Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



30 страниц V  < 1 2 3 4 > »   
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Калибровка Скоростей Мутаций, Кланы для калибровки, необходимость калибровки
Yurgan
сообщение 9.7.2008, 16:07
Сообщение #21


Эксперт
*****

Группа: N
Сообщений: 1167
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 529



Цитата(aklyosov @ 9.7.2008, 18:14) *
>>174/51/0.046 = 74 поколения, или 1850 лет. На самом деле с поправкой на возвратные мутации чуть больше.
>>А сколько должно быть?

>Должно быть 1650. Разделение родов произошло около 1600 лет назад.

Уважаемый Jurgan,

Вы отдаете отчет, что Вы говорите о разнице в 11%?? Да ДНК-генеалоги мечтали бы о такой точности расчетов.

Дело в том, что здесь можете смело ставить плюс-минус 200 лет. И у Вас "около" имеет свой реалистичный плюс-минус. А значит, данные совпали с точностью до погрешности расчетов. Ну, и какая "перекалибровка" Вам нужна?

>Наличие идентичных посмотрю. Но эти идентичные должны приближаться к модальному или предковому. А таких нет.

Они не "должны приближаться", а это синонимы для выборки с одним общим предком. Все три - синонимы. Их там и не должно быть, на 25-маркерных. За 74 поколения из 51 25-маркерных гаплотипов должны остаться полтора базовых гаплотипа, строго говоря.

Хорошо, хорошо.
Я так понял, одинаковые гаплотипы надо убирать при подсчете по мутациям?
Правильно?


--------------------
Y - DNA-mater: N1с1* (Baltic line)

--------------------
Y-DNA: N1c (Karelian line)
mt-DNA: U4a
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 9.7.2008, 20:56
Сообщение #22


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



9 гаплотипов рода Doherty
Предок CONOR O'DOCHARTAIGH (was born Abt. 1625 in Tipperary, Ireland,
7 мутаций на 9 гаплотипов
7/9/0.046=17х25=425 лет назад - 1575 г.

Ошибка на 50 лет и снова в сторону увеличения rolleyes.gif
Но при этом мутации по отношению к модальному, а не предковому, выведенному исходя из родословной.

Но на 12 маркерах на все 9 гаплотипов всего 1 мутация

Вы не указали, скольки-маркерные гаплотипы. То, что Вы взяли 0.046, указывает, что там 25-маркерные. Тогда действительно, примерно 1575-й год (точнее, 1583, если быть точным, округлять будем потом). Отклонение 42 года, или 9.9%. На мой взгляд, совпадение блестящее. Особенно если учесть, что Abt означет "about", то есть "примерно", "приблизительно".

Вы хотите, чтобы получилось 15.3 поколения, а не 16.9 (так на самом деле получается), и исправить скорость с 0.046 на 0.051. Так? Вы уверены, что это решит проблемы датировок? Хорошо, возьмите сотню генеалогий и прочих проверенных дат, и если 0.051 даст систематически более совпадающие даты, я с удовольствием исправлю, и другим посоветую. Но вот незадача, я взял первую пару, и уже энтузиазм не тот. Первые - Мак-Доналды. Там 60 25-маркерных гаплотипов (60, а не 9, так?), на все 69 мутаций. Получаем: 69/60/0.051 = 22.5 поколений вместо известных 26. А если 69/60/0.046 = 25 поколений. Видите, даже недобор. А если учесть, что там 18 базовых, то ln(60/18)/0.046 = 26 поколений. То, что доктор прописал. Так что в этом случае 0.046 - лучше.

Далее, в последнем номере Вестника я привел пример расчета 25-маркерных гаплотипов. Мне прислали 8 гаплотипов, в них было всего три мутации. Значит, имеем 3/8/0.046 = 8.15 поколений (я умышленно пока не округляю), то есть 204 года до общего предка. А по остаточным базовым гаплотипам ln(8/5)/0.46 = 10.2 поколений, или 255 лет до общего предка. То есть имеем 1753-1804 годы. На самом деле, как мне с восторгом сообщили, предок родился в 1767 году.

А если применить скорость 0.051, то получим 7.35 и 9.22 поколений, или 184 и 231 год, то есть 1777-1824 годы. Строго говоря, разницы практически никакой, поскольку сын его родился в 1797 году.

Ну и что, стоит менять?


