Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



2 страниц V  < 1 2  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Вестник, Том 5, № 7, Июль 2012
Igor1961
сообщение 23.7.2012, 20:25
Сообщение #21


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6960
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(aklyosov @ 23.7.2012, 22:45) *
Цитата(Nimissin @ 23.7.2012, 3:53) *
Для значений наблюдаемых мутаций lambda_obs > 1.5 на маркер обсуждаемая зависимость выходит на асимптотику, описываемую функцией

(pi/2) * (lambda_obs)^2,

где pi = 3.141592...


Это интересно. Действительно, так получается. Для 16-маркерного гаплотипа число мутаций между человеком и шимпанзе (в данном случае под "человеком" я беру базовый гаплотип от всех, или большинства гаплогрупп) составляет 64, то есть 4 мутации на маркер. По формуле Клесова-Адамова имеем lambda_actual = 1/2 x lambda_obs (1+e^lambda_obs), то есть поправочный коэффициент на вклад возвратных мутаций равен 1/2 (1+ 55) = 28. По формуле выше в цитате получаем 3.14/2 x 16 = 25. То есть, как я понимаю, примерно одно и то же (разница 12%, то есть практически в пределах погрешности расчетов).

Так?

Анатолий Алексеевич, Вы забыли умножить поправочный коэффициент в формуле Клёсова-Адамова на 4, т.е. число наблюдаемых мутаций на маркер. Это даст 112 реальных мутаций на маркер, что в 4,5 раза больше, чем в асимптоте модели свободных случайных блужданий. Значит, от проблемы с занижением датировки при больших "ламбда" никуда не деться. Более того, в экспериментальных данных асимптотика другая, чем в теории - скорее насыщение, а не квадратичный рост.

К сожалению, я не настолько подкован в математике, чтобы с ходу вывести нужную формулу, как Дмитрий Семенович, а потому опять решил попробовать модельный расчет. Для этого настроил генератор случайных блужданий так, чтобы на наборе из 64-х 16-маркерных гаплотипов он дал после фиксированного количества поколений 112+/-10 реальных мутаций на маркер, как в рассматриваемом примере с человеком и шимпанзе.

В качестве фактора, ограничивающего свободный разбег аллелей взял аналог пружины в задаче о движении с затуханием. В простейшей форме это коэффициент -α*Δn, где α - численный параметр, а Δn - мутационная разница с предковым числом аллелей в маркере. То есть, чем дальше отклоняется маркер от предка, тем с большей вероятностью пройдет возвратная, а не прямая мутация. Технически этот коэффициент задавал асимметрию в генераторе случайных блужданий, так что весь процесс по-прежнему оставался стохастическим. Параметр α подобрал так, чтобы 112-ти реальным мутациям на маркер соответствовало 4 наблюдаемых мутации на маркер, как все в том же примере. Вот результат:

Прикрепленный файл  Spring_model.jpg ( 110.21 килобайт ) Кол-во скачиваний: 280


Голубые точки - это реальное количество мутаций, сгенерированных компьютером, красные - число мутаций с поправкой по формуле Клёсова-Адамова, зеленые - результат расчета того же самого набора по квадратичному методу. При α=0 модель соответствует свободным случайным блужданиям. График - в предыдущем сообщении. Реальное число мутаций в таком случае совпадает с тем, что дает квадратичный метод.

С увеличением множителя α, что имеет физический смысл жесткости пружины, квадратичный метод начинает занижать реальное число мутаций, в то время как последние явно показывают тенденцию к насыщению при достижении определенного числа наблюдаемых мутаций. Это более наглядно видно, если поменять местами оси на графике. Иными словами, при достаточно больших временах и достаточно "жесткой пружине", возвращающей к предковым аллелям, число прямых и возвратных мутаций уравновешивается, как следовало бы ожидать по физическому смыслу.

В конкретном примере на графике видно, что при 4-х наблюдаемых мутациях голубые точки явно устремляются вверх, выходя на насыщение. Примечательно, что это происходит при совсем небольшом значении α=0,009. Это соответствует асимметрии 1,8 % для дистанции в одну мутацию или 100 % асимметрии при отклонении на 56 (!) мутаций от предковой аллели. Пружина оказалась совсем мягкой, почти незаметной, но дала при этом качественно ту же самую картину мутаций, что и в расчете с жестким потенциальным ящиком.

В силу того, что наблюдаемое число мутаций между человеком и шимпанзе на модельном графике попадает почти в область насыщения, пока сложно судить, в каком месте калибровочная кривая начинает загиб вверх. Нужны дополнительные калибровки, которые пока неясно, где брать для исследуемого масштаба времен. Разве что Перри помог бы, если независимым методом будет показано, что, к примеру, его общий предок с остальными людьми датируется временами расхождения с неандертальцами или какими-нибудь другими нашими "кузенами".


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 23.7.2012, 21:21
Сообщение #22


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Igor1961 @ 23.7.2012, 12:25) *
Цитата(aklyosov @ 23.7.2012, 22:45) *
Цитата(Nimissin @ 23.7.2012, 3:53) *
Для значений наблюдаемых мутаций lambda_obs > 1.5 на маркер обсуждаемая зависимость выходит на асимптотику, описываемую функцией

(pi/2) * (lambda_obs)^2,

где pi = 3.141592...


Это интересно. Действительно, так получается. Для 16-маркерного гаплотипа число мутаций между человеком и шимпанзе (в данном случае под "человеком" я беру базовый гаплотип от всех, или большинства гаплогрупп) составляет 64, то есть 4 мутации на маркер. По формуле Клесова-Адамова имеем lambda_actual = 1/2 x lambda_obs (1+e^lambda_obs), то есть поправочный коэффициент на вклад возвратных мутаций равен 1/2 (1+ 55) = 28. По формуле выше в цитате получаем 3.14/2 x 16 = 25. То есть, как я понимаю, примерно одно и то же (разница 12%, то есть практически в пределах погрешности расчетов).

Так?

...Вы забыли умножить поправочный коэффициент в формуле Клёсова-Адамова на 4, т.е. число наблюдаемых мутаций на маркер. Это даст 112 реальных мутаций на маркер, что в 4,5 раза больше, чем в асимптоте модели свободных случайных блужданий.


Почему забыл? Вот он, цитирую:

имеем lambda_actual = 1/2 x lambda_obs (1+e^lambda_obs), то есть поправочный коэффициент на вклад возвратных мутаций равен 1/2 (1+ 55) = 28.

Поправочный коэффициент равен lambda_actual/lambda_obs = 28. Потому он и поправочный коэффициент на вклад возвратных мутаций. Так что число "реальных" мутаций во всем гаплотипе равно 64х28 = 1792.

А вот что я действительно не уловил, это что у Дмитрия в формуле получается - или поправочный коэффициент, или финальное "истинное" число мутаций на маркер. Математики ведь не объясняют, а сразу пишут - "обсуждаемая зависимость выходит на асимптотику, описываемую функцией". Что за зависимость, они не поясняют. Вот и гадай.

Я подставил в его формулу наблюдаемое число мутаций на маркер (4), получил 25. Поскольку в его формуле не присутствует lambda_obs в абсолютном виде, я решил, что это - поправочный коэффициент. Тогда он (25) почти такой же, как и у меня (28).

Если же это число мутаций на маркер - было 4, стало 25, то тогда во всем гаплотипе будет 16х25 = 400, и тогда действительно разница в 4.48 раза. Но так считать чревато, потому что скорости по каждому маркеру разные, и превращать 4 в 25 при спектре разных скоростей - это, возможно, что-то серьезное не учитывать. Возможно, в таком случае нужно от среднего переходить к медиане. Или считать по каждому маркеру отдельно и суммировать. Тогда вклад самых медленных маркеров будет малым, вот и перекос. Возможно, это и есть причина разницы в четыре раза с "гладкой" статистикой.




--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.7.2012, 2:23
Сообщение #23


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6960
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Там дело не в скоростях, их "разнокалиберность" почти не сказывается в случае медленной панели. Это мы еще в дискуссии с Ostan'ом выяснили. Формула Клёсова-Адамова и кривая свободных случайных блужданий расходятся при λ=4 в 4,5 раза как на табличных скоростях, так и при одной и той же скорости на всех маркерах. Специально это просчитывал.

Единственный способ, с помощью которого удалось получить экспериментально наблюдаемую асимптотику - это введение "силы сопротивления", что возвращает количество повторов в локусе к предковому значению. Подход этот чисто феноменологический, поскольку мы пока не знаем, каков реальный механизм случайных блужданий с ограниченной амплитудой, но он работает. Принципиально то, что и в этом варианте мутации по-прежнему носят случайный характер, поскольку поправка на "силу сопротивления" в модели убрана в генератор случайных чисел. Она проявляется в том, что вероятность выпадения +1 или -1 будет не 50 на 50, а 48,2 на 51,8 при отклонении на одну мутацию "вверх", если взять частный пример из моего предыдущего сообщения.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Nimissin
сообщение 24.7.2012, 8:02
Сообщение #24


Участник
**

Группа: Знатоки
Сообщений: 260
Регистрация: 1.8.2008
Из: г.Находка
Пользователь №: 625



Цитата(aklyosov @ 23.7.2012, 23:45) *
Цитата(Nimissin @ 23.7.2012, 3:53) *
Для значений наблюдаемых мутаций lambda_obs > 1.5 на маркер обсуждаемая зависимость выходит на асимптотику, описываемую функцией

(pi/2) * (lambda_obs)^2,

где pi = 3.141592...


Это интересно. Действительно, так получается. Для 16-маркерного гаплотипа число мутаций между человеком и шимпанзе (в данном случае под "человеком" я беру базовый гаплотип от всех, или большинства гаплогрупп) составляет 64, то есть 4 мутации на маркер. По формуле Клесова-Адамова имеем lambda_actual = 1/2 x lambda_obs (1+e^lambda_obs), то есть поправочный коэффициент на вклад возвратных мутаций равен 1/2 (1+ 55) = 28. По формуле выше в цитате получаем 3.14/2 x 16 = 25. То есть, как я понимаю, примерно одно и то же (разница 12%, то есть практически в пределах погрешности расчетов).

Так?
Уважаемый Анатолий Алексеевич, я привел не поправочный коэффициент, а полную формулу для расчета истинного числа мутаций линейным методом для больших значений наблюдаемого числа мутаций (свыше 1.5 на маркер).


--------------------
Y-DNA: hg N1c1* M178+ P119- P21- P67-
mtDNA: hg C4b
Ysearch: 69ZKR
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Nimissin
сообщение 24.7.2012, 8:08
Сообщение #25


Участник
**

Группа: Знатоки
Сообщений: 260
Регистрация: 1.8.2008
Из: г.Находка
Пользователь №: 625



Цитата(Igor1961 @ 24.7.2012, 3:25) *
К сожалению, я не настолько подкован в математике, чтобы с ходу вывести нужную формулу, как Дмитрий Семенович, а потому опять решил попробовать модельный расчет.
Я не выводил эту формулу сходу. Модель была разработана еще в начале 2009 года, опубликована в трех статьях совместно с Анатолием Алексеевичем в Вестнике. В тех статьях есть всё, чтобы выводить различные соотношения и аппроксимации.
Так что все с точностью наоборот, пришлось покопаться в своих старых тетрадях.


--------------------
Y-DNA: hg N1c1* M178+ P119- P21- P67-
mtDNA: hg C4b
Ysearch: 69ZKR
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.7.2012, 8:26
Сообщение #26


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6960
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(aklyosov @ 16.7.2012, 9:51) *
О графическом представлении субкладов гаплогруппы R1a на одноименном
Проекте FTDNA. A.A. Клёсов . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 793

Немного о своих впечатлениях о работе проекта.

Во-первых, хотел бы поблагодарить его организаторов за активную, а, главное, систематическую работу по его пополнению и обновлению. Вот только хотелось бы в списках видеть больше участников из России-Украины-Белоруссии. Скажем, из активных форумчан нашел там только себя с Вадимом kosmonomad'ом, плюс нескольких участников проекта Russian Empire. Для успешной работы все-таки желательно, чтобы гаплогруппный проект объединял как можно больше носителей всех возможных ветвей. Сравните с проектом гаплогруппы G, что пока в разы перевешивает при том, что в абсолютных цифрах носителей этой гаплогруппы намного меньше. В странах, охваченных коммерческим тестированием, во всяком случае.

Призываю всех R1a, кто еще не зарегистировался на проекте, принять в нем участие: http://www.familytreedna.com/public/r1a/default.aspx

Однако, есть несколько замечаний, помимо схемы. Скажем, организаторы как-то слишком увлекаются дроблением на всевозможные микрокластеры, которые порой дублируют друг друга. К примеру, родительская ветвь Z283 в количестве 13 гаплотипов разбита аж на 5 (!) подразделов:
A. Z283+ Z282- M458- Z280- Z284- (2 г/т)
B*. Z283+ Z282+ M458- Z280- Z284- (4 г/т)
B1. Z282+ M458- Z280- Z284- (3 г/т)
Z283+ M458- Z280- Z284- (SNP Z282 not tested) (2 г/т)
Z283+ Z280- (SNP M458 & Z284 not tested) (2 г/т)
Возможно, с точки зрения буквы ISOGG это и правильно, но для практической работы такая "лапша" мало пригодна. В случае с Z283 хоть есть обоснование в виде снипов, но ту же самую картину мы видим в ветвях субклада Z280, для которых снипы пока не найдены. По моим оценкам, немалая часть таких микрокластеров вообще фантомы, полученные вырыванием гаплотипов из однородно сходящихся больших ветвей.

И еще одно не столько замечание, сколько пожелание. Список субкладов в таблице следует, в основном, очередности ответвления от условного ствола R1a1* (M198-) --> R1a1a1g3 (Z384+), что логично. Однако, северо-западная ветвь ("десятники") почему-то оказалась в конце списка, хотя она выделилась из общей массы М417 раньше всех. Если следовать выбранной организаторами схеме, то ее список должен быть расположен между старой европейской (M198+ M417- Old European) и юго-восточной ветвями (Z93+ Z94- L342- Eurasian). Конечно, это не столь принципиально, но все же дает при беглом взгляде более адекватное представление о струкруре дерева.

Теперь о замечаниях Анатолия Алексеевича

стр. 795
Цитата
С Z645 авторы явно поторопились. Такого субклада пока нет ни в ISOGG, ни в списке у Томаса Крана.

Действительно, непонятно, зачем авторы оставили никак не подтвержденный снип с драфта 1000 Genomes. В принципе, на его место может встать Z85, который пока опробован всего на 5 участниках, и дал положительный тест у представителей Z93 и Z283, но отрицательный - у "десятника" с L664+.

Цитата
...некой неопределенной и непонятно откуда взявшейся ветви, идущей от Z283 (то есть от Евразийской ветви)...
От Z284, как известно, отходят три ветви – M458 (европейская), Z280 (центрально-азиатскаяевразийская) и Z284 (скандинавская). Никакой безымянной ветви там не обнаружено

Очевидно, автор схемы имеет в виду родительскую ветвь Z283, что объединяет гаплотипы, не входящие по снипам ни в один из 3-х основных субкладов. В IRAKAZ в нее попадает более 20 гаплотипов, в основном немцы и англичане, а также 2 поляка, турок и армянин.

Цитата
под старыми скандинавами загнали субклад Z288, что на самом деле просто синоним Z287. Если мы начнем на схеме синонимы указывать, то никакой схемы не хватит – например, у этих двух синонимов – Z287 и Z288 есть еще два – S223 и S345, и тогда непонятно, почему еще и их не указали.

S223 и S345 в самом деле синонимы первых двух снипов, но Z287 и Z288 - снипы разные. Первый - C to T в позиции ChrY:15802487, второй - G to C в позиции ChrY:16685159. Такие снипы называют не синонимами, а эквивалентными, если нет ни одного примера, попадающего между ними. Вставлять этот тандем в схему - это давать явно избыточную информацию, что противоречит логике остальных элеменов схемы. Соглашусь с Вами.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Nimissin
сообщение 24.7.2012, 9:27
Сообщение #27


Участник
**

Группа: Знатоки
Сообщений: 260
Регистрация: 1.8.2008
Из: г.Находка
Пользователь №: 625



Цитата(Igor1961 @ 24.7.2012, 3:25) *
В конкретном примере на графике видно, что при 4-х наблюдаемых мутациях голубые точки явно устремляются вверх, выходя на насыщение. Примечательно, что это происходит при совсем небольшом значении α=0,009. Это соответствует асимметрии 1,8 % для дистанции в одну мутацию или 100 % асимметрии при отклонении на 56 (!) мутаций от предковой аллели. Пружина оказалась совсем мягкой, почти незаметной, но дала при этом качественно ту же самую картину мутаций, что и в расчете с жестким потенциальным ящиком.
Получен очень хороший и наглядный результат, демонстрирующий действие гипотетической "возвратной силы". Было бы очень хорошо оценить возникающие погрешности. Ясно, что в области насыщения ошибки гигантские.


--------------------
Y-DNA: hg N1c1* M178+ P119- P21- P67-
mtDNA: hg C4b
Ysearch: 69ZKR
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.7.2012, 10:39
Сообщение #28


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6960
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Nimissin @ 24.7.2012, 15:27) *
Было бы очень хорошо оценить возникающие погрешности. Ясно, что в области насыщения ошибки гигантские.

Предложение интересное, но осуществить его на практике не так-то просто. Модельный расчет мало что даст, а для экспериментальных оценок нужны однородно сходящиеся выборки с предком, жившим, как минимум, 12 тыс. лет назад. В случае более молодых выборок мы можем просто не дотянуться до области насыщения, даже для панелей быстрых маркеров.

В чистом виде таких древних однородных линий просто нет, у всех идут разрывы. Однако, на мой взгляд, можно поработать с гаплогруппами/субкладами, у которых дочерние подветви более-менее равномерно раскиданы по дереву, и они оказываются однородными на уровне медленной 22-маркерной панели. Могу назвать навскидку субклад Q1a3a1a (M3) (14000 лет) и гаплогруппы J2 и О (обе порядка 20 тыс. лет). Стоит также присмотреться к Е. Работа, впрочем, может оказаться очень трудоемкой. Не уверен, что найдется время ей заняться.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 24.7.2012, 13:35
Сообщение #29


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Igor1961 @ 24.7.2012, 0:26) *
S223 и S345 в самом деле синонимы первых двух снипов, но Z287 и Z288 - снипы разные. ...Такие снипы называют не синонимами, а эквивалентными, если нет ни одного примера, попадающего между ними. Вставлять этот тандем в схему - это давать явно избыточную информацию, что противоречит логике остальных элеменов схемы. Соглашусь с Вами.


Спасибо за комментарии. Здесь у меня, конечно, оговорка. Под "синонимами" я имел в виду снипы для одного и того же субклада, в данном случае R1a1-a1b1-a3b. Они, конечно, в этом смысле эквивалентные.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 24.7.2012, 14:21
Сообщение #30


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Возвращаюсь к своим рассуждениям о "чистой статистике", которая не принимает разные вероятности прямой и обратной мутации. Будем считать это одной из анализируемых моделей.

Итак, был рассмотрен диапазон число мутаций на маркер от 60 до 120, всего 64 гаплотипа по 16 маркеров, и в качестве конкретного примера был рассмотрен случай с 112 мутациями на маркер.

Статистика "на пальцах" показывает, что в таком диапазоне числа мутаций вверх-вниз они будут усредняться, да еще по 64 гаплотипам. В итоге гаплотип как был, так и остался со своими аллелями. Изменения достигли равновесного состояния. В итоге среднее число мутаций на маркер (и на весь гаплотип) будет равно нулю, и поправка на возвратные мутации будет равна единице, в полном соответствии с формулой КА. На самом деле число мутаций будет несколько гулять у этих 64 гаплотипов, потому что 112 случайных бинарных событий на маркер не обязательно дадут ровно 56 прямых и 56 обратных мутаций, там могут быть 54 и 58, и так далее. Но 4 мутации на маркер в среднем там вряд ли будут, то есть 64 мутации на гаплотип.

В чем же причина наблюдаемых довольно значительных отклонений? Мы не учитываем важную особенность. Мы не рассматриваем 64 случайно блуждающих набора маркеров. Мы рассматриваем ДВА гаплотипа, один - случайный и одиночный - от шимпанзе. Другой -БАЗОВЫЙ от человека (либо базовый некой человеческой популяции, либо базовый R1a). Он не блуждает случайно, он - ПРОДУКТ коалесценции случайных блужданий, он фиксирован. Это - конкретный предковый гаплотип (во всяком случае такой его смысл).

Иначе говоря, мы рассматриваем два фиксированных гаплотипа, которые разошлись на 64 мутации, в среднем по 4 мутации на маркер. Это - экспериментальный факт. Все остальное - интерпретации. В число этих 64 мутаций по всем маркерам входят, несомненно, возвратные мутации. Вопрос - какую модель принять для пересчета. Ситуация осложняется тем, что для константы скорости мутации, в даенном случае 0.0041, принято тоже число НАБЛЮДАЕМЫХ мутаций. Может, в этом причина компенсации?

Иначе говоря, мы, похоже, рассматриваем два совершенно разных случая. Один - набор из многих гаплотипов, в которых происходит большое число мутаций на маркер, и статистика при этом отклоняется от типа случайных блужданий, становясь несимметричной. Другой случай - два фиксированных гаплотипа. Один - базовый, другой принимается за базовый, поскольку в наличии есть всего один. Если мы покажем, что эти два случая эквивалентны, и второй - просто частный случай первого, тогда задача в определенной степени решена. Но, как мы видели, тогда константа скорости мутации тоже должна оказаться меньше в такое же число раз, примерно в 4 раза меньше. Этому тоже должно быть объяснение.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 24.7.2012, 16:11
Сообщение #31


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6960
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(aklyosov @ 24.7.2012, 20:21) *
Статистика "на пальцах" показывает, что в таком диапазоне числа мутаций вверх-вниз они будут усредняться, да еще по 64 гаплотипам. В итоге гаплотип как был, так и остался со своими аллелями. Изменения достигли равновесного состояния.

В том-то и дело, что в модели свободных блужданий такое равновесное состояние НЕ достигается. При стремлении времени к бесконечности общее число мутаций растет пропорционально корню квадратному из времени, как уже указывал Дмитрий Семенович и подтверждают модельные расчеты. Насыщение (экспериментально наблюдаемое) достигается лишь в том случае, когда амплитуда мутаций ограничена. Ссылки на особенности ветвеобразования и бутылочные горлышки также не могут объяснить, почему многие маркеры, особенно быстрые, буквально танцуют на месте.

Показательный пример - DYS391, который почти всегда имеет или 10, или 11 повторов, реже 9 или 12. Все остальные отклонения можно буквально пересчитать на пальцах одной руки. Скажем, в одной из линий Q1a3 в Монголии есть гаплотипы с DYS391=6, но это явно следствие многошаговой мутации, поскольку базовое значение в той же ветви - 9, а 7 и 8 отсутствуют. Самые далеко отстоящие линии не исключение: у Перри и шимпанзе там 10 аллелей. При этом маркер никак нельзя назвать сверхстабильным - в одной из самых однородных ветвей, центрально-европейской R1a1 (3100 лет до предка), из 230 гаплотипов в IRAKAZ 213 имеют 10 аллелей, 16 - 11, и один - 12. И это далеко не единственный пример. Так что так или иначе поправку на ограниченную амплитуду вводить надо. Это экспериментально наблюдаемый факт.

На мой взгляд, модельный расчет, что приводил выше, объясняет многие особенности, что не вписываются ни в модель свободных случайных блужданий, ни в соображения "на пальцах". Еще раз подчеркну, что стохастический характер мутаций сохраняется, и все калибровки, что делались ранее, соблюдаются.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

2 страниц V  < 1 2
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 12.12.2019, 7:20
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU