Как бы нам не хотелось, у нас не получается одним постом - ответить сразу на несколько интересных постов от собеседников. Тем не менее, мы постараемся ничего не упустить, постараемся постепенно ответить на все вопросы (на которые сможем, разумеется).
Также предварительно отметим, что дискуссия по поводу корневых гаплопрогрупп - неизбежно приводит нас к необходимости "залезать" и в другие области знаний, ибо суть дискуссии - выходит за рамки непосредственно ДНК-генеалогии. Мы не виноваты в этом - это Fulvio Cruciani виноват, ибо его никто не заставлял переходить от ДНК-генеалогии - к излишне своеобразным трактовкам, и к выводам исторического масштаба и значения.
Цитата(aklyosov @ 14.2.2012, 3:52)

здесь не случайный новичок
К сожалению, в интернете вообще и в ДНК-генеалогии в частности - слишком много как догматиков, так и популистов. Если бы мы выбирали символ ДНК-генеалогии, то предпочли бы ... вилку-трезубец, символизирующую инструмент, который позволяет чётко разделять сущности надвое: есть мутация/нет мутации.
Но этот же самый инструмент - может быть использован и для навешивания лапши на уши, как ДНК-догматиками, так и ДНК-популистами. И этот же самый инструмент - мы, к счастью, можем использовать для покалывания догматиков и популистов.
Мы здесь - потому что нам импонирует научный подход здесь.
Конечно - это не случайность для нас.
Ещё добавим, что наблюдается использование ДНК-генеалогии - в качестве помощника для сестринской науки - молекулярной филогенетики. А там - есть свои догматики, у которых две ключевых проблемы: где на стволе ставить точку "Род Homo", и где на стволе ставить точку "Вид Homo Sapiens". К сожалению, ДНК-генеалогия оказывается вовлечена в эту баталию, хотя не может и не должна решать такие вопросы; это скорее дело аналитиков антропологии, морфологии, генома в целом...
Нам конечно тоже интересно посмотреть, чем там у них всё закончится да и их знания пригодятся, но мы вынуждены отметить, что догматики от разных наук - могут объединять усилия, и совместно вешать нам лапшу на уши.
Цитата(Igor1961 @ 14.2.2012, 6:28)

Если уж на то пошло, то длина поколения вообще не имеет прямого отношения к датировкам. поскольку они вычисляются в КАЛЕНДАРНЫХ годах, а при всех расчетах используется произведение [константа скорости мутации]х[длина поколения]. При калибровке можно задать любую величину для поколения, хоть 1 год, просто изменятся коэффициенты. Используемые в наших (и Животовского

) расчетах 25 лет - это всего лишь удобная цифра (1/4 от столетия), которая дает вполне реалистичное представление о точности метода.
Что ж, если нас поняли не так, как нам самим хотелось бы - постараемся объясниться с самого начала, с нашего понимания сути явлений.
Мутация нами понимается как дискретная величина! Она либо есть, либо нет. Чтобы она возникла - необходимо конкретное событие - рождение ребёнка, которого можно проверить на соответствие с родителем. Мутация не накапливается в организме ежегодно "по чуть-чуть". Вероятностные события (смена поколений) - не могут быть напрямую связаны с размышлениями генетиков о том, с какой скоростью в год - мутируют белки.
Да, конечно, когда "модель работает", то изменение возраста поколения - выглядит как вмешательство в формулу, в саму скорость мутации. Но это не так.
Мы привыкли разбираться не только в математике - мы стремимся понять "физический смысл", скрывающийся за результатом и его составными частями.
Когда мы видим общее время на одну мутацию, равное 3000 лет у того же Fulvio Cruciani,
полученное как ~100 поколений х ~30 лет, то разбираясь с тем, как он пришёл к такому выводу - мы сталкиваемся с генетическим смыслом скорости мутаций в год, сталкиваемся с соотношением количества нуклеотидов, сталкиваемся с тем фактом, что скорость мутации в год - не есть константа. Просто в данный момент - так принято, ибо примерно проверяется на краткосрочных математических моделях. Когда генетики покажут, что скорость мутации на нуклеотид в год - должна измениться так или иначе, то и мы последуем вслед за ними.
Т.е. - мы не "сотрясаем основ", по крайней мере пока, ибо эти контстанты - отдельная тема для разговора; они обычно исследуются генетиками на примере скоростей кодирования разных белков, а ДНК-генеалогия - зиждется на невмешательстве в наследственность вообще, и в кодирование белков в частности. У нас просто происходят аналогичные, но "мусорные", "молчащие" процессы. Не факт, что с теми же скоростями.
Однако, Fulvio Cruciani тоже не "сотрясает основ", тоже "импортирует" из генетики - скорость мутации в год.
Хотя соблазн был велик - ведь ему было нужно "натянуть" всего лишь 20% между стандартными значениями 30 лет и 25 лет, и он мог бы оставить 25 лет - слегка подкорректировав генетикиов на те же 20%. Но тогда ему пришлось бы с ними аргументированно спорить, чего он разумеется делать не мог и не стал.
И мы - не станем.
Для приблизительной оценки нас устраивает ~100 дискретных поколений на одну точечную SNP мутацию.
Для нас это (условно говоря) - "минутная стрелка" ДНК-генеалогии, её макро-уровень.
Проблема в том, что как мы не анализируй общество и его способы размножения, как не предполагай разные возрасты для поколений (10 ... 30 лет) - мы сможем оперировать только длинными периодами (1000 ... 3000 лет, соответственно). И например по "женской части" - вообще нет возможности анализировать "мелкие" периоды.
К счастью, царским подарком для исследователей - является анализ STR мутаций.
Для нас это (условно говоря) - "секундная стрелка" ДНК-генеалогии, её микро-уровень.
Они происходят по другому принципу, происходят гораздо чаще;
их анализ - помогают делать многие другие науки: письменная история, недавние предания народов и их древние мифы, сравнительное языкознание и т.п.
В то время как у "минутной стрелки" - остаётся не так уж много, и не таких уж точных помощников, особенно в отдалённом периоде - архелогия, палеонтология, теория катастроф... всё это базируется на радиоуглеродном анализе, дающим существенный "плюс-минус" - примерно одну нашу условную "минуту".
Так например, глобальная катастрофа Тоба - обычно датируется в 73 +/-3 тлн. Помещать мужскую гаплогруппу BT на дату 75 тлн, используя натяжку в 20% - это существенное передёргивание. Без этого было бы по крайней мере 62,5 тлн (при возрасте поколения 25 лет) - а значит невозможность связать в единое географическое убежище группы BT и A, а значит бессмысленность игры в перекидывание SNP по веткам дерева. Не невозможность манипуляций, а именно бессмысленность - вулканическая зима, при всей своей трагичности - это очень хороший помощник макро ДНК-генеалогии; строго разделяет.
ДНК-генеалогия - наука молодая, находится на этапе сбора первичных данных. И именно анализ STR мутаций - позволяет нам вырабатывать математический аппарат. Оттачивать его на событиях заведомо известного или почти достоверного недавнего прошлого, т.е. несколько тлн; кстати - опять-таки примерно в пределах одной нашей условной "минуты" ~100 поколений. И этот математический аппарат - нам хочется перенести в глубь истории, тем более что наша наука в целом - не так давно получила новые возможности от матери-генетики - возможности извлекать ДНК из ископаемых останков, что раньше считалось невозможным.
Однако мы наблюдаем, что наш математический аппарат - постепенно "удревняет" историю, чем глубже - тем сильнее, мало того - позволяет удревнять и манипуляторам от ДНК-генеалогии.
Нас вполне устраивает, когда на определённом небольшом временном интервале - ошибка по сравнению с абсолютно точно известными датами - укладывается в погрешность математического аппарата. Мы понимаем, что сбой в несколько процентов - мог дать как сам аппарат, так и немного некорректные входные данные: слегка завышенный возраст поколения или слегка завышенная скорость мутации нуклеотидов. Не стоит беспокойства - мы достверно знаем, что в последние тысячелетия - общество развивалось по одной и той же модели; не стоит наших глобальных усилий - ловить ошибку в несколько процентов.
Но мы вынуждены искать ошибки у самих себя; не для того чтобы конфликтовать между собой константами, математическими аппаратами и т.п. - а для того чтобы аргументированно оппонировать "внешней угрозе", т.е. догматикам в первую очередь, ибо популистов опровергать полегче.
Цитата(Igor1961 @ 14.2.2012, 6:28)

1. Поскольку ДНК-генеалогия работает не с линиями, идущими исключительно по первенцам, а со всей совокупностью родственников, то оперировать она должна с некоторым усредненным счетом по поколениям.
2. Так что 30 лет в этом плане выглядят вполне обосновано не только для современного, но и для патриархального общества.
1. Разумеется да.
2. Разумеется нет. Любая математическая модель - имеет временнЫе рамки, отражая модель общества.
Ни отдельные дисциплины, ни наука в целом - не могут объяснить, как появились кроманьонцы и их новая модель общества.
Даже популисты в википедиях признаются: "Считается, что люди современного анатомического облика (Homo sapiens sapiens) появились около 195 000 лет назад в Африке. Однако их внешний вид не стал причиной изменения их образа жизни по сравнению с эректусами и неандертальцами. Люди по-прежнему использовали все те же грубые каменные орудия. Около 50 000 лет назад древняя каменная индустрия изменилась."
Цитата(Igor1961 @ 14.2.2012, 6:28)

Мысль абсолютно правильная. Но, сказав А, и законно усомнившись, что первенцы в традиционных обществах рождались у 30-летних родителей, надо говорить Б, и добавлять, что в таких обществах семьи были многодетными, а женщины рожали до того возраста, сколько позволяла физиология.
Мы опять стремимся понять в первую очередь смысл этой составляющей общей формулы.
Мы наблюдаем два фактора: биологический и социальный.
Биологический зависит от пола. Причём надо говорить не только про:
a ) усреднённый возраст поколения,
b ) возраст рождения первого потомка,
но и про
c ) возраст рождения последнего потомка.
Общеизвестно, что репродуктивный возраст у мужчин - заметно выше.
Значит должен быть выше и усреднённый возраст поколения (у мужчин в сравнении с женщинами).
Но к сожалению у женской mt-DNA отсутсвует "секундная" стрелка, и мы не можем сегодня же наглядно показать, что некорректно считать оба пола по 25 лет.
Мало того - мы предполагаем, что возраст поколения будет расти у обоих полов, но у мужчин - будет увеличиваться немного быстрее чем у женщин, уходя таким образом ещё дальше к возрасту рождения последнего ребёнка.
Социальный фактор - это наш образ жизни. Он был у нас таким не всегда.
Мы предполагаем, что кроманьонцы поначалу ничем не отличались от соседей по среднему палеолиту.
Потом возраст поколения начал постепенно расти и растёт до сих пор, отвлекаясь от тренда может быть иногда - на катастрофы и прочие неурядицы.
Цитата(Igor1961 @ 15.2.2012, 17:29)

Не прошло и суток, как появились новые снипы
Для нас нет ничего удивительного в том, как ими теперь играются. Мы в своём первом посте так и предполагали, сорри за самоцитату: "Негативное впечатление от работы Fulvio Cruciani ещё и в том, что он не просто "изящно сфальсифицировал" - он ещё и указал метОду для последователей, для дальнейшей догматизации ДНК-генеалогии. Он ведь не девочка, впервые услышавшая про "митохондриальную Еву" - он понимает, что гаплотипов становится всё больше, в том числе и в корневых группах A и BT; он понимает, что постепенно выявляются очень редкие гаплотипы в этих группах. И вот для того чтобы последователи - нечаянно не обнаружили коренное противоречие на основе самостоятельного анализа новых редких гаплотипов - Fulvio Cruciani предлагает метод "присаживания" группы BT на дерево группы A."