Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



3 страниц V   1 2 3 >  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Y-filer
_Centurion_*
сообщение 28.2.2009, 12:19
Сообщение #1





Гости






-
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 28.2.2009, 16:35
Сообщение #2


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



>то скорость для панели Y-Filer равен "классической" 0.02

Нет, в 10 раз медленнее. 0.002 на маркер, и 0.034 на гаплотип.

>В этой панели есть 5 "быстрых" локуса.

Это не имеет знчения, потому что уже учтено в средних скоростях выше.

>если есть выборка из пяти 17-локусных гаплотипов, из них

Первый вариант
у них нет вообще мутации и они все одинаковы, а все люди носят одну фамилию
какое время до общего предка?

Статистики почти никакой, но принимая случай идеального распределения, я бы сделал так. Если бы была одна мутация, то осталось бы четыре базовых гаплотипа из пяти. Тогда 1/5/0.034 = 6 поколений. Проверяем логарифмическим способом: ln(5/4)/0.034 = 6.6 поколений. То есть отсутствие мутации у пяти 17-маркерных гаплотипов будет на протяжении всего 5-6 поколений. Хотя мутация может выскочить и в первом поколении.

>Второй вариант
у них на 5 гаплотипов 3 мутации
какое время до общего предка?

3/5/0.034 = 18 поколений.

>Третий вариант
у них на 5 гаплотипов 5 мутации
какое время до общего предка?

5/5/0.034 = 29 поколений.

Только надо понимать, что это - максимальные вероятности. То есть если взять сто таких семей по пять человек с пятью мутациями, то в среднем у них будет по 29 поколений до общего предка. Однако, у каждой семьи будет по-разному. Подобные расчеты дают просто наиболее вероятную величину, максимум на колоколообразной кривой распределения.

Надо думать "концепцией облаков".


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 4.5.2009, 10:21
Сообщение #3


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



А можно хотя бы очень приблизительно проанализировать мою ситуацию с 17-маркерным анализом. По Y-search 4 человека с полным совпадением по 16 маркерам (у них нет 635-го маркера - 37- и 57- маркерные анализы ФТДНА). Один из Вятки, 2 поляка и один трансильванский венгр с предками из Буковины(Черновицкая обл. Украины). Как можно оценить примерно расстояние до общего предка?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 4.5.2009, 10:58
Сообщение #4


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



1. Нужно привести гаплотипы к однообразному виду.
Расположите свои маркеры в порядке указанном в утилите http://www.mymcgee.com/tools/yutility.html
Там где у Вас нет маркеров, пишите 0.
Затем возьмите гаплотипы кузенов и расположите их маркеры в том же порядке, и там где у Вас 0 замените их маркеры тоже на 0.
2. Теперь установите следующие настройки в утилите:
Probaility - 95%
Units - generations
Mutation rate - FTDNA
3. Вставьте гаплотипы в поле "Paste haplotipe rows"

brat1 13 25 15 11 11 14 0 0 10 13 11 29 16 0 0 0 0 0 14 20 0 0 0 0 0 0 11 0 0 16 0 0 0 0 0 0 11
brat2 13 25 17 11 11 13 0 0 11 13 11 30 16 0 0 0 0 0 14 20 0 0 0 0 0 0 13 0 0 16 0 0 0 0 0 0 12
...
4. Нажмите вверху поля левую кнопку Execute

Утилита заработает, и выдаст результат в новом окне, внизу результата будет таблица TMRCA - родство с генетическими кузенами в виде расстояний до общих предков в поколениях.

Наш уважаемый АК скажет что это баловство, и отчасти он будет прав, слишком мало маркеров для сравнения, получится очень приблизительный результат. Но пока нет длинных гаплотипов приступ любопытства можно приглушить и этими прикидками.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 4.5.2009, 19:22
Сообщение #5


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Спасибо, Павел. Побаловался с утилитой в разных вариантах. Я ещё позавчера на неё смотрел, но сразу не сообразил, чего ей надо. Теперь разобрался. На 16 совпадающих маркерах при таких настройках даёт 20 поколений. Но наверное надо брать допуски +-20 smile.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 4.5.2009, 20:21
Сообщение #6


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



На самом деле точность расчетов напрямую зависит от количества гаплотипов и мутаций в них (что тоже определяется количеством гаплотипов). Так что определяется в конечном итоге количеством мутаций. При одной мутации в серии (или в двух) гаплотипов точность расчетов +/-100%. При небольших сериях гаплотипов точность обычно +/- 20-25%. При больших сериях и сотнях, тысячах и десятках тысяч мутаций точность доходит до 10% и на этом останавливается. Лучше не будет. Это - то, что лимитирует точность расчетов при 95%-й достоверности и 5%-ной погрешности средней скорости мутаций.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Alexander
сообщение 22.11.2009, 18:04
Сообщение #7


Новичок
*

Группа: J2
Сообщений: 75
Регистрация: 4.6.2009
Пользователь №: 2138



Цитата(aklyosov @ 4.5.2009, 20:21) *
На самом деле точность расчетов напрямую зависит от количества гаплотипов и мутаций в них (что тоже определяется количеством гаплотипов). Так что определяется в конечном итоге количеством мутаций. При одной мутации в серии (или в двух) гаплотипов точность расчетов +/-100%. При небольших сериях гаплотипов точность обычно +/- 20-25%. При больших сериях и сотнях, тысячах и десятках тысяч мутаций точность доходит до 10% и на этом останавливается. Лучше не будет. Это - то, что лимитирует точность расчетов при 95%-й достоверности и 5%-ной погрешности средней скорости мутаций.

Уважемый aklyosov. Помогите разобраться.
Для расчёта возраста до предка группы из 9 17-маркерных гаплотипов R1a1 (однофамильцев из проекта "генофонд"), я попытался применить Ваш метод, приведённый в статье "Руководство к расчёту времён", Вестник, т.1, №5, стр.812.
Однако сразу возникли препятствия.
Во-первых, ни один из 9 гаплотипов не совпал с модальным (полученным в Утилите-прикреплена). Если модальный из Утилиты=базовый из статьи, то базовых m=0. N/m - не делится. Метод не применим.
Построил дерево в программе Phylip (файл .tre прикреплён) - вроде неплохое, на всякий случай стал убирать по одному гаплотипу, но = модальному получил только при 3-х оставшихся гаплотипах. Получается, что время до предка никак не рассчитать?
На всякий случай, прикинул по таблице:
43 мутации/17маркеров/9 гаплотипов=0,281 \\141 поколение\\с учётом возвратных мутаций=164 поколения\\4100 лет. Почти близко к Вашему общему предку на РР.
Но тут опять вопрос. В Утилите подсчитываются не разности между гаплотипом и модальным, а разницы. Скачки принимаются за одну мутацию. То есть, по таблице Утилиты мутаций всего 38, а по факту 43. Какое число мутаций брать? Я посчитал, что фактическое.
Ну и ещё один вопрос. Как подсчитать погрешность? Из Вашей цитаты понятно, что в данном случе погрешность может составлять 20-25%. А есть конкретная формула?
Прикрепленные файлы
Прикрепленный файл  Kir_75_yutility.html ( 39.54 килобайт ) Кол-во скачиваний: 73
 
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 22.11.2009, 18:15
Сообщение #8


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Alexander @ 22.11.2009, 10:04) *
Помогите разобраться.


Совет первый и основной - выкиньте эти "утилиты", и никогда ими больше не пользуйтесь.

Выпишите гаплотипы в столбик - если хотите, в файле Excel, и сами посмотрите, какие гаплотипы базовые, и сколько от базового гаплотипа мутаций во всей серии. Потом продолжим.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Alexander
сообщение 22.11.2009, 18:28
Сообщение #9


Новичок
*

Группа: J2
Сообщений: 75
Регистрация: 4.6.2009
Пользователь №: 2138



Ошибся в прикреплениях, а есть опция редактирования сообщения?
Переприкрепляю правильно.
Прикрепленные файлы
Прикрепленный файл  R1a____.jpg ( 34.16 килобайт ) Кол-во скачиваний: 114
Прикрепленный файл  R1a_75_yutility.html ( 19.66 килобайт ) Кол-во скачиваний: 84
 
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Alexander
сообщение 22.11.2009, 18:32
Сообщение #10


Новичок
*

Группа: J2
Сообщений: 75
Регистрация: 4.6.2009
Пользователь №: 2138



сэмпл\DYS 19 385a 385b 389i 389ii 390 391 392 393 437 438 439 448 456 458 635 H4
Y-filer 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
R1a SF1845 17 10 14 13 30 24 10 11 13 14 11 11 20 16 16 23 12
R1a SX8127 16 11 14 13 30 24 11 11 13 14 11 10 20 16 15 23 12
R1a SH5315 15 11 15 13 30 25 11 11 13 14 11 11 20 15 13 24 13
R1a SZ4764 15 11 14 13 29 25 10 11 13 14 11 9 20 16 16 23 13
R1a SJ0667 16 11 12 13 29 23 10 11 13 14 11 11 20 17 15 23 13
R1a SG6312 16 11 14 13 30 25 10 11 13 14 11 10 20 16 15 23 13
R1a SF5955 16 11 13 13 30 25 11 11 13 14 11 10 20 16 15 23 12
R1a SW7880 16 11 14 13 29 25 11 11 13 14 11 12 20 18 15 24 13
R1a JPACF 15 11 15 13 31 25 11 11 13 14 11 10 20 15 14 23 13
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Alexander
сообщение 22.11.2009, 18:35
Сообщение #11


Новичок
*

Группа: J2
Сообщений: 75
Регистрация: 4.6.2009
Пользователь №: 2138



В эксель не прикрепляется, пишет "У вас нет прав".
А как же теперь определить базовые? Может, это те, которые ближе к модальным?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Alexander
сообщение 22.11.2009, 19:04
Сообщение #12


Новичок
*

Группа: J2
Сообщений: 75
Регистрация: 4.6.2009
Пользователь №: 2138



Или взять по картинке - ближний к модальному SG6312, тогда остальные от него имеют 44 мутации.
44/17/9=0,288\\с учётом возвратных мутаций=168 поколений.
Проверка по формуле ln(N/m)/мю=ln(9/1)/0,034=64 поколения. Разница почти в 3 раза.?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 22.11.2009, 23:38
Сообщение #13


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Об этом Клёсов писал и в статьях и на форуме. Нельзя здесь применять логарифмический способ. Я Вам советую дать данные (место рождения предков Ваших однофамильцев) Igor1961. Посмотрите в разделе R1a. Он определит их на ветки дерева, если сочтёт это возможным. На 17 маркерах не всегда можно однозначно это сделать. Разместит Ваших однофамильцев на картах ветвей. Вы сможете дать однофамильцам ссылки на карты их ветвей. В статье Клёсова и Рожанского в последнем Вестнике http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=1238 даны описания ветвей. И вообще советую почитать Вестник. Там много интересного и по расчёту возраста и по др. вопросам.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 23.11.2009, 1:56
Сообщение #14


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Alexander @ 22.11.2009, 10:35) *
В эксель не прикрепляется, пишет "У вас нет прав".
А как же теперь определить базовые? Может, это те, которые ближе к модальным?


Надо не "прикреплять", а просто переписать вручную, например. Или перекопировать.

Базовые (предковые) аллели - это те, от которых отклонение всех других аллелей в данном маркере минимально. Вот базовый гаплотип для этой серии из 9 гаплотипов:

16-11-14-13-30-25-11-11-13-14-11-10-20-16-15-23-13

Это - в точности гаплотип R1a1 Русской равнины, данный в нашей с И. Рожанским статье в 67-маркерном формате. Здесь только GATA H4 = 13, а на Русской равнине 11, но это фокусы Балановских, или кто там определял Ваш гаплотип. Они никак не могут понять, что надо придерживаться стандартов, а стандарт - это FTDNA.

От него во всех 9 гаплотипах - 43 мутации. Это дает в среднем 43/9/17 = 0.281 мутацию на маркер. Поскольку для 17-маркерных гаплотипов скорость мутации 0.002 мутаций на маркер на поколение (25 лет), то 0.281/0.002 = 141 поколение до общего предка без поправки на возвратные мутации. С табличной поправкой это 164 поколения, то есть 4100 лет до общего предка (как видите, без поправки теряются 600 лет). С погрешностью определения 4100+/-750 лет. На самой Русской равнине это 4750+/-500 лет.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Alexander
сообщение 23.11.2009, 9:49
Сообщение #15


Новичок
*

Группа: J2
Сообщений: 75
Регистрация: 4.6.2009
Пользователь №: 2138



Цитата(aklyosov @ 23.11.2009, 1:56) *
Базовые (предковые) аллели - это те, от которых отклонение всех других аллелей в данном маркере минимально. Вот базовый гаплотип для этой серии из 9 гаплотипов:
16-11-14-13-30-25-11-11-13-14-11-10-20-16-15-23-13
Это - в точности гаплотип R1a1 Русской равнины

Спасибо за разъяснения. Подскажите, пожалуйста, как вы рассчитали погрешность +-750 лет (18%)?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 23.11.2009, 19:21
Сообщение #16


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Alexander @ 23.11.2009, 1:49) *
Спасибо за разъяснения. Подскажите, пожалуйста, как вы рассчитали погрешность +-750 лет (18%)?


Это подробно описано в Вестнике в статьях с Д. Адамовым, а также (со ссылками на Вестник) в статьях, которые вышли вчера в J. Genet. Geneal. (линк дан в соседней ветке). Коротко - это обратная величина квадратного корня из числа мутаций (погрешность в средней величине мутаций на маркер), возведенная в квадрат и суммированная с квадратом удвоенной погрешности (два сигма) константы скорости мутации, и из суммы - квадратный корень.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Alexander
сообщение 23.11.2009, 20:48
Сообщение #17


Новичок
*

Группа: J2
Сообщений: 75
Регистрация: 4.6.2009
Пользователь №: 2138



Цитата(aklyosov @ 23.11.2009, 19:21) *
это обратная величина квадратного корня из числа мутаций (погрешность в средней величине мутаций на маркер), возведенная в квадрат и суммированная с квадратом удвоенной погрешности (два сигма) константы скорости мутации, и из суммы - квадратный корень

Тогда, наверное, так: Погрешность=корень из (1/43+(2*0,05) в квадрате)=корень из (0,023+0,01)=0,182
Или 0,182*4100=746 - округляем +-750 лет. Спасибо ещё раз.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.11.2009, 1:28
Сообщение #18


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6884
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Посмотрите, как распределились Киреевы по ветвям R1a1

R1a SF1845 - западнославянская
R1a SX8127 - центральная или западная евразийская (неразличимы в Y-filer)
R1a SH5315 - северная евразийская
R1a SZ4764 - ветвь однозначно не определяется, возможно, центрально-европейская
R1a SJ0667 - центрально-европейская
R1a SG6312 - балто-карпатская
R1a SF5955 - центральная или западная евразийская
R1a SW7880 - центрально-европейская
R1a JPACF - северная евразийская

Очень типичное распределения для этнических русских. Родственников в этой выборке, похоже, нет. Время до общего предка должно получиться примерно то же, что и для всей R1a1 (исключая реликтовые ветви), а именно около 4900 лет, что попадает в коридор ошибок. Заниженная цифра в расчетах (4100 лет), очевидно, следствие небольшого размерв выборки.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Alexander
сообщение 24.11.2009, 11:59
Сообщение #19


Новичок
*

Группа: J2
Сообщений: 75
Регистрация: 4.6.2009
Пользователь №: 2138



Цитата(Igor1961 @ 24.11.2009, 1:28) *
Посмотрите, как распределились Киреевы по ветвям R1a1

Интересно, что Ваш расклад почти 1:1 налагается на картинку Mega (jpg - см.выше).
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Alexander
сообщение 28.11.2009, 16:04
Сообщение #20


Новичок
*

Группа: J2
Сообщений: 75
Регистрация: 4.6.2009
Пользователь №: 2138



Цитата(aklyosov @ 23.11.2009, 1:56) *
Вот базовый гаплотип для этой серии из 9 гаплотипов:
16-11-14-13-30-25-11-11-13-14-11-10-20-16-15-23-13
Это - в точности гаплотип R1a1 Русской равнины, данный в нашей с И. Рожанским статье в 67-маркерном формате. Здесь только GATA H4 = 13, а на Русской равнине 11, но это фокусы Балановских, или кто там определял Ваш гаплотип. Они никак не могут понять, что надо придерживаться стандартов, а стандарт - это FTDNA.

Из 9 гаплотипов R1a-Киреевых - здесь 8 гаплотипов из проекта "однофамильцы" (лаборатория Балановской - genofond.ru), а один гаплотип взят из базы ySearch (JPACF - Киреев из Чехии, 17 маркеров). Тут. Tested with: Other - Forensic DNA Service.
Возник вопрос увязки GATA H4=13 (по ySearch) и аналогичных маркеров genofond. По идее, нужно прибавить +1, но GATA H4=14 мне показалось уже чересчур, поэтому я написал письмо контактному лицу с просьбой уточнить момент. Вот ответ:
There is only ONE STANDARD for GATA-H4 and this international standard (see
the web page of NIST - National Institute for Standards and Technology) is
used by 99.9% DNA laboratories all over the world. Results obtained by my
lab for Kirejev are following those official guidelines and not "procedures"
of a private company.
We used Y-filer and obtained GATA H4=13. Average mutation rate we measured
for this marker is 0,0031.
Стало быть, genofond входит в 0,01% лабораторий мира со своим стандартом и при переводе маркера в формат genofond в самом деле получится 14? Повлияет ли это на его принадлежность к северной евразийской ветке?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

3 страниц V   1 2 3 >
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 22.8.2019, 10:42
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU