Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



2 страниц V   1 2 >  
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Вестник, Том 5, № 7, Июль 2012
aklyosov
сообщение 16.7.2012, 3:51
Сообщение #1


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Вышел июльский выпуск Вестника. Бесплатное скачивание - на кнопке выше справа. При желании, можно выписать бумажный вариант в переплете, как и любой из десятков предыдущих выпусков, но издательство продает их по 10 долларов за выпуск.

СОДЕРЖАНИЕ НОМЕРА
Оглавление . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .792

О графическом представлении субкладов гаплогруппы R1a на одноименном
Проекте FTDNA. A.A. Клёсов . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 793

Луис Агассиз и его дагерротипы. А. А. Клёсов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 799

История с субкладом R1b-L51 в кривом зеркале популяционной
генетики. А. А. Клёсов . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .832

Предисловие редактора к статье А.В. Кириллова . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 836
Союз лингвистики и ДНК-генеалогии. А.В. Кириллов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .840

Продолжение «Размышлений над книгой лингвиста Ю.К. Кузьменко
«Ранние германцы и их соседи. Лингвистика, археология, генетика»
(2011)». Комментарии автора книги и ответ. А. А. Клёсов . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 859

Ethnic affiliation of Scytho-Sarmatians. N. Kisamov. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .867

The origin of Sumerians. Archaeological , mythological and biogeographic
analysis, re-evaluation after remarkable excavations at Türkmenistan Gönür Tepe
and others. Metin Gündüz (Turkey). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 894

Комментарий А.А. Тюняева на реплики С.В. Кончи (см. Вестник, июнь 2012,
№ 6, стр. 703-704). . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 901

И еще раз - берегитесь популяционных генетиков. Например, в лице В. Запорожченко.
А. А. Клёсов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .903

Микросателлиты и гены Y-хромосомы. Анатолий А. Клёсов. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .911

ДИСКУССИИ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .914

Еврейские дискуссии.
(у нас в гостях – международный портал «Заметки по еврейской
истории. Еврейская Старина»). О народности лемба . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 914

О квадратичном и линейном методах расчетов, и фантазиях в области
археологии и краниологии. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .920

Гаплогруппы африканских бушменов . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .954

ОБРАЩЕНИЯ читателей и персональные случаи ДНК-генеалогии.
Часть 41, письма 140-142. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .959


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 17.7.2012, 14:05
Сообщение #2


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11620
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



"И еще раз - берегитесь популяционных генетиков. Например, в лице В. Запорожченко. "
В лагере попгенов пошло бурление, неприятный запах уже добрался до меня. Анатолий Алексеевич, зачем Вы клевещите на этого фигаро-лаборанта? Подскажите, где конкретно навет, а то попгены только ругаются, пытаются устроить какие-то смешные демарши, но за что конкретно у них возбудились обидки они не указывают, а мне любопытно.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 17.7.2012, 14:36
Сообщение #3


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Павел Шварев @ 17.7.2012, 6:05) *
"И еще раз - берегитесь популяционных генетиков. Например, в лице В. Запорожченко. "
В лагере попгенов пошло бурление, неприятный запах уже добрался до меня. Анатолий Алексеевич, не Вы клевещите на этого фигаро-лаборанта? Подскажите, кгде конкретно навет, а то попгены только ругаются, пытаются устроить какие-то смешные демарши, но за что конкретно у них возбудились обидки они не указывают, а мне любопытно.


Хорошо, значит читают Вестник.

Если Вы читали статью, то видели, что я привожу его конкретные цитаты, список литературы, конкретное цитирование.

Запорожченко слишком мелок, чтобы на него обращать внимание. Я и не обращал. Но когда он высунулся с безграмотными персональными фантазиями, получил промеж глаз. Помните, что по этому поводу сказал Александр Невский? Запорожченко, видимо, не помнил.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 17.7.2012, 15:21
Сообщение #4


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11620
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



На мой взгляд Вы все правильно написали, но они же бурлят!
Ладно, буду пытать бурлящих, может расколятся, какого черта они бурлят.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 17.7.2012, 15:33
Сообщение #5


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Так пусть бурлят. Там же террариум. Им положено извиваться, сворачиваться в клубки, и брызгать ядом на ограждающее стекло. Такова их природа.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Nimissin
сообщение 18.7.2012, 12:37
Сообщение #6


Участник
**

Группа: Знатоки
Сообщений: 260
Регистрация: 1.8.2008
Из: г.Находка
Пользователь №: 625



На странице 827 прочитал о расчете фактического числа мутаций lambda по т.н. формуле Клесова-Адамова

lambda = lambdaobs*(1+exp(lambdaobs))/2.

Эта аппроксимационная формула с хорошей точностью работает в интервале значений наблюдаемых мутаций lambdaobs от 0 до 1.5. Для значений наблюдаемых мутаций выше 1.5 формула завышает оценку истинного числа мутаций против точного теоретического значения.

Если среднее число наблюдаемых мутаций составляет 4.25 на локус, то оно соответствует 28.4 фактических мутаций на маркер. А не 151 мутация, полученная в результате применения аппроксимационной формулы Клесова-Адамова. Для значения 4.25 эта формула не применима.


--------------------
Y-DNA: hg N1c1* M178+ P119- P21- P67-
mtDNA: hg C4b
Ysearch: 69ZKR
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 18.7.2012, 15:12
Сообщение #7


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Nimissin @ 18.7.2012, 4:37) *
Если среднее число наблюдаемых мутаций составляет 4.25 на локус, то оно соответствует 28.4 фактических мутаций на маркер. А не 151 мутация, полученная в результате применения аппроксимационной формулы Клесова-Адамова.


Спасибо за комментарий, уважаемый Дмитрий. Но цифра, которую Вы даете, не может быть верной, она явно занижена, причем в несколько раз.

Давайте посмотрим еще раз.

Мы сравниваем два 16-маркерных гаплотипа, шимпанзе и предковый гаплогруппы R1a. Эти 16 маркеров - самые медленные, мутация в каждом происходит раз в сотни тысяч лет, у некоторых - раз в миллионы лет (например, в DYS472 мутация происходит в среднем раз в 100 тысяч поколений). Сами гаплотипы сомнению особому не подлежат, у шимпанзе взят непосредственно из последовательности Y-хромосомы, у гаплогруппы R1a они вполне известны. Кстати, они недалеко от предкового R1b, как и должно быть.

В итоге сопоставление 16-маркерных гаплотипов шимпанзе и гаплогруппы R1a показало, что между ними - 68 "наблюдаемых" мутаций. Возможно, что на самом деле окажется на несколько мутаций больше или меньше, но, думаю, вряд ли кто в мире может это со всей определенностью заключить. Будум считать, что это есть современный уровень науки, который в будущем уточнится.

Ясно, что 68 мутаций - это только наблюдаемые, которые явились результатом многих (именно так) возвратных мутаций, вперед-назад-опять вперед - вперед - опять назад и так далее. Для меня ясно, что там идет многократное наложение статистики на статистику, и эта величина в 68 мутаций безнадежно занижена, возможно, в десятки раз. Более того, не исключены и двойные мутации, прямые и обратные, и в целом можно полагать, что формальные расчеты будут все равно неверными, так как основаны на строгой, "плавной" статистике, без всяких двойных и тройных мутаций. То есть перед нами дилемма - или махнуть рукой и сказать, что считать бестолку, или приложить формальные правила и посмотреть, что получится, так как ответ нам примерно известен - это между 5 и 7 миллионов лет временной дистанции до общего предка человека и шимпанзе. Или по крайней мере современная наука так полагает.

В науке такие ситуации - почитать и просмотреть, как получится - довольно часты. Я здесь уже приводил пример, что термодинамика водных растворов теоретически работает только для бесконечно разбавленных растворов, что для практии не годится. Тем не менее, смельчаки перед лицом этой дилеммы работают с реальными растворами, и часто зависимости описываются именно теоретическими закономерностями. Только при уходе выше по концентрации начинаются отклонения. И в этом никакого научного преступления нет - так и пишут, что до такого-то уровня концентраций наблюдается соответствие теории и эксперимента, в с такого-то уровня идут отклонения. и никто в научной печати не пишет, что так нельзя, что теория обязана не работать самого начала. Нааример, такие данные приветствуются, так как они позволяют выявить реальные границы применимости теории.

Так вот, повторяю, что у меня была дилемма - либо сказать, что 68 мутаций на 16 маркерах это очень много, и наука там не работает, либо приложить идеальную расчетную формулу, которая основана на идеальной статистике прямых и обратных мутаций. Я предпочел приложить и посмотреть, что получится. Получилось, что в идеальных условиях вместо наблюдаемых 68 мутаций должно быть 2417 мутаций между общим предком шимпанзе и гаплогруппы R1a.

Далее, для 16-маркерных "медленных" гаплотипов средняя константа скорости мутации равна 0.0041 мутаций на поколение в 25 лет. Опять, здесь возможны погрешности, но опять же никто в мире более надежного значения не даст. Будет считать, что в будущем эта величина будет постепенно выправляться.

Как видите, уважаемый Дмитрий, я исповедаю принцип постепенного приближения к "истине", которая на самом деле есть продукт постепенного оптимизации нашего текущего знания. Я не объявляю, что мое решение единственно верное и верное раз и навсегда. Я излагаю концепцию, открытую для усовершенствования. Приглашаю и Вас ее усовершенствовать, но не в одном каком-то звене, а рассматривая, что это даст для конечного результата. Потому что одно звено можно "усовершенствовать" неверно.

Итак, имеем, что между современным шимпанзе и предковой гаплогруппой R1a имеется 2417 мутаций. Делим это число на 2 (чтобы выйти на общего предка гаплогруппы R1a и шимпанзе) и на 0.0041, и умножаем на 25 (лет), получаем 7.4 миллионов лет до общего предка. Это - вполне приемлемая величина, хотя бы для начала и для последующей оптимизации в сторону "истины".

Давайте посмотрим, что предлагаете Вы. Вы говорите, что эту формулу применять нельзя, она дает сильно завышенное число мутаций, потому и получилось 2417 мутаций между шимпанзе и человеком. А надо принимать такую, которая даст 28.4х16 = 454 мутации между шимпанзе и человеком.

В моих концептуальных описаниях выше Вы решили "улучшить" одно звено, но не посмотрили, а что это даст в конечном итоге. Это - типичная ошибка, поскольку цель - не одно звено, а вся картина. Давайте посмотрим. 454/2/0.0041 x 25 = 1.4 миллиона лет до общего предка человека и шимпанзе. Это вряд ли возможно.

Таким образом, Вы явно занизили расчет числа возвратных мутаций.

Как видите, одним "звеном" здесь не обойтись. Конечно, можно предположить, что неверен гаплотип шимпанзе, что неверен предковый гаплотип R1a, что число наблюдаемых мутаций между ними не 68, а триста, что скорость мутации неверна, и должна быть не 0.0041, а 0.001, и так далее. Но на мой взгляд это все менее вероятно (тем более в таких масштабах), чем предположить, что Ваш расчет числа возвратных мутаций неверен, и занижен примерно в 4-5 раз.

Что думаете?



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Nimissin
сообщение 18.7.2012, 15:47
Сообщение #8


Участник
**

Группа: Знатоки
Сообщений: 260
Регистрация: 1.8.2008
Из: г.Находка
Пользователь №: 625



Цитата(aklyosov @ 18.7.2012, 22:12) *
Спасибо за комментарий, уважаемый Дмитрий. Но цифра, которую Вы даете, не может быть верной, она явно занижена, причем в несколько раз.
...
Итак, имеем, что между современным шимпанзе и предковой гаплогруппой R1a имеется 2417 мутаций. Делим это число на 2 (чтобы выйти на общего предка гаплогруппы R1a и шимпанзе) и на 0.0041, и умножаем на 25 (лет), получаем 7.4 миллионов лет до общего предка. Это - вполне приемлемая величина, хотя бы для начала и для последующей оптимизации в сторону "истины".

Давайте посмотрим, что предлагаете Вы. Вы говорите, что эту формулу применять нельзя, она дает сильно завышенное число мутаций, потому и получилось 2417 мутаций между шимпанзе и человеком. А надо принимать такую, которая даст 28.4х16 = 454 мутации между шимпанзе и человеком.

В моих концептуальных описаниях выше Вы решили "улучшить" одно звено, но не посмотрили, а что это даст в конечном итоге. Это - типичная ошибка, поскольку цель - не одно звено, а вся картина. Давайте посмотрим. 454/2/0.0041 x 25 = 1.4 миллиона лет до общего предка человека и шимпанзе. Это вряд ли возможно.

Таким образом, Вы явно занизили расчет числа возвратных мутаций.

Как видите, одним "звеном" здесь не обойтись. Конечно, можно предположить, что неверен гаплотип шимпанзе, что неверен предковый гаплотип R1a, что число наблюдаемых мутаций между ними не 68, а триста, что скорость мутации неверна, и должна быть не 0.0041, а 0.001, и так далее. Но на мой взгляд это все менее вероятно (тем более в таких масштабах), чем предположить, что Ваш расчет числа возвратных мутаций неверен, и занижен примерно в 4-5 раз.

Что думаете?

Полагаю, что вполне разумный возраст в 7.4 млн.лет получен Вами случайно. Даже 28 мутаций на локус, рассчитанный правильно, но в рамках используемой модели SMM - это запредельная величина. Большинство STR локусов имеют среднюю длину меньше 28. Здесь надо говорить об ограниченности используемой модели. Она ведь учитывает такие крайние случаи, как плюс 28, или минус 28 повторов относительно предкового гаплотипа. Мы понимаем, что в реальности такого не может быть. Как уже писал здесь уважаемый Игорь, есть некие ограничительные "стенки", или "барьеры", т.е. генетический механизм, удерживающий количество повторов STR локуса внутри относительно узкого диапазона. По сути, такой механизм спасает локус от исчезновения. Я думаю, что в реальности 4.25 наблюдаемых мутаций на маркер в используемом гаплотипе, действительно соответствуют 5-7 млн.лет расхождения. Но для правильной оценки нужна другая, более адекватная модель. А наш линейный метод, разработанный в рамках модели SMM, не подходит.


--------------------
Y-DNA: hg N1c1* M178+ P119- P21- P67-
mtDNA: hg C4b
Ysearch: 69ZKR
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 18.7.2012, 17:11
Сообщение #9


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Nimissin @ 18.7.2012, 7:47) *
Полагаю, что вполне разумный возраст в 7.4 млн.лет получен Вами случайно. Даже 28 мутаций на локус, рассчитанный правильно, но в рамках используемой модели SMM - это запредельная величина. Большинство STR локусов имеют среднюю длину меньше 28. Здесь надо говорить об ограниченности используемой модели.


Возможно. А возможно, нет. Я уже несколько лет слышу от популяционных генетиков и других критиков, что расчеты по мутациям в ДНК вообще невозможны, что нужна другая модель, что на мутации вляет радиация, питание, и что угодно, что они на самом деле не неупопрядоченные, и что эволюции вообще нет. У меня к негативным замечаниям иммунитет. К позитивным на базе негативных я более чем положителен. Если наука не созрела до решения вопроса - значит, пусть остается простейший вариант решения, в соответствии с правилом Оккама. Будет решение - исправим. Так развивается наука.

Я не очень понимаю, почему 28 мутаций на локус это "запредельная величина"? Да, это много, но не невозможно. Поиграйте с бинарным генератором случайных чисел, наверняка и на 28 мутаций может увести при сотнях и тысячах "бросков". И в основе будет та же статистика. Я как-то бросал монету (компьютерную), и в ходе 300 бросков шесть раз подряд был орел и шесть раз подряд решка.

Да, модель вполне возможно ограничена. У Вас есть лучше? Вот ведь в чем вопрос. Я же не случайно привел пример про термодинамику растворов. Модель тоже ограничена, но других принятых вариантов пока нет. Используют ограниченный.

Цитата(Nimissin @ 18.7.2012, 7:47) *
Я думаю, что в реальности 4.25 наблюдаемых мутаций на маркер в используемом гаплотипе, действительно соответствуют 5-7 млн.лет расхождения. Но для правильной оценки нужна другая, более адекватная модель.


Ну так за чем дело стало? Нужна и адекватная модель происхождения жизни на Земле, и адекватная модель происхождения раковых опухолей, и много чего. Пока этого нет. Просто нужно понимать, что используем то, что есть, и не придавать этому значения абсолютной истины. Это - концептуальный подход, и когда он дает в целом правильные результаты, то это так и стоит воспринимать. Это не ошибки, это то, что пока имеет наука.




--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 18.7.2012, 17:53
Сообщение #10


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11620
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Простите за мимоходный бряк на бегу и не по теме.
Цитата
Нужна и адекватная модель происхождения жизни на Земле,

Если жизнь прелетела с метеоритом, то бесполезно искать модель зарождения жизни на Земле. Не, конечно более менее адекватную модель можно сварганить, но для реализации данной модели во временных и пространственных рамках Земли вероятность будет слишком мала по сравнению с реализацией в масштабе вселенной.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 18.7.2012, 18:41
Сообщение #11


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Павел Шварев @ 18.7.2012, 9:53) *
Простите за мимоходный бряк на бегу и не по теме.
Цитата
Нужна и адекватная модель происхождения жизни на Земле,

Если жизнь прелетела с метеоритом, то бесполезно искать модель зарождения жизни на Земле. Не, конечно более менее адекватную модель можно сварганить, но для реализации данной модели во временных и пространственных рамках Земли вероятность будет слишком мала по сравнению с реализацией в масштабе вселенной.


Уважаемый Павел,

Вопросами происхождения жизни на Земле профессионально занимаются десятки людей, а по большому счету сотни людей в мире. Как Вы думаете, они знают об этом больше нас с Вами, или как? Вы действительно "мимоходом бряк" насчет прилета жизни с метеоритом, а ведь те люди не просто брякают, они изучают молекулы в космосе, берут сотни и тысячи проб, проводят спектральные и прочие исследования, и этим создается огромный массив знаний. Наука не руководствуется принципом, типа "а что если..., тогда и изучать не надо, и искать бесполезно".

Зачастую "создание адекватной модели" сопровождается большим подъемом науки, даже если прямой ответ на вопрос не найден. Поиски ответа на прямой вопрос - это движущая сила исследований, но часто при этом получаются ответы на десятки и сотни других вопросов. И в этом основная ценность научных исследований. А с "реализацией в масштабах вселенной" никто особо не заморачивается. Если некто тренируется на пробег на стометровке за 8.5 секунд, не нужно требовать от него, чтобы пробегал за две секунды. Всему свое время и своя постановка задачи.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 18.7.2012, 19:15
Сообщение #12


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Nimissin @ 18.7.2012, 7:47) *
Цитата(aklyosov @ 18.7.2012, 22:12) *
...Итак, имеем, что между современным шимпанзе и предковой гаплогруппой R1a имеется 2417 мутаций. Делим это число на 2 (чтобы выйти на общего предка гаплогруппы R1a и шимпанзе) и на 0.0041, и умножаем на 25 (лет), получаем 7.4 миллионов лет до общего предка. Это - вполне приемлемая величина, хотя бы для начала и для последующей оптимизации в сторону "истины".

Я думаю, что в реальности 4.25 наблюдаемых мутаций на маркер в используемом гаплотипе, действительно соответствуют 5-7 млн.лет расхождения. Но для правильной оценки нужна другая, более адекватная модель.


Давайте бегло рассмотрим это Ваше соображение. Если 4.25 мутаций на маркер, то есть 4.25х16 = 68 мутаций на гаплотип, действительно соответствуют 5-7 млн лет до общего предка, и мы знаем, что эти 68 мутаций надо превратить в значительно большее число с учетом возвратных мутаций, то мы неминуемо приходим к тому, что это число должно быть то самое 2417 мутаций (что я получил ранее) или вокруг него.

Иначе говоря, Вы утверждаете, что модель получения числа 2417 мутаций - неверная. Надо разработать другую модель, более адекватную, чтобы получить ВЕРНОЕ число в 2417 мутаций. Или 2420 мутаций. Или около того. И вот тогда получится 5-7 миллионов лет.

Но, помилуйте, это уже получили.

- Случайно, говорите Вы. Случайно получили 2417 мутаций. А надо получить 2417 мутаций. Но чтобы получить правильно.

Ну так за чем дело стало? Я полностью "за". Тогда для общего предка нас и шимпанзе получилось случайное совпадение. Дело за малым - не только получить более правильную формулу, но и проверить ее на разных временных дистанциях, то есть откалибровать.

Так это и есть развитие науки. Всегда приветствуется.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 18.7.2012, 19:59
Сообщение #13


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(Nimissin @ 18.7.2012, 21:47) *
Полагаю, что вполне разумный возраст в 7.4 млн.лет получен Вами случайно. Даже 28 мутаций на локус, рассчитанный правильно, но в рамках используемой модели SMM - это запредельная величина. Большинство STR локусов имеют среднюю длину меньше 28. Здесь надо говорить об ограниченности используемой модели. Она ведь учитывает такие крайние случаи, как плюс 28, или минус 28 повторов относительно предкового гаплотипа. Мы понимаем, что в реальности такого не может быть. Как уже писал здесь уважаемый Игорь, есть некие ограничительные "стенки", или "барьеры", т.е. генетический механизм, удерживающий количество повторов STR локуса внутри относительно узкого диапазона. По сути, такой механизм спасает локус от исчезновения. Я думаю, что в реальности 4.25 наблюдаемых мутаций на маркер в используемом гаплотипе, действительно соответствуют 5-7 млн.лет расхождения. Но для правильной оценки нужна другая, более адекватная модель. А наш линейный метод, разработанный в рамках модели SMM, не подходит.

Действительно, теоретически это очень любопытный случай. Я прогнал модельную задачу на генераторе случайных шагов, настроив его параметры так, чтобы через 100 поколений в наборе из 1000 маркеров набегало в среднем 4000 видимых мутаций, то есть 4 мутации на маркер, примерно как у человека и шимпанзе. Это соответствует, при заданной скорости, 25 реальным мутациям на маркер. Формуле Клёсова-Адамова дает 100+/-25 мутаций на маркер, т.е. 4-кратное завышение, как уже отметил Дмитрий Семенович.

С другой стороны, расчет в модели потенциального ящика, где каждый маркер принимает лишь одно из двух значений, дает при тех же самых скоростях мутаций насыщение на теоретически ожидаемом уровне 0,5 мутаций на маркер, начиная с 10-го поколения. Формула Клёсова-Адамова дает 0,66 мутаций на маркер, или примерно 38-кратное занижение в сравнении с реальным числом мутаций. На практике, однако, столь жесткие ограничения на количество повторов в локусе встречаются редко, и чаще мы имем дело с более мягкой моделью случайных блужданий с ограниченной амплитудой.

Как показывает практический опыт работы с гаплотипами А0, и в особенности с уникумом А0* (Перри), на таких масштабах времен эффект случайных блужданий с ограниченной амплитудой (потенциальный ящик - крайний его вариант) уже заметно сказывается даже на медленной 22-маркерной панели. А именно, дает занижение реального количества мутаций. Как раз поэтому в наших публикациях мы постоянно отмечаем, что для архаичных линий расчет дает лишь верхнюю границу датировки (180000 лет, в данном случае), нижняя пока с трудом поддается оценке. Все это происходит на уровне 1,3 видимых мутаций на маркер, где в эталонном случае формула Клёсова-Адамова строго выполняется.

В экстремальном варианте с шимпанзе (4,25 мутаций на маркер), как мы видим, происходит компенсация завышения, что дает одна модель, и занижения, вытекающего из другой. Результат оказался вполне реальным. Мы пока не знаем, насколько широки временнЫе границы, где такая компенсация работает, и насколько она зависит от выбора сравниваемых маркеров, но прямой эксперимент показывает, что так работать можно.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Nimissin
сообщение 19.7.2012, 9:34
Сообщение #14


Участник
**

Группа: Знатоки
Сообщений: 260
Регистрация: 1.8.2008
Из: г.Находка
Пользователь №: 625



Цитата(Igor1961 @ 19.7.2012, 2:59) *
Мы пока не знаем, насколько широки временнЫе границы, где такая компенсация работает, и насколько она зависит от выбора сравниваемых маркеров, но прямой эксперимент показывает, что так работать можно.
Не согласен, уважаемый Игорь Львович. Прямой эксперимент показал случайный характер совпадения результата некорректного применения аппроксимационной формулы для конкретной выборки гаплотипов и наших обоснованных (по другим данным) ожиданий по возрасту расхождения предков человека и шимпанзе. Для другого набора маркеров и другой выборки, результат может быть совершенно иным.


--------------------
Y-DNA: hg N1c1* M178+ P119- P21- P67-
mtDNA: hg C4b
Ysearch: 69ZKR
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 19.7.2012, 10:44
Сообщение #15


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11620
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Цитата(aklyosov @ 18.7.2012, 19:41) *
Уважаемый Павел,

Вопросами происхождения жизни на Земле профессионально занимаются десятки людей, а по большому счету сотни людей в мире. Как Вы думаете, они знают об этом больше нас с Вами, или как?
Вряд ли больше. Все сенсационное быстро становится достоянием общественности, и вопрос не в количестве информации, а в принципе. Принципиально, жизнь не могла зародится на Земле, по причинам которые я указывал. Чтобы случайно из неживого бульена, о котором писал Ваш предшественник, этак в .... уже не помню в каком лохматом году, зародилась простейшая форма жизни нужна вероятность равная вероятности сложения брошенной палеты кирпичей с высоты Эмпайт Стейт Билдинг в ровную кладку.

Не знаю сколько сотен тысяч ученых занимается этой проблемой сейчас, но в 80-е, когда я ей интересовался, их можно было посчитать по пальцам, но я точно знаю, что принципиального ответа на вопрос так и нет. Если бы появился, то это был бы вселенский шум и об этом ответе знало бы все мировое сообщество, ну и я вместе с ним.

Вообще, мне не очень нравится куда заворачивается наша беседа. Какое-то пустое меряние неизвестно чем. Пожалуй я выйду из дискуссии, к тому же она не совсем соответствует ДНК-генеалогической тематике.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 19.7.2012, 12:19
Сообщение #16


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Уважаемый Павел,

Прямого и всеми специалистами принятого ответа на вопрос о происхождении жизни на Земле (и, само собой, во Вселенной) нет. Но не надо измерять продвижение науки "сенсационностью". Я работал в Институте биохимии АН СССР в Москве, директором которого (до своей смерти) был А.И. Опарин, и в котором была (и есть) лаборатория происхождения жизни. К нам довольно часто приезжали ведущие исследователи мира по этому направлению, читали лекции, представляли свои материалы, которые мы активно обсуждали вместе с ними, как и наши материалы. Это - большое и довольно разветвленное направление науки, которое занимается и органическими молекулами в космосе, и древними бактериями на Земле, устройством этих бактерий в молекулярно-биологическом и эволюционном отношении, и так далее. По этому направлению выходят статьи, и много статей. Многие космические корабли имеют аппаратеру для дальнейшего изучения по этой теме, работают космические телескопы. Просто широкая публика об этом не имеет представления, если специально не отслеживает. Сенсационность устраивают журналисты. Как я недавно писал, дело зачастую не в получении точного ответа на конкретный вопрос, а в том, что в поисках ответа получается масштабный экспериментальный материал и идет его осмысление, и получают много ответов на много вопросов, часто несансационных для широкой публики, но важных для науки, для понимания устройства мира.


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 19.7.2012, 12:26
Сообщение #17


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Nimissin @ 19.7.2012, 1:34) *
Цитата(Igor1961 @ 19.7.2012, 2:59) *
Мы пока не знаем, насколько широки временнЫе границы, где такая компенсация работает, и насколько она зависит от выбора сравниваемых маркеров, но прямой эксперимент показывает, что так работать можно.
...Прямой эксперимент показал случайный характер совпадения результата некорректного применения аппроксимационной формулы для конкретной выборки гаплотипов и наших обоснованных (по другим данным) ожиданий по возрасту расхождения предков человека и шимпанзе. Для другого набора маркеров и другой выборки, результат может быть совершенно иным.


Уважаемый Дмитрий,

Спасибо за интересную и полезную дискуссию. Она действительно показала, что процесс накопления мутаций на протяженности миллионов лет, когда на маркер в среднем накапливается до 4-5 мутаций, более сложный, чем описывается "идеальной" формулой, но что эта формула на данном примере дает правильный результат. БОльшего мы пока сказать не можем, кроме того, что явно работают некие компенсационные процессы, которые выравнивают результат. Формула закручивает результат вверх, но какой-то нестатистический процесс не дает результату так закручиваться. Так что у Вас, как специалиста, есть возможность эту компенсационную формулу разработать и выверить ее на конкретных примерах. Вестник всегда к Вашим услугам.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Igor1961
сообщение 22.7.2012, 19:35
Сообщение #18


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 6921
Регистрация: 24.2.2009
Пользователь №: 1721



Цитата(aklyosov @ 22.7.2012, 23:02) *
Теперь о том, что за "сдерживающий фактор" держит аллели и не позволяет им уходить очень далеко от предковых значений. Этот "сдерживающий фактор" и есть чистая статистика.

Вот какая зависимость наблюдаемого и действительно числа мутаций получается при модельном расчете с генератором случайных блужданий.

Прикрепленный файл  Reverse_correction.jpg ( 118.38 килобайт ) Кол-во скачиваний: 383


График был получен при 20 независимых прогонах набора из 1000 маркеров, для каждого из которого была задана одна и та же скорость мутации. Все мутации задавались одношаговыми и симметричными. Красным показана поправка по формуле Клёсова-Адамова. Как выразить полученную зависимость в аналитическом виде, не знаю, но модель, по которой проходили испытания - это и есть чистая статистика, причем в идеализированном варианте бросания монеты.

Как видно из графика, модель неограниченных случайных блужданий дает ЗАНИЖЕННЫЙ вклад возвратных мутаций при больших цифрах наблюдаемых мутаций. Как уже отметил Анатолий Алексеевич, рассчитанное в рамках этой модели время до общего предка человека и шимпанзе оказалось занижено в 4-5 раз. Значит, помимо чистой статистики, работает еще какой-то механизм, который удерживает количество повторов в локусах от свободного "разбегания", заставляя их фигурально бегать по кругу.

Собственно, именно по этой причине и был введен расчет по медленной 22-маркерной панели, поскольку чисто эмпирически выяснилось, что стандартные "среднескоростные" панели занижают датировки при временах более 10-12 тыс. лет. Если же исходить из свободных случайных блужданий (синие символы на графике), то там, наоборот, должно наблюдаться завышение датировок при применении формулы Клёсова-Адамова (красная линия). Квадратичный метод дает ту же самую зависимосить, что и модельный расчет, и, следовательно, занижает реальное число мутаций при большом их количестве.

Более того, модельный расчет показывает, что в обозримом масштабе времен в модели свободных случайных блужданий не происходит насыщения, когда прямые и возратные мутации уравновешивают друг друга. Скорее, зависимость наблюдаемых мутаций от времени стремится к линейной при больших временах. Как мы знаем из экспериментальных данных по быстрым панелям, это не так, и насыщение имеет место. Эмпирически, этот эффект начинает сказываться примерно с 0,8 наблюдаемых мутаций на маркер, вне зависимости от скорости мутаций, а при более 1,2 мутаций на маркер без его учета уже не обойтись.


--------------------
Y-DNA: R1a M458>Y2604>CTS11962>L1029>FGC66323>YP1703>YP6189>BY35612
mt-DNA: U3a2a (16343G, 16390A, 16519C, 73G, 150T, 200G, 263G, 315.1C)
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Nimissin
сообщение 23.7.2012, 11:53
Сообщение #19


Участник
**

Группа: Знатоки
Сообщений: 260
Регистрация: 1.8.2008
Из: г.Находка
Пользователь №: 625



Цитата(Igor1961 @ 23.7.2012, 2:35) *
График был получен при 20 независимых прогонах набора из 1000 маркеров, для каждого из которого была задана одна и та же скорость мутации. Все мутации задавались одношаговыми и симметричными. Красным показана поправка по формуле Клёсова-Адамова. Как выразить полученную зависимость в аналитическом виде, не знаю, но модель, по которой проходили испытания - это и есть чистая статистика, причем в идеализированном варианте бросания монеты.
Для значений наблюдаемых мутаций lambda_obs > 1.5 на маркер обсуждаемая зависимость выходит на асимптотику, описываемую функцией

(pi/2) * (lambda_obs)^2,

где pi = 3.141592...


--------------------
Y-DNA: hg N1c1* M178+ P119- P21- P67-
mtDNA: hg C4b
Ysearch: 69ZKR
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 23.7.2012, 16:45
Сообщение #20


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Цитата(Nimissin @ 23.7.2012, 3:53) *
Для значений наблюдаемых мутаций lambda_obs > 1.5 на маркер обсуждаемая зависимость выходит на асимптотику, описываемую функцией

(pi/2) * (lambda_obs)^2,

где pi = 3.141592...


Это интересно. Действительно, так получается. Для 16-маркерного гаплотипа число мутаций между человеком и шимпанзе (в данном случае под "человеком" я беру базовый гаплотип от всех, или большинства гаплогрупп) составляет 64, то есть 4 мутации на маркер. По формуле Клесова-Адамова имеем lambda_actual = 1/2 x lambda_obs (1+e^lambda_obs), то есть поправочный коэффициент на вклад возвратных мутаций равен 1/2 (1+ 55) = 28. По формуле выше в цитате получаем 3.14/2 x 16 = 25. То есть, как я понимаю, примерно одно и то же (разница 12%, то есть практически в пределах погрешности расчетов).

Так?


--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

2 страниц V   1 2 >
Ответить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 15.10.2019, 17:13
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU