc?key...Y3lTUVBaaFp0bC1
zZlBDcTZEYlE

То, что здесь называют "атлантик-средиземноморский" типаж, это явно в значительной степени гаплогруппа R1b. Этот геномный типаж доминирует у басков, сардинцев, французов и внгличан, и довольно высок у немцев. Затем значительно падает у поляков, и становится совсем малым у литовцев и финнов. Именно так проявляется гаплогруппа R1b. Ну, и где здесь независимый вклад мтДНК, и в чем?

Далее, что, что называют "северно-европейский" геномный типаж, это явно в основном гаплогруппа N (N1c1), возможно, в комбинации с I1. Этот типаж отсутствует в Сардинии, его совсем немного у французских басков, увеличивается при движении от Франции в Британию и Германию, достигает значительных величин у поляков, и доминирует в Литве и Финляндии.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 22.11.2012, 6:02
Сообщение #10


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Среди "попгенетиков" и "молгенов" продолжается нечто близкое к общей истерике в отношении новой тест-системы Geno 2.0. Система исключительно маркертирована, и, хочется надеяться, что-то хорошее принесет для идентификации снипов. И вот сегодня на Форуме RootsWeb пошли первые результаты под заголовком First Look!

Пока я ничего нового не заметил, кроме того, что в проект уже влезли "геногеографы" и началось то, о чем я писал выше в этой теме. Они подразделили ожидаемые данные по регионам, и стали приписывать, кто к какому региону принадлежит, в процентах.

Вот, например, "портрет русского" по их данным:

На 51% "северные европейцы"
На 18% юго-западные азиаты
На 25% средиземноморцы
На 4% северо-восточные азиаты.

Кто-либо что понял?

Ну так вот, "портрет финна":

На 57% "северные европейцы"
На 17% юго-западные азиаты
На 17% средиземноморцы
На 7% северо-восточные азиаты.

Если не все еще поняли, то мы - это финны.

Откуда финны на 17% средиземноморцы - это тоже на трезвую голову не понять.

Немного проясняет вопрос то, что это все вычислялось по "референсной выборке" геномов из русских и финнов. Откуда эти "референсные выборки" геномов брались, например, у русских - тоже надо разбираться, как и с тем, сколько в этой "референсной выборке" было геномов. Не исключено, что было совсем немного, причем с финно-угорской территории где-нибудь севернее Пскова, где N1c1 более 30%.

Вспоминается, что здесь еще давно Владислав Рыжков, по-моему, негодовал, что Балановские в качестве "русских" представили угро-финнов из какой-то "Калевалы", и теперь это идет как "стандартная русская выборка". Если это действительно так, то пиши пропало. Никакие Geno 2.0 не помогут.

Попгенетика продолжает маршировать.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 22.11.2012, 13:39
Сообщение #11


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11620
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Цитата(aklyosov @ 22.11.2012, 7:02) *
Кто-либо что понял?
Это не важно что никто ничего не понял, и понять в принципе не мог, главное - для попгенов есть косточка, которую можно какое-то время побгладывать.

Вообще, туниедцы эти попгены, особенно наши, вместо серьезной работы по расшифровке генома который год путаются под ногами ДНК-генеалогии.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
ОН Шоломицкий
сообщение 22.11.2012, 14:10
Сообщение #12


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 43
Регистрация: 17.11.2012
Пользователь №: 3926



Цитата(Павел Шварев @ 22.11.2012, 14:39) *
Цитата(aklyosov @ 22.11.2012, 7:02) *
Кто-либо что понял?
Это не важно что никто ничего не понял, и понять в принципе не мог, главное - для попгенов есть косточка, которую можно какое-то время побгладывать.

Вообще, туниедцы эти попгены, особенно наши, вместо серьезной работы по расшифровке генома который год путаются под ногами ДНК-генеалогии.

Во всяком случае они остервенело борются за место под солнцем для своей попгеновской популяции и пытаются расширить свой "ареал обитания". laugh.gif


--------------------
Охотник на бандерлогов.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
bugler
сообщение 22.11.2012, 14:33
Сообщение #13


Эксперт
*****

Группа: Знатоки
Сообщений: 1064
Регистрация: 10.5.2011
Из: Москвы
Пользователь №: 3366



Validation of the GenoChip

The designed GenoChip has undergone significant validation (including the use of about 400 known Y-DNA and mtDNA samples, and as many as 650 samples from various populations around the world). Following this validation process (which will continue for at least the foreseeable future), the validated GenoChip SNPs are as follows:

~12,000 Y-DNA SNPs
~3,200 mtDNA SNPs
~130,000 autosomal and X-chromosomal SNPs which include the following SNPs:
23,692 Neanderthal
1,357 Denisovan
12,027 Aboriginal
10,159 Eskimo Saqqaq
998 Chimpanzee
Получается что создана популяционная гибридная модель с грубым зонированием. Конкретный анализ раскладывают по географическим зонам. Потом сравнивают с шимпанзе, неандертальцами и денисовцами и высчитывают процент совпадений.
А дальше: ноги от бабушки с востока, зубы от дедушки-неандертальца, голова от папы-эскимоса, глаза от мамы с южных островов.
Интересно, есть где либо точная карта этой модели?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 22.11.2012, 15:11
Сообщение #14


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Как я уже отмечал выше, эти исследования непременно должны принести интересные результаты, но штука в том, что результаты - это одно, а их интепретация - совершенно другое. В этом отношении можно понять (отчасти) "академических ученых", которые против привлечения данных коммерческих компаний для публикаций в научных журналах. Но они, это "академические ученые" опять не понимают, что есть данные, а есть интерпретации, и данные можно объективно анализировать, неважно, кем они получены и с какой целью.

Так вот, эти тестирования сейчас все больше уходят в коммерческие руки, включая и Geno 2.0, и опять, как водится, начинается профанация с активным участием попгенетиков. Делаются деньги на интересе людей к своему происхождению, но проблема в том, что при этом нахраписто проводятся этнические "деления", хотя этносы - это новые образования, и обычно плохо определенные, размазанные, а снипы - очень древние, НАМНОГО древнее этносов. Поэтому этносы через снипы не выражаются, а если выражаются - то обширными "облаками", пересекающимися друг с другом. Об этом я писал выше в этой теме. Попгенетики же эти облака усредняют до точек, и разницы считают с "точностью" до долей процента.

Когда мы работаем с гаплотипами-гаплогруппами, там все ясно и точно. Есть снип - есть субклад, есть гаплотип. Это все точно определяется. Более того, в ДНК-генеалогии нет этносов как исходного "экспериментального параметра". Есть рода, которые древнее этносов, поэтому этносы там третичны и еще меньше. С геномом, однако, этносы начинают ставить на первое место, как и всяких неандертальцев и денисовцев. Начинают рапортовать, у кого сколько того и другого, часто не понимая, что это все в огромной степени от древних приматов, в том числе от общего предка человека и шимпанзе. То есть эти снипы в неандертальце в огромной степени те же, что и в шимпанзе. Но современные шимпанзе тоже разные, и никто не знает, что пришло от кого. Неандерталец на геном тоже только один проанализирован, причем все еще на геном неполный. Так что в Geno подставляют только фрагмент неандертальца, и так далее.

Но "трясти"-то надо, пипл в азарте ждет, вот и трясут. Быстенько раскартировали мир по снипам, кого где нашли, и вот эти усредненные облака выдают за происхождение этноса и конкретных людей.

Вот это и есть профанация. Понтикос эти "данные" публикует как из пулемета. Только что сообщил, что "как многие полагают, индо-иранцы прошли на восток из Восточной Европы", но что "это не согласуется с геномной картиной "южных азиатов", и среди иранцев, а также с мтДНК. После этого пошли мутные рассуждения, из которых ничего не понять, все размазано, а также про "ростовских скифов", среди которых была обнаружена мит U7, как будто это о чем-то говорит. Она на самом деле в самых разных местах обнаружена, о чем ему и прокомментировали. Откуда эта картина "южных азиатов" появилась, он там умалчивает. А там - и мужчины, и женщины, которые со времен ариев откуда только не приходили, включая и времена тотального наступления ислама в Иране. И вот это все опять усредняется в "геном южных азиатов". Для современной картины - не проблем, но зачем в историю-то лезть, причем без датировок, и просто глядя на то, что есть СЕЙЧАС. Вот это и есть ущербный попгенетический подход.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_казак_*
сообщение 22.11.2012, 23:34
Сообщение #15





Гости






> но зачем в историю-то лезть, причем без датировок

Вот именно, тем более имея данные в кирпичах, а не во временных интервалах. И вся эта работа пахнет фикцией. Мы можем проверить их данные, если взять конкретный гаплотип и его гаполргруппу разбить на интервалы по времени нахождения, например R1b -на Алтае, Кавказе, в Азии, Африке, в Европе, взяв за 100% возраст гаплогруппы. Уверен, что грек симулирует))

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 23.11.2012, 1:28
Сообщение #16


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(казак @ 22.11.2012, 15:34) *
Уверен, что грек симулирует))


Возможно, как и "голубому воришке Альхену" (С) Понтикосу втайне стыдно, но не уверен. Он просто в ажиотаже педалирует нечто, что другие "хавают" не глядя и не задавая выпросов. Проверить-то из "пипла" никто не может.

Сегодня на RootsWeb маятник "пипла" уже качнулся в другую сторону. Многие поняли, что их дурачат. Другие их утешают, что, мол, устаканится.

А это досадно. Досадно, что хороший инструмент по тотальному снипированию тонет в коммерции и нахрапистом надувательстве.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 24.10.2019, 2:52
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU