Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



30 страниц V  « < 23 24 25 26 27 > »   
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Калибровка Скоростей Мутаций, Кланы для калибровки, необходимость калибровки
Ostan
сообщение 15.8.2012, 15:14
Сообщение #481


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 685
Регистрация: 22.9.2008
Пользователь №: 804



Игорь Львович, меня учили немного по другому. Как-то на экзамене на третьем курсе по спецкурсу по теории вероятности мой профессор поставил мне четверку, хотя я ответил на все вопросы. Он задал дополнительный вопрос по теории размерных цепей- "так чем же вероятностный метод расчета отличается от метода мини-макса?". Я ответил что-то типа: "Плюс, минус три сигма-вот и весь метод мини-макс с вероятностью 99,9%". А он : "Недопонимаешь... Вероятностные методы используют другую алгебру, поэтому при сложении случайных величин складываются не линейные отклонения от размеров, а дисперсии. Недопонимаешь..." Алгебру случайных чисел можно привести к привычному виду с помощью преобразования Лапласа. С помощью преобразования Лапласа решаются также все уравнения нестационарной диффузии. Всегда полезно знать какую алгебру мы используем при конкретных вычислениях. И только потом сравнивать результаты.

Я с удовольствием откорректирую скорости мутаций при использовании вероятностных методов расчета, но для этого надо иметь более веские основания. А пока даже известные скорости мутации в отдельных маркерах получены с использованием вероятностных методов.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Ostan
сообщение 15.8.2012, 15:37
Сообщение #482


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 685
Регистрация: 22.9.2008
Пользователь №: 804



Анатолий Алексеевич, я читал и читаю Ваши работы. Ранее, время появление культуры колоколовидных кубков на Британских островах, Вами оценивалось как 3500 лет тому назад. Сейчас уже 4000 лет тому назад. Но современные датировки даже грубо по периодам дают 4100-4700 лет тому назад. Может стоит немножко подождать. И все уложится.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 15.8.2012, 16:34
Сообщение #483


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Ostan @ 15.8.2012, 7:37) *
Анатолий Алексеевич, я читал и читаю Ваши работы. Ранее, время появление культуры колоколовидных кубков на Британских островах, Вами оценивалось как 3500 лет тому назад. Сейчас уже 4000 лет тому назад. Но современные датировки даже грубо по периодам дают 4100-4700 лет тому назад. Может стоит немножко подождать. И все уложится.


Дорогой Ostan,

Я не знаю, какие работы Вы читали и в каких изданиях, и в каком контексте. Я никогда не "оценивал время появление культуры колоколовидных кубков", на Британских островах или на Пиренеях. Я оценивал времена жизни общих предков популяций, гаплогрупп, субкладов. Они могут совпадать с археологическими показателями, могут и не совпадать. Выборки разные, есть бутылочные горлышки, константы скоростей мутаций тоже совершенствуются. Наука, как известно, развивается. Если Вы прочитаете статью по миграциям R1b в последнем выпуске Advances in Archaeology, то увидите, что время жизни общего предка этой гаплогруппы на Пиренеях равно примерно 4800 лет назад, и эту цифру мы обсуждаем на Форуме уже последние три года. Как Вы возможно знаете, такое же время дают археологи и для первых находок культуры колоколовидных кубков на Пиренеях.

Заметьте, не я "оцениваю время появления культуры", а археологи. Я же просто сопоставляю данные ДНК генеалогии с их данными.

Но Вы опять на ходу меняете тему разговора. Замечание Вам было не о временах культур, это, вообще говоря, не Ваш вопрос, а о том, что Вы с удивлением неофита якобы изобретаете то, что давно известно, описано, опубликовано, и многократно обсуждалось здесь. О том, что Вы не принимаете во внимание субклады, и тем самым добавляете мутации, возводя их в квадрат, и тем самым неоправданно завышая результате (неверных) расчетов. Вот о чем речь. При чем здесь времена культур, которые вообще в компетенции археологов, а не нас с Вами?



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 15.8.2012, 17:17
Сообщение #484


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Ostan @ 15.8.2012, 21:14) *
Я с удовольствием откорректирую скорости мутаций при использовании вероятностных методов расчета, но для этого надо иметь более веские основания. А пока даже известные скорости мутации в отдельных маркерах получены с использованием вероятностных методов.

А что, калибировки, полученные на реальных линиях с доказанной однородностью, рассчитанные 3-мя методами, с коэффициентами корреляции, стандартной погрешностью и оценкой по хи-квадрат веским основанием не считаются?

Может быть, Ваш браузер не поддерживает формат PNG, и Вы не видите график из сообщения № 477? Во всяком случае, Ваша реакция на него, точнее, отсутствие таковой, заставляет предполагать, что это очень вероятно. Если так, то дайте знать, какой формат подходит. Переделаю картинку.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Mig
сообщение 19.9.2012, 16:24
Сообщение #485


Участник
**

Группа:  Y - ???
Сообщений: 228
Регистрация: 16.7.2011
Пользователь №: 3440



Любопытно услышать мнения об этой статье: http://science.compulenta.ru/708816/
Ссылка на источник внизу статьи. Также есть гиперссылки по тексту.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 19.9.2012, 21:16
Сообщение #486


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Ostan @ 15.8.2012, 21:14) *
Я с удовольствием откорректирую скорости мутаций при использовании вероятностных методов расчета, но для этого надо иметь более веские основания. А пока даже известные скорости мутации в отдельных маркерах получены с использованием вероятностных методов.


А зачем их "корректировать"? Они давно известны и опубликованы в наших работах. Вы же не "корректируете" число пи, если по незнанию пишете его как 2.77, например, и Вам на это указали? Не надо корректировать, надо просто использовать правильное значение. Веские основания давно даны, но Вы же литературу не читаете. А раз не читаете, то "веских оснований" для Вас не будет по определению.

Далее, Вы удивитесь, но любые скорости химических или биологических реакций получены на основании "вероятностных методов расчета".

Вопрос не в том, что это "вероятностные", а в том, насколько статистически достоверные. Это относится и к "пока даже известным скоростям мутации в отдельнывх маркерах". Если на 2000 пар отец-сын проходит всего три мутации (а на самом деле у многих маркеров не обнаружено ни одной мутации), то как их ни называть, "вероятностные" или нет, они недостоверны.

А в целом, дорогой Ostan, Вы не замечаете, что мы Вам пишем одно и тоже уже несколько лет, но Вы продолжаете не врубаться и изобретать велосипед все эти несколько лет? Прогресса-то нет ровно никакого... Это - занятный феномен.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 19.9.2012, 21:21
Сообщение #487


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Mig @ 19.9.2012, 8:24) *
Любопытно услышать мнения об этой статье: http://science.compulenta.ru/708816/
Ссылка на источник внизу статьи. Также есть гиперссылки по тексту.


Да какое может быть мнение? Первый абзац - неверно, последний - неверно, в середине тоже масса отсебятин.

Я вообще не очень понимаю, зачем подобные статьи читать? Для "пипла" она бесполезна, что она дает? Для людей серьезных - тоже, они читают оригинальный текст статьи, и понимают, это относится к аутосомным мутациям или мутациям в Y-хромосоме. Автор пересказа об этом, видимо, не знает.

Вообще, чтобы понять и осмыслить эту статью надо читать "между строк", то есть "быть в парадигме". А что почерпнет из нее неспециалист? Что ученые сделали новое открытие? Что теперь все стало ясно?


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 29.9.2012, 6:51
Сообщение #488


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



В обсуждении разных тем постоянно возникают вопросы, сколько лет разницы соответствует тому или иному числу мутаций, разделяющих гаплотипы. Все это несложно рассчитать, пользуясь известными формулами и скоростями мутаций, откалиброванными на десятках генеалогических линий. Однако, новички не всегда о них знают и порой берут цифры неизвестно откуда. Да и тем, кто практически работает с выборками гаплотипов, не всегда удобно рыться в первых статьях А.А. Клёсова и Д.С. Адамова в поисках нужной цифры и таблицы пересчета.

Для удобства, предлагаю таблицу, в которой выписаны промежутки времени, соответствующие целому числу мутаций на гаплотип. Данные приведены для 4-х стандартных форматов, что чаще всего используются: 25, 37, 67 и 111 маркеров. При количестве мутаций, приближающемся к 1-й на 1 маркер, картина мутаций в стандартных панелях начинает отклоняться от модели свободных случайных блужданий, на которой основаны как квадратичный, так и линейный методы. Это приводит к искажениям, а потому из таблицы исключены значения, попадающие в эту область. При таком масштабе датировок следует работать с медленными панелями.

Прикрепленный файл  TMRCA_table.htm ( 27 килобайт ) Кол-во скачиваний: 649


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 29.9.2012, 11:54
Сообщение #489


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Стоит подчеркнуть, что в приведенной таблице количество лет соответствует РАССТОЯНИЮ между гаплотипами по временной шкале. Иначе говоря, если эти два гаплотипа из одной генеалогической линии и таким образом имеют общего предка именно этой линии, то этот предок жил такое время назад, которое равно полученному из таблицы расстоянию, поделенному на два.

Поскольку часто неизвестно, из одной ли линии два сравниваемых гаплотипа, то время до общего предка "равно или выше" полученному из предыдущего абзаца. И чем больше расстояние между гаплотипами, тем выше вероятность, что гаплотипы относятся к разным линиям, и что общий предок на самом деле жил НАМНОГО раньше рассчетного.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Ostan
сообщение 21.12.2012, 7:49
Сообщение #490


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 685
Регистрация: 22.9.2008
Пользователь №: 804



Игорь Львович! Вы напрасно обижаетесь. Я неоднократно отвечал Вам на все Ваши вопросы. Проблема здесь в другом. Вы не хотите развить далее Вашу мысль. а я все жду, что она будет продолжена. Но если не хотите, то давайте я ее продолжу далее. Предположим мы ввели разные скорости для линейного и вероятностного методов. Заметьте, Вы только предложили. но не ввели. Предположим, эти скорости будут отличаться на 5% на диапазоне в 1500 лет. Тогда новое значение математического ожидания единичной мутации будет 208/1,05 =198 лет. Если использовать данное значение, то практически ничего не изменится. Во-первых, я использую значение 203 года. Во-вторых, на другой дистанции разность в показаниях методов будет другой. Например, как показано ранее с использованием только формулы Адамова-Клесова эта разница на временной дистанции 5700 лет составит 17%. Та же формула показывает, что в начале координат разности в показаниях методов вообще нет. Следовательно, Ваш вывод о "хорошей линейности" обоих методов несколько преждевременный. Все Ваши рассуждения относятся к диапазону 1500 лет. Даже не к конкретному диапазону, поскольку Вы не дали конкретной цифры, а так вообще 1500-2500 лет. Экстраполяция на другой диапазон , например, 0-5000 лет здесь уже не возможна. Ваши графики конкретных генеалогий хороши, но попробуйте добавить на них точку, связанную с генеалогией Адама. Такой эксперимент мы уже проделали. В этом эксперименте прекрасно видно, что один метод сохранит линейность. а другой покажет значительные отклонения от линейности.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 21.12.2012, 10:20
Сообщение #491


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Вы опять не поняли. Посмотрите еша раз повнимательнее на график из сообщения № 477. Где там времена? По оси абсисс - число мутаций на маркер в эталонных выборках, рассчитанное по формуле Клёсова-Адамова. По оси ординат - средняя дисперсия на маркер, рассчитанная методом ASD в двух вариантах в ТЕХ ЖЕ САМЫХ выборках. Ни времен, ни скоростей мутаций там нет - сравниваются только мутации.

Вооружитесь лупой и попробуйте там найти отклонения от линейной зависимости. Статистически значимые, разумеется, потому что при желании можно наинтерполитовать эти графики чем угодно, хоть периодической зависимостью. Вот только какой смысл вводить дополнительные параметры, когда линейная зависимость дает коэффициенты корреляции 0,97 и 0,99? Или я что-то недопонимаю в мат. статистике?

Может теперь станет, наконец, ясно, что практические расчеты однозначно гоказывают эквивалентность обоих, а фактически трех методов расчета числа мутаций в выборке. Все те эффекты, что формально должны приводить к нелинейности, на деле прекрасно аппроксимируются прямой. Задаете для квадратичного метода соответствующую скорость мутаций и получаете в точности то же самое, что и в линейном, в пределах погрешности.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Ostan
сообщение 21.12.2012, 13:41
Сообщение #492


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 685
Регистрация: 22.9.2008
Пользователь №: 804



Игорь Львович, ну и какой практический вывод? Не считать вероятностным методом, а считать линейным, или считать вероятностным и не ситать линейным? Я и спрашиваю Вас, какие необходимо внести изменения в два разных метода, чтобы получить один и тот же результат?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 21.12.2012, 14:23
Сообщение #493


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Ostan @ 21.12.2012, 19:41) *
Игорь Львович, ну и какой практический вывод? Не считать вероятностным методом, а считать линейным, или считать вероятностным и не ситать линейным? Я и спрашиваю Вас, какие необходимо внести изменения в два разных метода, чтобы получить один и тот же результат?

А что непонятного? Считать любым, но при условии, что выборка однородно сходится к одному предку, и используются соответствующие коэффициенты пересчета из мутаций в года. То бишь, скорости мутаций, неравные в общем случае для разных методов.

Возможно, это покоробит Ваш математический пуризм, но, поверьте, в науке, не говоря уж об инженерном деле, существует огромное количество различных эмпирических зависимостей, что не вписываются в строгие рамки теории, но прекрасно работают на практике. Самолеты летают, суда ходят, из нефти получают бензин, и, ничего, все работает.

Ваша ошибка - это то, что Вы подставляете скорости, калиброванные для линейного метода, в расчеты методом ASD. Как видите из графика, надо использовать другие. Собственно, я постоянно об этом говорю, когда сравниваю мили и километры. Это абсолютно точная аналогия.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Ostan
сообщение 21.12.2012, 16:50
Сообщение #494


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 685
Регистрация: 22.9.2008
Пользователь №: 804



Ну вот, опять общие разговоры. Я спрашиваю какую конкретную скорость надо использовать и в каком случае. Конкретную цифру можно наконец увидеть.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 21.12.2012, 17:10
Сообщение #495


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Ostan @ 21.12.2012, 22:51) *
Ну вот, опять общие разговоры. Я спрашиваю какую конкретную скорость надо использовать и в каком случае. Конкретную цифру можно наконец увидеть.

Коэффициенты пересчета - в таблицах над графиком из сообщения № 477. Достаточно взять калькулятор и умножить их скорость, откалиброванную по линейному методу.

Итого, для 67-маркерных гаплотипов имеем
квадратичный метод с применением базового гаплотипа 0,00179*1,3165 = 0,00236 мутаций на маркер на условное поколени
квадратичный метод по формуле дисперсии 0,00179*1.1093 = 0,00199 мутаций на маркер на условное поколение.

И не забывайте про однородность ветвей, для чего было бы неплохо освоить филогенетические программы. Если выборка "кривая", не поможет никакой метод, дажне самый разрекламированный.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Ostan
сообщение 22.12.2012, 8:30
Сообщение #496


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 685
Регистрация: 22.9.2008
Пользователь №: 804



Игорь Львович! Ну и чем Вы хотели меня удивить? Те же 11,5% в среднем отличия в методах, которые у Вас получаются уже 2,5 лет, и которые без особого труда рассчитываются по формуле Адамова-Клесова и таблице скоростей мутаций для маркеров. Все это время Вы и предлагаете ввести это отличие в калибровки методов без прояснения причины его появления. Ну и какой в этом смысл? Давайте уж разберемся до конца.

Для линейного метода, как об этом постоянно упоминает Анатолий Алексеевич, характерна своеобразная анизотропия свойств. Расчет поперек ветвей не соответствует расчету вдоль ветвей. Эта анизотропия и является следствием, что не все поправки, компенсирующие обратные мутации. в методе использованы. В частности, не учитывается разность в скоростях мутаций. Разность в расчетах вдоль ветви и поперек и составляет в среднем эти 11,5%. Но, кроме того, эта разность приводит к элементарной путанице. В одном случае мы считаем поперек и полагаем это правильным, а в другом случае вдоль ветви с соответствующим результатом. Это приводит к тому, что единый предок, а точнее пара отец -сын в основании ветви разносятся во времени на значительное расстояние. образуя искусственную лакуну. Но это мы уже разбирали.

Теперь рассмотрим случай калибровки. Сама по себе калибровка есть действие обратное расчету до общего предка. Если мы будем считать поперек ветви, то и калибровку надо вести поперек ветви. В случае, если мы считаем правильным расчеты только вдоль ветви. то и калибровка должна проводиться вдоль ветви. В нашем случае Вы предлагаете изменить калибровку вероятностного метода на основании расчетов линейным методом поперек ветви. Не проще ли сначала привести расчеты к правильному результату, а затем сравнить оба метода? При этом я ссылаюсь на ваши с Анатолием Алексеевичем постоянные замечания, что правильным следует считать расчет только вдоль ветви. Другое дело как это технически осуществить, ведь любой расчет времени до общего предка ведется поперек ветви. Здесь может помочь метод последовательных итерационных расчетов, при которых мы будем отбрасывать наиболее свежие ветви, оставляя самые древние. Этот метод широко Вами используется и хорошо Вам известен. Не трудно убедиться, что в этом случае мы скомпенсируем разницу в те же самые 11,5% и придем к тем же значениям калибровок, что и для вероятностного метода. Так следует или нет вводить разные калибровки?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 22.12.2012, 10:38
Сообщение #497


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Ostan @ 22.12.2012, 14:30) *
Не проще ли сначала привести расчеты к правильному результату, а затем сравнить оба метода?

Так это было сделано! Прочтите еще раз сообщение № 273.

Повторяю последовательность действий.

1. Отбираются 18 документальных родословных с надежным отнесением гаплотипов и надежной датой жизни предка. Датировки покрывают интервал от 275 до 2100 лет назад, и включают линии из гаплогрупп A1a, G2a, J1, N1c1, Q1b, R1a1 и R1b1a2.

2. Для каждой из них делается расчет количества мутаций на маркер в трех вариантах: линейном с поправкой на возвратные мутации (формула Клёсоа-Адамова), ASD по формуле дисперсии и ASD с применением базового гаплотипа. Расчеты делались для нескольких стандартных панелей, но, в принципе, это можно сделать для любой комбинации маркеров.

3. Для каждого из методов строится график, где по оси абсцисс - время жизни документированного предка, по оси ординат - количество мутации на маркер в соответствующей выборке.

4. Методом линейной регрессии вычисляется коэффициент, связывающий мутации с временем до предка. В каждом из вариантов, разумеется. Результат для 67-маркерной панели приведен в предыдущем сообщении.

5. Далее, для проверки линейности этих зависимостей строится график, как в сообщении № 477, где используются более старые генеалогические линии, для которых документированные предки неизвестны, но показана их однородность. При этом по оси абсцисс откладывается число мутаций, полученное одним методом, по оси ординат - другим.

6. Методом линейной регрессии вычисляются коэффициенты, связывающие величины, полученные разными методами, а также коэффициенты корреляции. Надежность гипотезы о линейности соотношения оценивается по критерию хи-квадрат (см. таблицы на графике из сообщения № 477).

7. В результате этого анализа выясняется, что в рамках статистической достоверности константы скоростей мутаций для 67-маркерной панели, полученные калибровкой разных вычислительных моделей, связаны линейным соотношением. Что и требовалось доказать.

Какие еще вопросы? Добавлю, что экспериментальные данные подтверждаются также модельными расчетами, что также приведены выше.



--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Ostan
сообщение 22.12.2012, 12:32
Сообщение #498


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 685
Регистрация: 22.9.2008
Пользователь №: 804



Все эти действия абсолютно правильные, но возможны только для вероятностного расчета, который не зависит от того считаем ли мы вдоль ветви или поперек. Для линейного метода, как указывает постоянно Анатолий Алексеевич, требуется еще поперечный расчет перевести в продольный. Это связано с тем, что расчет поперек ветвей всегда будет давать небольшую погрешность величиной именно в эти 11,5%. Поэтому, для правильного расчета нам и необходимо ввести эту поправку.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 22.12.2012, 13:36
Сообщение #499


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Ostan @ 22.12.2012, 18:32) *
Все эти действия абсолютно правильные, но возможны только для вероятностного расчета, который не зависит от того считаем ли мы вдоль ветви или поперек. Для линейного метода, как указывает постоянно Анатолий Алексеевич, требуется еще поперечный расчет перевести в продольный. Это связано с тем, что расчет поперек ветвей всегда будет давать небольшую погрешность величиной именно в эти 11,5%. Поэтому, для правильного расчета нам и необходимо ввести эту поправку.

Уважаемый Ostan, расшифруйте, пожалуйста, что Вы понимаете под продольными и поперечными расчетами, и почему линейный метод не позволяет считать загадочным поперечным методом, а квадратичный может? Каким образом поперечный расчет переводится в продольный? Невольно ощущаешь себя в положении мольеровского персонажа, который не знал, что всю жизнь говорил прозой. Вам же показали на большой серии экспериментальных данных и модельных расчетов, что оба подхода абсолютно эквивалентны при расчетах выборок, однородно сходящихся к одному общему предку. Какой именно метод применять для этого - дело вкуса и выбора соответствующей константы.

Какие дополнительные очки Вы пытаетесь извлечь из ASD? То, что при расчете неоднородной выборке он даст правильную датировку? Это не так. Да, при расчете таких выборок квадратичный метод, как правило, дает более старые датировки, чем линейный, но это вовсе не означает, что эта датировка соответствует времени жизни реального предка. Случайно совпасть может, но не более того. А может и разойтись в разы, как в примере со скандинавскими Q1a3. Нет никакого теоретического обоснования тезиса, который Вы с непонятным упорством отстаиваете.

Честно говоря, за все то время, что Вы мусолите тему скоростей и счета поперек ветвей, можно было уже много раз освоить методы построения деревьев, и считать по общепринятым правилам. Тогда и волнующие Вас лакуны сразу же станут понятны. Представьте себе такую весьма распространенную ситуацию. У кого-то имеются родные братья, но нет ни двоюродных, ни троюродных - фамильная история так сложилась. Зато много четвероюродных. Вот и лакуна между датами рождения отца и прапрадеда. Что тут необычного? ДНК-генеалогия и классическая генеалогия в этом плане ничем не различаются.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Ostan
сообщение 23.12.2012, 12:01
Сообщение #500


Знаток
****

Группа:  R1a
Сообщений: 685
Регистрация: 22.9.2008
Пользователь №: 804



Игорь Львович! Я прямо предчувствовал Вашу реакцию. Действительно, смешно звучит "расчет поперек ветви", а еще смешнее "расчет вдоль ветви". Но этот жаргон не я выдумал. Более того, в ходу у нас на форуме такие фразы " он ветви не выделяет, поэтому расчет не верен" или "если считать поперек веток, то можно получить что угодно". Ну нет пока соответствующей терминологии, не устоялась, поэтому давайте вернемся к математической . С ней не заплутаешь.Например, назовешь метод квадратичным и делай с ним что хочешь. Можно многозначительно заметить " да там все погрешности в квадрате", или поставить несговорчивого ученика в угол и приклеить табличку "Квадратичный метод как универсальное средство познания мира". А назовешь метод вероятностным и все, нет никаких вопросов. Тут и алгебра случайных чисел на твоей стороне. И на слова оппонента, что он все выводы подтвердил моделированием методом случайных чисел, можно многозначительно заметить- Как это метод случайных чисел может опровергать основные положения теории вероятности на которых он сам и основан? Но давайте еще раз разберем все по порядку.

Как ни странно, в математике существуют всего четыре базовых алгебры с делением. Это алгебра натуральных чисел. алгебра комплексных чисел, алгебра кватернионов и алгебра октав. Все остальные алгебры приводятся к базовым. Как говорят математики, все остальные алгебры с делением изоморфны одной из этих четырех алгебр (обобщенная теорема Фробениуса). К чему я это упоминаю. Да к тому, что между вероятностным методом расчета и линейным не может быть никакой связи. И даже алгебры они используют разные. Линейный метод алгебру натуральных чисел, а вероятностный при использовании преобразования Лапласа приводится к алгебре комплексных чисел. Следовательно. один метод является фундаментальным. а другой приближенным. А при использовании приближенных расчетов всегда возникает невязка. Такая невязка и возникает между линейным методом и вероятностным. Именно она и равна в среднем на диапазоне от1500 до 5000 лет 11,5% , Точнее, изменяется в соответствие с расчетами от 5% до 17%. А в этой паре именно вероятностный метод является фундаментальным. А по известной формуле Адамова-Клесова именно линейный метод дает неправильный результат. Казалось бы все ясно и вопрос закрыт. Но не тут-то было. Какими же мы были русскими, если прямо по Задорному, сначала не создавали бы трудности, а потом их бы успешно не преодолевали бы? Это надо же целую науку создать, чтобы научиться жонглировать этой невязкой и чтобы со стороны это не слишком заметно было. Так тут я тоже ничего нового не увидел. Половина советских научных школ по такому принципу построена была. Всегда есть возможность докладывать об очередном успехе или прорыве. Но, что самое интересное именно такой подход и давал новые самые ценные результаты. Если идти по прямому пути, то ничего интересного не обнаружишь. А как свернул с протоптанной дороги в сторону на тропинку, даже протоптанную по ошибке, вот тут-то и встретишь много нового. Но это лишь методология науки. а не сама наука.

Все это лирика и философия, а что же имеем конкретно. При расчете вероятностным методом особых проблем не наблюдается, а те которые наблюдаются довольно просто решаются. Но не так с линейным методом. Постоянное присутствие невязки заставляет постоянно усовершенствовать метод. Например, при расчете возраста субклада вероятностным методом необходимо и достаточно только принадлежность гаплотпов этому субкладу. Для линейного метода все сложнее . Здесь самый старый представитель рода оказывается отстоящим от начала рода на величину невязки. С исторической стороны эта невязка выглядит как лакуна, и не просто как лакуна, а как искусственно образованная. Я уже приводил пример классической развилки, когда отец и два его сына образовывают два новых рода или субклада. При расчете нормальным, вероятностным методом мы имеем три расчета возраста общего предка. Расчет по одному субкладу, расчет по другому и расчет по общему субкладу отца. Все три расчета должны совпасть, и. действительно совпадают. Но при линейном методе в двух первых случаях между отцом и сыновьями оказывается пропасть, иногда в несколько сот лет, именно на величину невязки, так как сыновья оказываются не только самыми старыми представителями своих родов, но и единственными выжившими в двух параллельных бутылочных горлышках. Что же даст третий обобщенный расчет? А он даст тот же результат. Оказывается и отец жил на несколько веков позже и тоже является единственным выжившим в общем роде. Где же выход из этого парадокса? А выход был найден в рождении дополнительного правила выделения ветвей и запрета на расчет поперек ветвей. Но ведь все расчеты ведутся поперек ветвей, что вероятностным методом, что случайным. От этого никуда не деться. Поэтому, этот запрет для меня всегда был непонятен. Но здесь, как и в других случаях. без комментариев."Эта нога, у того кого надо нога".

Вернемся теперь к случаю калибровки. Здесь уже необходимо проявить чудеса эквилибристики. Куда деть невязку, которая все равно вылазит. Для вероятностного метода с калибровкой никаких проблем. Берем событие, например, появление R1b. в Европе около 5000 лет тому назад. Или, например, появление британского субклада на Британских островах около 4500 лет тому назад. Делим это число на количество мутаций и все. Но все сложнее для линейного метода. Чтобы получить ту скорость мутаций, которой мы пользуемся нам надо знать не время прибытия определенного субклада, а время. когда жил единственный выживший после бутылочного горлышка, которое якобы имело место быть. Кто же такой информацией располагает? Т.е мы должны для калибровки взять не 4800-5000 лет и 4500, а 4400 и 4000. Для правильного результата надо величину невязки ввести заранее. Но кто же так будет калибровать? Поэтому, калибровка по известному событию отпадает. Здесь вступает в силу другой запрет. Калибровка линейного метода полностью совпадает с калибровкой вероятностного метода. И, действительно, почему они не должны совпадать? Они и должны совпадать при учете величины невязки заранее. Но такой результат не совпадает с калибровкой по известным генеалогиям. Здесь-то величину невязки никуда не денешь и расчет ведется от родоначальника, причем в линейном случае не просто родоночальника. а от самого старого представителя рода. Фу, запутался. Да и соответствующего запрета еще не придумали. В этом случае, согласно Игорю Львовичу, надо за основу взять калибровку именно линейного метода, а изменить калибровку случайного. Но почему такое предпочтение? В исторической науке калибровка по известным генеалогиям считается наименее точной. Ошибка в 11,5% в этом случае скорее норма, чем исключение. А главное, на мой взгляд, необходимо сначала убрать все невязки в методах , а лишь потом браться за корректировки скоростей мутаций. Тем более, что существующие скорости мутаций на настоящий момент уже являются наиболее признанными и используются именно для случая счета вероятностным методом. Т.е. предложение Игоря Львовича звучит примерно так. Давайте для вероятностного метода вернем те скорости мутации, которые существовали у нас четыре года тому назад. Сразу получим ответ- а зачем дергаться? то вперед, то назад. Ведь все остальные считают вероятностным методом. Линейный метод в силу его особенностей практически не используется.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

30 страниц V  « < 23 24 25 26 27 > » 
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 16.10.2019, 3:11
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU