Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



36 страниц V  « < 4 5 6 7 8 > »   
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Реконструкция древа R1a
aklyosov
сообщение 5.1.2009, 5:23
Сообщение #101


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Сделано.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 5.1.2009, 5:40
Сообщение #102


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Анатолий Алексеевич, занчит Вы не против если я размещу здесь?

Кстати, вот иллюстрация косяков Нетворка.

1. Ветвь где находится клан Тати, Лома, Желтова, и клан уважаемого GFG
2. Уже заменитая ветвь арийских евреев... или еврейских арийцев ? unsure.gif
3. Предположительно балтская по номенклатуре второй версии D10, из которой наш пропавший брат Север.
4 и 5 одиночные гаплотипы выдавленный из сферы реальности.

Если проследить цепочку мутаций от модального до 4 или 5 или до родоначальника указанных ветвей 1, 2, 3, то можно увидить что две трети мутаций парные, но такого большого числа возвратных мутаций не может быть в природе. То есть Нетворк, чтобы куда нибудь пришить их начал безбожно косячить, вот и получились "зеркальные предковые линии".
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 5.1.2009, 5:47
Сообщение #103


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Да, все эти ветви есть на 67-маркерном дереве гаплотипов, среди тех примерно 15 ветвей.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Valery
сообщение 5.1.2009, 13:31
Сообщение #104


Знаток
****

Группа: Известные анонимы
Сообщений: 570
Регистрация: 25.10.2008
Пользователь №: 956



Павел, я в скором времени сделаю инструкцию и может быть даже утилитку по конверсии в Нексус формат.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 5.1.2009, 13:47
Сообщение #105


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Цитата(Valery @ 5.1.2009, 4:05) *
Мега, Пауп и Файлип все это умеют. Только кормить им надо не бедненький файл расстояний (от Нейбора толку как от козла молока) а полноценный Нексус или что-то вроде например файлиповский файл. Сделать можно руками, посмотрев в Меге пример формата Нексус. Еще лучше - взять в Меге самый маленький из файлов примеров он кажется в их собственном формате .Мег и там же в программе отконвертить в Нексус. Сразу будет понятно что к чему.

Последовательность действий:

1) Скормить Нетворку файл У-гаплотипов
2) Вытащить у него бинаризованный РДФ
3) Из оного сделать Нексус, причем 0 и 1 надо заменить на нуклеотиды, скажем C и T
4) Запустить Мегу МП, но не полный перебор (никогда не кончится если гаплотипов много)
а эвристику типа NNI. Вместо Меги можно файлиповый dnapars но .. лучше не надо он тормоз. Пауп не намного быстрее. Так что только Меша.
Не знал, что в Мегу можно запихнуть данные Y-DNA.
Спасибо за инструкцию.
Буду разбираться. Пока же формат Нексус абсолютно непонятен
Цитата(Valery @ 5.1.2009, 4:05) *
Увы она бывает только под Виндовз.
А я люблю Винду. За 16 лет привык.
Цитата(Valery @ 5.1.2009, 13:31) *
Павел, я в скором времени сделаю инструкцию и может быть даже утилитку по конверсии в Нексус формат.
С нетерпением ждём.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
GFG
сообщение 6.1.2009, 2:21
Сообщение #106


Участник
**

Группа:  R1a
Сообщений: 197
Регистрация: 13.10.2008
Из: Москва
Пользователь №: 891



1. Ветвь где находится клан Тати, Лома, Желтова, и клан уважаемого GFG


Павел скажите, а насколько интересны будут тесты моих однофамильцев?

Я вчера проявил инициативу помощью сайта "Одноглазники" в связи с предложением лаборатории г-жи Балановской отделить зерна от плевел, то есть, однофамильцев от родственников. И уже пять однофамильцев откликнулось,все из разных регионов, хотя я думаю их может быть значительно больше, я разослал предложение свыше семидесяти обладателям Y-хромасомы. Если результат Вас заинтересует, я с удовольствием поделюсь им.



--------------------
Y-DNA: R1a.M458.CTS11962+, Z280-, M334-, L342-, L291-, L1029 -
mt-DNA: HVR1 16304C, HVR2 263G, 315.1C, 456T
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 6.1.2009, 2:43
Сообщение #107


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Цитата(GFG @ 6.1.2009, 3:21) *
1. Ветвь где находится клан Тати, Лома, Желтова, и клан уважаемого GFG

Павел скажите, а насколько интересны будут тесты моих однофамильцев?

Я вчера проявил инициативу помощью сайта "Одноглазники" в связи с предложением лаборатории г-жи Балановской отделить зерна от плевел, то есть, однофамильцев от родственников. И уже пять однофамильцев откликнулось,все из разных регионов, хотя я думаю их может быть значительно больше, я разослал предложение свыше семидесяти обладателям Y-хромасомы. Если результат Вас заинтересует, я с удовольствием поделюсь им.

GFG, дело стоящее так как результаты будут интересны в любом случае для нас всех, но что касается Вашего личного генеалогического интереса, то интереса,
перспективы зависят от распространенности фамилии. Если фамилия образована от крестильного имени, то ... Боюсь Вас разочаровать, скорее всего Вас очень много, и в фамилии очень много езависимых друг от друга фамильных родов. Вы вряд ли найдете среди сдавших анализы своих сородичей.

Мой экспресс метод определения численности фамилии. Берем численность Вашей фамилии в телефонном справочнике столицы и умножаем на э.... , простите давно не пользовался, кажется на 15. Получается приблизительная численность по России позволяющая судить о степени распространенности.
У Вас фамилия потянула на 12 000, это где-то, учитывая крестильный характер фамилии, а значит небольшую численность фамильных родов - где-то 50 родов. Вот и выходит, чтобы гарантированно найти родственника, Вам нужно заманить около сотни однофамильцев. В общем, хоть что-то, а каково Ивановым, Смирновым, и Кузнецовым?


Валерий, вот видите, народ жаждет инструкций.
Желаю Вам успеха!
Родина, как говорится, Вас не забудет. laugh.gif
Да, надо сообщить эту ролгожданную новость в тему "Нетворк".

А у меня по сверхкоротким медленным гаплотипам следующие результаты.




Картинка несколько увеличивается по клику
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 6.1.2009, 7:19
Сообщение #108


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Цитата(aklyosov @ 5.1.2009, 6:23) *
Сделано.
Ага, замечательно.
Ну, значит вот:

Древо выборки R1a 2009 построенное с помощью утилиты макдональдса, программ Philip, и Меги.


Значительное увеличение по клику.

Оно же, но в другом виде:


Значительное увеличение по клику.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 6.1.2009, 8:04
Сообщение #109


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Пока вернусь к эксперименту со сверхкороткими гаплотипами в Нетворке.


Проверять на устойчивость связей не имеет смысла, как ни меняй эпсилон, эта картинка будет постоянной. Устойчивость абсолютная, без вариантов.

Восмимаркерные "медленные" гаплотипы r1a2009 у большинства совпали, таких оказалось 339 из 387.

Но 48 гаплотипов не попали в ядро, одиночные выскочки не вызывают вопросов, вероятно это молодые одиночные мутации. Но коллективы мутантов уже вызывают вопросы о родовой или случайной природе этих сообществ с одинаковой мутацией в сверхмедленном маркере.
Начнем пожалуй с самого крупного спутника помеченного как 43Klyo где имеются 15 совпаденцев. Оторвавшихся от основного коллектива благодаря мутации D578aa
Внимание, совпадение чисто случайное, мои хорошие отношения с Анатолием Алексеевичем тут не причем. Кластер самый крупный, пожтому с него и начинаю, а в этом кластере 43 Klyo стоит первым так как там все стоят по порядку номеров.

43 Klyosov Kursk, Russia 
76 Runyan Hunterdon CO.-Amwell Twp., New Jersey, USA 
114 Platt William b. ca. 1833 NY http://www.familytreedna.com/public/PlattDNA
136 Wybieralski Dubin, Poland 
193 Mitchell Germany 
223 Sliwinski-2 Poland 
233 Poglodzinski Tomaszow Lubelski, Poland 
239 Kulis Radomsko/Radziechowice, Poland 
256 Iwanowicz Chojniki, Ostoleka, Poland 
257 Kobylarz Gwoździec, Poland 
261 Atkins Orsha, Belarus 
277 Brzoska Nieskorz, Poland 
327 MacDonald Canada 
330 Kemp CARTHAGE, SMITH CO, TN, Tennessee, USA 
368 Ukr_e
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
татиа
сообщение 6.1.2009, 8:34
Сообщение #110


Знаток
****

Группа: Mt Katrine
Сообщений: 653
Регистрация: 8.8.2008
Из: Москва
Пользователь №: 659



Паш, вот здорово! А дальше..?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 6.1.2009, 9:52
Сообщение #111


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Time to Most Recent Common Ancestor (Generations)
IDm
o
d
a
l
4
3
K
l
y
o
s
o
v
7
6
R
u
n
y
a
n
1
1
4
P
l
a
t
t
1
3
6
W
y
b
i
e
r
a
l
s
k
i
1
9
3
M
i
t
c
h
e
l
l
2
2
3
S
l
i
w
i
n
s
k
i
-
2
2
3
3
P
o
g
l
o
d
z
i
n
s
k
i
2
3
9
K
u
l
i
s
2
5
6
I
w
a
n
o
w
i
c
z
2
5
7
K
o
b
y
l
a
r
z
2
6
1
A
t
k
i
n
s
2
7
7
B
r
z
o
s
k
a
3
2
7
M
a
c
D
o
n
a
l
d
3
3
0
K
e
m
p
3
6
8
U
k
r
_
e
modal 67459242202837232028423734486042
43Klyosov 456710064485760515454606448707467
76Runyan 92100671088811296100100112104117104100117104
114Platt 426410867514864515757605760545164
136Wybieralski 20488851673445263437395131516757
193Mitchell 285711248346742203131485142676057
223Sliwinski-2 37609664454267313145575145545451
233Poglodzinski 235110051262031672631454534576751
239Kulis 205410057343131266739454542486045
256Iwanowicz 285411257373145313967423937675751
257Kobylarz 426010460394857454542674851706057
261Atkins 376411757515151454539486754676028
277Brzoska 344810460314245344237515467576057
327MacDonald 487010054516754574867706757676464
330Kemp 607411751676054676057606060646760
368Ukr_e 426710464575751514551572857646067
0-9 Generations 10-19 Generations 20-29 Generations 30-39 Generations
- Infinite allele mutation model is used
- Average mutation rate varies: 0.0041 to 0.0041, from FTDNA derived rates
- Values on the diagonal indicate number of markers tested
- Probability is 95% that the TMRCA is no longer than indicated
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 6.1.2009, 11:18
Сообщение #112


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 6.1.2009, 11:57
Сообщение #113


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Вычисляются два явных клана и несколько отдельных одиночек 578aa

1 Самый большой

43 Klyosov Kursk, Russia
136 Wybieralski Dubin, Poland
193 Mitchell Germany
220 Stanaszek Stanaszek Nowy Sacz/Warszawa, Poland 
223 Sliwinski-2 Poland
233 Poglodzinski Tomaszow Lubelski, Poland
239 Kulis Radomsko/Radziechowice, Poland
256 Iwanowicz Chojniki, Ostoleka, Poland
257 Kobylarz Gwoździec, Poland
277 Brzoska Nieskorz, Poland

Единственный не в системе, но очень близкий - наш 43 Klyosov. Его онесло в сторону в нетворке, но в его линии видна "искусственная сшивка", 588aa рядом с гаплотипом.




2 Ветвь у Буланидов.


368 Ukr_e
261 Atkins Orsha, Belarus

Эти два гаплотипа никак не могут принадлежать клану Анатолия Алексеевича, во первых они в плотном окружении своих, у которых нет 578aa. Эта мутация у них моложе чем их клан.

Однако возможен другой вариант. В какой-то части рода буданидов случилась обратная мутация, но у небольшой ветви этой обра тной мутации не было, и она сохранила древний 578 ой до наших дней. Этот вариант мне кажется маловероятным, но все же теоретически он возможен.

Одиночки:

76 Runyan Hunterdon CO.-Amwell Twp., New Jersey, USA
327 MacDonald Canada
330 Kemp CARTHAGE, SMITH CO, TN, Tennessee, USA
114 Platt William b. ca. 1833 NY http://www.familytreedna.com/public/PlattDNA

Очень далеко находятся от гаплотипов двух кланов, и между собой, скорее всего 578ые у них разной природы.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 6.1.2009, 12:12
Сообщение #114


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Определение точки откуда должна была идти линия Анатолия Алексеевича, но которую Нетворк проворонил.




Выписываем мутации от АК до первой медианной точки в сети.
617ас 537ab 578aa 444ad 570af 456ab 464aa 464aa 464aa 449ah 449am 458ac 385ba 390ab

Далее начинаем смотреть мутации от точки соединения линии неправильно позиционированного Нетворком АК с предковой линией предпологаемого клана Анатиолия Алексеевича. Идем от этой точки в сторону родного клана начинают попадаться мутации которрые мы выписали, и как по следу доходим до точки откуда должа была идти линия АК. На схеме я ее обозначил красной точкой.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 6.1.2009, 13:19
Сообщение #115


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Решил проверить свои аналитические вычисления по точке откуда пошли есть Клесовы.
Взял и зарядил в Нетворк Клан 578aa получилось древо где предковая линия Клесовых начинается в предсказанном месте, перед 220Stanaszek.
Как говорится во французщине, полный вуаля!


Мутация 578aa для данной гаплогруппы является родовым признаком.
Остаются нерешенными вопросы:
1. Являются ли буланиды ветвью этого клана.
2. Требуется вычислить время жизни первого общего предка и его гаплотип.
3. Требуется придумать как вычислить время жизни родоначальника.
Под родоначальником я подразумеваю точку в которой ветвь соединяется со всем древом R1a, под первым общим предком - того, к кому сходятся предковые линии всех из этой выборки.

В решении вопросов 1 и 2 уповая на Анатолия Алексеевича, а третий вопрос для меня полная загадка.
Как же определить насколько древней является эта ветвь? unsure.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Valery
сообщение 6.1.2009, 14:02
Сообщение #116


Знаток
****

Группа: Известные анонимы
Сообщений: 570
Регистрация: 25.10.2008
Пользователь №: 956



Цитата(mouglley @ 5.1.2009, 13:47) *
А я люблю Винду.


За что если не секрет? На мою хардварную архитектуру одна лицензия на винду стоит > $3000.

В смысле биософта кстати линукс сейчас достойно выглядит.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Kнязь Игорь_*
сообщение 6.1.2009, 14:22
Сообщение #117





Гости






Цитата(Valery @ 6.1.2009, 15:02) *
На мою хардварную архитектуру одна лицензия на винду стоит > $3000.


А само Ваше железо сколько стоит?
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Valery
сообщение 6.1.2009, 17:14
Сообщение #118


Знаток
****

Группа: Известные анонимы
Сообщений: 570
Регистрация: 25.10.2008
Пользователь №: 956



Цитата(Kнязь Игорь @ 6.1.2009, 14:22) *
А само Ваше железо сколько стоит?



сейчас за нее уже не много дадут, несколько лет - для машины старость, забавно при неистекшей гарантии smile.gif первоначально стоила дороже чем указанный софт. Продавалось вместе с лицензией на HP-UX с которой я ужиться так не смог. Система скажем прямо экзотическая и от большинства юниксов отличается крайней недружелюбностью. Как говорится, IBM AIX is not the worst unix only because HP UX is smile.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Kнязь Игорь_*
сообщение 6.1.2009, 17:29
Сообщение #119





Гости






Цитата(Valery @ 6.1.2009, 18:14) *
Как говорится, IBM AIX is not the worst unix only because HP UX is smile.gif


А мы вообще HP переводили, как "High Price". Дорого и сердито.

Теперь понимаю, почему лицензия Винды для Вас так дорога.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 6.1.2009, 17:47
Сообщение #120


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Цитата(Valery @ 6.1.2009, 14:02) *
За что если не секрет? На мою хардварную архитектуру одна лицензия на винду стоит > $3000.

В смысле биософта кстати линукс сейчас достойно выглядит.
А, программы разные найти легче.
Если в данный момент на железке - (три терры позволяют) стоит софта меньше, чем на лимон Убитых Енотов (ДНК-генеалогия ведь не приносит денег), то я в чём-то недосмотрел.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

36 страниц V  « < 4 5 6 7 8 > » 
Быстрый ответОтветить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 16.2.2019, 11:10
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU