Главная   |   Древние Рода   |   ДНК тесты   |   ДОК генеалогия             VK  |  OK  |  FB

Здравствуйте, гость ( Вход | Регистрация )



 
Ответить в данную темуНачать новую тему
> Walk Through The Y Project
mouglley
сообщение 10.4.2009, 11:03
Сообщение #1


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Walk Through The Y Project

Цитата
In the “Walk Through the Y” project, Family Tree DNA intends to look for public and private single nucleotide polymorphisms (SNPs) by sequencing 100 kB of the Y chromosome from selected individuals. The project is open to the public at a cost of $750. Results will have a six week turnaround time.


Null Alleles and a Walk Through the Y

rootsweb
Цитата
Briefly, the object of the Walk Through the Y project is to identify new
SNPs in different haplogroups. Several members of a haplogroup (such as G)
would sign up and a region of their Y chromosomes would be sequenced
completely. The original goal was to sequence 50,000 bases, but now they
say they will try for 100,000. The largest sequencing job that FTDNA
currently does is the 16,500 bases of the complete mtDNA (at about $350, or
about two cents per base). Participation in the Walk Through the Y would
cost $750 or somewhat less than one cent per base, a price that FTDNA says
will only partially cover their costs. The sequencing would be done on
overlapping chunks of a few hundred bases, and if there were a failure on
any segment, those chunks would not be redone. You would not be guaranteed
that any useful SNPs would result from the project. In the E1b1b pilot, an
average of 50000 bases were sequenced (it ranged from 35000 to 65000 for the
different participants, the differences apparently being from segment
failures) and anywhere from 1 to 15 new SNPs were identified in the
different participants.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Kнязь Игорь_*
сообщение 10.4.2009, 14:46
Сообщение #2





Гости






Цели - благородные. Цены - несусветные.

23andME за 300 баксов от 300 кил до 1 мег снипует, правда - по всему геному. Сколько там из них на игреке?

Данный проект был бы для нас интересен (скажем, для R1a)? если бы давал групповые скидки. Скажем, для 30 человек по 200 баксов с каждого. Тогда бы имело смысл выявлять различия по снипам. А в одиночку это и задаром бессмысленно.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 10.4.2009, 14:53
Сообщение #3


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



Для R1b вроде бы создан свой проект и там скидки.
J1b на dna-forums.org сейчас организуются.
E уже отсниповались по полной.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 10.4.2009, 23:34
Сообщение #4


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Да, нужно написать Вайчицки. Кто переведет на грамотный английский письмо?
Это письмо уже месяца два у меня пылится, все руки не доходят. Планировал заняться вплотную после оформления древа r1a2009, но раз тут уже заговорили...
R1a и N уже подготовились к снипованию, с помощью стр филогении выделены основные ветви, в каждой народу немерянно, если найдется мотор или моторы, то можно начинать.

Цитата
23andME за 300 баксов от 300 кил до 1 мег снипует, правда - по всему геному. Сколько там из них на игреке?
Я этот вопрос где-то у нас ставил. Найти бы его, ответ был обнадеживающим, точную цифру не помню, но несколько десятков тысячь Y снипов. Они, короче, всю мировую базу снипов проверяют, сплошняком без разбору.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Kнязь Игорь_*
сообщение 10.4.2009, 23:57
Сообщение #5





Гости






Цитата(Павел Шварёв @ 11.4.2009, 0:34) *
Да, нужно написать Вайчицки. Кто переведет на грамотный английский письмо?
Это письмо уже месяца два у меня пылится, все руки не доходят. Планировал заняться вплотную после оформления древа r1a2009, но раз тут уже заговорили...


Письмо - это к А.Клёсову. Тут не только класный перевод, но и внимание к словам авторитета обеспечено будет. Вопрос один - если наберём человек 20-30 R1a, то с какой максимальной скидкой можно их по игреку сплошняком отсниповать?

Можно и на ФТДНА и копию на 23иЯ отправить. Если до 300 баксов - я тут же согласный, но только, если наберётся кворум. Проведём агитацию среди наших, объясним, что тогда уж точно по ветвям разложимся, вплоть до племени. Было бы здорово.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 11.4.2009, 0:35
Сообщение #6


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Цитата(Kнязь Игорь @ 10.4.2009, 23:57) *
Письмо - это к А.Клёсову. Тут не только класный перевод, но и внимание к словам авторитета обеспечено будет.
Они коммерсанты, их надо пронимать не только научным автоитетом, но и нашим многолетним опытом представительства фтдна.
ФТДНА и 23иЯ по большому счету не пересекаются, и мы можем успешно работать на обе фирмы.
Цитата
Вопрос один - если наберём человек 20-30 R1a, то с какой максимальной скидкой можно их по игреку сплошняком отсниповать?
Это да, вопрос центральный.

Цитата
Можно и на ФТДНА и копию на 23иЯ отправить.
По снипам фтдна 23иЯ не конкурнент, конек фтдна - стр анализ а у 23иЯ самое мощное оборудование по снипированию.

Цитата
Если до 300 баксов - я тут же согласный, но только, если наберётся кворум.
Думаю надо сперва с вВйчицки договориться, а потом созывать курултаи по гаплогруппам.
Цитата
Проведём агитацию среди наших, объясним, что тогда уж точно по ветвям разложимся, вплоть до племени. Было бы здорово.
Хы... эт я понял давно, наш курс последние годы был именно в этом направлении. Скоро Вы узнаете много интересного.

Сверхинтеллектуальный вопрос, почему меня не зажгла мурка? wink.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
_Kнязь Игорь_*
сообщение 11.4.2009, 0:48
Сообщение #7





Гости






Цитата
Сверхинтеллектуальный вопрос, почему меня не зажгла мурка? wink.gif


Имхо - наглядность хромает. Особенно в связи отображения ветвей по возрастам.

Еще - сложности описания и конструирования параметров. Слишком много гитик. smile.gif

Тоже никак не соберусь освоить. Хотя чувствую - надо. Но пока влип в Нетворк. Вроде - хватает.

Но я бы охотно перешел на программу, специально заточенную под микросателлиты. Без универсальных прикидов, но с обязательно чётким графическим выходом, без "расчёсывания". Очень уж достаёт в Нетворке.

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 11.4.2009, 0:51
Сообщение #8


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Это все частности.
Ладно, дорогой Князь, расскажу чуть позже, вернее сами все поймете.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Headache
сообщение 13.4.2009, 10:03
Сообщение #9


Участник
**

Группа: Гости
Сообщений: 223
Регистрация: 7.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 540



Цитата(Павел Шварёв @ 10.4.2009, 23:34) *
Планировал заняться вплотную после оформления древа r1a2009, но раз тут уже заговорили...
R1a и N уже подготовились к снипованию, с помощью стр филогении выделены основные ветви, в каждой народу немерянно, если найдется мотор или моторы, то можно начинать.


Может, имеет смысл древо Р1а ФТДНАшникам показать? Остальных попытаются на эти стр-ки натянуть...


--------------------
YDNA : R1a1* М198+ PK5- Ysearch : 8BEJP YDNA.RU: 9e93fb
mtDNA : L2a "Clan Lingaire" mitoSearch : 8B68F
CCR5: norm, norm
--------------------
* http://www.ydna.ru/ydb/ *
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 13.4.2009, 10:32
Сообщение #10


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Цитата
Может, имеет смысл древо Р1а ФТДНАшникам показать? Остальных попытаются на эти стр-ки натянуть...
Headache, замечательное предложение!
И даже не только P1a, но и H и E, и И. Только оформить по человечески, и фтднашникам был бы хороший рекламный материал, им дополнительное расширение рынка, нам расширение братств.
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
mouglley
сообщение 13.4.2009, 11:00
Сообщение #11


Магистр
******

Группа: N
Сообщений: 2194
Регистрация: 8.7.2008
Из: Москва
Пользователь №: 547



По E уже есть результаты.
Там их уже разложили по полочки, есть на сайте dna-forums.org.
Кого точно, не смотрел - негров или европейцев. Тут наши ребята-E лучше разберутся
Walk Through the Y: R-P312 and Subclades
A Walk through the Y - по Об но там и на на результаты по E есть.


--------------------
Y-DNA: [/color][color="#ff00ff"]N1с1*; M214(rs2032674); P188(rs16980610); P192(rs16980641); P193(rs16980426); P194(rs16980363); P195(rs2196155); M231(rs9341278); LLY22g; Tat(M46, rs34442126)+; P105+; M178(i3000046)+; P298; P21-; P67-; P119-
YSearch: KABEC
FamilyTree: 106620
CCR5 [/size][size="1"]del32
-normal
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 13.4.2009, 11:08
Сообщение #12


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



750 долларов за снипование ветви не так уж и много.
Может с фтдна посотрудничать? unsure.gif
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 13.4.2009, 13:24
Сообщение #13


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



Два соображения.

Первое - перевод письма не проблема. Но до этого просьба - обсудите коллективом, на какие скидки идти, сколько это будет стоить, сколько человек согласны в этом участвовать финансово. Тогда будет разговор. Иначе мы рискуем навсегда потерять доверие в FTDNA и 23andme.

Второе - прежде чем показывать дерево, его нужно внимательно проверить. Дело в том, что я его пытался продублировать, по списку гаплотипов, присланным уважаемым Павлом. И у меня ветви получились заметно другие. Я об этом уже писал. Возможно, потому, что я убрал пару дублей, если правильно припоминаю. Но тогда это не дело, если при добавлении или снятии нескольких гаплотипов дерево в значительной степени (включая состав ветвей) перестраивается.

Это надо внимательно проверить на практике, и или с этим смириться, что ветви - это дело временное и преходящее (во всяком случае для многих, и понять, для кого и почему именно), или, напротив, понять, что была ошибка, и с деревом все в порядке, оно стабильное. Я нисколько не исключаю, что это у меня мог быть сбой.

Конкретное предложение: уважаемому Павлу еще раз привести в порядок все гаплотипы, дополнив последними, утвердить их, прислать мне дерево и гаплотипы, я пересчитаю, и сопоставлю деревья.

А потом с деревом в серьезное место выходить.

Как все понимают, это необходимая процедура.





--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
Павел Шварев
сообщение 13.4.2009, 14:04
Сообщение #14


Легенда
************

Группа: Главные администраторы
Сообщений: 11619
Регистрация: 22.4.2008
Из: порт Находка
Пользователь №: 2



Анатолий Алексеевич, я не буду доказывать истинность разбивки. Древо R1a2009 носит гипотетический характер, и никакие методологические совершенствования не способны повысить достоверность стр филогении, поэтому, кстати, я и не зажегся муркой. Мурка не в мэйнстриме ДНК-Генеалогии.
СТР филогения актуальна для трех вещей.
1. Для определения возраста ветвей
2. Для филогении сверхмолодых ветвей, тех кому не более 500 лет.
3. Для предсниповской подготовки.

Для определения структуры древа лучше подходят снипы, не мне говорить ветеранам ДНК-Генеалогии, что снип филогения это 100% структурная точность. Сейчас мы подошли вплотную к новому этапу, набрана достаточно большая выбрка, и проведено предварительное стр разделение на крупныен ветви, то есть предсниповский этап пройден, теперь наступает этап снипования. Два анализа по 2 гаплотипа будет достаточно "зацепить" уникальный снип ветви, а потом выборочно проверить по другим гаплотипам ветви. Проведя снипование нам откроются новые горизонты исторических реконструкций, выявить снип у дДНК проще чем собрать фрагменты стр.

Надеюсь, благодяря снипованию древо 2010 года в основных ветвях будет уже "железным".
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
wertner
сообщение 18.4.2009, 4:24
Сообщение #15


Активист
***

Группа:  E
Сообщений: 323
Регистрация: 2.7.2008
Из: Казань<->Москва
Пользователь №: 505



Цитата(mouglley @ 13.4.2009, 12:00) *
По E уже есть результаты.
Там их уже разложили по полочки, есть на сайте dna-forums.org.
Кого точно, не смотрел - негров или европейцев. Тут наши ребята-E лучше разберутся
Walk Through the Y: R-P312 and Subclades
A Walk through the Y - по Об но там и на на результаты по E есть.

И негры, и европейцы. Но полезных результатов пока нет, только надежда на них.
L17 - к сожалению, возможно только семейный снип внутри E1b1b1a2-V13.
L18 - похоже эквивалентен E1b1b1a-M78 (пока не ясно его взаиморасположение с E1b1b1a4-V65)
разве что полезен L19 (E1b1b1b2c) - это действительно частый снип внутри E1b1b1b2.
L99 внутри E1b1b1a2-V13 первый раз увидел на этой схеме, сейчас. Про него пока ничего не знаю.


--------------------
Y-DNA: E1b1b1a2
YSearch: EUAH6
Татарский ДНК-проект
Умею строить деревья: E1b1b1a2, I2b1, R1b1b2a1a1
Мой предиктор Y-гаплогрупп (включая ветви R1a1a): файл для скачивания
Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение
aklyosov
сообщение 18.4.2009, 5:18
Сообщение #16


Легенда
************

Группа: R1a, Академики
Сообщений: 8858
Регистрация: 4.7.2008
Пользователь №: 526



...поэтому, кстати, я и не зажегся муркой. Мурка не в мэйнстриме ДНК-Генеалогии.
СТР филогения актуальна для трех вещей.
1. Для определения возраста ветвей
2. Для филогении сверхмолодых ветвей, тех кому не более 500 лет.
3. Для предсниповской подготовки.


Я тоже не зажегся, но, возможно, просто не оценил. Я просто не могу понять, зачем мне она нужна и какие задачи она решит из тех, которые мне надо решить.

Задачт, которые Вы сформулировали, безусловно, решать надо.

И их надо понимать в контексте задач общей ДНК-генеалогии. Таких задач много - это и более глубокие снипы (в немалой степени для "фамильных исследований"), и правильная оценка времен общих предков, и распределение гаплотипов и гаплогрупп по территориям мира, и историческая ДНК-генеалогия (в сопряжении с археологией и лингвистикой), и связанные с ней новые представления о древних миграциях родов и племен.

Сейчас, в ходе борьбы за публикацию капитальных статей по ДНК-генеалогии, я веду позиционную борьбу с рецензентами, представляющими "академическую науку". Оказалось, что я просто разворошил этот улей, другого слова подобрать не могу. Эти "популяционные генетики" просто встали стеной. И вот в ходе ответов на замечания и вопросы, и на просто КРАЙНЕ негативную критику, я начинаю еще лучше понимать их образ мышления. У многих он просто "НЭ ТРЭБА".

Основные возражения такие. (1) Мутации считать нельзя. Потому что предок дал мутацию, и она передается по цепочке. А мы считаем ее у каждого человека, тем самым многократно завышая число мутаций. Как считать - неизвестно, но проблема есть, и она не решена. (2) Скорости мутаций неизвестны и неопределенны. (3) скорости мутаций будут разными - для ближайших столетий и для тысячелетий. (4) Ошибки расчета мутаций огромны, десятки и сотни процентов, и поэтому никакие расчеты не имеют смысла. Причем они складываются из огромных погрешностей определения среднего числа мутаций, плюс огромные погрешности скоростей мутаций.

И вот я вынужден по каждому пункту приводить расчеты, давать примеры и обоснования, выводить формулы. Хорошо, что работа с Д. Адамовым (Нимиссиным) и статьи в Вестнике позволила многие из этих вопросов до этого разрешить. Короче, все эти вопросы - не вопросы, на каждый есть четкий и положительный ответ, к каждому есть экспериментальные данные. Но это все показывает жуткую дремучесть многих "профессионалов", представителей академической науки. Они продолжают мыслить категориями полувековой давности. Причем что характерно - все комментарии отрицательные, они сами ничего не предлагают.

Обратите внимание, что подобные - и многие комментарии на нашем форуме. Хорошо, что у нас не меньше других, конструктивных дискутантов, которые ПРЕДЛАГАЮТ решения. ИТ это делает наш форум замечательным полигоном для отработки новых, свежих гипотез.



--------------------
Y-DNA: R1a-Z283
mt-DNA: H

Перейти в начало страницы
 
+Цитировать сообщение

Быстрый ответОтветить в данную темуНачать новую тему
1 чел. читают эту тему (гостей: 1, скрытых пользователей: 0)
Пользователей: 0

 

              Mantlet IPB skin Designed by Fisana, IPBskins.ru
RSS Текстовая версия Сейчас: 22.9.2019, 7:16
 
     




Генеалогический сайт Рунета Сайт Всероссийского Генеалогического Древа Генеалогическая сеть Анализ фамилий Cайт рода R1a Краеведческий сайт Чеченский ДНК проект


© 2004-2015 RODSTVO.RU