Помощь - Поиск - Пользователи - Календарь
Полная версия этой страницы: Окончательное решение "возрастного вопроса"
Rodstvo.ru > ДНК-генеалогия и другие научные направления > Расчёт возрастов, скорости мутаций, константы
Igor1961
На заре ДНК-генеалогии, преимущественно на англоязычных ресурсах, горячо дебатировался вопрос, корректно ли сопоставлять датировки, полученные при счете по мутациям в STR, если в разных популяциях средняя продолжительность жизни мужчин (в случае Y-хромосомы) и, опосредованно, длина поколения (усредненная по числу сыновей от старшего до младшего) различна. На этот счет кипели нешуточные страсти, в основе которых были имевшиеся в то время данные по статистике мутаций на парах отец-сын. Формально получается, что, если вероятность мутации в том или ином маркере при мелосе не зависит от возраста отца, то среднее количество мутаций, накопленных в течение фиксированного промежутка времени у потомков основателя рода, будет различаться в зависимости от среднего числа поколений, укладывающихся в данный промежуток.

Со временем эти дискуссии сошли на нет, потому что ни доказать, ни опровергнуть тезис о независимости скорости мутаций от возраста отца на экспериментальном материале не удалось. Профессионалы перешли к понятию условного поколения как способа перевода скоростей, полученных при калибровке по календарным годам, и только любители (как правило, малограмотные в буквальном смысле) продолжали разговоры в духе, что, мол, во времена палеолита детей рожали в 15 лет, а потому мутации набегали в 2 раза быстрее, чем сейчас.

С появлением технологии Next Generation Sequencing появилась возможность провести калибровки по снипам в Y-хромосоме, что, среди прочих, проделали с исландцами, располагавшими документальными родословными вплоть по 17-18 веков. Оказалось, что принимаемый ранее без доказательства тезис о независимости вероятности мутации от возраста отца неверен.На статистически достоверном уровне была найдена положительная корреляция. А именно, чем старше отец, тем выше вероятность мутации. Если на пальцах, то родные братья с разницей в возрасте в 20 лет будут (в среднем) по мутациям в Y-хромосоме больше напоминать двоюродных братьев, а младший сын - внука своего родного отца. После этого исследования при калибровках по снипам вообще отказались от понятия средней длины поколения, и константы считают по календарным годам. В формате YFull это в среднем 1 мутация за 144 года, и не имеет значения, сколько поколений уложилось в этот срок.

После этих расчетов почти не оставалось сомнений, что с мутациями в STR происходит то же самое, но не было конкретных данных, чтобы это подтвердить. В этом году они появились. В последнем номере журнала "Forensic Science International. Genetics" группа генетиков-криминалистов из Сербии опубликовала результаты исследования Y-ДНК 120 сербов из гаплогруппы R1b, находившихся в документированном родстве и располагавших сведениями о датах рождения своих предков вплоть до начала 18 века. Вот ссылка на оригинальную работу https://www.fsigenetics.com/article/S1872-4...0675-6/abstract

Авторы калибровали данные в форматах, принятым у криминалистов, но в данном случае это не принципиально, потому что один их основных выводов исследования не должен зависеть от таких частностей. Он звучит так:
A positive correlation between the fathers’ ages and mutability rates was observed (Наблюдается положительная корреляция между возрастом отцов и скоростями мутаций). Как и следовало ожидать, в этом плане мутации в STR ничем не отличаются от мутаций в снипах.

Вот как эта корреляция выглядит "живьем" в виде графика, на котором по оси абсцисс отложен средний возраст отцов в 4-х родственных генеалогических линиях, а по оси ординат - среднее число мутаций, накопившихся у потомков родоначальника каждой из линий.



Можно при желании выискивать "проколы" в методике подсчета и придираться к коэффициентом корреляции, но это все переливание из пустого в порожнее. Работа сербских генетиков ставит точку в вопросе о влиянии длины поколения на датировки, полученные при калибровках Y-STR по календарным годам. Будучи эмпирическим на момент изобретения, это подход теперь получил экспериментальное обоснование. Мутации накапливаются пропорционально календарным годам, что дает возможность говорить о ДНК-генеалогических датировках как очень стабильных и мало подверженных внешним воздействиям.
kannelur
и за какой промежуток времени в итоге происходит 1 мутация в STR?
Vader
Окончательный это абстракция , вопрос - какая будет разница в мутациях между братьями , детьми солдата рождённых до и после первой мировой если солдат траванулся БОВ , таких данных нет но на мой взгляд мутации могут исчисляться десятки а может быть и сотнями поколений и это между братьями .

Мы не одноклеточные , у многих одноклеточных , червей и т.д. мужских особей для адаптационного изменения нет , зато одни женские особи быстро размножаются ) но стоит изменится условиям выживания или на зиму и они рождают мужские особи для того чтобы приспособится и мутации идут очень быстро и в разных направлениях - человек не так уж и далеко ушел и система должна действовать достаточно аналогично .

В общем по миру много чего происходит , что провоцирует ускорение мутаций .

Igor1961
Цитата(kannelur @ 30.6.2019, 15:28) *
и за какой промежуток времени в итоге происходит 1 мутация в STR?

В 111-маркерном гаплотипе - в среднем раз в 114 лет, в 67-маркерном - раз в 208 лет. Только не надо думать, что все это происходит черед равные промежутки времени, как по метроному. Мутации - процесс случайный, а потому для сужения коридора погрешностей в датировках необходимы выборки достаточно размера, чтобы заработал закон больших чисел.
Рекуай
Цитата(Igor1961 @ 30.6.2019, 18:27) *
Цитата(kannelur @ 30.6.2019, 15:28) *
и за какой промежуток времени в итоге происходит 1 мутация в STR?

В 111-маркерном гаплотипе - в среднем раз в 114 лет, в 67-маркерном - раз в 208 лет. Только не надо думать, что все это происходит черед равные промежутки времени, как по метроному. Мутации - процесс случайный, а потому для сужения коридора погрешностей в датировках необходимы выборки достаточно размера, чтобы заработал закон больших чисел.
По идее количество мутаций в разных ветвях одного предка должно быть более не менее одинаково. Первым напрашивается именно это простейшее предположение. Проводили ли такие подсчёты?
Для просмотра полной версии этой страницы, пожалуйста, пройдите по ссылке.
Форум IP.Board © 2001-2020 IPS, Inc.