Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



 
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Экспресс-анализ Днк С Помощью Флэшки
aklyosov
сообщение 20.2.2012, 17:26
Сообщение #1


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



http://www.newscientist.com/article/dn2149...in-seconds.html



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
allman
сообщение 20.2.2012, 20:02
Сообщение #2


Участник
**

Группа: N
Сообщений: 107
Регистрация: 17.11.2008
Пользователь №: 1220



Компания Oxford Nanopore Technologies продемонстрировала устройство, которое позволит расшифровывать геном человека всего лишь за 15 минут. Разработчики рассказали о новинке на встрече Advances in Genome Biology and Technology и теперь ждут откликов специалистов со всего мира.

Прибор для одноразового использования основан на технологии, которую Oxford Nanopore Technologies разрабатывает не первый год. В её основе, как не сложно догадаться, биологическая пора нанометрового размера, через которую пропускается половина спирали ДНК. Измерение электрической проводимости показывает, какие именно основания проходят через пору.

Чтобы нить ДНК попала в эту нанопору, генетический материал помещают в раствор, содержащий ферменты, которые связываются с каждым концом в спирали. Когда через раствор пропускается электрический ток, нити растаскиваются по сотням маленьких "ямок" в мембране на дне сосуда. Каждое отверстие имеет диаметр не более 10 микрометров.

Внутрь каждого углубления помещён белок α-гемолизин, в его структуре присутствует центральный полый канал диаметром всего 10 нанометров. Попадая в них, ферменты закрепляются на белке и начинают "разрезать" спирали на две нити, запуская каждую из них внутрь поры.

Метод такого прочтения генетического кода был придуман примерно десять лет назад. Однако его долго не могли реализовать, и многие учёные воздерживались от комментариев, желая увидеть результаты реально работающей машины.

Теперь стало известно, что первые работающие по этому принципу устройства под названием MinION поступят в продажу во второй половине 2012 года и будут стоить порядка $900. Многие эксперты обеспокоены, что MinION и его собратья сильно потеснят конкурентов. Среди них, в частности, компания Ion Torrent Systems, которая обещает к концу года начать продажи устройства Ion Proton Sequencer за $1000, которое сможет секвенировать геном человека за один день, а также компания Pacific Biosciences, выпустившая свою технологию в апреле 2011 года. Руководство компании заявляет, что уже в этом году расшифровка ДНК будет обходиться в среднем в $25-40 за гигабазу.

"Пробой пера" для MinION стала расшифровка ДНК бактериофага Phi X. Прибор от Oxford Nanopore прочитал геном, состоящий из 5400 пар оснований (баз), за один подход. Но устройства, которые поступят в продажу в конце года, будут за раз секвенировать 100-килобазные ДНК.

Это гораздо больше, чем те фрагменты, чтение которых могут себе позволить существующие устройства, пишет Nature. Длина в данном случае имеет решающее значение для построения более точной структуры расшифровываемой ДНК (не нужно долго и нудно собирать короткие отрезки в единую цепь).

У новой технологии есть ещё одно весомое преимущество – этот метод неразрушающий. То есть секвенированную последовательность можно ещё раз прогнать через дешифратор. Методика такова, что лишь 4% баз считываются с ошибкой, однако в дальнейшем разработчики попытаются понизить частоту ошибок до показателя 0,1-1%, то есть до уровня точности систем конкурентов.

Кроме того ДНК изначально не нужно преумножать (увеличивать количество одинакового генетического материала), чего требуют многие существующие методы дешифровки.

Представители компании Oxford Nanopore Technologies отметили, что в дальнейшем более сложные устройства GridION будут собираться таким образом, чтобы к считывающим узлам можно было бы добавлять другие элементы, встраивать их в компьютерные кластеры. Так, первая система, которая выйдет на рынок, будет содержать две тысячи нанопор для одновременного считывания нескольких нитей с общей скоростью чтения несколько сотен килобаз в секунду.

В 2013 году начнутся продажи устройств на основе 8000 нанопор. Для сравнения: 20 таких приборов смогут прочитать ДНК человека, которая состоит примерно из трёх гигабаз, всего за 15 минут. Впрочем, работоспособность такого подхода ещё только предстоит доказать. А значит, и появление MinION в клиниках, а также расшифровка последовательности генов человека на ходу — дело не совсем уж ближайшего будущего.

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Боромир
сообщение 1.10.2014, 0:34
Сообщение #3


Эксперт
*****

Группа: R1a, Магистры
Сообщений: 1469
Регистрация: 2.4.2009
Из: Бостон
Пользователь №: 1923



Недавние новости по сиквенатору от Oxford Nanopore.
Цитата
The MinION took a little longer than we originally reported. Even now the 4-inch USB stick has only been made available to select labs Oxford Nanopore has chosen to let purchase the device. Early reports suggest that the MinION will indeed be all that it had originally claimed — namely, have the ability to sequence long reads (i.e. 80,000 base letters long) and up to 150 million bases in six hours. The main concern now is its accuracy.

Перевод: "Запуск в производство MinION занял немного дольше, чем мы первоначально сообщали. Даже сейчас 4-дюймовый USB-прибор доступен не для всех, а только для избранных лабораторий. Ранние отчеты из этих лабораторий свидетельствуют о том, что MinION действительно будет соответствовать первоначальным утверждениям, - а именно, возможностью прочитывать фрагменты ДНК длинной до 80 000 нуклеотидов и в сумме до 150 млн нуклеотидов за шесть часов. Основной проблемой в настоящее время является точность прибора."

Потенциал в прибор заложен конечно же большой. Миниатюрный (10 см) и читает до 80 0000 нуклеотидов - это очень круто. Для практического применения в ДНК-генеалогии осталось дело за совсем "малым" - научится выделять относительно чистую Y-хромосому. Может кто знает, как это сделать? Если преодалеть это "мааааленькое" препятствие, то, в принципе, работу можно будет делать самому дома на кухне. smile.gif


--------------------
FTDNA Kit No. 143121, Russian Empire Project
Ysearch/mitosearch URQ2X


--------------------
Y-DNA: R1a-Z280 >CTS1211>CTS3402>Y33>CTS8816>Y2902>Y2910>L458* Восточно-Карпатская (Волго-Карпатская ветвь)
mt-DNA: H* (16085T, 16189C, 16519C, 263G, 315.1C, 522-, 523-)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 25.8.2019, 10:22
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU