Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



7 страниц V   1 2 3 > »   
Ответить в данную темуНачать новую тему
> "Коэфициент Животовского"
tau
сообщение 3.10.2008, 6:39
Сообщение #1


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 50
Регистрация: 19.9.2008
Пользователь №: 796



aklyosov "Так что совет - вглядывайтесь в гаплотипы, с которыми работаете".

Вы такой наивный - вы что этого не делали раньше?


Karzhavin "Уважаемый Tau, а в чем, собственно говоря, Вы видите ошибки в методике и в результатах расчетов интенсивности мутаций, которые получены А.Клесовым?"

Не вижу ошибок. Эта методология (заложенная в 1997 году с работы Heyer et al.) просто не годится для каких-либо экстраполяций в прошлое - она годится только для работы с генеалогическими данными. Что касается расчета эволюционных скоростей и возраста кластеров, а не пробовали ли вы учесть эффект дрейфа генов в своих расчетах, как это делали умные люди - см., например, статью

http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/23/12/2268



Down "А вот скорости Животовского - загадка. Первоисточник не нашел. Ведь вроде бы видный популяционный генетик... Очень интересно и хотелось бы понять его логику, метод оценки и данные, на которых он основывался. И критику оппонентов, естественно. В целом то я представляю, что для больших времен всё очень не просто."

Об этом здесь писано так много, что повторяться не буду. Изучайте классиков, так сказать - Животовского с Фелдманом имею в виду.






--------------------
E-V13
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Karzhavin
сообщение 3.10.2008, 15:32
Сообщение #2


Знаток
****

Группа: Почётные
Сообщений: 890
Регистрация: 13.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 570



Цитата(tau @ 3.10.2008, 6:39) *
Что касается расчета эволюционных скоростей и возраста кластеров, а не пробовали ли вы учесть эффект дрейфа генов в своих расчетах, как это делали умные люди - см., например, статью http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/23/12/2268 Down " ... Изучайте классиков, так сказать - Животовского с Фелдманом имею в виду.


1. По поводу статьи. Честно говоря, не люблю статей "без формул, но с картинками", особенно если они касаются обработки статистических данных.
2. По поводу учета дрейфа генов и пр. Для решения КОНКРЕТНОЙ задачи по совокупности гаплотипов оценить прошедшее от первопредка количество мутаций была СПЕЦИАЛЬНО создана мат. модель, которая представляет собой СТАТИСТИЧЕСКУЮ АППРОКСИМАЦИЮ, совокупно учитывающую ВСЕ факторы, которые влияют на поведение количества повторов в маркерах. Эта модель решает ТОЛЬКО ВЫШЕУКАЗАННУЮ задачу, и никаких иных. Модель ПРОВЕРЕНА НА АДЕКВАТНОСТЬ по как минимум пяти наборам галотипов объемом от 3-х до 8-ми тысяч в каждой группе. В статистике есть такие "хитрые" приемы, когда аппроксимация строится по совершенно иным законам, чем сами аппроксимируемые физические процессы. Типичный пример такой статистической аппроксимации - изменение температуры газа от давления, объема и пр., хотя на молекулярном уровне понятия температуры нет, а есть распределение величины импульса молекул газа, длина свободного пробега и пр. Кстати, и само понятие распределения - это такая же математическая аппроксимация нашей невозможности в формулах учесть положение и импульсы всех частиц. В ДАННОЙ КОНКРЕТНОЙ задаче можно было и не строить имитацию физических процессов, влияющих на мутации в маркерах. Замечу, что конкретная методология моделирования всегда выбирается ИСХОДЯ ИЗ ЗАДАЧИ, которую нужно решить. В общем, статистика и ее использование - достаточно обширная да и тяжелая область знания, а методологии статистического моделирования посвящено очень много серьезных работ.
3. По поводу классиков. Правильно, классиков надо изучать! Рекомендую, например, следующих гениев статистики: Кендалл, Стюарт, Кокс, Феллер, Андерсен, Ван-дер-Варден, Вальд. Из наших: Прохоров, Козлов, Гнеденко, Пугачев, Михайлов, Ефремов. Предлагаемые же Вами классики в статистике таковыми НЕ ЯВЛЯЮТСЯ (как и Ваш покорный слуга, конечно, который с благоговением изучает классиков и пытается использовать их достижения).
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 3.10.2008, 15:45
Сообщение #3


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Как я понимаю, любезный tau, это все, что вы смогли рассказать о вашем понимании "коэфициента Животовского". Ваша последняя ремарка была, естественно, наиболее информативной. Что-то я там говорил о вашей косноязычности...

Если все, то так и скажите. Тогда я повернусь к уважаемому DownShifter, разведу руками, и скажу - "ну, я же говорил...".


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
tau
сообщение 4.10.2008, 10:52
Сообщение #4


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 50
Регистрация: 19.9.2008
Пользователь №: 796



Karzhavin’у
Что касается эволюционной скорости, то она получается из генеалогической скорости (рассчитанной из генеалогических данных: пары отец-сын и реже по родословным), но при этом учитываются факторы популяционной динамики - главные из них, мутации, дрейф и миграции. Очевидно, что гаплотипы (Y-хромосомы в данном случае) появляются и исчезают. Появление в определенной популяции новых гаплотипов (в пределах, допустим, группы R1a) происходит (1) за счет мутаций, идущих с определенной генеалогической скоростью, и (2) за счет притока R1a-гаплотипов из соседних популяций. Утрата гаплотипов в популяции происходит (1) из-за случайных процессов, в том числе из-за отсутствия мужских потомков, и (2) за счет оттока в соседние популяции. Учет этих факторов приводит к появлению так называемой эволюционной мутационной скорости, которая, очевидно, ниже, чем генеалогическая скорость в чистом виде. Вопрос Karzhavin’у: учитываете ли вы хоть что-либо из факторов популяционной динамики в своих расчетах?

Беда в том, что некоторые используют генеалогическую скорость во всех случаях жизни, хотя она по логике не предназначена для расчета каких-то древних событий. Я думаю, что любая, допустим, R1a-выборка из представителей различных этнических групп должна обсчитываться с помощью эволюционной скорости. Другой вариант (который я уже давно здесь предлагал аклесову) – использовать и генеалогическую, и эволюционную скорость, показав, тем самым, абсурдность одной из них.


--------------------
E-V13
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 4.10.2008, 14:27
Сообщение #5


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Первая часть сообщения tau выше - это общие и очевидные рассуждения, типа "веревка - вервие простое". Они не имеют количественной силы, и никак не относятся к вопросу о скоростях мутаций и их калибровке.

Расчет скоростей мутаций на эти ля-ля не обращает внимание. Кто с балкона упал, кто под машину попал, на кого мамонт наступил. На самом деле нужны четкие и определенные модели и критерии.

И они даются простым критерием - либо выборка гаплотипов описывает одну генеалогическую линию, или несколько генеалогических линий, в данной выборке между собой не связанных. То, что мы здесь называем "огрызки" генеалогических линий.

И вот здесь - ответ на вопрос, который мы здесь от tau добивались полтора года: как различить, когда рассматривать "генеалогическую" ситуацию, и когда "популяционную"? Где четкий критерий? Иначе говоря, когда применять "генеалогические скорости мутаций", и когда - "популяционные"? Еще проще - когда использовать скорость мутации 0.002 (или вокруг), и когда - 0.00069? И есть ли промежуточные варанты? Что, всегда такой резкий скачок между ними? Так не бывает.

И НИКОГДА "специалист в популяционной генетике" tau не дал ответа - ни вразумительного, и вообще никакого. Ответа не дал и его учитель Л. Животовский. Это и породило отвержение "коэффициента Животовского" понимающими и знающими людьми. Применяют его, к сожалению, только то, кто не имеет понятия в динамике мутационных процессов (да и вообще в кинетике процессов). Вред этим "коэффициентом Животовского" принесен в ДНК-генеалогии огромный. Фактически дискредитированы большинство расчетов в публикациях в интервале 2004-2008 года. Типичный вопрос специалистов - "а как считали? По Животовскому? Тогда можете расчеты выкинуть".

И это именно потому, что никаких критериев не было дано, когда применять "генеалогические", и когда "эволюционные". В этом - фундаментальная некорректность подхода Л. Животовского. Еще одна некорректность - это то, что для расчета коэффициента была применена предельно формализированная, абстрактная модель, основанная на 50 тысяч гаплогрупп (!!) с мутациями по всему миру (!!). То есть это - предельно сглаженный, абстрактный, максимально утрированный случай. Типа средней температуре ао больнице.

Реальные же ситуации ВСЕ разные. У кого дрейф больше, у кого меньше, у кого прошло всего 2 тысячи лет, у кого 5 тысяч, у кого 15 тысяч, а у кого и 70 тысяч лет от общего предка. Вклад возвратных мутаций в каждом случае совершенно разный. А Л. Животовский говорит - да ладно, берите в каждом случае скорость в три раза меньшую, авось и угадаете.

Как я уже писал раньше, этот метод "годится" в популяционной биологии "классической", для зайчиков, белочек, зябликов. Там не важно, плюс-минус три раза, кого это волнует. Там вообще порой берут по пять-шесть особей в птичьей (например) популяции (могу привести ссылки), так что там сойдет. Зябликам их генеалогия до фонаря. А для ДНК-генеалогии применять "коэффициент Животовского" - это профанация.

Это была первая часть моего комментария. Скоро будет вторая.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 4.10.2008, 15:23
Сообщение #6


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Часть вторая.

Итак, человек неграмотный, типа tau, или некорректный, типа его учителя и последователей, не имеют критериев, как различить выборки "генеалогические", к которым нужно применять скорость мутации 0.002 мутаций на маркер на поколение (или подобную, полученную калибровкой и расчетами), и "популяционные", к которым, как tau уверен, надо и любую R1a1 выборку относить. Но он, как человек неграмотный, не задается вопросом, почему к R1a1 МакДоналдам (на 650 лет до общего предка) 0.002 (точнее, 0.0018) подходит, а к другим R1a1 надо непременно применять 0.00069. Просто так завещал учитель, а думать самому уже не надо.

То есть критериев у этих "популяционных биологов" нет. Отсюда, как правило, абсурдно отдаленные общие предки выборок.

Но почему "как правило"? А потому, что иногда можно попасть в правильные цифры. Например, для предка 60 тысяч лет назад. В этом случае из-за вклада возвратных мутаций "кажущаяся" скорость мутаций равна действительно 0.00069. Но для 50 тысяч лет назад она уже равна 0.00078, а для 70 тысяч лет назад - 0.00066. Поэтому 0.00069 сысла не имеет, она - для одной точки на хронологической шкале.

Теперь рассмотрим, как поступает человек грамотный, оперирующий современными понятиями ДНК-генеалогии.

У грамотного человека есть два (как минимум) подхода, как различить "генеалогическую" выборку, у которой есть один общий предок (в рамках понятий ДНК-генеалогии), и как - выборку "с дрифтом", состоящую "из огрызков", у которой - несколько общих предков, рассеянных во времени.

Один подход - это сравнить время до общего предка, полученное по числу базовых гаплотипов в выборке, и отдельно - полученное по числу мутаций в выборке. Первый вариант - n = ln(N/b)/k, где N - общее число гаплотипов в выборке, b - число базовых (идентичных друг другу и с максимальным количеством) гаплотипов в выборке, k - "генеалогическая" скорость мутации (0.002 или другая рассчитанная или калиброванная), n - число поколений до общего предка. Второй вариант - n = M/Nk, где М - общее число мутаций (от базового гаплотипа) в выборке, остальные индексы те же. Если оба n совпадут, выборка "генеалогическая", если не совпадут - выборка не "генеалогическая", надо строить дерево гаплотипов и отделять ветви друг от друга, и для каждой вести отдельный счет. Но ни в коем случае не применять "коэффициент Животовского", потому что нет никаких оснований полагать, что общий предок - непременно 60 тысяч лет назад.

Если базовых гаплотипов в выборке нет, хотя бы трех-четырех, то надо строить дерево гаплотипов и смотреть на ветви. Дальше - то же самое.

Вот как делает человек грамотный. А не тупо применять "скорость Животовского" в любом случае.

Далее, если есть разные ветви (или их "огрызки"), то для каждой из них находится базовый гаплотип, и анализируется число мутационных различий между ними. И по разнице мутаций находится возраст до ИХ, этих ветвей, общего предка. И вот ТОТ общий предок, может оказаться 60 тысяч лет назад. Не для R1a1 и не для R1b, конечно. А может оказаться 10 тысяч лет назад. А может - 16 тысяч лет назад. А может - 75 тысяч лет назад.

То есть нужно делать грамотный, осмысленный анализ мутаций. А не тупо считать мутации и тупо делить на "скорость Животовского", получая абсурдные цифры.

А плохо понимающий tau пишет:

>Беда в том, что некоторые используют генеалогическую скорость во всех случаях жизни, хотя она по логике не предназначена для расчета каких-то древних событий.

"Некоторые", может, и делают. Некоторые и ложку в ухо несут. Что на них смотреть? Грамотные люди так не делают, а считают, как описано выше. Есть и пара других "вариационных" способов счета, есть и подход, основанный на "вариации вариаций". Но ни один не использует "скорости Животовского", грамотная научная общественность их уже отвергла. Все используют "генеалогические", но в правильном контексте, исходя из системы, из структуры выборок, внося конкретные поправки. А не тупо использую одну и ту же "скорость Животовского" на все случаи "популяционных" вариантов.

>Я думаю, что любая, допустим, R1a-выборка из представителей различных этнических групп должна обсчитываться с помощью эволюционной скорости.

Угу.

>Другой вариант (который я уже давно здесь предлагал) – использовать и генеалогическую, и эволюционную скорость, показав, тем самым, абсурдность одной из них.

Сто раз уже это делали. И абсурдной ВСЕГДА была "скорость Животовского". За исключением событий 50-70 тысяч лет назад. Поэтому, например, для расчета общего предка сводной гаплогруппы С-R она подойдет, даст примерно 60 тысяч лет назад. Правда, с гигантской ошибкой, типа 60+/-50 тысяч лет, если статистически обработать.

А более детально принципиальные ошибки подхода к "скорости Животовского" разобраны в июле этого года в

http://dienekes.blogspot.com/2008/07/how-y...es-comment.html

Чуть раньше, в июне, я их разбирал в первом выпуска нашего Вестника, правда, не столь подробно.

Вопрос это пора давно закрыть, но "скорости Животовского" еще долго будут наносить вред, и сбивать новичков с толку. Наверное, есть смысл вынести это в отдельную тему.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 4.10.2008, 15:28
Сообщение #7


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Послесловие.

После этой (очередной) плюхи вам, tau, есть прямой смысл умерить гонор, изменить тон, перестать капать здесь ядом, и постараться стать полезным членом сообщества. Ваши знания, естественно, ограничены, но это относится и ко всем нам. Поэтому какой-то толк из вас может быть. Постарайтесь. Понимаю, что гонор вам преодолеть трудно, но надо.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Karzhavin
сообщение 4.10.2008, 17:44
Сообщение #8


Знаток
****

Группа: Почётные
Сообщений: 890
Регистрация: 13.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 570



Цитата(tau @ 4.10.2008, 10:52) *
Karzhavin'у учитываете ли вы хоть что-либо из факторов популяционной динамики в своих расчетах?

Уважаемый tau, думается, Aklyosov дал только что развернутые ответы по многим Вашим вопросам, в частности, и на этот поседний вопрос в мой адрес. Как я понял, к сожалению Вы НЕ ЧИТАЛИ, того, что опубликовано в последнем номере Вестника, а также невнимательно прочитали мой предыдущий пост, посвященный отдельным аспектам методологии статистического моделирования применительно к СУГУБО КОНКРЕТНОЙ задаче оценки количества осуществившихся мутаций со времени первопредка по наблюдению выборки гаплотипов его потомков. Чтобы ответить на Ваши последние вопросы, мне надо будет процитировать обширные куски из моей статьи и мой предыдущий пост в Ваш адрес повторить практически полностью.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Yurgan
сообщение 4.10.2008, 19:14
Сообщение #9


Эксперт
*****

Группа: N
Сообщений: 1167
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 529



Цитата(Karzhavin @ 4.10.2008, 20:44) *
Уважаемый tau, думается, Aklyosov дал только что развернутые ответы по многим Вашим вопросам, в частности, и на этот поседний вопрос в мой адрес. Как я понял, к сожалению Вы НЕ ЧИТАЛИ, того, что опубликовано в последнем номере Вестника, а также невнимательно прочитали мой предыдущий пост, посвященный отдельным аспектам методологии статистического моделирования применительно к СУГУБО КОНКРЕТНОЙ задаче оценки количества осуществившихся мутаций со времени первопредка по наблюдению выборки гаплотипов его потомков. Чтобы ответить на Ваши последние вопросы, мне надо будет процитировать обширные куски из моей статьи и мой предыдущий пост в Ваш адрес повторить практически полностью.

Уважаемый tau говорит о каких то древних исторических событиях к которым эволюционная скорость применима. Хоть бы попробовал эти события обозначить . У меня уже накопилось достаточно исторических событий, на которых работает именно скорость Клесова по разным группам, которая проверется археологией и глоттохронологией. Думаю, краткая статья на эту тему будет скоро.


--------------------
Y - DNA-mater: N1с1* (Baltic line)

--------------------
Y-DNA: N1c (Karelian line)
mt-DNA: U4a
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Clavis
сообщение 4.10.2008, 21:12
Сообщение #10


Активист
***

Группа: G
Сообщений: 482
Регистрация: 4.7.2008
Из: город Норильск
Пользователь №: 521



Я уже дважды разбирался на этом форуме с "эволюционной скоростью мутаций", первый раз в самом начале его существования. Но с тех пор появились новые участники, поэтому не грех повториться.
Во-первых, что побудило Льва Анатольевича отойти от экспериментально измеренной генеалогической скорости и изобретать некую новую скорость?
Тау отвечает: генетический дрейф.
Но генетический дрейф, то есть обрыв генеалогических линий с утратой их оригинального содержания, происходит в любом родословном древе, и в древе МакДональдов этот обрыв случался множество раз, всякий раз когда у отца нет сыновей. А на скорости мутаций это ничуть не отразилось.
Поэтому я возражу Тау: не всякий дрейф, а самый его экстремальный случай, когда в популяции остается один мужчина (один самец в случае зябликов) и с точки зрения генеалогии древо начинается заново, с этого уцелевшего Ноя, и расчет времени предка упирается в это бутылочное горлышко, а Льва Анатольевича это не устраивает, ему надо чтоб в результате расчета получилось время основания той самой вымороченной популяции.
В каком случае это применимо? Для миллиардной Индии? нет. Для миллионной Эстонии? нет.
Можно придумать пример, когда это работает. Допустим, на крохотном атолле в океане 6000 лет назад поселились люди. 2000 лет назад по атоллу прошелся цунами, уцелел один мужчина и трое женщин. Маленькая колония снова стала размножаться. ДНК-генеалогия со своей скоростью мутаций говорит, что она зародилась 2000 лет назад, но раскопки показывают что 6000, и тут приходит Л.А.Животовский с 0.00069 и говорит: вот видите, только моя скорость тут и пригодна.
А почему именно три?
Наверное, кроме абстрактного расчета с десятками тысяч гаплотипов у Л.А. была кучка этих коэффициентов для разных случаев с атоллами и зябликами, скажем, от 1.5 до 12.0, и он нашел среднее арифметическое (геометрическое, гармоническое), а может просто потому, что Бог любит троицу, основание натуральных логарифмов и число "пи" blink.gif
В принципе он мог взять любой сократительный коэффициент и где-то попасть в "яблочко", ведь часы, которые стоят, тоже два раза в сутки показывают точное время.


--------------------
Kit Number is 124854
Y+mito_search RK448
ydna.ru ID 3b276d
Y-ДНК: G2a3b1 (без SNP, по аналогам)
mito -ДНК: HV9 (ранее известная как HV3a)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 4.10.2008, 21:37
Сообщение #11


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Уважаемый Clavis, а ведь Вы, по-моему, первым, наконец-то, разрешили никем не разгаданную загадку скорости Ж.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 4.10.2008, 21:57
Сообщение #12


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Цитата(aklyosov @ 4.10.2008, 15:27) *
Применяют его, к сожалению, только то, кто не имеет понятия в динамике мутационных процессов (да и вообще в кинетике процессов). Вред этим "коэффициентом Животовского" принесен в ДНК-генеалогии огромный. Фактически дискредитированы большинство расчетов в публикациях в интервале 2004-2008 года. Типичный вопрос специалистов - "а как считали? По Животовскому? Тогда можете расчеты выкинуть".
К моему глубокому сожалению до сих пор этот коэффициент применяют работники Лаборатории эволюционной генетики ГУ НИИ медицинской генетики ТНЦ СО РАМН. Прекрасные исследования генофонда России, но выводы, практически, по каждой работе по Y-DNA, как Вы верно выразились, дискредитированы.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 5.10.2008, 0:34
Сообщение #13


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Вот это самое обидное - прекрасные работы в отношении сбора первичной информации, люди мотаются по стойбищам, аулам и кишлакам, собирают данные, порой с риском для здоровья и для жизни, а потом применяют совершенно гнилой коэфициент - и вся работа псу под хвост.

Мы уже сколько раз разбирали данные по сибирским народам. Все они представлены, как я помню, недавними генеалогическими линиями, порядка 800-1000-1200 лет назад. Это само по себе - кладезь информации. Но для "популяционной генетики" это не кладезь, это для них интереса не представляет. Они берут данные чохом, тупо применяют "коэффициент Животовского" и объявляют - восемь тысяч лет плюс-минус пять тысяч.

Что сие означает? А хрен его знает. Кому это нужно? Ответ тот же самый. Какую это имеет ценность? Да никакую. Опубликовать статью с этими бессмысленными выводами.

Самое возмутительное то, что давно обсуждается бессмысленность этого "коэффициента Животовского". Но сам Животовский никакой реакции не проявляет. Никакого ответа на критику. Я написал ему письмо - как в колодец бросил, никакого ответа.

Похоже, его это не интересует. Статью опубликовал в компании с большими именами - и это самое главное. Или боится, что Андерхиллу и Фельдману придется объяснять, как он их подставил, а они не глядя статью подмахнули.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 6.10.2008, 0:54
Сообщение #14


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Как это было уже много-много раз на этом форуме, после обстоятельно ответа по существу tau исчезает на месяц-другой, потом появляется как ни в чем ни бывало, и капая ядом обрушивается на что-нибудь совершенно другое. Про обстоятельный ответ он уже не вспоминает.

Вот такая традиционная "академическая" школа. А точнее, его нутряная сущность.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Centurion_*
сообщение 6.10.2008, 10:21
Сообщение #15





Гости






Цитата
Я написал ему письмо - как в колодец бросил, никакого ответа.

Может он просто использует другой адрес эл. почты?

Уточните у Дениса - он с ним связывался.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
tau
сообщение 6.10.2008, 10:47
Сообщение #16


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 50
Регистрация: 19.9.2008
Пользователь №: 796



Интересный обмен мнениями. Насчет научных работников, применяющих "гнилой" (в определении aklyosov) коэффициент, должен сказать, что первичные данные - это основа всего, а скорости, коэффициенты, темпы и прочее - все это будет уточняться, и со временем, возможно, будут выработаны какие-то критерии и применены опять же к экспериментальным данным, полученнным все теми же учеными. Так что не надо ученых делать крайними.

Насчет дрейфа и прочих факторов советую все же подумать и самим что-то помоделировать. Что касается неграмотности, то aklyosov, как мне представляется, тоже отнюдь не само совершенство.

Идея Yurgan, который писал: "У меня уже накопилось достаточно исторических событий, на которых работает именно скорость Клесова по разным группам, которая проверется археологией и глоттохронологией. Думаю, краткая статья на эту тему будет скоро" - мне кажется самой оптимальной. Было бы очень интересно увидеть такую таблицу с датировками, полученными с помощью двух разных скоростей, и их комментариями.


--------------------
E-V13
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Karzhavin
сообщение 6.10.2008, 13:54
Сообщение #17


Знаток
****

Группа: Почётные
Сообщений: 890
Регистрация: 13.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 570



Цитата(tau @ 6.10.2008, 10:47) *
Насчет дрейфа и прочих факторов советую все же подумать и самим что-то помоделировать.

Уважаемый tau, Вы же знаете, что задачей любой модели является наиболее точная оценка или воспроизведение (для имитационных моделей) реальных данных ОПРЕДЕЛЕННОГО типа. В нашем случае реальными данными является совокупность гаплотипов (наборов целых неотицательных чисел, указывающих количество повторов специфических наборов нуклеотидов в маркерах нерекомбинирующей части Y-хромосомы) и БОЛЕЕ НИЧЕГО. Для других реальных данных нужна ДРУГАЯ модель. Правда, бывают случаи, когда отдельные блоки готовой модели могут служить кирпичиками иных моделей. Модель, предложенная Вашим покорным слугой, опирается ТОЛЬКО на набор гаплотипов. Если КАЖДОМУ гаплотипу будет всегда соответствовать дополнительная генетическая информация, и будет известно ее влияние на гаплотип (в виде аналитических соотношений вероятностного или иного типа), то тогда, конечно, будет иметь смысл уточнять модель в этом направлении. Пока же, исходя из реальных гаплотипов (и только их), модель имеет очень хороший уровень адекватности. Следовательно, главная задача модели - оценка среднего количества мутаций, прошедших со времени первопредка, используя при этом ТОЛЬКО набор гаплотипов потомков, выполняется с максимально возможной точностью (правильнее сказать, с максимально правдоподобной, поскольку получены максимально правдоподобные оценки).
Увязка же дополнительной генетической информации с гаплотипами, создание методов количественной оценки этого влияния - это задача генетиков, а не математиков. Именно после того, как эта задача будет генетиками решена, сразу же можно будет приступать и к корректировке моделей. Так что, ждем КОНКРЕТНЫХ результатов таких исследований (думается, что Вы точно смогли бы организовать такую работу, если уже не ведете ее).
Теперь по поводу коэффициентов, используемых Aklyosov`ым. Методология получения этих коэффициентов не вызывает никаких сомнений. Сомнения могут быть только в предположении эргодичности процесса мутаций, когда усреднение данных для оценки количества мутаций осуществляется не во времени, а "по реализациям", т.е., по парам "отец-сын". Но ведь очевидно, что проследить моменты возникновения мутаций во времени нужна, извините, машина времени, но пока ее нет, то надо было искать выход. Так вот, предположение о стационарности процесса мутаций и независимости его от расы, времени жизни, ареала обитания и пр., на отрезке в пару десятков тысяч лет вполне логично. Поэтому, на мой взгяд, решение оценивать темп мутаций по парам "отец-сын" просто гениальное решение по неожиданности и ПРОСТОТЕ вычисления (лично я всегда восхищаюсь такими неожиданными ходами мысли). Этот метод абсолютно "прозрачен" и результаты легко проверяемы, поэтому спорить тут просто не о чем. Можно говорить только об ограниченности статистики, и об определенном уточнении с ростом оной.
Предвижу возражения: ну как же, конечно темп мутаций зависит от того-сего. Так вот, в этом случае нужно указать в виде аналитических зависимостей эти самые влияния. В противном случае статистики просто выбрасывают неизвестные параметры из моделей (или делают их равномерно распределенными). Если же, паче чаяния, найдутся такие зависимости, то учесть их при окончательном вычислении времени до первопредка будет довольно просто, уж поверьте.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
tau
сообщение 6.10.2008, 15:06
Сообщение #18


Новичок
*

Группа:  Y - ???
Сообщений: 50
Регистрация: 19.9.2008
Пользователь №: 796



Действительно, больше всего вычислений скоростей было по парам отец-сын: например, Bianchi et al. (1998), Kayser et al. (2000), Kurihara et al. (2004), Dupuy et al. (2004), Ballard et al. (2005), Budowle et al. (2005), Gusmao et al. (2005), Hohoff et al. (2006), Lee et al. (2007), Domingues et al. (2007).  Намного меньше - по родословным: Heyer et al. (1997), Bonne-Tamir et al. (2003). См. ниже статью по расчетам в родословных: http://hmg.oxfordjournals.org/cgi/reprint/6/5/799
Во всех этих работах вычислялась генеалогическая скорость, применимая в судебной генетике. В других работах вычислялась эволюционная скорость (или эволюционный темп): 0.026% per 20 years (Forster et al., 2000), 0.069% per 25 years (Zhivotovsky et al., 2004), 0.027% per generation (Caglia et al., 1997).


--------------------
E-V13
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 6.10.2008, 16:16
Сообщение #19


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Karzhavin

Разумные соображения. Именно так и развивается наука - от простых моделей к более сложным, учитывающим больше факторов. Но каждый раз - обоснованно, с проработкой альтернативных вариантов.

Новички или просто не очень понимающие люди часто высказывают умозрительные соображения, полагая, что делают прорыв в науке, типа - а что если радиация влияет на скорость мутаций? А что если влияет диета, образ питания, и тогда скорости должны быть разными в разных частях мира?

На что специалисты отвечают здраво - а что, если это инопланетяне меняют скорости? А что, если извержения вулканов? А может, результаты последних выборов, и при демократах одни скорости мутаций, а при республиканцах - другие?

Надо же все-таки приводить данные в пользу той или иной гипотезы, а не просто сидеть на заборе и бросать идеи "от фонаря"?

Сейчас используемые скорости мутаций неплохо описывают временные закономерности изменений гаплотипов от первопредков, в интервале от нескольких столетий до 70 тысяч лет. Последняя величина была получена нами вместе с уважаемым Clavis'ом для гаплогруппы А после построения их дерева гаплотипов, которое оказалось состоящим из семи ветвей. Некоторые ветви отличались друг от друга на 18 мутаций на 12-маркерных гаплотипах (!), то есть их предки расходились на 60 тысяч лет. Вот это и есть осмысленный анализ гаплотипов, их структуры и мутаций, с выделением отдельных и конкретных генеалогических линий, и сопоставлений их друг с другом, и нахождение времен их дивергенции. А не простое и тупое применение "эволюционной скорости". Нет такой "скорости" в природе, это суперпозиция многих факторов, каждый раз разных и имеющих разный вклад.

Эти "эволюционные скорости" - каменный век ДНК-генеалогии. И это ирония, когда представитель этого каменного века приходит сюда, и учит нас жить, вместо того, чтобы учиться самому.

Еще соображение, основанное на: "Действительно, больше всего вычислений скоростей было по парам отец-сын: например, Bianchi et al. (1998), Kayser et al. (2000)..."

Это - тоже каменный век ДНК-генеалогии. Никто уже по этим парам не вычисляет, поскольку по ним скорости мутаций получаются с огромной ошибкой. И не мудрено - для тысяч пар отец-сын всего несколько мутаций, плюс-минус километр. Эти пары сыграли свою важную роль, показав, какой порядок величин скоростей, и что они в целом соответствуют скоростям и на тысячелетия вглубь, плюс поправки на возвратные мутации. Еще эти пары показали, какова примерная вероятность двойных и тройных мутационных шагов. Так что польза огромная была и есть. Но считать на основании этих данных уже бессмысленно.
Естественно, работа по скоростям мутаций не завершена. Не полностью понята роль субкладов в расчетах, не очень понятно, как их учитывать. Не очень ясна реальная роль "быстрых" и/или "сцепленных" маркеров. Но это уже уточнение общей картины. И опять, в этом отношении продолжать тупо применять "эволюционные коэффициенты Животовского" - это каменные век, и это заблуждение. Это - фактически вред от безграмотности, о чем я уже не раз писал. Или вред от пофигизма, уж не знаю, от чего.





--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mike117
сообщение 6.10.2008, 17:21
Сообщение #20


Участник
**

Группа:  Y - ???
Сообщений: 259
Регистрация: 2.7.2008
Пользователь №: 508



Цитата
Можно придумать пример, когда это работает. Допустим, на крохотном атолле в океане 6000 лет назад поселились люди. 2000 лет назад по атоллу прошелся цунами, уцелел один мужчина и трое женщин. Маленькая колония снова стала размножаться. ДНК-генеалогия со своей скоростью мутаций говорит, что она зародилась 2000 лет назад, но раскопки показывают что 6000, и тут приходит Л.А.Животовский с 0.00069 и говорит: вот видите, только моя скорость тут и пригодна.

а еще"эффект Читуая". 2000 лет назад на острове жила вполне благополучная популяция. Жил там и Вася Пупкин. Неизвестно почему он оказался наиболее успешным производителем (или повезло) и, со временем, его Y вытеснил все прочие. В результате, ДНК-генеалогия только Васю Пупкина и видит (хотя время его жизни вычисляет весьма точно). Т.е. варианты:
1) приехали на остров 2000 лет назад.
2) претерпели цунами 2000 лет назад.
3) Пупкин всех вытеснил за 2000 лет.
 
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

7 страниц V   1 2 3 > » 
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 19.8.2019, 5:20
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU