Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



4 страниц V   1 2 3 > »   
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Осторожно: "популяционная Генетика", О разнице между ДНК-генеалогией и популяционной генетикой
aklyosov
сообщение 19.7.2011, 19:12
Сообщение #1


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Передо мной - типичная статья по популяционный генетике человека. Название статьи - "Распределение Y-хромосомных гаплотипов в центральной Португалии с использованием 17-STRs". Статья недавняя, в международном журнале.

Читаем: 17-маркерные гаплотипы были определены в 303 мужчинах, живущих в центральной Португалии. Всего выявили 287 гаплотипов, из которых 272 были уникальными. Индекс разнообразия гаплотипов (HD, Haplotype Diversity) был определен как 0.996.

Всё. Весь абстракт.

Попытаемся перевести на язык ДНК-генеалогии. Видимо, из 303 мужчин гаплотипы определились только у 287, у 16 мужчин гаплотипы не получились. Из этих 287 15 гаплотипов были одинаковыми у пар, троек, четверок и т.д., и остальные 272 гаплотипа были разными.

Гаплогруппы не определяли. Просто строгали гаплотипы, смешивая по разным гаплогруппам. Поэтому эти данные никому (у нас) не нужны. В какой-то гаплогруппе 15 гаплотипов совпали, но в какой - неясно. Сколько гаплотипов этой гаплогруппы было - неизвестно. Какой смысл имеет этот "индекс разнообразия" в смеси гаплотипов - неизвестно.

И нам уже много лет толкуют, что популяционная генетика и ДНК-генеалогия одно и то же.

Безумие.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Шоломич_*
сообщение 19.7.2011, 21:04
Сообщение #2





Гости






Цитата(aklyosov @ 19.7.2011, 20:12) *
Читаем: 17-маркерные гаплотипы были определены в 303 мужчинах, живущих в центральной Португалии. Всего выявили 287 гаплотипов, из которых 272 были уникальными. Индекс разнообразия гаплотипов (HD, Haplotype Diversity) был определен как 0.996.

Никакой элементарной смысловой нагрузки. Какой поп, такой и приход, а если быть точнее, то такая и генетика. Одним словом - попгенетика. Шибко аднака. biggrin.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
bugler
сообщение 19.7.2011, 21:45
Сообщение #3


Эксперт
*****

Группа: Знатоки
Сообщений: 1064
Регистрация: 10.5.2011
Из: Москвы
Пользователь №: 3366



Цитата(Шоломич @ 19.7.2011, 22:04) *
Цитата(aklyosov @ 19.7.2011, 20:12) *
Читаем: 17-маркерные гаплотипы были определены в 303 мужчинах, живущих в центральной Португалии. Всего выявили 287 гаплотипов, из которых 272 были уникальными. Индекс разнообразия гаплотипов (HD, Haplotype Diversity) был определен как 0.996.

Никакой элементарной смысловой нагрузки. Какой поп, такой и приход, а если быть точнее, то такая и генетика. Одним словом - попгенетика. Шибко аднака. biggrin.gif


Да-а-а-а-а! Статья по Гитлеру, которую я сегодня на форуме отпечатал почти академический труд.
Волшебная сила печатного слова!
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 23.8.2011, 17:41
Сообщение #4


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Совсем недавно вышла статья Малярчука, Деренко и др. в Journal of Human Genetics (2011, 1-6). Cтатья называется "Древние связи между сибиряками и америндами, выявляемые типированием галогруппы Q1a в Y-хромосоме" (на англ. языке).

Безумие продолжается. Налицо полное игнорирование того, что на всех сайтах (кроме молгена) потешаются над "скоростями Животовского". Это именно то, что авторы использовали, причем вся статья - о расчетах древних миграций по "скоростям Животовского". Главный вывод статьи - что древние люди перешли из Сибири через Берингов мост. Мы это и так знали, но авторы к этому добавили безумные расчеты. Они везде находили на самом деле бутылочные горлышки давностью 1000-1500-2000 лет, но по "методу Животовского" получали от 3 до 6 тысяч лет, а в целом - до 40 тысяч лет для 63 гаплотипов R1b1b1-M73. Если разделить на 3 (что есть грубое приближение) получим 13 тысяч лет, но это скорее всего будет примерно 16 тысяч лет.

В итоге статья, которая могла бы быть хорошей, стала очередным мусором. К сожалению. Пишут, ссылаясь на статью Balaresque, что гаплогруппa R1b зародилась в "Западной Азии" и про ее "неолитическую экспансию" (в Европу), не имея понятия, видимо, что Балареску в той статье восточнее Западной Азии и не заглядывала, и расчеты тоже вели по методу Животовского. По Балареску, R1b1 пришли в Европу 10 тысяч лет назад. Эта статья была подробно рассмотрена в Вестнике. На самом деле Балареску начала отсчет гаплогруппы R1b примерно от 4-5 тысяч лет назад, и он ее (R1b1) происхождении в те времена речи быть просто не может.

Кетов не рассматривали, но для южно-сибирских гаплотипов Q1a3*-M346 они получили 4500 тыс лет "по Животовскому", то есть примерно 1500 лет по правильному. Для тех же китайских и южно-пакистанских получили 20300 лет "по Животовскому", значит, примерно 6500 лет, хотя может быть почти любое число. Когда смешали, получили 7850 лет, что не мудрено, ветви-то разделять не умеют. Но дистанция между обеими всего две мутации на 7-маркерных гаплотипах, то есть общий предок всех перечисленных Q1a3 жил примерно 6525 лет назад. Вот и "Животовские" 20300 лет, как раз в 3 раза выше.

А поскольку статья пестрит их расчетными датировками "по Животовскому" и соответствующими историческими "соображениями" на основе совершенно неверных датировок, то статья, увы, мусор и есть.

Вот такая очередная "популяционная генетика". Когда они наконец поймут?



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 23.8.2011, 19:28
Сообщение #5


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(aklyosov @ 23.8.2011, 10:41) *
А поскольку статья пестрит их расчетными датировками "по Животовскому" и соответствующими историческими "соображениями" на основе совершенно неверных датировок, то статья, увы, мусор и есть.

Вот такая очередная "популяционная генетика". Когда они наконец поймут?
Видимо не скоро. 2/3 института общей генетики РАН на последних выборах директора проголосовали за Животовского. Это массовая болезнь россиянских генетиков. Лысенко в прошлом веке вырубил настоящих ученых, а позже в Союзе новую, нормальную школу, видимо, восстановить не успели. sad.gif


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Шоломич_*
сообщение 23.8.2011, 19:39
Сообщение #6





Гости






Цитата(Боромир @ 23.8.2011, 20:28) *
Цитата(aklyosov @ 23.8.2011, 10:41) *
А поскольку статья пестрит их расчетными датировками "по Животовскому" и соответствующими историческими "соображениями" на основе совершенно неверных датировок, то статья, увы, мусор и есть.

Вот такая очередная "популяционная генетика". Когда они наконец поймут?
Видимо не скоро. 2/3 института общей генетики РАН на последних выборах директора проголосовали за Животовского. Это массовая болезнь россиянских генетиков. Лысенко в прошлом веке вырубил настоящих ученых, а позже в Союзе новую, нормальную школу, видимо, восстановить не успели. sad.gif

Наверное потому, что нормальная школа разъехалась в Бостон и Токио. smile.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
vladgor
сообщение 23.8.2011, 20:00
Сообщение #7


Знаток
****

Группа: i1
Сообщений: 699
Регистрация: 2.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 511



Цитата(Боромир @ 23.8.2011, 20:28) *
[ на последних выборах директора проголосовали за Животовского. Это массовая болезнь россиянских генетиков. Лысенко в прошлом веке вырубил настоящих ученых, а позже в Союзе новую, нормальную школу, видимо, восстановить не успели. sad.gif


Вот и здорово.
Академии и нужно выстраивать НОВУЮ ШКОЛУ.
Она к кстати и шаг за шагом и строится. В конкурентной борьбе.


--------------------
Y-DNA: I1
mt-DNA: ? (Unknown)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 23.8.2011, 23:13
Сообщение #8


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Цитата(vladgor @ 23.8.2011, 13:00) *
Цитата(Боромир @ 23.8.2011, 20:28) *
[ на последних выборах директора проголосовали за Животовского. Это массовая болезнь россиянских генетиков. Лысенко в прошлом веке вырубил настоящих ученых, а позже в Союзе новую, нормальную школу, видимо, восстановить не успели. sad.gif


Вот и здорово.
Академии и нужно выстраивать НОВУЮ ШКОЛУ.
Она к кстати и шаг за шагом и строится. В конкурентной борьбе.
Не питайте иллюзий. В науке под школой подразумевается талантливый ученый собравший под свое крыло плеяду других талантливых ученых, его последователей. Чтобы была конкурентная борьба надо, по крайней мере, иметь ровное для всех поле для этой борьбы.

Только не нужно говорить, что такие условия для ученых созданы в Россиянии. Тут намедни информация прошла, что очередной россиянский миллиардер за четверть миллиарда долларов купил себе особнячок в Англии. А Вы говорите наука. Для серьезной науки нужны серьезные денежные вливания, а не распил денег под видом науки.

Из моего института биоорганической химиии АН СССР, а это был лидирующий в Союзе институт по молекулярному направлению в биологии, я знаю только одного возвращенца. И то у него были старые комсомольские связи. Кстати, бывший последний парторг тоже слинял сюда, в Штаты, прикинувшись овечкой. А Вы говорите конкуренция. smile.gif


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_казак_*
сообщение 24.8.2011, 1:32
Сообщение #9





Гости






В век коммуникаций место жительства не важно. Школа же создана и существует давно. Школа А. Клесова. Должен признаться, что мне в ней интересно.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.8.2011, 2:06
Сообщение #10


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(aklyosov @ 23.8.2011, 23:41) *
Безумие продолжается. Налицо полное игнорирование того, что на всех сайтах (кроме молгена) потешаются над "скоростями Животовского". Это именно то, что авторы использовали, причем вся статья - о расчетах древних миграций по "скоростям Животовского".

Но даже им пришлось наступить на горло собственной песне, и провести в статье о Сев. Кавказе параллельные расчеты по нормальной методике, чтобы их соавторы-лингвисты не сняли свои подписи. Так и представляется диалог в стиле торговли советских времен:

Попген: По нашим расчетам, предки осетин-иронцев и дигорцев разделились 4000 лет назад.
Лингвист: blink.gif huh.gif ohmy.gif
Попген: Наши методики откалиброваны по историческим событиям и приняты мировым сообществом.
Лингвист: tongue.gif mellow.gif
Попген (на ухо): Но вообще-то есть один метод, который дает 1400 лет, но он совсем не проверенный, и в приличном обществе о нем не принято говорить.
Лингвист: А давайте напишем и ту, и другую цифру!
Попген (глядя в пол): Мне надо посоветоваться с шефом.
(Уходит)
Спустя некоторое время.
Попген: Шеф сказал, можно написать в виде исключения, потому что Кавказ - это особый случай, и в качестве примера его приводить не надо.
Лингвист: По рукам. Вот вам мои расчеты, а вы уж сами между собой разберитесь, где особый случай, а где нет. Мне не шашечки нужны, мне ехать.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 24.8.2011, 4:08
Сообщение #11


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Смех смехом, но это на самом деле трагедия. Сотрудники академических институтов не имеют понятия, и не задумываются, когда применяют одну и ту же скорость мутации к гаплотипам любого формата - 6-, 7-, 8-, 9-, 10-, 12-маркерные, и любые остальные. Они что, не соображают, что у каждого маркера своя скорость мутации, и, следовательно, у каждого гаплотипа тоже своя скорость мутации?

Они что, не понимают, что в наборах гаплотипов есть разные ветви, разного размера, с разным возрастом? Как можно это все смешивать в кучу, и делить на одну и ту же величину, якобы универсальную "скорость мутации"?

Как можно не следить за дискуссиями на форумах по своей тематике? Ведь нет ни одного англоязычного форума, на котором не посвятили критических рассмотрений "популяционной скорости Животовского". Про наш я и не говорю. Диенекес посвятил несколько разгромных статей этому методу. Как можно настолько не уважать то, чем занимаешься, чтобы не обращать на все это никакого внимания? Неужели в их среде это и не обсуждают? Не знают? Или просто настолько наплевать на то, чем занимаются?

Вот эта деградация академической науки в лице "популяционных генетиков" - самое поразительное.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
vladgor
сообщение 24.8.2011, 4:40
Сообщение #12


Знаток
****

Группа: i1
Сообщений: 699
Регистрация: 2.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 511



Цитата
Не питайте иллюзий. В науке под школой подразумевается талантливый ученый собравший под свое крыло плеяду других талантливых ученых, его последователей. Чтобы была конкурентная борьба надо, по крайней мере, иметь ровное для всех поле для этой борьбы.


Я и не питаю иллюзий.
Речь о развитии НАШЕЙ АКАДЕМИИ. А в РАНе (в основном) вся научная жизнь под мягкое, нежное мурлыканье сегодняшних капитанов - пошла на дно.

Цитата
...Только не нужно говорить, что такие условия для ученых созданы в Россиянии. Тут намедни информация прошла, что очередной россиянский миллиардер за четверть миллиарда долларов купил себе особнячок в Англии. А Вы говорите наука. Для серьезной науки нужны серьезные денежные вливания, а не распил денег под видом науки.. smile.gif


Десятки таких информационных примеров просачиваются в СМИ.
Это БОЛЬШОЕ ГОРЕ поселилось на нашей РОДИНЕ. Отдельная тема для дискуссии.


--------------------
Y-DNA: I1
mt-DNA: ? (Unknown)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
vladgor
сообщение 24.8.2011, 4:50
Сообщение #13


Знаток
****

Группа: i1
Сообщений: 699
Регистрация: 2.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 511



Цитата(казак @ 24.8.2011, 2:32) *
В век коммуникаций место жительства не важно. Школа же создана и существует давно. Школа А. Клесова. Должен признаться, что мне в ней интересно.

Да, и Вы уважаемый Юрий Викторович являетесь не только интересующимся наблюдателем, а активным строителем НОВОЙ АКАДЕМИИ.
Иногда правда с плеча строительной лопатой (шашкой) ЗА ПРАВДУ хорошо рубите! laugh.gif
В каждого своё место в строю АКАДЕМИИ.


--------------------
Y-DNA: I1
mt-DNA: ? (Unknown)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 24.8.2011, 18:41
Сообщение #14


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Очередная сенсация, средства массовой информации полезли, как водится, на стенку. Я статью еще не читал, но читал сегодняшние материалы BBC, которые слово в слово переведены ниже. В статье 28 авторов, в основном итальянцы. Ведущий автор - Cristian Capelli.

На английском языке материал (не сама статья) называется "Исследование ДНК наносит удар по теории происхождения европейцев". Сама статья называется не в пример более скромно: "заселение Европы и рассказ об осторожности работы с хромосомной линией R-M269". Примерно так.

Какие мнения по тому, что ниже?

***********************

Нанесён удар гипотезе о том, что большинство европейских мужчин — потомки земледельцев, пришедших с Ближнего Востока 5–10 тыс. лет назад и вытеснивших местных охотников. Новое исследование считает, что масштабы вытеснения сильно преувеличены.
Археологические находки показывают, что люди современного типа впервые поселились в Европе примерно 40 тыс. лет назад — во времена палеолита. Около 20 тыс. лет назад они пережили ледниковый период, отступив в относительно тёплые регионы на юге континента, после чего снова проникли на северные территории. Где-то 10 тыс. лет назад в Передней Азии на смену присваивающему хозяйству пришло производящее, и из Анатолии в Европу потянулся ручеёк переселенцев, нёсших с собой новую культуру и более передовую экономику.

В какой степени современные европейцы являются потомками этих древних земледельцев и в какой — коренных охотников-собирателей? Этот вопрос по сей день остаётся предметом отчаянных споров. Результаты исследований сильно варьируются в зависимости от того, какие изучаются генетические маркеры и как они толкуются.

На этот раз международная группа специалистов сосредоточила внимание на Y-хромосоме, которая передаётся более или менее неизменной от отца сыну. Свыше 100 млн евромужчин имеют тип R-M269. Более всего он распространён в Западной Европе: в Испании, Ирландии и Уэльсе (то есть на краю Атлантики) частотность этого типа достигает 90%. Тем не менее в 2010 году Патрисия Балареск и её коллеги из Лестерского университета (Великобритания) показали, что генетическое разнообразие R-M269 увеличивается по мере продвижения на восток, достигая пика в Анатолии.

Генетическое разнообразие используется как мера возраста: чем дольше существует род, тем больше разнообразие. Исходя из этого, лестерские учёные оценили время присутствия R-M269 в различных европейских популяциях в 5–10 тыс. лет, что совпадает с неолитическим исходом.

Впоследствии были опубликованы две статьи, подтверждавшие эти выводы, и одна работа, которая, напротив, говорила о том, что источником R-M269 могло быть палеолитическое население Европы.

Новую попытку прояснить ситуацию предприняли Кристиан Капелли и Джордж Басби из Оксфордского университета (Великобритания), а также их зарубежные коллеги. Результаты на основе выборки более чем из 4 500 мужчин, представлявших Европу и Западную Азию, не показали тенденции к географическому многообразию R-M269, которой можно было бы ожидать, если бы данный тип Y-хромосом восходил к неолитическим земледельцам Анатолии.

Более того, учёные предполагают, что некоторые маркеры Y-хромосом являются менее надёжными, чем другие, для оценки возраста генетической родословной. На этом основании они утверждают, что актуальные аналитические инструменты не подходят для датировки распространения R-M269. Поэтому никакое исследование не может ответить на вопрос, когда вездесущая R-M269 распространилась по Европе. «Сегодня невозможно говорить что-либо о возрасте этой линии», — отмечает г-н Капелли.

Увеличение частоты R-M269 в направлении Западной Европы уже давно рассматривается некоторыми исследователями как признак того, что в этом регионе сохранились палеолитические гены.

Возможно и более позднее происхождение R-M269. Но исследователи отмечают, что после появления сельского хозяйства в Европе начался демографический бум — и новым мигрантам было бы очень трудно вытеснить местное население.

Результаты исследования опубликованы в журнале Proceedings of the Royal Society B.

Подготовлено по материалам Би-би-си.

Подробнее: http://news.mail.ru/society/6647556/?frommail=1


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.8.2011, 18:49
Сообщение #15


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Оригинальная ссылка:
http://rspb.royalsocietypublishing.org/sea...p;x=31&y=10

Текст и сопроводительная информация доступны для свободной загрузки. Имеется список из 1035 15-маркерных гаплотипов (YFiler без пары DYS385a,b ).

George B. J. Busby, Francesca Brisighelli, Paula Sбnchez-Diz, Eva Ramos-Luis, Conrado Martinez-Cadenas, Mark G. Thomas, Daniel G. Bradley, Leonor Gusmгo, Bruce Winney, Walter Bodmer, Marielle Vennemann, Valentina Coia, Francesca Scarnicci, Sergio Tofanelli, Giuseppe Vona, Rafal Ploski, Carla Vecchiotti, Tatijana Zemunik, Igor Rudan, Sena Karachanak, Draga Toncheva, Paolo Anagnostou, Gianmarco Ferri, Cesare Rapone, Tor Hervig, Torolf Moen, James F. Wilson, and Cristian Capelli

The peopling of Europe and the cautionary tale of Y chromosome lineage R-M269
Proc. R. Soc. B published online before print August 24, 2011, doi:10.1098/rspb.2011.1044

Abstract
Recently, the debate on the origins of the major European Y chromosome haplogroup R1b1b2-M269 has reignited, and opinion has moved away from Palaeolithic origins to the notion of a younger Neolithic spread of these chromosomes from the Near East. Here, we address this debate by investigating frequency patterns and diversity in the largest collection of R1b1b2-M269 chromosomes yet assembled. Our analysis reveals no geographical trends in diversity, in contradiction to expectation under the Neolithic hypothesis, and suggests an alternative explanation for the apparent cline in diversity recently described. We further investigate the young, STR-based time to the most recent common ancestor estimates proposed so far for R-M269-related lineages and find evidence for an appreciable effect of microsatellite choice on age estimates. As a consequence, the existing data and tools are insufficient to make credible estimates for the age of this haplogroup, and conclusions about the timing of its origin and dispersal should be viewed with a large degree of caution.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.8.2011, 19:27
Сообщение #16


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Если я правильно понял крайне запутанный ход рассуждений, попгены изобрели велосипед - обнаружили, что на разных наборах маркеров нужно применять разные скорости мутаций. Слово "калибровка", правда, там не прозвучало unsure.gif

Our analysis confirms that this phenomenon is not specific to the R-M269 haplogroup nor to methods using ASD. Figure 4b shows that STRs with high D produce larger estimates of T. What is clear is that estimates of T implicitly depend on the STRs that are selected to make this inference. Using BATWING on an HGDP population for which 65 Y-STRs are available, we have shown that the median estimate of TMRCA can differ by over five times when STRs are selected on the basis of the expected duration of linearity (electronic supplementary material, figure S4). While researchers take into account STR mutation rates when estimating divergence time with ASD, commonly used STRs do not have the specific attributes that allow linearity to be assumed further into the past. The majority of haplogroup dates based on such sets of STRs may therefore have been systematically underestimated.

Может, им графики с документальными генеалогиями послать? wink.gif

Карты субкладов Р312 (в тексте S127), U106 (aka S21), L21 (aka S145) и U152 (aka S28) также Америку не открыли - в гораздо больших подробностях они давно доступны на сайтах, посвященных ДНК-генеалогии. Такое ощущение, что какой-то кустарь-самоучка сварганил нечто на 4-х колесах и с гордостью въехал на своем "чуде" на автошоу.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 25.8.2011, 3:16
Сообщение #17


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Почитал я статью. Это, конечно, кошмар. Популяционная генетика в своем отталкивающем обличье.

Действительно, авторы открыли (!), что разные маркеры мутируют с разными скоростями, и они вошли в ступор, как же Животовский со товарищи применяют для всех форматов гаплотипов одну и ту же скорость мутации под названием "популяционная скорость", а именно 0.00069 мутаций на маркер для любых комбинаций маркеров.

То есть то, над чем мы здесь уже больше трех лет смеемся, до них только сейчас дошло. По этой причине они предупреждают международное содружество, что надо к расчетам относиться осторожно, потому что какой другой гаплотип не возьмешь - все разные результаты получаются.

Они даже слово "с осторожностью" в название статьи вынесли, так их пробрало. То, что я еще в 2009 году таблицу для более чем 20 форматов гаплотипов опубликовал в J. Genet. Geneal., они понятия не имеют. То, что в Human Genetics в том же 2009 году о том же писал, и значения приводил - они тоже понятия не имеют.

Будучи в шоке от такого "открытия", они так статью и закончили: "For now, we can offer no date as to the age of R-M269 or R-S217 (это L11 - AK)...". То есть "мы не можем посчитать времена для общего предка субкладов М269 и L11", потому что в тупике. На самом деле это все давно уже посчитано и опубликовано. Я послал Вестник с последней статьей с этими расчетами Capelli, Gusmao, Tоfanelli и Wilson (все они авторы этой статьи), потом расскажу, как они отреагировали. На самом деле эти датировки я публикую, с уточнениями или без, с 2008 года.

Кстати, Wilson - это тот Jim Wilson, который над недавно прислал открытое письмо, выставленное здесь уважаемым Павлом, и который очень интересовался, как мы рассчитываем датировки для R1a1. Оказывается, он работает в Ethnoancestry Ltd, о чем нам не упомянул. То есть попросту приходил пошпионить. Я ему тогда написал большое письмо, которое помещено в последнем Вестнике в разделе ДИСКУССИИ.

Обратно к статье. Итак, вывод первый. Они поняли, что "метод Животовского" - это мусор. Уже хорошо. По этому поводу они раскритиковали Балареску и Морелли, за то, что они применяли "метод Животовского" и явно завысили возраст общего предка М269. Ну, это мы и так знали. В Вестнике есть подробный разбор статей и Балареску, и Морелли.

Дальше, Капелли в этой статье рассмотрели тысячи гаплотипов R1b1b2, но дальше Малой Азии не заглянули. Они хотели именно европейские, потому проигнорировали азиатские - и уйгурские, и казахские и прочие среднеазиатские. Более того, они вычеркнули и все L23, значит, кавказские, анатолийские, ассирийские и прочие. И пришли к выводу, что если их всех вычеркнуть, то возраст всех оставшихся М269 один и тот же. Нет никакого "клина" с востока на запад. А что же они хотели и на что рассчитывали? Клин именно дает переход от L23 (6000 лет) до европейских гаплотипов (4000 лет). Известно, что по всей Европе возраст R1b1a2 один и тот же, кроме Островов с молодыми М222, которые авторы этой статьи и не анализировали.

Создается впечатление, что авторы и не знают ничего про субклады R1b1a2, кроме верхних. На рис. 1 у них приведены субклвды, всего семь. М222 среди них есть, но его нет ни на картинках, ни в расчетах. Впрочем, расчетов у них тоже нет.

Смешно, что они написали, что "вопреки общему убеждению, результат расчетов (возраста общего предка) зависит от выбора маркеров в гаплотипе". То есть они кроме Животовского и его последователей (типа тех же Балареску и Морелли) ничего больше не читали и не знают.

В целом, статья производит впечатление своей жуткой убогостью. Там, где очевиден субклад L23, они пишут "восточный мотив M269 (DYS393 - 12)". И так далее в том же духе. На рис. 2 вся Иберия зачернена L11, так они пишул, что миграции в Европе шли с востока. Если старейший субклад на Пиренеях, и нигде в Европе его больше нет (есть еще на Островах, куда Колоколовидные Кубки тут же достигли морем), то какое с востока? То есть придумать все можно, могли и на вертолете с востока долететь, но надо же начинать с простейшего объяснения. Субклад Р312 вообще не рассматривали, сразу от L11 перескочили к L21, U152, U106. Ну и получили, естественно, что два последних во Франции. А то, что Р312 на Пиренеях, откуда дочерние U106 и пошли во Францию, об этом у них ни слова. Вообще вот эта сумбурность тоже приятно удивляет.

Вот замечательная фраза. Для установления времени общего предка "мы показали, что не все STR равны в этом контексте". Они показали!! С ума сойти. Так и пишут - "we have shown that not all STRs are of equal use in this context".

Популяционная генетика. Что с них взять.

В общем, популяционная генетика.




--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 25.8.2011, 3:37
Сообщение #18


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Полагаю, сам автор пресловутой модели, будучи профессиональным математиком, осознает ее недостатки, но по каким-то причинам не хочет отказываться от нее, и давит своим авторитетом. Вот и приходится попгенам выкручиваться, чтобы и овцы были целы, и волки сыты. Самое лучшее, что до сих пор они придумали - это обрубить гаплотип до 6-9 маркеров и считать свои "вариативности" в таком грубом приближении. С зябликами и белочками, что размножаются раз в год, а то и чаще, наверное, такое искусственное загрубление имеет смысл, а с людьми - сплошной конфуз mellow.gif


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 25.8.2011, 4:01
Сообщение #19


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Так они свои "вариантивности" и в этой работе поперек ветвей и субкладов считают. При этом такую "математику" наводят, что цирка не надо.

-- "Interpolation was performed using the inverse distance weighting procedure".

-- "The R statistic package".

-- "Median STR variance" - это поперек ветвей и субкладов-то.

-- "...following 1000 bootstrap replicates with replacement over individuals".

-- "Regresssion analysis was performed in R to compare average STR variance" - и это опять поперек ветвей гаплотипов.

Думаю, что популяционные генетики в цирке не смеются.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 25.8.2011, 4:01
Сообщение #20


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6924
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Igor1961 @ 25.8.2011, 1:27) *
Может, им графики с документальными генеалогиями послать? wink.gif


Например, этот, что сделан для использованного авторами формата.

[attachment=754:Lin_16.PNG]

В качестве экспериментальных точек использовались данные из документальных генеалогий (охват от 300 до 2300 лет назад) и датировки надежно сходящихся ДНК-генеалогических линий, рассчитанные в максимально точном из имеющихся приближений - по 67-маркерным гаплотипам лнейным методом с поправкой на возвратные мутации.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

4 страниц V   1 2 3 > » 
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 22.10.2019, 7:02
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU