Обновленное Генеалогическое Дерево Гаплoгрупы A И Современного Человека. Опции

[Stanislaw]

Обновленное генеалогическое дерево гаплoгрупы A и современного человека.



или в pdf.
http://www.tropie.tarnow.opoka.org.pl/adam_root2012.pdf

Во вертикали А0 учли SNPs:
Jones, Dorsey, Simms, Boon и "Bakola" (по Cruciani).

[Igor1961]

Все логично. И чем оно принципиально отличается от дерева, построенного по 22-маркерной панели STR?

http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?act=...post&id=951

Топология одна и та же, при этом дерево STR дает более аккуратные датировки.

[aklyosov]

Обновленное генеалогическое дерево гагаплoгрупы A и современного человека.

Нормальное дерево, мы с ним давно работаем. Только это дерево не "гаплогруппы А и современного человека", там все мутации получены от современных людей. И там не "гаплогруппа А", а серия гаплогрупп. Остальное все верно:-))

Но есть вопросы:

1. Кто конкретно имел именно гаплогруппу А1, имя?

2. Кто конкретно имел гаплогруппу А1b, имя?

3. Если таких не было, на каком основании разделены А1 и А1b?

4. Почему М91 в ВТ, а не в левой ветви? Для ответа посмотрите на предковую последовательность снипа и на ту же в ВТ и в левой ветви. Впрочем,в списке ISOGG вы его не найдете, он удобно пропущен.

[Люда]

Да, отличий практически никаких. Я увидела из основных - Р305 и L986 переместились в А1. Я об этом писала еще 24.4 и 9.5.2012
Сообщение #187
...
3) Не понимаю, почему Р305 снип А0, по-моему он должен быть в А1.
4) Не вижу в Табл. L986. На схеме он в А0, а должен быть в А1 (найден в А0 -"G", у шимпанзе "А").

Бедный Перри, он так и остался один.

[Люда]

P.S. Присмотрелась, внутри А0 перетасовались группы. Почему-то L1005 cтал снипом А1, хотя у шимп. и чел.последовательности в базе данных в этой позиции одинаковый нуклеотид - А.

[aklyosov]

Да, отличий практически никаких. Я увидела из основных - Р305 и L986 переместились в А1.

Да, дерево уже подправлено. P305 у них еще совсем недавно был в А0, теперь уже в А1. Наша критика возымела действие. То же и с L986.

Надеюсь, получу ответ на свои вопросы выше.

Занятно, что "Адам" заметно постарел. Интересно. как теперь адепты ISOGG определяют его возраст.

Еще интересно то, что неандертальны не были чернокожими, как и неафриканцы (альфа-гаплогруппа). То есть при расхождении предков неандертальцев и хомо сапиенс обе линии были нечернокожими, и обе были не в Африке.

А вот А0 были, видимо, чернокожими. То есть это какая-то параллельная линия, которая идет даже древнее неандертальцев.

Еще занятно то, что бушмены (гаплогруппа В, как я понимаю), тоже нечернокожие.

[Igor1961]

Еще занятно то, что бушмены (гаплогруппа В, как я понимаю), тоже нечернокожие.

Как раз среди бушменов гаплогруппа В встречается относительно редко. В последней по времени статье T. Naidoo et al. Development of a single base extension method to resolve Y chromosome haplogroups in sub-Saharan African populations Investig Genet. 2010; 1: 6 есть статистика по 183 бушменам Южной Африки (Table 3). Детали сбора образцов и племенная принадлежность их носителей не уточняются, но, исходя из современной численности этого народа (около 100 тыс. человек), такая выборка соответствует примерно одному образцу на 275 человек. То есть, покрытие очень плотное.

Из этих 183 человек 52 (28,4 %) дали положительный тест на снип М51. Это A1b1b2a в текущей версии ISOGG. К ним можно добавить носителей снипов М14 (A1b1a1a) - 5 чел., M114 (A1b1a1a1a) - 8 чел., и P28 (A1b1a1a1b) - 16 чел. Итого, представители гаплогрупп, объединенных под A1b1, собирают 44.3 % бушменов из выборки. У их ближайших соседей - банту Южной Африки, в этом же исследовании нашли 5 % (17 из 343) представителей гаплогруппы A1b1b2a. Очевидно, следствие метисации и ассимиляции, что, несомненно, имела место за долгое время соседства. Достаточно взглянуть на портрет Н. Манделы,
коса (xhosa, первый звук - щелчок) по национальности.

На втором месте идут различные субклады, нисходящие к E1b1a: М2 (E1b1a) - 24 чел., M58 (E1b1a1a1a) - 2 чел., M154 (E1b1a1a1g1c) - 2 чел., М191 (E1b1a1a1f1a) - 14 чел. Все вместе они набирают 23,0 % от выборки. С большой долей уверенности происхождение этих линий можно связать с метисацией бушменов окружавшими их, и намного более превосходящими по численности банту. Среди них этот же набор снипов дал 66 %.

На третьем - 29 человек (15,8 %) со снипом M35. Это гаплогруппа E1b1b1, характерная для жителей Средиземноморья и Африканского Рога, но весьма редкая в субсахарской Африке (1,5 % у банту Южной Африки в том же исследовании).

Лишь затем следуют 13 человек (7,1 %) со снипом Р6 (B2b1), к которым примыкают обладатели снипов M112 (B2b*) - 2 чел., и Р8 (B2b4a) - 5 чел. Итого получается 10,9 % представителей гаплогруппы B2b, практически отсутствующей в выборке южноафриканских банту (1 из 343). Среди последних с частотой 16 % встречается другой субклад - B2a1a (M152).

Из оставшиеся 10-ти человек 6 или 7 - явные потомки европейских поселенцев из гаплогрупп I (M170) - 1, R1a1a (M198) - 2, и R1b (M343) - 3. 300 лет совместного проживания и распространенная практика бурских фермеров брать себе наложниц из местного населения не могли не сказаться. Один носитель снипа M34 (E1b1b1b2a1) может, в принципе, оказаться как потомком белого иммигранта, так и одним из членов ветви, маркированной М35.

Наконец, трое - представители гаплогруппы Е2, встречающейс с частотой 10,2 % у южноафриканских банту. Очевидно, от последних и досталась.

Итого, специфичечески койсанскими линиями в этой выборке можно назвать A1b1, B2b и E1b1b1, которые вместе собирают 71 % выборки южноафриканских бушменов. Последняя группа дала отрицательные результаты по нисходящим снипам M78 (E1b1b1a1), M148 (E1b1b1a1c1), M81 (E1b1b1b1a), M107 (E1b1b1b1a1 - private), M165 (E1b1b1b1a2a - private), M123 (E1b1b1b2a), M34 (E1b1b1b2a1), M136 (E1b1b1b2a1a1) и M281 (E1b1b2), что уводит ее общего предка с европейскими и ближневосточными ветвями того же субклада, как минимум, на 12000 лет назад.

В этой весьма репрезентативной выборке (см. выше) не были обнаружены гаплотипы А0, что ставит под сомнение популярное утверждение, что бушмены - потомки самых ранних людей. Их необычайно большая вариативность - следствие наложения нескольких далеко разошедшихся линий, производных от альфа-гаплогруппы, а вовсе не знак того, что эта этническая группа какая-то особенно древняя.

Где и когда они перемешались, дав в итоге современную популяцию койсанских народов, мы не знаем. Если исходить из того, что гаплоруппы A1b1 и E1b1b1 весьма характерны для юга Аравийского п-ва и Африканского Рога, то по имеющимся данным можно предположить, что предки бушменов сформировались где-то в этом районе между 15 и 12 тыс. лет назад, и лишь затем мигрировали на юг Африки. Встретили ли они там других людей и смешались с ними, или те уже вымерли к тому времени, мы не знаем. Бесспорно лишь, что за этой миграцией последовал долгий период изоляции (вплоть до появления скотоводов банту в начале нашей эры), в течение которого "вымылись" другие генеалогические линии. В свою очередь, сохранились те, что оказались минорными во времена неолитической революции на Ближнем Востоке, и исчезли там.

Так что имеющиеся данные по Y хромосоме койсанских народов не дают никакй дополнительной поддержки гипотезе Out-of-Africa. Все логично объясняется без привлечения ее постулатов.

[Люда]

Перри пока никуда не определили, но ведь 28(по моим подсчетам) из его снипов должны перейти в А1.

[bugler]

Да, отличий практически никаких. Я увидела из основных - Р305 и L986 переместились в А1.

....
Еще интересно то, что неандертальны не были чернокожими, как и неафриканцы (альфа-гаплогруппа). То есть при расхождении предков неандертальцев и хомо сапиенс обе линии были нечернокожими, и обе были не в Африке.

А вот А0 были, видимо, чернокожими. То есть это какая-то параллельная линия, которая идет даже древнее неандертальцев.

Еще занятно то, что бушмены (гаплогруппа В, как я понимаю), тоже нечернокожие.

Я думаю, что и А0 не были чернокожими (или точнее негроидами). Это всё пре-палеантропы. Или гейдельбергский человек в своих проявлениях. Неандерталец это специализированная форма гейдельбергца, а A0 - африканская форма, жившая в наиболее благоприятных условиях ( возле тропиков). Альфа-гаплогруппа, скорее всего, с Ближнего Востока, где условия были более жёсткие. Отсюда и шёл исход в Африку, Европу и Азию. Расообразование началось где-то 40 тыс.лет назад.

[aklyosov]

Расообразование началось где-то 40 тыс.лет назад.

Так не получается, если следовать ряду положений антропологов. По их понятиям, лопатовидным резцам у монголоидов не менее миллиона лет. Если так, то расы были сотни тысяч лет, но передача их носителям мужских гаплогрупп видна как только недавняя. Думаю, это фокусы бутылочных горлышек. Более того, в передаче расовых признаков участвовали женщины, которые на нашем дереве не отражены.

[Odin]

Ладони всех людей светлые, у Неандертальцев головная коробка была больше чем у Сапиенса-Сапиенса, возможно Неандертальцы потеснили Сапиенса-Сапиенса в Африку.

[bugler]

Расообразование началось где-то 40 тыс.лет назад.

... По их понятиям, лопатовидным резцам у монголоидов не менее миллиона лет. Если так, то расы были сотни тысяч лет, но передача их носителям мужских гаплогрупп видна как только недавняя. Думаю, это фокусы бутылочных горлышек. Более того, в передаче расовых признаков участвовали женщины, которые на нашем дереве не отражены.

Да! Так получается, когда антропологи оценивают одни признаки и замалчивают о других.Если оценка ведётся комплексно, отталкиваясь от современных значений (минимум- максимум, исключая паталогию), то негроиды в Африке появились не ранее 40 тыс.лет. А монголоиды в Центральной Азии и того меньше (время зависит от заселения Америки, т.к. там переходная форма монголоидов). Причём в Австралии признаки более европеоидные, чем в других местах.
Таким образом оценка опять зависит от масштаба измерений.
А женщины, безусловно, внесли свой вклад. Стоит вспомнить таримские мумии.

[bugler]

Ладони всех людей светлые, у Неандертальцев головная коробка была больше чем у Сапиенса-Сапиенса, возможно Неандертальцы потеснили Сапиенса-Сапиенса в Африку.

Да нет! Неандертальцы "классические" это специализированная форма. Такие формы образуются при значительной изоляции популяции. Умеренный климат и специализация охотника на крупную дичь увела их в сторону. Сейчас спорят об их видовой обособленности, но твёрдых доказательств нет. Возможно отдельные популяции и отделились от вида Homo, но не все. Они могли участвовать в антропогенезе в районе Передней Азии, чему есть некоторые предпосылки. Безусловно то, что мозги у них работали по другому, так как орудия мустье связываются с ними однозначно.
А неандертальцы "атипичные" это гейдельбергский человек в своём многообразии. Ашельская индустрия.

[Stanislaw]

Топология одна и та же, при этом дерево STR дает более аккуратные датировки.

1) Датировки были бы более аккуратные, если бы была возможность считания всех мутаций СТР. Hа дороге симуляции выступил и такой случай, что из пяти мутаций между двумя гаплoтыпами выявилась только одна, так как все оставшееся четыре были идеально палялельнэ.
2) Программный ”1000 геномов” в сфере 24 миллионов пар принципов выявили в каждом образце в среднем 18,700 SNP. это над 2 SNP на поколение. А счет SNP не представляет собой такой проблемы как мутации STR. SNP кроме того однозначно показывает первого предка.

1. Кто конкретно имел именно гаплогруппу А1, имя?
2. Кто конкретно имел гаплогруппу А1b, имя?
3. Если таких не было, на каком основании разделены А1 и А1b?

На что нужное вам имя, если Kahn и WTY их не публикуют?
1) Снипы гаплoгрупы A1 мы имеем все: почти все aфыканьцы и все гаплoгрупы неафрыканьские.
Мы своe им знаем...
21 SNP в гаплoгрупе А1 общее (bottleneck?), прежде чем возникло разветвление (coalescentia) популяции.
2) Гаплогруппу А1b конкретно имели: Stanisław, Anatolij, Ludmiła, Igor..., все неафрыканьцы и много aфрыканьцeв из гаплoгруп A1b1a, A1b1b и их подгрупп. Имя aфрыканьцeв находятся между прочим в стороне Hg. A Project FTDNA.
http://www.familytreedna.com/public/Haplog...ection=yresults
3) Снипы тестированые напр. в пределах WTY частично как будто снипами рода, а частично соединяются (coalescentia) в большие группы, обозначающие более далекиx и наиболее далекиx предков. Такими снипами групп предков: 22 SNP BT, 2 SNP А1b и 21 SNP А1.
Все над А1 снова соединяются с снипами над А0 и создают... Адама.

Почему М91 в ВТ, а не в левой ветви?

На эту тему была большая дискуссия на форум Родство.
Игорь хорошо знается с делом.

P.S. Присмотрелась, внутри А0 перетасовались группы. Почему-то L1005 cтал снипом А1, хотя у шимп. и чел.последовательности в базе данных в этой позиции одинаковый нуклеотид - А.

Так, это может быть ошибка Крагна.
В index ISOGG SNP 1005: G -> A.

[Odin]

Если я правильно понял, А или АТ = L74, то-есть у всех L74+
А вот интересно вдруг у Меланезийцев найдут немного Y* L74-, раз у них есть до 6% "Денисовского" генома.

[Odin]

У Perry L74-?

Если да то где можно посмотреть на его гаплотип?

[bugler]

Если я правильно понял, А или АТ = L74, то-есть у всех L74+
А вот интересно вдруг у Меланезийцев найдут немного Y* L74-, раз у них есть до 6% "Денисовского" генома.

Когда пишут о % "денисовского" генома, то это mtДНК. Какая кореляция с Y-ДНК - неизвестно.
Если не найдут L74, то "наша песня хороша, начинай сначала..." .
Уверен, найдут, так как это противоречит парадигме ДНК-генеалогии. Как и то, что человек современной анатомии не вышел из Африки, а пришёл туда примерно 40000 лет назад. Или чуть ранее. И это была гаплогруппа В.

[bugler]

У Perry L74-?

Если да то где можно посмотреть на его гаплотип?

Это, кажется, KIT N64496 ( ссылка выше). И это архаичный гаплотип. Такой же KIT 215865. В 22-маркерном формате:
13 11 12 – 10 11 – 16- 10 9 14 14 8 8 8 9 12 11 12 8 12 12 11 11

Например от базового гаплотипа гаплогруппы Т он отличается на 32 мутации. Примерно 300 тыс.лет до общего предка.

[Odin]

Если я правильно понял, А или АТ = L74, то-есть у всех L74+
А вот интересно вдруг у Меланезийцев найдут немного Y* L74-, раз у них есть до 6% "Денисовского" генома.

Когда пишут о % "денисовского" генома, то это mtДНК. Какая кореляция с Y-ДНК - неизвестно.
Если не найдут L74, то "наша песня хороша, начинай сначала..." .
Уверен, найдут, так как это противоречит парадигме ДНК-генеалогии. Как и то, что человек современной анатомии не вышел из Африки, а пришёл туда примерно 40000 лет назад. Или чуть ранее. И это была гаплогруппа В.

До 6% Ядерной, не Митогруппу, но раз 6% Ядерной тогда возможно найдут и новую Митогруппу и Y*

[Odin]

По проэкту А получается что P97 у всех людей но не очень стабильная(один Араб потерял эту мутацию)