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Yurgan
сообщение 10.7.2008, 8:38
Сообщение #23


Эксперт
*****

Группа: N
Сообщений: 1167
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 529



Цитата(aklyosov @ 10.7.2008, 0:56) *
Вы не указали, скольки-маркерные гаплотипы. То, что Вы взяли 0.046, указывает, что там 25-маркерные. Тогда действительно, примерно 1575-й год (точнее, 1583, если быть точным, округлять будем потом). Отклонение 42 года, или 9.9%. На мой взгляд, совпадение блестящее. Особенно если учесть, что Abt означет "about", то есть "примерно", "приблизительно".

Вы хотите, чтобы получилось 15.3 поколения, а не 16.9 (так на самом деле получается), и исправить скорость с 0.046 на 0.051. Так? Вы уверены, что это решит проблемы датировок? Хорошо, возьмите сотню генеалогий и прочих проверенных дат, и если 0.051 даст систематически более совпадающие даты, я с удовольствием исправлю, и другим посоветую. Но вот незадача, я взял первую пару, и уже энтузиазм не тот. Первые - Мак-Доналды. Там 60 25-маркерных гаплотипов (60, а не 9, так?), на все 69 мутаций. Получаем: 69/60/0.051 = 22.5 поколений вместо известных 26. А если 69/60/0.046 = 25 поколений. Видите, даже недобор. А если учесть, что там 18 базовых, то ln(60/18)/0.046 = 26 поколений. То, что доктор прописал. Так что в этом случае 0.046 - лучше.

Далее, в последнем номере Вестника я привел пример расчета 25-маркерных гаплотипов. Мне прислали 8 гаплотипов, в них было всего три мутации. Значит, имеем 3/8/0.046 = 8.15 поколений (я умышленно пока не округляю), то есть 204 года до общего предка. А по остаточным базовым гаплотипам ln(8/5)/0.46 = 10.2 поколений, или 255 лет до общего предка. То есть имеем 1753-1804 годы. На самом деле, как мне с восторгом сообщили, предок родился в 1767 году.

А если применить скорость 0.051, то получим 7.35 и 9.22 поколений, или 184 и 231 год, то есть 1777-1824 годы. Строго говоря, разницы практически никакой, поскольку сын его родился в 1797 году.

Ну и что, стоит менять?


А были ли в Вашей выборке МакДугаллы, МакАлистеры и МакДонеллы?

Clan MacDougall is a Scottish clan traditionally associated with the lands of Argyll and Lorn in Scotland. Like the Clan Donald or MacDonald and all of its MacDonald branches, the MacDougalls are also descended from the King Somerled. The clan takes its name from Dougall, a son of Somerled, who, after his father's death in 1164, held most of Argyll and also islands such as the Isle of Mull, Lismore, Jura, Tiree, Coll and many others. Likewise the Clan MacDonald of Clan Ranald branch take their name from another of King Somerled's sons called Ranald and the head Clan Donald take their name from Somerled's grandson and Ranald's son who was called Donald.


Может ли такое произойти, что слишком большое количество Макдональдов по отношению к МакАлистерам и МакДоннелам перетянет на себя одеяло?
Например, имее трех братьев. Потомство каждого из них имеет фамилии. Количество известных гаплотипов потомков одного из братьев превышает количество гаплотипов потомков других, и при этом, потомки первого происходят не непосредственно от него, а от его правнука. Перетянут ли потомки первого на себя одеяло при определении возраста предка?
Не наблюдается ли закономерность, что чем дальше вглубь веков, тем дата предка при определении по количеству мутаций уходит глуюже реальной даты, а при приближении к нам, наоборот, ближе к нам?
Т.е. совершенно обратно тому, что должно происходить при учете возвратных мутаций.



--------------------
Y - DNA-mater: N1с1* (Baltic line)

--------------------
Y-DNA: N1c (Karelian line)
mt-DNA: U4a
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 10.7.2008, 10:23
Сообщение #24


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Уважаемый Jurgan,

Вы не обижайтесь, но голословные рассуждения вот такого рода несерьезны. Так нельзя. Во-первых, Маклоналдами занимается целая группа специалистов, больше 70 человек сдали свои тесты, Даг Маклоналд - видный специалист по ДНК-генеалогии. Вы хотите сказать, что одной левой всех их затыкаете за пояс? Да они свои мутации изучили как никто. Таблицы отдельные по ним составили, доступны в сети.

Во вторых - опять смешны Ваши рассуждения на эту тему. Калибровка по Мак-Доналдам в значительной степени подтверждены скоростями мутаций по отдельным маркерам, а уж на первых 12 маркерах совпадение практически абсолютное. Если бы был сдвиг, такого совпадения бы не было.

Я уже устал повторять, что эти призывы к пересмотру системы без владения фактическим материалом, без глубокого изучения вопроса, без детального анализа и сравнения ДО публичных призывов и обсуждений производят тягостное впечатление. Хотите серьезно - напишите глубокую статью в Вестник, в которой проведите глубокий анализ этого вопроса, покажите расчеты, дайте много примеров, из которых станет ясно, что менять и зачем, и что конкретно это даст. Тогда это будет достойно обсуждения. А так - детский сад. Извините.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Yurgan
сообщение 10.7.2008, 15:27
Сообщение #25


Эксперт
*****

Группа: N
Сообщений: 1167
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 529



Уважаемый aklyosov.

Хорошо, посчитаю. Собственно, нет в этом ничего сложного. Могу же я развлечься. Эта скорость нужна мне, мне пользоваться. Можно выбрать среднюю. Вы же не поверили на слово Животовскому. А мои расчеты только подтверждают Ваши и не более. и метд все равно Ваш.
Или Даг МакДональд точно так же считал?


--------------------
Y - DNA-mater: N1с1* (Baltic line)

--------------------
Y-DNA: N1c (Karelian line)
mt-DNA: U4a
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 10.7.2008, 17:37
Сообщение #26


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Вы же не поверили на слово Животовскому.

Уважаемый Yurgan,

Это не так сформулировано. Я не призывал к пересмотру его коэффициента. Там нечего пересматривать. Но я внимательно прочитал его работы на этот счет, проанализировал его концепцию, перерассчитал то, что он рассчитывает, по другому, понял, где проходит граница применимости его метода, осознал, когда стоит применять его метод, и когда не стоит, сделал сводную таблицу разных методов, куда помещены результаты, полученные его способом, и опубликовал эту таблицу в Вестнике. Речь, как Вы видите, не шла о "перекалибровке", о "подправлении" его коэффициента. Речь шла о его непригодности там, где его применяют.

Просто я постоянно возвращаюсь здесь к положению, что надо создавать новые концепции, а не заниматься возней типа с подправлением коэффициентов. Международный форум по ДНК-генеалогии уже две недели гудит, обсуждая мою методику расчетов, там даже ветку создали под названием Anatole's method. И приходится держать оборону будь здоров, потому что много людей, не имея понятия о принципах расчета, сразу выносят вердикт. Приходится терпеливо разъяснять опять и опять. Но пик непринятия уже, похоже, прошел, маятник пошел в другую сторону.

К чему это я? А к тому, что гудел бы форум, если бы кто объявил, что подправил коэффициент скорости на 11%? Да кого это будет волновать? Да и кто бы этому вообще поверил? Я же принес туда четыре положения - (1) счет скоростей по логарифмической формуле, без подсчета мутаций; (2) сравнение логарифмического результата с мутационным для выяснения "чистоты" выборки; (3) счет не по индивидуальным маркерам, а блоками, вплоть до 67-маркерных блоков; и (4) константы скорости мутаций - 0.0096, 0.024, 0.046, 0.09 и 0.145 (для 6-, 12-, 25-, 37- и 67-маркерных гаплотипов). Ну, и как следствие -возможность более надежных расчетов, с демонстрацией на многих примерах.

Вот поэтому и загудели.

Вот сделайте цельную концепцию о расселении гаплогруппы N в Сибири и Европе (и в Америках), и тоже загудят. Чего Вам и желаю. На подправлении коэффициентов (что ОЧЕНЬ непросто по-настоящему обосновать) вклада не сделаете. Потому что это ровным счетом ничего нге изменит.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Yurgan
сообщение 10.7.2008, 20:16
Сообщение #27


Эксперт
*****

Группа: N
Сообщений: 1167
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 529



Цитата(aklyosov @ 10.7.2008, 20:37) *
>Вы же не поверили на слово Животовскому.

Уважаемый Yurgan,


К чему это я? А к тому, что гудел бы форум, если бы кто объявил, что подправил коэффициент скорости на 11%? Да кого это будет волновать? Да и кто бы этому вообще поверил? Я же принес туда четыре положения - (1) счет скоростей по логарифмической формуле, без подсчета мутаций; (2) сравнение логарифмического результата с мутационным для выяснения "чистоты" выборки; (3) счет не по индивидуальным маркерам, а блоками, вплоть до 67-маркерных блоков; и (4) константы скорости мутаций - 0.0096, 0.024, 0.046, 0.09 и 0.145 (для 6-, 12-, 25-, 37- и 67-маркерных гаплотипов). Ну, и как следствие -возможность более надежных расчетов, с демонстрацией на многих примерах.

Вот поэтому и загудели.

Вот сделайте цельную концепцию о расселении гаплогруппы N в Сибири и Европе (и в Америках), и тоже загудят. Чего Вам и желаю. На подправлении коэффициентов (что ОЧЕНЬ непросто по-настоящему обосновать) вклада не сделаете. Потому что это ровным счетом ничего нге изменит.

Полностью с Вами согласен, но я хочу научиться считать время жизни общего предка и понять систему, и мне так проще. Со многими Вашими положениями я соглсился, когда сам пересчитал. И я не ставлю задачи внести вклад, тоолько научиться считать, потому что 11% - это действительно ничего, но мне надо росчитать время жизни народов и о выбрать оптимальные варианты расчетов.

И возможно, я неправильно подсчитываю количество мутаций.

Но Вы не ответили на мои вопросы.
Перетянет ли на себя гаплотипы массы близких родственников время предка, если считать это время совместно с их более отдаленными родственниками, но количество которых не велико, например 35:7? Или будет то же, что и при отношении 20:20


--------------------
Y - DNA-mater: N1с1* (Baltic line)

--------------------
Y-DNA: N1c (Karelian line)
mt-DNA: U4a
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 10.7.2008, 20:56
Сообщение #28


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>И возможно, я неправильно подсчитываю количество мутаций.

Ну это-то не беда. Это легко поправимо. Правила подсчета подробно описаны в моей публикации в последнем номере Вестника (как на английском, так и на русском языках).

>Перетянет ли на себя гаплотипы массы близких родственников время предка, если считать это время совместно с их более отдаленными предками, но количество которых не велико, например 35:7? Или будет то же, что и при отношении 20:20

В таком виде вопрос не имеет решения, потому что не определено, что такое "близкие родственники"?

Строго говоря, при научном составлении выборок тесты не проводят у родственников до третьего (иногда четверного) колена, и надо, чтобы люди жили на данной территории тоже не менее трех-четырех поколений. Если "близкие родственники" не ближе этого критерия, то все в порядке.

Надо просто держать в голове одно простое правило. Ищется не какой-то абстрактный "общий предок", а общий предок ЛЮДЕЙ, ЧЬИ ГАПЛОТИПЫ ПРЕДСТАВЛЕНЫ В ВЫБОРКЕ. Кто в выборке - того и общий предок. Поэтому если в выборке только близкие родственники - общий предок будет именно их.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 11.7.2008, 15:36
Сообщение #29


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Цитата(Yurgan @ 10.7.2008, 21:16) *
Перетянет ли на себя гаплотипы массы близких родственников время предка, если считать это время совместно с их более отдаленными родственниками, но количество которых не велико, например 35:7? Или будет то же, что и при отношении 20:20

Отвечу за Анатолия, как я понимаю его точку зрения smile.gif
Да, гаплотипы массы близких родственников могут перетянуть на себя время предка. Именно для проверки, что такого не произошло и надо проводить
Цитата(aklyosov @ 10.7.2008, 18:37) *
(1) счет скоростей по логарифмической формуле, без подсчета мутаций; (2) сравнение логарифмического результата с мутационным для выяснения "чистоты" выборки;


Ведь, "гаплотипы массы близких родственников" будут иметь больше базовых (т.е. одинаковых) гаплотипов и счет по логарифмической формуле по всей выборке даст другой результат, чем подсчет возраста предка по количеству мутаций в выборке.
В случае если выборка равномерна, то счет по обеим формулам даст близкий результат.

aklyosov, поправьте меня, пожалуйста, если неправильно понимаю Вашу точку зрения.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VovaN
сообщение 11.7.2008, 17:06
Сообщение #30


Новичок
*

Группа: N
Сообщений: 44
Регистрация: 4.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 523



Уважаемый Yurgan,
Надо найти метод правильно разделять ветви и находить их предковые гаплотипы. Иначе постоянно будут возникать перекосы в подсчете возраста выборки.


--------------------
Y-DNA: N1c1* (M178+, P105+, Tat+/ P21-, P67-, P119-)
mt-DNA: U4
CCR5: normal, normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Clavis
сообщение 11.7.2008, 17:41
Сообщение #31


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



Цитата(aklyosov @ 8.7.2008, 19:20) *
Уже ясно, что 6- и 12-маркерные средние скорости менять нельзя, они уже жестко завязаны на скорости индивидуальных маркеров.

Совершенно согласен, я лишь пытаюсь эти скорости разобрать на составляющие. Способ первый. Дисперсия для каждого маркера пропорциональна скорости мутации. Но выборка по каждой гаплогруппе искажена демографическими взрывами и бутылочными горлышками, ранними мутациями и прочими факторами, омрачающими математически стройную модель. Я взял 17 гаплогрупп (и больших субкладов) и посчитал дисперсию в каждой, а потом усреднил. Это левая диаграмма. В ее основе 66454 гаплотипа (реально много меньше, потому что многие одновременно принадлежат двум- трем гаплогруппам - матрешкам: R1-R1b-R1b1 и поэтому сосчитаны два-три раза)
Другой путь - взять все гаплогруппы (ведь все они восходят к Адаму, то есть это одна супер-гаплогруппа) и посчитать дисперсии маркеров. В обоих случаях база FTDNA, в последнем случае все 33416 гаплотипов.Правая диаграмма.



--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 11.7.2008, 22:51
Сообщение #32


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Хотелось бы соотношение скоростей цифрами smile.gif

Давайте сверимся.

Мои соотношения (обратно пропорциональны скоростям; посчитаны по количеству мутаций в сети Network по 10 гаплогруппам и большим субкладам):
10 6 7 9 6 4 107 14 5 7 21 4

Скорости Чандлера:
0,00076 0,00311 0,00151 0,00265 0,00226 0,00226 0,00009 0,00022 0,00477 0,00186 0,00052 0,00242


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Clavis
сообщение 12.7.2008, 3:31
Сообщение #33


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



Цитата(wertner @ 12.7.2008, 2:51) *
Хотелось бы соотношение скоростей цифрами smile.gif

Давайте сверимся.



Скорости Чандлера:
0,00076 0,00311 0,00151 0,00265 0,00226 0,00226 0,00009 0,00022 0,00477 0,00186 0,00052 0,00242

Мои скорости, как на правой диаграмме, то есть по мировому древу, средняя скорость по Клесову (здесь 389/2 -длинная- а не 389/II -короткая; полагаю, у Вас также)
0,00072
0,00198
0,00124
0,00074
0,00556
0,00410
0,00053
0,00231
0,00149
0,00081
0,00240
0,00211
Ваши скорости в нижней строке (я привел их в сопоставимый вид: от обратной скорости перешел к прямой и привел среднюю скорость по Клесову):


0,00145 0,00241 0,00207 0,00161 0,00241 0,00362 0,00014 0,00103 0,00289 0,00207 0,00069 0,00362















--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Clavis
сообщение 12.7.2008, 3:42
Сообщение #34


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



наконец, если у меня 389/2 = 0,00211 то 389/II =0,00119

теперь скорости по 46000 примерно гаплотипам YSearch
0,00072 0,00203 0,00122 0,00074 0,00537 0,00414 0,00053 0,00234 0,00144 0,00088 0,00237 0,00222


--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 12.7.2008, 5:09
Сообщение #35


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Я не очень понял, о чем дискуссия. Дело в том, что при суммировании десятков тысяч мутаций по всем ("чохом") гаплотипам YSearch заведомо получатся неверные скорости мутаций индивидуальных маркеров. А причина все та же, которая преследует ДНК-генеалогию уже больше 10 лет: смешиваются старые и молодые предки. От молодых общих предков мутаций пока немного, их гаплотипы похожи друг на друга. От старых предков мутаций много. Когда берутся все эти десятки тысяч гаплотипов и суммируются, получается средняя температура по больнице.

Поэтому просто показывать эти таблички друг другу не имеет большого смысла. Их нужно проверять. А именно, взять тех же Мак-Доналдов, 68 гаплотипов (сейчас, наверное, уже больше) и по 12, 25, 37 и 67 маркерным гаплотипам показать, по всем этим индивидуальным скоростям, сколько поколений от общего предка. Если по всем 12-, 25, 37- и 67-маркерным гаплотипам получится именно 26 поколений до предка, тогда дело сделано. Без этого - можно обсуждать до скончания века.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 12.7.2008, 13:44
Сообщение #36


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Я немного откорректировал скорости, чтобы по формуле P12 = 1 - (1-p1)*(1-p2)*...*(1-p12) получалось 0.024 (чтобы использовать формулу сложения вероятностей, а не арифметическое сложение). Такую корректировку я провел для Ваших и своих скоростей. Кроме того, перевел наши с Вами скорости 389-2 в скорость 389ii по формуле p12'=1-(1-p12)/(1-p10).

Итого получилось (Chandler, Clavis-YSearch, Clavis-мировое древо, werner):
0,00076 0,00311 0,00151 0,00265 0,00226 0,00226 0,00009 0,00022 0,00477 0,00186 0,00052 0,00242
0,00073 0,00205 0,00123 0,00075 0,00543 0,00418 0,00054 0,00236 0,00146 0,00089 0,00240 0,00135
0,00073 0,00200 0,00125 0,00075 0,00562 0,00415 0,00054 0,00234 0,00151 0,00082 0,00243 0,00131
0,00146 0,00244 0,00209 0,00163 0,00244 0,00366 0,00014 0,00104 0,00293 0,00209 0,00070 0,00157

Цитата(aklyosov)
Дело в том, что при суммировании десятков тысяч мутаций по всем ("чохом") гаплотипам YSearch заведомо получатся неверные скорости мутаций индивидуальных маркеров. А причина все та же, которая преследует ДНК-генеалогию уже больше 10 лет: смешиваются старые и молодые предки. От молодых общих предков мутаций пока немного, их гаплотипы похожи друг на друга. От старых предков мутаций много. Когда берутся все эти десятки тысяч гаплотипов и суммируются, получается средняя температура по больнице.

Я как раз разделяю предков.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Clavis
сообщение 12.7.2008, 23:17
Сообщение #37


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



Цитата(aklyosov @ 12.7.2008, 10:09) *
Я не очень понял, о чем дискуссия. Дело в том, что при суммировании десятков тысяч мутаций по всем ("чохом") гаплотипам YSearch заведомо получатся неверные скорости мутаций индивидуальных маркеров. А причина все та же, которая преследует ДНК-генеалогию уже больше 10 лет: смешиваются старые и молодые предки. От молодых общих предков мутаций пока немного, их гаплотипы похожи друг на друга. От старых предков мутаций много. Когда берутся все эти десятки тысяч гаплотипов и суммируются, получается средняя температура по больнице...

Анатолий Алексеевич, так абсолютную скорость я и не пытаюсь найти - Вы это сделали за меня. Я ищу соотношение скоростей. Конечно, в каждой гаплогруппе найдутся маркеры, которые "ускорились" от демографического взрыва молодого рода (если у основателя молодого рода аллель - из облака мутаций, дисперсия в гаплогруппе подскочит), и маркеры, которые "замедлились", потому что у основателя молодого рода в этом маркере была та же аллель, что и у основателя гаплогруппы, и дисперсия окажется занижена. По этой причине в каждой отдельно взятой гаплогруппе соотношение "кажущихся" скоростей получается индивидуальным, отличным от других гаплогрупп. Когда объединяем много гаплогрупп вместе (лучше, если все), то этот разнобой в значительной степени компенсируется. Это тот же эффект объединения, который Вы используете, объединяя мутации в 6, 12, 25 и т.д. маркерах: плюсовые и минусовые ошибки взаимоуничтожаются, как демоны в эпоху Ивана Васильевича, менявшего профессию.
Не идеально, согласен. Остается утешаться: на безрыбье и рак – рыба, за неимением гербовой пишем на простой…


--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 13.7.2008, 6:04
Сообщение #38


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Кроме того, перевел наши с Вами скорости 389-2 в скорость 389ii

А смысл?

Меня, признаться, удивляет озабоченность многих людей тем, что надо для расчетов применять именно 389b, а не 389-2. Просто непременно, а то получится неправильно.

Я обычно спрашиваю - а вы-то сами сравнивали? Желательно на многих примерах. Но хотя бы на одном - сравнивали? Ну, и какая ошибка получается?

Ответ ВСЕГДА такой - нет, не сравнивал. Но так вроде считается. Все говорят.

Цирк.

Один сегодня мне шесть писем подряд написал по этому поводу. Очень озабоченный этим маркером. Очень переживал, что я 389-2 использую. Я ему пять раз отвечал, что я калибровал именно под 389-2. Что скорости мутаций, те самые 0.024, 0.046, 0.09, 0.145 - они все для DYS389-2. Что мутации все равно суммируются. Что это не имеет совершенно никакого значения, какой маркер использовать, если калибруется.

А он все пишет и переживает.

Плюнул я и посчитал для него на большой выборке гаплотипов двумя способами. Оказалось, что отклонение в числе поколений до общего предка 0.4% и 0.7%, для двух выборок.

Он мне написал, благодарил, что, наконец, понял, что разница в самом деле невелика.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 13.7.2008, 6:19
Сообщение #39


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>Итого получилось (Chandler, Clavis-YSearch, Clavis-мировое древо, werner):
0,00076 0,00311 0,00151 0,00265 0,00226 0,00226 0,00009 0,00022 0,00477 0,00186 0,00052 0,00242
0,00073 0,00205 0,00123 0,00075 0,00543 0,00418 0,00054 0,00236 0,00146 0,00089 0,00240 0,00135
0,00073 0,00200 0,00125 0,00075 0,00562 0,00415 0,00054 0,00234 0,00151 0,00082 0,00243 0,00131
0,00146 0,00244 0,00209 0,00163 0,00244 0,00366 0,00014 0,00104 0,00293 0,00209 0,00070 0,00157

Уважаемый Wertner, мою точку зрения Вы на это знаете. Все эти цифры не стоят той виртуальной бумаги, на которой написаны, без глубокого доказательства на многих примерах, что они (а) достоверны, и (б) лучше, чем у других, опубликованных.

А показать и доказать (а) и (б) - это гигантская работа. И стоит подумать - а нужно ли ее проводить, когда она и так проводится десятками людей, которых уже ничем не удивить по части этих величин. Много людей определяют эти величины напрямую, в тысячах пар отец-сын, по разным гаплогруппам. Вы хотите их чему-то научить?

Почему не взять цифры того же Чандлера, или Мак-Доналдов, и не показать на многих примерах, на калибровках, какие исправления надо внести? Только показать предметно, на примерах. Зачем изобретать велосипед, да еще без детального сравнения с уже известным?

Дело, конечно, Ваше, но Вы уверены, что это и есть самое приоритетное направление, на которое стоит положить жизнь? Особенно когда этим занимаются те самые десятки людей?

Я буду раз оказаться неправ, и что Вы станете мировой знаменитостью в отношении определения скоростей мутаций индивидуальных маркеров. Буду искренне рад. Главное, чтобы Вы в это верили.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Clavis
сообщение 13.7.2008, 7:47
Сообщение #40


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



Цитата(aklyosov @ 13.7.2008, 11:04) *
>Кроме того, перевел наши с Вами скорости 389-2 в скорость 389ii

А смысл?
Меня, признаться, удивляет озабоченность многих людей тем, что надо для расчетов применять именно 389b, а не 389-2. Просто непременно, а то получится неправильно.

Кого-кого, а меня это так сильно не заботит. Единственно, надо заранее предупреждать, какой из вариантов использован, а то получается: один меряет расстояние от торца линейки, а другой от цифры 0 немного правее и говорят: у нас немного не сходится.
/
Цитата(aklyosov @ 13.7.2008, 11:04) *
Плюнул я и посчитал для него на большой выборке гаплотипов двумя способами. Оказалось, что отклонение в числе поколений до общего предка 0.4% и 0.7%, для двух выборок.

Простите за любопытство, в одном случае использована средняя скорость 0,002 мутаций/поколение/маркер=0,024мутаций/поколение/панель, а в другом?


--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

30 страниц V  < 1 2 3 4 > » 
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 17.7.2019, 16:40
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU