Днк-археология, Палео-днк, Исследования древней ДНК (дДНК) Опции

[_Dominus_*]

Было проведено полномасштабное исследование древних ДНК из "Лихтенштейнской пещеры". Найденные в пещере артифакты принадлежат периоду 700-1000 лет до н. э.

Были изучены 21 женский и 19 мужских скелетов и проведен полный спектр генетических исследований:

1) Аутосомный профиль по системе CODIS и ССR5

17 образцов были тестированы на CCR5. 2 муж. и 2 жен. образца оказались CCR5 del32 и все 4 образца гетерозиготны.

2) мтДНК (HVR1-HVR2)

47% - H* (17 обр.)
25% - U* (9)
14% - J* (5)
14% - T* (5)

3) уДНК (12 локусов Y-хромосомы) - 15 гаплотипов (!)

80% - I2a
14% - R1a
7% - R1b1b


* Я перевел всё в фортам ftdna плюс гаплогруппы по предиктору с 95-100% вероятностью

Помимо всего были составлены генеалогические схемы родства (см. в источнике)

Felix Schilz - Molekulargenetische Verwandtschaftsanalysen am prähistorischen Skelettkollektiv der Lichtensteinhöhle // Göttingen 2006 (9mb)

http://en.wikipedia.org/wiki/Urnfield_Culture

[_Dominus_*]

К великому сожалению так долго ожидавшаяся работа по дДНК из микенских захоронений выходит без Y и аутосомных днк - тут их постигла неудача *10

Abigail S et al. - Kinship between burials from Grave Circle B at Mycenae revealed by ancient DNA typing // Journal of Archaeological Science

Исследовали только мтДНК.

[_Dominus_*]

Одна из первых масштабных работ по снипам дДНК

эх... многие бы культуры так

[_Dominus_*]

Кроманьонцы, (24000 до н э)
mtDNA - H

Кроманьонцы, (22000 до н э)
mtDNA - HV (pre-HV?), N*

Чеддерский Чел, Англия (6000 до н э)
mtDNA - U5a

Первые фермеры, ц. Европа, 5500 до н э
mtDNA - N1a(6), T(5), H, K(4), J(1), U3(1)

Афанасьевцы (3500–2500 до н э)
mtDNA - N1a, T

Otzi, итальянские Альпы (3350-3300 до н э)
mtDNA - K

Германия, Eulau (3600 до н э)
yDNA - R1a(3)
mtDNA - K1b(3), K1a2, H, I, U5b, X2(2)

Андроновцы (2300–1000 до н э)
yDNA - R1a1
mtDNA - T1, U4, U2e, H?, K, U5a1

Скифы, Сибирь (1500 до н э)
mtDNA - N1a

Германия (1000 до н э)
yDNA - R1b1b2, I1b2, R1a1
mtDNA - H*(17), U*(9), J*(5), T*(5)

Тагарцы (800–200 до н э)
yDNA - R1a1

Этруски (5-2 вв до н э)
mtDNA - H, J1, J2, U (?)

Пазырыкская культура (4-2 вв. до н э)
mtDNA - HV(принцесса), C(воин), U5(воин), C, D, C, H(4 образца)

Монгол, (3 в до н э)
yDNA - N1c-TAT

Таштыкцы (200 до н э–200)
yDNA - R1a1

Монголия, могильник (2000 лет назад)
mtDNA - A, B4b, C(6), D4(17), U2, D5(2), G2a, F1b(4), J1(2), M(2), U5a1a(2)

Баски (6-7 в н э)
mtDNA - H(3), V, T2(2), T, U5(3), U2(2), K, J(3), M1

Дания, 1000-1250 гг
mtDNA - H(3), I(2), U7(1), J(1), T2(1), T(1)

Половцы, район Карпат, 13 в.
mtDNA - H(4), U(2), V(2), JT(1), U3, D

Король датских викингов Свен Естридсен (ум.1074 г)
mtDNA - H5a

Лука Евангилист (?)
mtDNA - H

Англо-саксон (11 век)
mtDNA - X

Мария Антуанетта
mtDNA - H

Франческа Петрарка (14 века)
mtDNA - J2

Вологодская обл., могильники 12-13 вв
mtDNA - H, I

Николай Романов
mtDNA - T

[Headache]

Читуай, перекинь в другую тему, если не попал.

http://www.gazeta.ru/science/2008/07/16_a_2784008.shtml

=======================
Если кроманьонцы с неандертальцами и смешивались, то лишь в одном направлении – могучие неандертальцы брали жён из кроманьонских племён. Анализ мтДНК древнего кроманьонца снял с учёных подозрения в загрязнении её своим генетическим материалом и позволил утверждать, что крови самок неандертальца в жилах современных европейцев нет.
(...)


Казалось бы – вопрос решен, однако что-то все же не давало покоя ученым, и многие продолжали цепляться за гипотезу неандертальского наследия. Главным их аргументом стала невозможность двух научных групп, проводивших секвенирование кроманьонской мтДНК, показать отсутствие примеси современного генетического материала, оставленного в образце кем-то из археологов, реставраторов или самих генетиков. Такие примеси внести в исследуемый образец очень легко, и в прошлом генетики неоднократно натыкались на собственную ДНК, секвенируя геном животного или растения.

Теперь группа Гвидо Барбуяни, профессора кафедры эволюционной биологии итальянского Университета Феррары, провела аналогичный анализ мтДНК кроманьонца и представила железные доказательства того, что мтДНК древних кроманьонцев не имела общих гаплогрупп с неандертальцами.

Работа ученых опубликована в последнем номере PLoS ONE.

Пробы мтДНК были взяты Барбуяни от образца номер 23 из итальянской пещеры Пальиччи. Эти останки древнего человека современного типа, жившего примерно 28 тысяч лет назад, содержали только отдельные части скелета, а потому им не уделили должного внимания при раскопках. Итальянским генетикам это оказалось только на руку: круг контактировавших со скелетом оказался совсем небольшим.

Долгое время кости первобытного европейца лежали на хранении в специальном помещении на кафедре археологии Пизанского университета, и никакая работа с ними не проводилась. Это дало возможность Барбуяни ограничить круг всех ученых и сотрудников, которые когда-либо могли держать эти кости в руках или даже просто посмотреть на них.
(...)

=======================

[mouglley]

А ежели не по древней, а по старой ДНК:

Никто не находил информацию по mtDNA и Y-DNA останков царской семьи, http://www.rg.ru/2008/07/17/romanovy.html на момент интервью - июль 2008 г.?

[aklyosov]

Еще о Лиштенштейской пещере (в Германии):

http://news.bbc.co.uk/1/hi/world/europe/7570928.stm

В статье на указано, к какой гаплогруппе принадлежит герой очерка. Но если к R1a1, то древний гаплотип

13-25-15-11-11-13- X- Y- 11-13-11-30

можно сравнить с базовым гаплотипом современных немцев гаплогруппы R1a1:

13-25-16-10-11-14-12-12-10-13-11-30

Между ними - четыре мутации, что формально соответствует 227 поколениям, то есть 5675 лет. Но это, естественно, сравнение базового с персональным, у которого могут быть неконтролируемые, статистические мутации. К тому жэе общий предок в Германии жил 4800 лет назад, а возраст ископаемых гаплотипов 2700-3000 лет.

Если же современный герой R1b, то древний гаплотип

13-23-14-11-11-14-X-Y- 12-13-13-29

а базовый - он же современный Атлантический модальный гаплотип

13-24-14-11-11-14-X-Y- 12-13-13-29

отличается всего на одну мутацию. Это, формально, примерно 48 поколений, то есть всего 1200 лет.

Оба примера - хорошая иллюстрация статистики мутаций. То есть с целом противоречия с динамикой мутаций нет. Где меньше, где больше. Как и ожидается.

Никто не знает, в коком научном издании опубликована информация, данная в очерке? Про анализ гаплотипов у населения, и какая гаплогруппа совпала?

[_Dominus_*]

В статье на указано, к какой гаплогруппе принадлежит герой очерка. Но если к R1a1, то древний гаплотип

А почему бы ему не быть I2, коих нашли 80% (12 гаплотипов из 15 исследованных)?

[Пастор]

А ежели не по древней, а по старой ДНК:

Никто не находил информацию по mtDNA и Y-DNA останков царской семьи, http://www.rg.ru/2008/07/17/romanovy.html на момент интервью - июль 2008 г.?

Вроде только мито исследовали http://isogg.org/famousdna.htm

[mouglley]

Вроде только мито исследовали http://isogg.org/famousdna.htm

Наверняка же исследовали Y-DNA, но, как и у фараонов, результаты зажали - государственная тайна .

[aklyosov]

>А почему бы ему не быть I2

Конечно. Просто у меня под рукой оказались предковые R1a1 и R1b. Я потому и спросил, известно ли, какой гаплогруппы был герой очерка.

Но мне в любом случае непонятно, почему, на каком основании выделили героя. По какому принципу? Какие были критерии? Что его гаплотип ТОЧНО воспроизвел древний? Так это ничего не означает. За 3000 лет мутации могли увести истинного потомка на одну-другую мутации, или, наоборот, случайно приблизить чужака на те же одну-другую мутации.

Похоже, это просто очередная PR-акция.

[Пастор]

А почему бы ему не быть I2, коих нашли 80% (12 гаплотипов из 15 исследованных)?

Dominus, помните я Вас по этому вопрос мучал, тоже думал, что должен быть один "герой" и не связывал это с Л. пещерой, где их несколько.

[mouglley]

Ещё по Лихтенштейну: Uncovering the ultimate family tree

[Yurgan]

R1a1 - древний гаплотип

13-25-15-11-11-13- X- Y- 11-13-11-30

можно сравнить с базовым гаплотипом современных немцев гаплогруппы R1a1:

13-25-16-10-11-14-12-12-10-13-11-30

Между ними - четыре мутации, что формально соответствует 227 поколениям, то есть 5675 лет. Но это, естественно, сравнение базового с персональным, у которого могут быть неконтролируемые, статистические мутации. К тому жэе общий предок в Германии жил 4800 лет назад, а возраст ископаемых гаплотипов 2700-3000 лет.

Еще раз об андроновцах, тагарцах и таштыкцах.

ANDRONOV CULTURE 13 25 16 11 11 14 x x 10 14 11 32
TAGARIC CULTURE 2 13 24 16 11 11 14 x x 10 13 11 31
TAGARIC CULTURE 3 13 25 16 11 11 14 x x 10 13 11 31
TAGARIC CULTURE 1 13 24 17 11 11 14 x x 10 13 11 31
TAGARIC CULTURE 4 13 24 17 11 11 14 x x 10 13 12 31
TASHTYC CULTURE 13 24 17 11 11 14 x x 10 13 11 31

Получется, андроновский ближе к предковому всей группы 13 25 16 11 11 14 x x 10 13 11 31?
Но даже этот предковый отличаеся от предкового R1a на три мутации.
Можно ли высчитать время жизни предка этой группы, если таштыкская культура начала свое существование 2100 лет назад и существовала до 5 века н.э.

Этот последний гаплотип 13 25 16 11 11 14 x x 10 13 11 31
отличается от предкового на 4 мутации. ще 4800 лет? 7300 - 7800 лет назад выделилась эта ветвь?

По мои расчетам получилось - 4500- 5500 лет назад выделилась эта ветвь, но скорее всего таштыкец жил примерно 2000 лет назад, тогда вероятнее цифра 5500 лет назад.

[aklyosov]

Уважаемый Yurgan,

Нельзя рассматривать гаплотипы по отдельности и считать в отдельных гаплотипах мутации. Только на всю группу. А на всю группу там мутаций мало. На 6 гаплотипов по 10 маркеров в каждом только 8 мутаций, то есть 0.133 мутаций на маркер. Это примерно 1800 лет до общего предка, навскидку. Где-то 2-й век нашей эры. На самом деле это вписывается по датам во все три культуры.

[Yurgan]

Уважаемый Yurgan,

Нельзя рассматривать гаплотипы по отдельности и считать в отдельных гаплотипах мутации. Только на всю группу. А на всю группу там мутаций мало. На 6 гаплотипов по 10 маркеров в каждом только 8 мутаций, то есть 0.133 мутаций на маркер. Это примерно 1800 лет до общего предка, навскидку. Где-то 2-й век нашей эры. На самом деле это вписывается по датам во все три культуры.

Почему нашей.
Таштыкец - 2100 лет назад жил + ваши 1800 = 3900 лет назад. Это если без предкового для всех андроновцев.
У меня до общего предка этих тагарцев, таштыкца и андроновца вышло 1700+100 лет назад.

[Пастор]

Может кто слышал, этого товарища на Y ДНК проверять собирались?



http://en.wikipedia.org/wiki/Tollund_Man

[Clavis]

Может кто слышал, этого товарища на Y ДНК проверять собирались?

Про него не встречал, а его земляков из Дании видел, но там только мито:
AMERICAN JOURNAL OF PHYSICAL ANTHROPOLOGY 000:000–000 (2005) © 2005
mtDNA Analysis of Human Remains From an Early
Danish Christian Cemetery
Lars Rudbeck,1 M. Thomas P. Gilbert,2 Eske Willerslev,3 Anders J. Hansen,3 Niels Lynnerup,4
Tom Christensen,5 and Jørgen Dissing1*
1Research Laboratory, Institute of Forensic Medicine, University of Copenhagen, 2100 Copenhagen, Denmark
2Henry Wellcome Ancient Biomolecules Centre, University of Oxford, Oxford OX1 2PS, England, UK
3Department of Evolutionary Biology, Zoological Institute, University of Copenhagen, 2100 Copenhagen, Denmark
4Laboratory of Biological Anthropology, Institute of Forensic Medicine, University of Copenhagen,
2100 Copenhagen, Denmark
5Roskilde Museum, 4000 Roskilde, Denmark
ABSTRACT One of Denmark's earliest Christian cemeteries
is Kongemarken, dating to around AD 1000–1250.
A feature of early Scandinavian Christian cemeteries is
sex segregation, with females buried on the northern sides
and males on the southern sides. However, such separation
was never complete; in the few early Christian cemeteries
excavated in Scandinavia, there were always a few
males placed on the north side, and some females on the
south side. At Kongemarken, several males with juxtaposed
females were found on the north side of the cemetery.
Thus, to evaluate possible kinship relationships, and
more general questions of population affinity, we analyzed
mitochondrial DNA extracted from nine individuals excavated
in two different areas within the cemetery: one male
and four females from Area 1, and one male and three
females from Area 2. Using stringent laboratory protocols,
each individual was unequivocally assigned to a mitochondrial
haplogroup. A surprising amount of haplogroup diversity
was observed (Area 1: 1 U7 (male), 1 H, 1 I, 1 J,
and 1 T2; Area 2: 2 H, 1 I, and 1 T, with one H being male);
even the three subjects of haplogroup H were of different
subtypes. This indicates that no subjects within each area
were maternally related. The observed haplogroup, U7,
while common in India and in western Siberian tribes,
was not previously observed among present-day ethnic
Scandinavians, and haplogroup I is rare (2%) in Scandinavia.
These observations suggest that the individuals
living in the Roskilde region 1,000 years ago were not all
members of a tightly knit local population and comprised
individuals with genetic links with populations that were
from much farther away. Am J Phys Anthropol 000:
000–000, 2005.
Статья у меня есть, в формате pdf но все главное тут:

[Пастор]

Про него не встречал, а его земляков из Дании видел, но там только мито:

О них читал.
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?s=&a...dpost&p=174

Только этот Tollund_Man, как говорят очень хорошо сохранился, даже установили чем он питался перед смертью.

[_Dominus_*]

О них читал.
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?s=&a...dpost&p=174

Только этот Tollund_Man, как говорят очень хорошо сохранился, даже установили чем он питался перед смертью.

Я смотрел фильм bbc о Великом переселении народов, в частности о готах и там рассказывали о причинах исхода и о этой мумии.