Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



3 страниц V   1 2 3 >  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Некоторые ошибки расчётов Tmrca
VVR
сообщение 18.6.2010, 22:21
Сообщение #1


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Цитата(aklyosov @ 2.6.2010, 15:57) *
Это - обычное дело в ДНК-генеалогии. R1a1 на Алтае имеет возраст 850 лет, хотя по гаплотипам видно, что должно быть никак не менее 10 тысяч лет. А на самом деле, скорее, и все 20 тысяч лет. Вот так пропадают целые десятки тысячелетий.

Гаплогруппы А и В в Африке дают по гаплотипам не более 35 тысяч лет. Остальное - пропало.

R1b1b2 на Пиренеях (там же - баски) дают 3700 лет назад, а должно быть примерно 4500 лет назад. Потому что дочерний субклад чуть севернее, во Франции, имеет возраст 4200 лет. Культура колоколовидных кубков, прошедшая с Пиреней на континент и далее на Острова, датируется археологами 4500/4800 - 3500 лет назад, и это по всем показателям должны быть те самые R1b1b2.

R1a1 на Русской равнине по гаплотипам "постсоветского пространства" дают 4750 лет до общего предка, что при привлечении европейских R1a1 удалось "углубить" до 5100 лет назад. Но это явно тоже локальный предок (переселение или "бутылочное горлышко", потому что мы явно видим гаплотипы R1a1 возрастом 10-13 тысяч лет, просто редкие. С трудом добрались до наших времен.

То же и в Шотландии. Там могла быть гаплогруппа R1a1 возрастом 10-6 тысяч лет, но не выжила. Не забудьте, сколько раз были вторжения в те края. И R1b1b2 4000-3600 лет назад, и войска Ю. Цезаря, и норманны, и кого там только не было. Могли и не выжить, и перезаселение R1a1 туда произошло много позже и в минимальных количествах (по сравнению с доминирующими R1b1b2).


Цитата(Igor1961 @ 2.6.2010, 20:07) *
Про Шотландию наверняка не знаю, а вот археологию Швеции прорабатывал, когда готовил материалы по кимврам. Все то, что Анатолий Алексеевич сказал о Шотландии, подтверждается примерами из Швеции. Ни одна из основных гаплогрупп региона (I1, R1b1b2, R1a1, N1c) не показывает там предка старше 4500 лет. Однако, археологи находят много артефактов эпохи неолита, начавшегося там почти на 2000 лет раньше.
И опять мы можем лишь предполагать, что носители R1a1 могли не столько вымереть, сколько мигрировать из ставших неблагоприятными мест. Прямых подтверждений нет


А не логичнее ли предположить, что возраста посчитаны с серьёзной ошибкой.Анатолий Алексеевич не раз говорил, что научные данные время от времени приходится уточнять. Я считаю, пришло время уточнять расчёты возраста.Необходимые вычисления для такого утверждения я провёл.Кроме того использовал результаты моделирования, как своего, так и Каржавина.Всё это в дальнейшем будет показано.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 18.6.2010, 22:22
Сообщение #2


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Я вижу три основных ошибки, влияющих на расчёт TMRCA.

Первая.Ошибка в методике подсчёта возвратных мутаций, предложенной в статье Клёсова и Адамова. При этом, надо отметить, что саму идею учёта возвратных мутаций, а также формулу Адамова, я под сомнение не ставлю.На возрастах, о которых идёт речь, ошибка даёт 10-30% (в зависимости от возраста и применяемого набора маркеров) занижения возраста от реального.

Вторая. Ошибка из-за "популяционного" или "эволюционного" эффекта, о котором так долго говорил Животовский существует. При этом метод, который предложил для решения этой проблемы Животовский, не выдерживает никакой критики.Работа Каржавина по моделированию это подтвердила.Даже на самых успешных(т.е. активно увеличивающих свою численность) популяциях занижение даёт минимум 10%.Увеличивают эту ошибку не только бутылочные горлышки, но и вымирание большого количества Y-линий в силу естественных причин. Моделирование показало, что когда численность популяции увеличивается медленно, занижение возраста будет значительным. Современные наиболее распространённые гаплогруппы в большинстве своём были успешными, иначе не дожили бы до нынешнего времени и не смогли бы так широко разойтись по миру. В т.ч. и R1a1a.Но даже у этих гаплогрупп были и тудные времена, и бутылочные горлышки, поэтому занижение возраста из-за этой причины явно больше 10%.Я предполагаю занижение возраста известных крупных ветвей R1a1a на 15-30% или даже более. Сейчас Каржавин и Адамов занимаются второй частью работы по моделированию, а именно методикой расчёта поправок.Надеюсь, что результат их работы будет успешным и мы сможем получить более точные возраста гаплогрупп и их ветвей(субкладов).

Третья ошибка. Ошибка калибровки скоростей А.Клёсова.Откуда она появилась, я в дальнейшем покажу. Как ни парадоксально это звучит, но эта ошибка, занизившая скорость мутаций на 10-20%, приводит к увеличению рассчитываемого возраста, соответственно частично компенсирует занижение возраста в результате первых двух ошибок.

Таким образом, суммарное занижение возраста основных ветвей R1a1a(без древних) можно оценить примерно в 20-40% от реального.И получается не 4800-5000 лет, а 6-7,5 тыс.лет. В таком случае сразу начинают совпадать данные Днк-генеалогии с данными археологии, о которых говорит Igor1961, а также с данными лингвистики, которая даёт примерно такой же возраст разделения индоевропейских языков.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 18.6.2010, 22:25
Сообщение #3


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Могу предположить такую версию, согласовывающую данные Y-ДНК и лингвистики. С началом постледникового периода R1a1a, первоначально находившаяся в месте своего возникновения (ю.-в. Ср.Азии и ю.-з. Сибири) увеличивает свою численность и начинает занимать новые территории.Миграции шли волнами и были направлены в разные стороны. Здесь и древние гаплотипы на территории Индии и Пакистана, и территория Китая, и древние европейские ветви, такие как R1a1a2,R1a1a3, балканские гаплотипы Перичич. Эти первые миграции не привели к распространению языка R1a1a. Основная праиндоевропейская миграция была направлена севернее Каспия и далее сев.Причерноморье и сев. Балканы. Прахетто-лувийская группа(здесь и далее я применяю лингвистические термины наряду с Днк-генеалогическими, т.к. выдвигаю версию, согласовывающую, на мой взгляд, данные этих двух дисциплин) отделилась либо по пути и ушла через Кавказ, возможно там задержавшись на время, в Анатолию. Либо она шла непосредственно перед остальными праиндоевропейцами и прошла в Анатолию так же через Кавказ или (что менее вероятно) через Балканы.

Остальные, достигнув примерно 7-8 тыс.лет назад сев.-вост. Причерноморья,сев.Балкан, нижний Дунай, т.е. территория современной Румынии и вокруг неё, были остановлены осваивающими новые территории балканскими земледельцами. Далее, я предполагаю, что возникновение Трипольско-Кукутенской земледельческой культуры(7-6,5 тыс.лет назад) и её продвижение с Балкан на север на территорию совр. Румынии, Молдавии, Украины и привело к бутылочному горлышку R1a1a и распаду индоевропейской языковой семьи.Именно под влиянием контактов с дотрипольскими балканскими земледельческими культурами и в дальнейшем с трипольцами и произошло формирование праязыка современной ИЕ семьи. В ИЕ язык вошла новая лексика.По мнению большинства серьёзных исследователей, язык трипольцев можно отнести к хатто-хурритским.Распространение земледелия шло с Ближнего Востока через Малую Азию и далее на Балканы. Соответсвенно, многие термины перешли в хатто-хурритские из прасемитских групп афроазиатской семьи.Затем они же были заимствованы индоевропейцами.Это сразу объсняет наличие "семитских" заимствований в ИЕ, о которых много раз говорил Farroukh,цитируя, если не ошибаюсь, Гамкрелидзе и Иванова, а также хатто-хурритских заимствований, о которых подробно писал Старостин.

Антропологические исследования Триполья говорят о том что в ранний период трипольцы почти не смешивались со степняками-скотоводами, т.е. их продвижение на север вело к вытеснению и частичному уничтожению R1a1a. Индоевропейцы оказались расколоты на две части - те кто были вытеснены на запад от Триполья и те, кого вытеснили на восток. Первая часть(западная) по ДНК может быть связана с европейскими ветвями, часть которых осела в Карпатах и рядом, а часть почти сразу ушла севернее и северо-западнее в западно-европейскую Балтику и далее в Скандинавию. Лингвистически западную часть можно связать с будущими итало-кельтами, возможно иллирийцами, а ушедших на север Европы с прагерманцами.

Вторая часть(восточная)ушла на восток и сев-восток Восточной Европы.Лингвистически их можно связать с будущими индо-иранцами (включая близкородственные нуристанские и дардские языки), отколовшимися от них на Сев.Кавказе и ушедшими через Кавказ в сев.Анатолию прагреко-армянами, а также занявшими часть бассейна Дона и Волги прабалто-славянами.В дальнейшем в этой общности праиндо-иранцев и прабалто-славян проявилась сатемность. Индо-иранцы заняли территорию Ср.Азия-Южн.Урал-юг Зап.Сибири. Часть из них мигрировала в Индию и Иран, часть осталась на месте и в потом снова возвратились в Восточную Европу.По ДНК восточная часть соотносится евразийскими ветвями R1a1a.В то же время деление на европейские и евразийские ветви предложенное в статье Клёсова и Рожанского, проведенное по современному распространению ветвей, может не полностью соответствовать реальному и требует дальнейшей проверки.Например, ветвь названная ими Сев.Евразийской, на мой взгляд и территориально, и филогенически ближе к карпатским и скандинавским, т.е. европейским ветвям.Я не раз предлагал назвать её по-другому, например, Сев-Вост. европейской, но к моему мнению не прислушались.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 18.6.2010, 22:26
Сообщение #4


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Теперь к вопросу о моно- или полигаплогруппности индоевропейцев.
Я считаю, что полигаплогруппность коррелирует с переходом к земледелию.Контакты с земледельцами Балкан и Триполья могли привести к изменению моногаплогруппности индоевропейцев. Трипольцы и пратрипольцы скорее всего имели разные гаплогруппы, но учитывая их малоазийское происхождение, я предполагаю преобладание J2 и возможно G.По моему мнению, начиная с неолитических времён ремесленники всегда достаточно легко вливались в другие народы, особенно если их ремесло ещё не очень было знакомо этим народам, но уже востребовано. Таким образом. с того времени гаплогруппный состав индоевропейцев постепенно становится смешанным.Тогда легко объяснить присутствие например J2 у индоарийцев. Их возраст, рассчитанный обычными методами даёт примерно 7 тыс.лет, а учитывая занижение возраста, примерно 10-12 тыс.лет. Это вероятно и есть расхождение из Малой Азии тех, кто ушли на Балканы, затем влились в состав индоевропейцев и в составе ариев пришли в Индию и тех J2, которые попали из Малой Азии в Индию южным путём.

В то же время нельзя исключать что популяция праиндоевропейцев имела примеси R1b и R2 ещё в исходном районе.Этот вопрос требует изучения, естественно на основе более точных расчётов возраста.

Конечно, изложенная мной версия, может и должна быть уточнена. Но по крайней мере, она лучше соответствует данным археологии и лингвистики, чем интерпретации, построенные на ошибочных расчётах возраста. А ведь много неточных интерпретаций, построенных на ошибочных возрастах сделано и для других гаплогрупп и субкладов.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 18.6.2010, 22:28
Сообщение #5


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Теперь подробнее об упомянутых ошибках.
Первая. В чём я вижу ошибочность методики расчёта поправки на возвратные мутации?
Как правильно отмечал Адамов, величина поправки не зависит от скорости маркера, а зависит от количества накопленных мутаций. Но колчество мутаций зависит от скорости маркера. При этом зависимость экспоненциальная. А поправку рассчитывают по среднему количеству мутаций на маркер и средней скорости. Из-за нелинейности изменения поправки, при наличии быстрых и медленных маркеров в гаплотипе расчёт по среднему приводит к ошибке.

Я провёл расчёты по следующей методике.
Например, имеем выборку 2-маркерных гаплотипов. Скорось 1-го маркера 0,00800 , скорость 2-го 0,00008. Средняя скорость на маркер 0,00404.
За 100 поколений на 1-м маркере каждого гаплотипа должно произойти в среднем 0,008х100=0,8 мутаций, во 2-м 0,00008х100=0,008 мутаций. Замечу, что это количество действительных, а не наблюдаемых мутаций. Применив обратную формулу Адамова, получим количество наблюдаемых мутаций.На 1-м - 0,5758, на 2-м - те же 0,008(поправка на возвратные мутации меньше одной тысячной).Считая обычным способом, мы суммируем наблюдаемые мутации и делим на количество маркеров (0,5758+0,0080)/2=0,2919 наблюдаемых мутаций на маркер. Рассчитываем по формуле Адамова количество действительных мутаций. Получаем 0,3414. Делим на среднюю скорость 0,3414/0,00404=84,5 поколений.Занижение возраста 15,5 поколений или в данном случае 15,5%.
Может быть, это частный случай и в реальных гаплотипах будет по-другому? Я провёл расчёты по той же методике для разных панелей и разного количества поколений.
Скорости маркеров брал Чандлеровские http://freepages.genealogy.rootsweb.ancest...y/ratestuff.htm

Для 20 поколений(в скобках занижение в процентах)
12м- 19,8 поколений(1,0%)
2-я панель(13-25)-19,4(3,0%)
25-м -19,5(2,5%)
3-я панель(26-37)-19,0(5,0%)
37-м -19,0(5,0%)
4-я панель(38-67)-19,5(2,5%)
67-м -19,1(4,5%)

Для 50 поколений
12м-48,8(2,4 %)
2-я панель(13-25)-46,6(6,8%)
25-м -47,1(5,2%)
3-я панель(26-37)-44,9(10,2%)
37-м -44,9(10,2%)
4-я панель(38-67)-47,2(5,6%)
67-м -45,1(9,8%)

Для 100 поколений
12м-95,6(4,4%)
2-я панель(13-25)-88,2(11,8%)
25-м -91,3(8,7%)
3-я панель(26-37)-83,9(16,1%)
37-м -83,5(16,5%)
4-я панель(38-67)-90,3(9,7%)
67-м -84,0(16,0%)

Для 150 поколений
12м-140,7(6,2%)
2-я панель(13-25)-127,0(15,3%)
25-м -132,6(11,6%)
3-я панель(26-37)-119,9(20,1%)
37-м -118,9(20,7%)
4-я панель(38-67)-130,3(13,1%)
67-м -119,5(20,3%)

Для 200 поколений
12м-184,6(7,7%)
2-я панель(13-25)-162,3(18,9%)
25-м -171,4(14,3%)
3-я панель(26-37)-154,2(22,9%)
37-м -151,9(24,1%)
4-я панель(38-67)-168,1(16,0%)
67-м -152,6(23,7%)

Для 250 поколений
12м-227,1(9,2%)
2-я панель(13-25)-199,1(20,4%)
25-м -210,6(15,8%)
3-я панель(26-37)-187,3(25,1%)
37-м -184,3(26,3%)
4-я панель(38-67)-204,4(18,2%)
67-м -184,4(26,2%)

Закономерность очевидна. Наименьшее занижение на 1-й панели, где в основном среднескоростные маркеры,есть медленные, но нет очень быстрых.Самое большое занижение даёт 3-Я панель, где несколько наиболее быстрых маркеров. Таким образом большая разница в скоростях маркеров даёт большее занижение. С увеличением возраста ошибка увеличивается.

Таким образом для правильного применения линейного метода необходимо рассчитывать поправку не по среднему, а для каждого маркера отдельно.Но тут появятся свои трудности.
По предварительным заявлениям, Каржавин и Адамов в своей новой работе по моделированию планируют для линейного метода ввести поправку на возвратные мутации в общую рекомендуемую поправку. Но если они не учтут ошибку расчётов по среднему, то и общая поправка будет с существенной ошибкой.

Про вторую ошибку расчётов я уже обяснил. Подробности в статьях Каржавина и Адамова.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 18.6.2010, 22:28
Сообщение #6


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Ошибка третья. Ошибочная калибровка скоростей маркеров А.Клёсовым. Сейчас мало времени. Продолжение следует...


Продолжаю.
При моделировании мной популяций с небольшим возрастом(около 20 поколений), при нормальном распределении мутаций и отсутствии популяционного эффекта возраст всё равно занижался на 2-4 поколения.Причём это занижение практически не связано с описанными мной выше ошибками, хотя связь с эффектом, описаным Каржавиным возможна. Примерно такие же популяции - кланы с известной родословной использовал А.Клёсов для калибровки скоростей разных наборов локусов.Я связываю это занижение с выпадением из статистики нескольких первоначальных поколений, когда количество людей в популяции ещё мало,мутации ещё не прошли и статистика ещё фактически не работает.2-4 поколения на 20 даёт занижение скорости калибровки на 10-20%. Если сравнить с суммарной скоростью Чандлера для 67м гаплотипа, которая равна округлённо 0,165, то с учётом 10-20% скорость получится 0,132-0,148. У Клёсова получилось 0,145. Я конечно не считаю, что у Чандлера скрости правильные, но думаю они ближе к истинным.

Сравним скорости Клёсова и Чандлера по разным наборам маркеров.
12м 0,022-0,02017
25м 0,046-0,04897
37м 0,090-0,12498
67м 0,145-0,16487

Мне представляется очевидным, что этот разнобой скоростей связан с ошибкой расчёта поправок на возвратные мутации. Там где эта ошибка максимальна(на 37 и 67 м.) там калиброванная скорость занижена сильнее для определённой компенсации этой ошибки. На 12м ошибка поправки на возвратные мутации минимальна и калиброванная скорость Клёсова даже несколько выше Чандлеровской.Т.е. можно предположить, что в ходе калибровки А.Клёсов пытался подогнать(откалибровать) скорости таким образом, чтобы возраст, получаемый на разных наборах локусов максимально совпадал. Но поправка на возвратные мутации и соответственно ошибка её расчёта изменяется экспоненциально, а скорость в расчётах влияет линейно. Т.е. где-то калиброванные таким образом скорости компенсируют занижение больше, где-то меньше, а где-то совсем не компенсируют.Это зависит от применяемого набора локусов, возраста выборки и т.д. Таким образом, применяя "калиброванные" скорости Клёсова, мы получаем результаты неточные и достаточно произвольные. То же самое, за что Клёсов упрекал скорости Животовского, только в меньшей степени.

Естественно, расчёты возраста на основе таких "калиброванных" скоростей с учётом ранее описанных ошибок оказываются малопригодными для исторических реконструкций.

Сообщение отредактировал VVR - 19.6.2010, 22:31
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 19.6.2010, 1:59
Сообщение #7


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



biggrin.gif


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 19.6.2010, 22:32
Сообщение #8


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Хотелось бы упомянуть и о логарифмическом способе. Моё моделирование показало, что поправка на возвратные мутации при этом способе меньше,чем при линейном. Т.е формула Адамова и его таблицы для логарифмического способа не подходят.Это логично. При линейном способе поправка должна учитывать возвратные мутации по всем аллелям. А при логарифмическом только часть возвратных мутаций, те которые относятся к аллелю с модальным значением.
На небольших возрастах это малосущественно, на больших это будет заметно.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 20.6.2010, 16:49
Сообщение #9


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Ну ладно, этот цирк созрел для комментариев.

Понимаете, дорогой VVR, я не меньше Вашего заинтересован в правильных значениях скоростей мутаций. Но для этого надо показать, что они более правильно описывают реальные системы. Вот этого у Вас нет. И это самая большая Ваша ошибка, которая показывает не только незнание предмета (об этом чуть ниже), но и непонимание сути научного подхода.

Суть научного подхода - это не сотрясание воздуха путем широковещательных фраз, как это Вы успешно делаете в последних "постах", а в доказательстве. Человек более адекватный не стал бы трещать попусту, как Вы здесь делаете, а взял бы СВОИ перекалиброванные, или полученные другим путем значения скоростей мутаций, и тихо, без сотрясания воздеха, показал бы, что они в самом деле лучше описывают реальные системы. Например, генеалогию Мак-Доналдов, благо для них известны как гаплотипы, так и время жизни их общего предка. Например, дату расхождения арабов и евреев, благо дата примерно известна. Например, времена общих предков ариев (R1a1) в Индии и Иране, благо мы представляем, какие они могут быть. И еще много примеров.

Далее, Вам стоило бы выстроить эти и другие примеры в стройный ряд, и показать, что Ваши новые константы скоростей действительно лучше чем те, которыми пользуюсь я. Тогда я бы первый сказал Вам спасибо, и стал бы использовать Ваши значения. Потому что для дела было бы лучше.

Кстати, именно такой подход я применил к данным, полученным Л. Животовским. Я не стал громогласно объявлять, что его данные неправильны, а взял конкретные примеры, рассчитанные им, все пересчитал, разобрался в его "калибровках", нашел конкретные ошибки, пересчитал опять, и опубликовал. Сначала на Форуме, для обсуждения, а потом и в Вестнике, и в J. Genet. Geneal., и в Human Genetics. Не пустую критику, заметьте, а конкретные серии гаплотипов с расчетами.

И это Ваша самая главная ошибка. Вы предпочитаете давать умозрительные и нереальные примеры, строите некие ветряные мельницы и начинаете с ними бороться. Например, берете заведомо абсурдные и нереальные примеры, типа "имеем выборку 2-маркерных гаплотипов. Скорось 1-го маркера 0,00800 , скорость 2-го 0,00008. Средняя скорость на маркер 0,00404".

Немудрено. Вы бы еще среднюю величину высчитывали между миллиметром и километром. Естественно, на таких примерах Вы доводите до абсурда. В реальности же средние величины мутаций на маркер расчитываются для 12-, 17-, 25-, 37-, 67-маркерных гаплотипов, где все эти перепады сглаживаются. Далее, в реальности я не беру просто среднюю между миллиметром и километром, а калибрую эту среднюю на реальных примерах. И у меня получается, что средняя для 25- и 37-маркерных гаплотипов вовсе не средняя из данных Чандлера, а совсем другая величина. Средняя Чандлера для этих панелей не работает на реальных примерах.

Так что, как видите, Ваши критические расмотрения оказываются действительно сотрясанием воздуха. Вы не понимаете, что такое калибровка. Вы так и не поняли, как я пришел к тем величинам, какие я использую. Ваши псевдовычисления "среднего" между крайними величинами не имеют отношения к реальности.

И все потому, что вместо того, чтобы тихо проверить ВАШИ данные, если они вообще есть, и получить и обосновать новые значения, и только потом выйти на публику, Вы, как клоун, сначала решили посмешить.

Я таких клоунов за свою жизнь повидал немало. Для них важно не найти ответ, не внести вклад в науку, а покувыркаться на ковре. Покритиковать, не имея ничего своего. Пересказать, что кто-то другой что-то там делает, и вот это будет ого-го! Потрясение основ! Нет, чтобы подождать, пока это потрясение случится, нет, клоуну нужно второпях покувыркаться.

Чего стоит Ваша якобы критика логарифмического метода, что "на небольших возрастах это малосущественно, на больших это будет заметно". Вы вобще понимаете, что на "больших возрастах" логарифмический метод вообще неприменим, потому что практически не остается базовых гаплотипов, и погрешность расчетов становится очень большой? Вы понимаете, что возвратные мутации уменьшают как количество мутаций на "линейном" методе, так и увеличивают число базовых гаплотипов, и это идет параллельно? Иначе говоря, возвратные мутации вовсе не разводят эти два метода, по крайней мере в том диапазоне мутаций и времен, в котором эти методы применимы?

Вы понимате, что те погрешности в 3, 5, 7, 10%, которыми Вы жонглируете на искусственных примерах, все укладываются в погрешности расчетов, которыми должны сопровождаться все вычисления?

Вы понимаете, что значения констант Чандлера для 25- и 37-маркерных гапалотипов, которые Вы принимаете за те, на которые нужно равняться, не описывают реальные системы? Вы читали мою статью в J. Genetic. Geneal. (2009), в которой я специально рассматривал этот вопрос? И где я показал, что значения Чандлера на 25- и 37-маркерных гаплотипах не согласуются ни друг с другом, ни с реальными примерами? Вы вобще видели эти значения у Чандлера, где он, например, выставляет одинаковые величины для ряда маркеров, просто потому, что не смог их рассчитать? Если не видели, то о чем Вы вобще говорите, а если видели, то как Вы можете принимать их как те, которыми нужно пользоваться?

Вот именно это я и имел в виду, что Вы плохо знакомы с предметом.

Короче, заканчивайте валять ваньку, и если сможете, дайте более правильные значения скоростей мутаций, доказанные на ряде реальных примеров.

Я, со своей стороны, опубликовал массу таких проверок. Совсем недавно я делал расчет для "десятников", причем и логарифмическим, и линейным методом. Все дали совпадаюшие результаты. Я рассчитал, что общий предок серии гаплотипов "десятников" с нуль-мутаций жил 260 лет назад, то есть примерно в 1750 году. И направил все эти данные "клубу десятников". Они со всеми данными и расчетами согласились, и глава клуба, Tucker, подтвердил, что, действительно, общий предок их серии с нуль-мутацией, в которую этот Tucker и входит, жил именно в то самое время. Эти данные и письмо Такера опубликованы в последнем номере Вестника. Это - реальные данные, а не придуманные Вами абсурдные примеры. И таких - масса. Что теперь Вы скажете о том, что калибровка "неправильна"?

Учите материальную часть, любезный. И переходите от пустой "критики" к позитивному вкладу в эту дисциплину. Впрочем, и в любую.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 20.6.2010, 20:11
Сообщение #10


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11620
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Ответ Анатолия Алексеевича по существу понятен, у меня вопросов нет.
Есть только вопросы по форме некоторых мест, типа этого:
Цитата(aklyosov @ 20.6.2010, 16:49) *
Ну ладно, этот цирк созрел для комментариев.

Анатолий Алексеевич, будьте мягче к VVR.

Конечно, невооруженным взглядом видно влияние на VVR позеров из китайского цирка, но в целом он искренне пытается разобраться. К тому же, он по-отечески наш человек, поэтому предлагаю быть чуточку помягче, и поласковее. rolleyes.gif
Фэйсом да по асфальту предлагаю бить пустобрехов типа Тау.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 20.6.2010, 20:26
Сообщение #11


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Теперь несколько слов об умозрительных примерах и общей "логике". Они, например, с успехом доказывают, что жизнь зародиться не могла, и что вероятность этого астрономически мала. А ведь надо же, живем и существуем.

Иначе говоря, умозрительные примеры и общие соображения это одно, а эизнь зачастую - другое. И нужно непременно привязывать одно к другому, что бы не оказаться посмешищем, как оказался наш любезный VVR. Торопыжка, как известно, был голодный (и что он проглотил - известно всем).

Вот еще один пример хорошего академического упражнения, которое сделано в отрыве от жизни. Уважаемый С. Каржавин опубликовал в Вестнике (пару лет назад) хорошую работу по моделированью генома, из которой вытекало, что через относительно небольшое время весь геном перемешивается, и от гаплогрупп и воспоминания не остается. Точнее, сама гаплогруппа остается, но все остальное, весь геном перемешивается практически в гомогенную массу.

И это мы как-то некритично здесь приняли. Показано же, смоделировано, рассчитано. Так многие здесь и вспоминают, что гаплогруппа - это, якобы одно, но к геному по сути не имеет отношение, там все перемешано. Да и женщины свое добавили для перемешивания.

Не тут-то было. Наступила пора для расчетов настоящего генома. Пошли статьи. И оказалось, что перемешивание происходит не так, а с сохранением мощного следа гаплогрупп. Как хвост порой крутит собакой, так гаплогруппа крутит-вертит геномом. А не наоборот. И все потому, что на практике свои женятся в основном на своих, и за своих выходят замуж. То есть геном расходится по кластерам, где решающую роль часто имеет гаплогруппа. И выбор в жены происходит по линии той самой гаплогруппы, а не неупорядоченно все подряд среди русских, например, женятся на негритянках, китаянках и американских скво. Нет такой рандомизации в реальной жизни.

Например, в последней статье Бехара (про евреев) убедительно показано, что монголоиды разошлись на два геномных кластера, которые показаны разным цветом в его геномной диаграмме (анализировались сотни тысяч снипов) - "северо-азиатские" и "южно-азиатские". Совершенно очевидно, что "северо-азиатские" - это N, а южно-азиатские" - О. Возможно, с примесью С.

И так по всем этническим группам и регионам. Нет сплошной однородной массы генома, есть кластеры, и они хорошо коррелируют с мужскими гаплогруппами. А вот мтДНК в эти корреляции вклада не дают. Дает геном, а он у жен и мужей в целом соответствует друг другу.

Так что умозрительные примеры и академические моделирования одно, а жизнь - порой совсем другое.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 20.6.2010, 20:59
Сообщение #12


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Павел Шварёв @ 20.6.2010, 12:11) *
Ответ Анатолия Алексеевича по существу понятен, у меня вопросов нет.

Анатолий Алексеевич, будьте мягче к VVR.

Конечно, невооруженным взглядом видно влияние на VVR позеров из китайского цирка, но в целом он искренне пытается разобраться. К тому же, он по-отечески наш человек, поэтому предлагаю быть чуточку помягче, и поласковее. rolleyes.gif
Фэйсом да по асфальту предлагаю бить пустобрехов типа Тау.


Уважаемый Павел,

Если бы у VVR это проскочило случайно, вопросов бы не было. Но я вижу систему - опять и опять картина повторяется. Ситуация, как будто здесь пишут те самые клоуны из Молгена - то же отсутствие логики, те же нахрапистые выскакивания без понимания предмета.

Мы все, повторяю, заинтересованы в корректных величинах скоростей мутаций. Мой опыт показывает, что величины, что я использую, являются на сегодняшний день самыми обоснованными. Естественно, я не исключаю, что они могут быть подредактированы, скорее всего, в пределах погрешности расчетов, но в любом случае такое подредактирование я бы только приветствовал. Это бы означало, что мы рассмотрим конкретные исторические или генеалогические примеры, их продвинутый анализ, и это уже было бы замечательно.

Есть это у VVR? Да нет и близко. "Пустобрех" - это правильный термин в этом отношении.

Сейчас большую работу по ревизии скоростей мутаций проводит Кен Нортведт. Проводит анализ 7000 гаплотипов. Правда, думаю, что гора родит мышь, но человек старается. Есть разница с подходом VVR? Еще бы. Он не начинает с широковещательных заявлений, что у кого-то там неправильно. Он выносит получаемые данные на обсуждение, часть за частью, повторяя, что это только предварительно. Есть разница с подходом VVR? Да никакого сравнения. Сколько можно учить VVR, что наука такими наскоками не делается? Что не пустая критика двигает науку, а конкретные данные, результаты. Проверка теорий жизнью.

Вот, кстати, почему гора рождает мышь у Кена, во всяком случае в отношении расчетов мутаций в гаплотипах. Он выставил пока девять скоростей по девяти маркерам, пропустив 385a, 385b и 389-2. Сумма по его новым значениям по этим девяти маркерам равна 15.77 мутаций на поколение, то есть в среднем на маркер 0.00175. У Чандлера по этим же маркерам сумма равна 15.49, то есть в среднем 0.00172, то есть разница менее чем в 2%. У Чандлера по первой панели средняя скорость 0.00187 на маркер, у меня - калиброванная - 0.00183 на маркер, разница - 2%. Эти все различия - глубоко внутри погрешностей расчетов.

Так что Кен ничего не вносит нового в отношении скоростей мутаций для расчетов времен до общих предков. Но он старается, 7000 гаплотипов - не хухры-мухры. Но это опять показывает, что никаких новых данных в этом отношении пока не появляется.

Но наш VVR никаких таких работ проводить не собирается. А впустую "покритиковать" - за милую душу. За что мне его "пожалеть"? Пусть все знают, что это у него не наука, а то самое кувыркание на ковре. У Тау, кстати, была та же "методология" - покричать да покувыркаться.

Вот когда будут новые данные - пусть показывает, что они действительно лучше. Тогда и будем разговаривать. А то, что ДНК-генеалогия пока оперирует в пределах погрешностей расчетов, мы и так знаем.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 21.6.2010, 2:02
Сообщение #13


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6929
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(VVR @ 20.6.2010, 4:32) *
Хотелось бы упомянуть и о логарифмическом способе. Моё моделирование показало, что поправка на возвратные мутации при этом способе меньше,чем при линейном. Т.е формула Адамова и его таблицы для логарифмического способа не подходят.Это логично. При линейном способе поправка должна учитывать возвратные мутации по всем аллелям. А при логарифмическом только часть возвратных мутаций, те которые относятся к аллелю с модальным значением.
На небольших возрастах это малосущественно, на больших это будет заметно.

Небольшой комментарий по поводу поправок на обратные мутации в логарифмическом методе.

Я давал результаты не модельных, а практических расчетов во втором выпуске Вестника за этот год (стр. 202, "Оценки сходимости выборок в STR-филогении и анализ ветвей дерева R1a1"). Для ветвей с хорошо определяемым общим предков линейный и логарифмический методы дают идентичные результаты на временах от 1100 (ветвь ашкенази R1a1) до 3500 (западная евразийская ветвь R1a1) и даже 4500 лет (субклад R1b-U106, мои данные). Расхождение в величинах мутаций на маркер БЕЗ ПОПРАВКИ на обратные мутации в обоих методах не превышает 3 % вне зависимости от возраста ветви.

Если бы поправка на возвратные мутации в линейном и логарифмическом методах зависела бы от времен, мы, очевидно, наблюдали бы систематическое расхождение некорректированных величин по мере увеличения времени до общего предка. По физическому смыслу, совпадать должны только корректированные времена, к "сырым" величинам это не относится. Поскольку мы такого расхождения не видим, то логичнее всего допустить, что возвратные мутации действуют на число базовых гаплотипов в ветви с точно той же скоростью, что и на общее число мутаций. Если рассматривать накопление мутаций с позиций химической кинетики, так и должно быть при условии чисто стохастического характера процесса.

Чисто умозрительно, можно возразить, что у нас нет критерия, что ветви действительно сходятся к одному предку, базовый гаплотип не оказывается фантомным, а совпадение некорректированных времен - не результат компенсации ошибок. Однако, самое точное совпадение было получено на ветвях, подтвержденных по SNP (R1a1a7, субклады R1b), что дает серьезные основания считать, что скорости возвратных мутаций в линейном и логарифмическом методах одни и те же.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 21.6.2010, 16:45
Сообщение #14


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



А вот и интересная новость.
Цитата(aklyosov @ 20.6.2010, 20:59) *
Сейчас большую работу по ревизии скоростей мутаций проводит Кен Нортведт. Проводит анализ 7000 гаплотипов. Он не начинает с широковещательных заявлений, что у кого-то там неправильно. Он выносит получаемые данные на обсуждение, часть за частью, повторяя, что это только предварительно.

Он выставил пока девять скоростей по девяти маркерам, пропустив 385a, 385b и 389-2. Сумма по его новым значениям по этим девяти маркерам равна 15.77 мутаций на поколение, то есть в среднем на маркер 0.00175. У Чандлера по этим же маркерам сумма равна 15.49, то есть в среднем 0.00172, то есть разница менее чем в 2%. У Чандлера по первой панели средняя скорость 0.00187 на маркер, у меня - калиброванная - 0.00183 на маркер, разница - 2%. Эти все различия - глубоко внутри погрешностей расчетов.

Так что Кен ничего не вносит нового в отношении скоростей мутаций для расчетов времен до общих предков. Но он старается, 7000 гаплотипов - не хухры-мухры. Но это опять показывает, что никаких новых данных в этом отношении пока не появляется.


Вот это действительно интересно.Спасибо за новость. Считаю, что на данный момент такая калибровка наиболее перспективна. В тестировании по парам отец-сын маловато статистики, а по большинству маркеров 67-м стандарта её практически нет совсем. А калибровка по известным генеалогиям, на мой взгляд грешит ошибками, выходящими за рамки приемлимых погрешностей.

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 21.6.2010, 16:47
Сообщение #15


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Я и сам думал о подобной калибровке. И даже разработал методику для
неё. Но посчитал такую работу для себя неподъёмной, из-за нехватки времени.Очень бы хотелось надеяться, что Нордтвед, как хороший математик, это сделает,применив качественную и эффективную методику и избежав подводных камней на которые наткнулся Вертнер.Вертнер правда считал веса маркеров, но попутно получил и скорости. Я нашёл в его расчётах ошибки, может быть конечно не все. Мои расчёты давно готовы. Опять таки не хватает времени подготовить и выложить их на форуме в соответствующей теме.Надеюсь в ближайшее время выложу.
Ошибки эти я считаю методическими при правильной изначальной идее.А кому принадлежала идея В.Урасин в своей статье написал. Вот цитата из его статьи: "На форуме сайта dnatree.ru этот метод впервые был применен Павлом Шваревым в ноябре 2007 года для подсчета весов для сетей гаплогруппы R1a".

Кстати, Анатолий Алексеевич, Вы недавно ещё раз покритиковали расчёты Вертнера.Кроме одной, там совсем не те ошибки, на которые Вы указываете.Вы наверное просто невнимательно читали пояснения Вертнера. Эта одна ошибка в том, что Вы советовали ему привязываться к скоростям Чандлера, на 67м это 0,165, а он привязался к Вашей "калиброванной" скорости 0,145. Я как мог исправил эту и др. ошибки его расчётов, но об этом позже и в соответствующей теме.

Цитата(aklyosov @ 20.6.2010, 20:59) *
Правда, думаю, что гора родит мышь, но человек старается.

А я думаю, зря Вы так поспешно оцениваете работу Нордтведа. Посмотрим, что получится на других панелях.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
VVR
сообщение 21.6.2010, 16:49
Сообщение #16


Активист
***

Группа:  R1a
Сообщений: 368
Регистрация: 1.5.2009
Из: Харьков
Пользователь №: 2040



Цитата(aklyosov @ 20.6.2010, 16:49) *
Вы понимате, что те погрешности в 3, 5, 7, 10%, которыми Вы жонглируете на искусственных примерах, все укладываются в погрешности расчетов, которыми должны сопровождаться все вычисления?

Какие же 3,5,7,10%.
250 поколений 37 маркеров- занижение 26,3%
250 поколений 67 маркеров- занижение 26,2%
И это занижение только вследствие одного фактора - неправильного расчёта поправки на возвратные мутации.
А Вы ведь в своих расчётах оперируете и с большими возрастами.
Это укладывается в погрешности расчётов?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 21.6.2010, 20:10
Сообщение #17


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



biggrin.gif

Вам говорят - давайте реальные данные, скорости мутаций и расчеты, которые покажут ЛУЧШУЮ применимость Вашего подхода, а Вы все не даете данные. То Кена хвалите, не видя его данных, то упорно не замечаете того, что у Чандлера "быстрые мутации" взяты практически с потолка, и одинаковы в парах маркеров. У Вас, смотрю, просто идея: что сделано на стороне, то замечательно (даже когда не видели и не читали), что здесь - то плохо. Вам уважаемый Igor1961 толково ответил и объяснил, но Вы предпочли проигнорировать, и ни словом не ответили. Так что уважаемый Павел прав был в своей оценке.

Пока просто нет смысла обсуждать, нет оснований. Короче, давайте данные. Пока их нет.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 21.6.2010, 22:36
Сообщение #18


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(VVR @ 21.6.2010, 12:58) *
Назовите какие быстрые маркеры у Чандлера имеют одинаковую скорость.Или всё голословно.


Так вы и таблицу Чандлера не видели??

Или не знаете, где? Так и скажите.

Ладно, разговор окончен. Дела не видно.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 21.6.2010, 22:49
Сообщение #19


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Для интереса коллег - вот сегодняшние данные. Ко мне буквально ежедневно, а то и по несколько раз в день обращаются европейские и американские коллеги с просьбой просчитать серии их гаплотипов и объяснить, как это делать. Вот и сегодня обратились с серией из 51 гаплотипов субклада группы R1b1b2-M269. Вот что получилось. На 25, 37 и 67 маркерах все 51 гаплотип имели 112, 231 и 326 мутаций от базового гаплотипа. Это дало - естественно, с поправкой на возвратные мутации - 1275+/-175, 1325+/-160 и 1150+/-130 лет до общего предка. Как видно, все три серии - 25-маркерные, 37-маркерные, и 67-маркерные - дали практически одни и те же результаты. Это означает, что скорости мутации по всем трем протяженным форматам гаплотипов согласованы и сбалансированы. Они же откалиброваны, и дают времена до общих предков, согласующиеся с независимыми данными. Короче, здесь просто нет места для изменения величин констант скоростей мутаций, разве что на уровне "миллиметров", в пределах погрешностей счета.

Теперь о логарифмическом методе. На все 51 гаплотипов базовых 12-маркерных 21, базовых 25-маркерных шесть. Это дает - с поправкой на возвратные мутации - 1050 и 1250 лет до общего предка. Все - в пределах погрешности совпадают с линейным методом, а для 25-маркерных - вообще практически полное совпадение.

Наконец, генеалоги (которые и прислали гаплотипы) в письме написали, что по их генеалогическим оценкам общий предок всех 51 человек должен жить примерно тысячу лет назад. Так и получилось.

Ну, кто там выступал, что всё неправильно?


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Ostan
сообщение 22.6.2010, 18:38
Сообщение #20


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 685
Регистрация: 22.9.2008
Пользователь №: 804



Уважаемый VVR.
Мне стало интересно, что за примеры позволили Вам утверждать о недооценке ДНК-датировок известных исторических событий. По моим данным ДНК-датировки наоборот дают большие значения, чем данные историков и археологов. Свои примеры я попытался свести в табличку. Примеры или рассматривались нами на сайте, или просто случайно попали в сферу моего внимания.

Событие Датировка историческая Датировка археологическая Гаплогруппа ДНК-датировка

1. Приход Кадма в Европу из Африки через Ближний Восток 3400-3500 3350-3450 E1b1b1 3800
и Малую Азию и основание им Кадмеи ( греческих Фив )

2, Приход ариев на Русскую равнину - 4600 ( катакомбная R1a 4800
культура)

3. Разделение ветвей ЦЕ и ЗС R1a 2290 2200 ( пшеворская и R1a1a7 2400
зарубинецкая культуры)

4. Исход евреев 3450 3400 ( разрушение Иерихона) J2 3600


Список можно продолжить, но и в этом пока много спорного. Однако, уже сейчас просматривается тенденция, что ДНК-датировки дают завышенный результат.
Но это не связано с точность расчетов. Сама логика событий подсказывает, что поскольку мы имеем дело не с индивидом, а с родом, то и датировки относятся к роду. Т.е. среди людей, которых Кадм привел в Европу было много его двоюродных и троюродных братьев. А их общий предок жил, видимо, еще в Африке или в Тире. Поэтому небольшое превышение в 100-300 лет вполне логически объяснимо.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

3 страниц V   1 2 3 >
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 23.10.2019, 8:47
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU